graphML é uma linguagem para definição de grafos.
Sua especificação é apresentada em: http://graphml.graphdrawing.org. O formato de serialização é uma especificação sobre XML. Possui XML Schema.
A especificação pode ser convertida em XML:RDF usando ontmalizer e importada em Fuseki. É possível notar na especificação que não faz parte dela a codificação do formato de nós e arestas, nem a codificação das posições. Isto é resolvido através de extensões.
graphML é extensível, usando os tags <data> e <default>, ou criando novos elementos XML (simplificadamente, novos tags). Este último é o recurso usado por yEd. Infelizmente estas extensões não são padronizadas, o que resulta que cada desenvolvedor pode definir uma extensão ligeiramente diferente e, potencialmente, incompatível com as outras.
A linguagem é usada em ferramentas para construção de diagramas como yEd. Arquivos gerados pelo yEd contém os namespaces utilizados, o que poderia ser usado para entender as extensões definidas pelo fornecedor e facilitar a construção de conversores. A tentativa de acessar o namespace https://www.yworks.com/xml/yfiles-common/markup/2.0 e sua raiz, https://www.yworks.com/xml resultou em Page Not Found.
Uma ferramenta, na minha opinião, útil, seria um conversor bidirecional de graphML para XML:RDF. Ela poderia permitir que grafos de conhecimento sejam visualizados e modificados graficamente. Proposta aqui.