大学院の講義の自由課題で作成したもの.
対応する.giiファイルを読み込むと, 3D脳データを2Dで表示することができる. また, 2Dで表示した際に, xyzのスライドを動かすことで, 3D脳データのスライスを動かすことができる.
コマンドラインで python MRI_slice_viewer.py と入力すると, GUIが立ち上がる. あとは, GUIの指示に従って操作する.
Select MRI File ボタンを押すと, MRIファイルを選択することができる. MRIファイルは, .giiファイルである必要がある.
MRIファイルを選択すると, MRIのスライス画像が表示される. スライスの位置は, xyzのスライダーを動かすことで変更することができる.
Color map は変えることができる.
データ例の元: https://dataportal.brainminds.jp/atlas-package-download-main-page/bma-2019-ex-vivo
データ元論文: Woodward, Alexander; Gong, Rui; Nakae, Ken; Hata, Junichi; Okano, Hideyuki; Ishii, Shin; Yamaguchi, Yoko : Brain/MINDS 3D Marmoset Reference Brain Atlas 2019 (DataID: 4520) https://doi.org/10.24475/bma.4520