From 8fbee9a7045a687a59b53fe0fb63a3c704919a2e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Charles Tapley Hoyt Date: Wed, 8 Jan 2025 01:24:29 -0500 Subject: [PATCH] Add SSSOM and RDF outputs (#29) This PR adds two new output formats: | Format | File | Description | |--------|----------------------------------------------|---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------| | SSSOM | [tiwid.sssom.tsv](https://github.com/bridgedb/tiwid/blob/more-outputs/artifacts/tiwid.sssom.tsv) | An output in the [Simple Standard for Sharing Ontological Mappings (SSSOM)](https://mapping-commons.github.io/sssom/) format | | RDF | [tiwid.ttl](https://github.com/bridgedb/tiwid/blob/more-outputs/artifacts/tiwid.ttl) | An output in RDF, serialized with Turtle. This file can be readily converted to an OWL ontology with [ROBOT](https://robot.obolibrary.org/) with `robot convert -i tiwid.ttl -o tiwid.owl`. | It also makes minor updates to the README, such as noting that the data is standardized on Bioregistry and not Identifiers.org (though, effectively this is the same thing) --- README.md | 14 +- artifacts/tiwid.sssom.tsv | 14530 ++++++++ artifacts/tiwid.ttl | 68649 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++ scripts/collate.py | 85 + tests/test_integrity.py | 5 +- tox.ini | 2 + 6 files changed, 83278 insertions(+), 7 deletions(-) create mode 100644 artifacts/tiwid.sssom.tsv create mode 100644 artifacts/tiwid.ttl diff --git a/README.md b/README.md index bcc756d..d581c5a 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -5,7 +5,7 @@ This project collects identifiers that are, for some reason, no longer pointing to active records in the corresponding database. As such, these identifiers should no longer be used. By collecting -them in a machine readable way, we can make it easier to automate the detection of dead identifiers +them in a machine-readable way, we can make it easier to automate the detection of dead identifiers in data curation workflows. The following is a short summary of the contents of this resource: @@ -15,7 +15,7 @@ The following is a short summary of the contents of this resource: ## Data The data in the `data` folder is structured like as follows. Filenames follow the namespace of -the resources as defined by identifiers.org and used in compact identifiers. The content of +the resources as defined by the Bioregistry and used in compact URIs. The content of the file is a comma-separated values file with one or more columns: * `#did`: the dead identifier @@ -24,7 +24,15 @@ the file is a comma-separated values file with one or more columns: This model is incomplete and volatile, but applies to Release 1. -A collation of all curations can be found in [`artifacts/collated.tsv`](artifacts/collated.tsv). +## Outputs + +Automatically generated artifacts can be found in the [`artifacts`](artifacts) folder. + +| Format | File | Description | +|--------|----------------------------------------------|---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------| +| TSV | [collated.tsv](artifacts/collated.tsv) | A collated version of all TSV in the [data/](data) folder | +| SSSOM | [tiwid.sssom.tsv](artifacts/tiwid.sssom.tsv) | An output in the [Simple Standard for Sharing Ontological Mappings (SSSOM)](https://mapping-commons.github.io/sssom/) format | +| RDF | [tiwid.ttl](artifacts/tiwid.ttl) | An output in RDF, serialized with Turtle. This file can be readily converted to an OWL ontology with [ROBOT](https://robot.obolibrary.org/) with `robot convert -i tiwid.ttl -o tiwid.owl`. | ## Tests diff --git a/artifacts/tiwid.sssom.tsv b/artifacts/tiwid.sssom.tsv new file mode 100644 index 0000000..e52b60e --- /dev/null +++ b/artifacts/tiwid.sssom.tsv @@ -0,0 +1,14530 @@ +# mapping_set_id: https://github.com/bridgedb/tiwid/raw/refs/heads/main/artifacts/tiwid.sssom.tsv +# mapping_set_description: This Is Where Identifiers Die +# license: https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/ +# curie_map: +# cas: https://commonchemistry.cas.org/detail?cas_rn= +# CHEBI: http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_ +# chemspider: https://bioregistry.io/chemspider: +# ensembl: https://www.ensembl.org/id/ +# hgnc.symbol: https://www.genenames.org/data/gene-symbol-report/#!/symbol/ +# hmdb: http://www.hmdb.ca/metabolites/ +# IAO: http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_ +# lipidmaps: http://www.lipidmaps.org/data/LMSDRecord.php?LMID= +# molmedb: https://molmedb.upol.cz/mol/ +# omim: https://omim.org/MIM: +# pmc: http://europepmc.org/articles/ +# ppr: https://europepmc.org/article/ppr/ +# pubchem.compound: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/ +# pubmed: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ +# uniprot: http://purl.uniprot.org/uniprot/ +# wikidata: http://www.wikidata.org/entity/ +# wikipathways: http://www.wikipathways.org/instance/ +subject_id predicate_id object_id mapping_justification mapping_date +CHEBI:12472 IAO:0100001 CHEBI:18163 semapv:ManualMappingCuration +CHEBI:12555 IAO:0100001 CHEBI:51013 semapv:ManualMappingCuration +CHEBI:12556 IAO:0100001 CHEBI:51013 semapv:ManualMappingCuration +CHEBI:21146 IAO:0100001 CHEBI:51013 semapv:ManualMappingCuration +CHEBI:21624 IAO:0100001 CHEBI:18163 semapv:ManualMappingCuration +CHEBI:21917 IAO:0100001 CHEBI:28541 semapv:ManualMappingCuration +CHEBI:26219 IAO:0100001 CHEBI:29103 semapv:ManualMappingCuration +CHEBI:49685 IAO:0100001 CHEBI:29103 semapv:ManualMappingCuration 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owl:annotatedTarget lipidmaps:LMGP14040002 . + diff --git a/scripts/collate.py b/scripts/collate.py index 602161e..ed18595 100644 --- a/scripts/collate.py +++ b/scripts/collate.py @@ -2,9 +2,12 @@ from pathlib import Path +import bioregistry import matplotlib.pyplot as plt import pandas as pd +import rdflib import seaborn as sns +from rdflib import DCTERMS, FOAF, OWL, RDF, RDFS, XSD, Literal, URIRef HERE = Path(__file__).parent.resolve() ROOT = HERE.parent.resolve() @@ -12,27 +15,109 @@ ARTIFACTS = ROOT.joinpath("artifacts") ARTIFACTS.mkdir(exist_ok=True, parents=True) OUTPUT_PATH = ARTIFACTS.joinpath("collated.tsv") +TTL_PATH = ARTIFACTS.joinpath("tiwid.ttl") + +TITLE = "This Is Where Identifiers Die" +URI_PATH_STEM = "https://github.com/bridgedb/tiwid/raw/refs/heads/main/artifacts" + SUMMARY_SVG_PATH = ARTIFACTS.joinpath("summary.svg") HEADER = ["#prefix", "did", "when", "nextofkin"] +# See https://mapping-commons.github.io/sssom/ +SSSOM_PATH = ARTIFACTS.joinpath("tiwid.sssom.tsv") +SSSOM_HEADER = [ + "subject_id", + "predicate_id", + "object_id", + "mapping_justification", + "mapping_date", +] + +iao_namespace = rdflib.Namespace("http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_") +replaced_by_uri = iao_namespace["0100001"] + +ontology_uri = URIRef(f"{URI_PATH_STEM}/{TTL_PATH.name}") + def main(): """Collate all files together.""" + graph = rdflib.Graph() + graph.bind("IAO", iao_namespace) + graph.add((ontology_uri, RDF.type, OWL.Ontology)) + graph.add((ontology_uri, DCTERMS.title, Literal(TITLE))) + graph.add((ontology_uri, FOAF.homepage, URIRef("https://github.com/bridgedb/tiwid"))) + graph.add((replaced_by_uri, RDF.type, OWL.AnnotationProperty)) + graph.add((replaced_by_uri, RDFS.label, Literal("term replaced by"))) + rows = [] + sssom_rows = [] + sssom_prefixes = [("IAO", iao_namespace)] for path in DATA.glob("*.tsv"): + prefix = bioregistry.get_preferred_prefix(path.stem) or path.stem + + uri_prefix = bioregistry.get_uri_prefix(prefix) + if uri_prefix is None: + raise ValueError + + namespace = rdflib.Namespace(uri_prefix) + graph.namespace_manager.bind(prefix, namespace) + sssom_prefixes.append((prefix, uri_prefix)) + with path.open() as file: _header = next(file) for line in file: dead_id, when, alt_id = line.strip("\n").split("\t") rows.append((path.stem, dead_id, when, alt_id)) + # If there's an explicitly defined alternate ID, + # we can generate triples in SSSOM and RDF/OWL + if alt_id: + sssom_rows.append( + ( + f"{prefix}:{dead_id}", + "IAO:0100001", + f"{prefix}:{alt_id}", + "semapv:ManualMappingCuration", + when, + ) + ) + + # The following generates RDF which is + # readily convertable to OWL + source = namespace[dead_id] + target = namespace[alt_id] + graph.add((source, replaced_by_uri, target)) + graph.add((source, RDF.type, OWL.Class)) + graph.add((target, RDF.type, OWL.Class)) + if when: + axiom = rdflib.BNode() + graph.add((axiom, RDF.type, OWL.Axiom)) + graph.add((axiom, OWL.annotatedSource, source)) + graph.add((axiom, OWL.annotatedProperty, replaced_by_uri)) + graph.add((axiom, OWL.annotatedTarget, target)) + graph.add((axiom, DCTERMS.date, Literal(when, datatype=XSD.date))) + + graph.serialize(TTL_PATH) + rows = sorted(rows) + sssom_rows = sorted(sssom_rows) with OUTPUT_PATH.open("w") as file: print(*HEADER, sep="\t", file=file) for row in rows: print(*row, sep="\t", file=file) + with SSSOM_PATH.open("w") as file: + print(f"# mapping_set_id: {URI_PATH_STEM}/{SSSOM_PATH.name}", file=file) + print(f"# mapping_set_description: {TITLE}", file=file) + print(f"# license: https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/", file=file) + print(f"# curie_map:", file=file) + for prefix, uri_prefix in sorted(sssom_prefixes, key=lambda p: p[0].casefold()): + print(f"# {prefix}: {uri_prefix}", file=file) + print(*SSSOM_HEADER, sep="\t", file=file) + for row in sssom_rows: + print(*row, sep="\t", file=file) + df = pd.DataFrame(rows, columns=["prefix", "dead_id", "date", "alternative_id"]) fig, ax = plt.subplots(figsize=(6, 3)) sns.histplot(data=df, y="prefix", ax=ax) diff --git a/tests/test_integrity.py b/tests/test_integrity.py index e39675d..14ccb93 100644 --- a/tests/test_integrity.py +++ b/tests/test_integrity.py @@ -2,7 +2,6 @@ import re import unittest -from itertools import chain from pathlib import Path import bioregistry @@ -70,9 +69,7 @@ def test_csv_integrity(self): try: old_id, date, new_id = line.split("\t") except ValueError: - self.fail( - f"{path.name} had wrong number of columns on line {i}" - ) + self.fail(f"{path.name} had wrong number of columns on line {i}") if date: self.assertRegex(date, DATE_RE) self.assertRegex( diff --git a/tox.ini b/tox.ini index 413ba31..4304c38 100644 --- a/tox.ini +++ b/tox.ini @@ -25,6 +25,8 @@ deps = matplotlib seaborn pandas + rdflib + bioregistry [testenv:lint] skip_install = true