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timeline	DDBJ 30年の歩み	ja

• 「遺伝子バンク30年」第1回 - 第16回（静岡新聞連載記事）
• DDBJ Database Release History（DDBJリリースのエントリ数、塩基数の推移）
• DDBJ ニュースレター アーカイブ（過去のDDBJ発行物アーカイブ）
• 2017年国立遺伝学研究所 国際シンポジウム／DDBJ ３０周年記念シンポジウム

• 1949

  国立遺伝学研究所創立

  文部省所轄研究所として設置
  庶務部及び３研究部で発足
  初代所長には、小熊捍が就任

• 1953

  DNA 二重らせん構造発見(Watson-Crick)

  遺伝暗号が３個の塩基配列であることを解明(Brenner)

• 1968

  分子進化の中立説（木村資生）

• 1973

  遺伝子組み換え技術の確立(Cohen-Boyer)

• 1977

  DNA 塩基配列決定法の確立(Maxam-Gilbert)

• 1980

  EMBL がデータライブラリー設置

  計算機は、中型機 FACOM M150F（計算速度は FACOM M380 の約1/50)
  外部からの接続は不可

• 1981

  データバンクの必要性が論じられ、各国で収集が始まる

• 1983

  DNAデータバンクの遺伝研への設置が決定

  日本での組織作りが検討され、国内でDNAデータの配布や管理を行うデータバンク運営委員会設置。S59年度に遺伝研が共同利用研究機関に変更される際に、データの配布や管理を行うセンターの遺伝研への設置が決定
  五條堀（丸山研究室）・舘野（木村研究室）が遺伝研研究員に

• 1984

  進化遺伝研究部門 DDBJ 業務を部分的に開始

  約4400遺伝子　約370万塩基
  （丸山・五條堀）

• 1985

  丸山・五條堀が DDBJ 業務を積極的に進める

  [業務内容]

  • 希望者へのデータ配布（ GenBank, EMBL, NBRF, DDBJ )媒体は8インチフロッピーまたは磁気テープ
  • 遺伝子名、キーワード棟のリスト配布
  • 解析プログラムの提供（計算機資源の提供は無し）

  米国で開発されたDNA配列検索とアラインメントプログラムが日本で初めて富士通 F160M で稼働

  ニュースレターNo1 発行

• 1986

  遺伝情報研究センターに設立された遺伝情報分析研究室がこの年より DDBJ 業務を担当

  業務を担当するコンピューターが認められる

  遺伝情報分析研究室に宮沢三造就任

  データ入力作業開始（当初は GenBank フォーマット）
  データ作成、入力作業は日立ソフトに外注
  データは、日本で出版される学術雑誌と日本の研究者が主体となって発表される論文から抽出
  この時から、 “Annotator” という言葉が使われている

• 1987

  遺伝情報研究センター棟竣工

  （FACOM M-380Q) 運用開始。公衆回線（電話、パケット）によるサービス開始

  DDBJ リリース1 完成

  66エントリ・108970 塩基
  当初は DDBJ で入力したデータのみ

  電話回線、パケット回線による DDBJ へのオンラインアクセス可能に

  遺伝情報研究センター長　丸山毅夫教授死去

• 1988

  ヒトゲノム計画のスタート

• 1989

  DDBJ/EMBL/GenBank データバンク会議を三島で開催

  研究者自身によるデータ入力支援ソフトウェア( Authorin )が完成

• 1991

  富士通製 FACOM M-770/10UTS の運用開始

  CPU の演算能力が２倍に、ディスク容量7.5 -->２０ギガバイト

  組織再編により五條堀がデータバンク長に就任

  その他のメンバーは、舘野（データバンク業務担当）　斎藤（広報担当）、鵜川（データベース運営担当）、林田（ソフトウェア開発担当）

  データ登録はフロッピーやメールなどで受付（提供したサブミッションフォームの形でデータ作成）データ配布は磁気テープ（希望者がテープを DDBJ に送り、コピーして返送）

• 1992

  Release10 公開

  今回より GenBank/EMBL のデータも含めた形となり、名実ともに「国際DNAデータベース」となった
  59,233 エントリ・77,701,394 塩基
  Feature Table 中のfeatrue key もGenBank/EMBL と共通のものを使用
  News Letter の英語版を開始

  データバンク長に舘野義男が就任

  内部組織を改編し、データバンク事務局、データバンク情報局、データバンク運営局を置く
  スタッフ（教員）は、池尾、鵜川、北上、五條堀、斎藤、舘野、山崎

• 1993

  DDBJ Release12 公開

  リリースの頻度を　2回/年 --> 4回/年に
  当時のデータバンクの運営費は、 GenBank:54億、EMBL：約35億、DDBJ:2億（コンピュータリース代、人件費も含む）

  日本学術会議遺伝学研究連絡委員会報告（日本 DNA データバンクの整備拡充の緊急性について）

  DDBJ/GenBank/EMBL の事業規模の比較における DDBJ の年間予算の少なさ、国際貢献度に低さに対し、研究事業費、コンピュータレンタル料の確保、スタッフの増員など、 DDBJ の早急な整備・拡充の必要性が唱えられた

  特許データの取り込み開始

  blast メールサーバの運用開始

• 1994

  DDBJ の WWW 運用開始

• 1995

  生命情報研究センター内に移動

  国立遺伝学研究所に生命情報研究センター (CIB; Center for Information Biology)が 設置され（センター長：五條堀孝）、DDBJ は CIB に移動

  WWWによる、FASTA, BLAST, SAKURA(塩基配列登録システム）運用開始

  blast（相動性検索）

  SAKURA（塩基配列登録システム）

• 1996

  電子計算機棟の竣工・スーパーコンピュータの導入

  汎用計算機(Fujitsu VPX/210/10S) から　スーパーコンピュータ（富士通 VPP500/40 :主記憶 40GB, 磁気ディスク330GB) に
  主システムに加えて、相同性検索サーバ等の各サービス用サーバも導入

  国際実務者会議が三島で開催(4/15 - 4/19）

  DDBJ のアクセッション番号が現在の形（アルファベット２文字＋６桁の数字）に

  生命情報研究センター棟が完成し研究実験棟より引っ越し（現在に至る）

• 1997

  WWW　による様々なサービスの提供開始

  ホームページを一新
  データベース検索(getentry, TXSearch, GIB, 相同性検索、PDB Retriever)、データ解析(ClustalW, malign) などの提供開始し、各サービスで次々に機能拡張や検索対象データベースの増加など、www サービスの充実が図られる
  スーパーコンピュータについてもホームページで紹介（1997年当時のDDBJ担当教員は、五條堀、舘野、西川、菅原、斎藤、池尾、今西、深海、宮崎、太田）
  
  

• 1998

  線虫全ゲノムの塩基配列決定

• 1999

  SRS(Sequence Retrieval System:キーワード検索システム）のウェブ公開開始

  

  第12回国際実務者会議を三島で開催(4/19-22)

  ヒトゲノム計画の一環として 22番染色体解読

• 2000

  ヒト２１番染色体のシークエンシング完了

• 2001

  生命情報研究センターから生命情報・ＤＤＢＪ研究センターへ改称
  登録データのデータベース編集システム Tsunami の完成

  公開塩基数100億突破

  DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースとして DDBJ から公開し多層塩基数が100億bpを超える（2000.09.25: 総塩基数 : 10,006,156,465 bp ，エントリー数 : 8,614,133)

• 2002

  DDBJHPのデザインとロゴ更新

  
  

  DDBJメールマガジン配信開始

  第15回国際実務者会議を三島で開催(5/20-22)

  マウスゲノムドラフト配列公開

  公開塩基数200億突破

  総塩基数: 20,034,081,266 bp， エントリ数: 17,240,418

  WGSデータ公開開始

• 2003

  ヒトゲノム全配列読解完了宣言

  ヒトゲノム全配列読解完了を小泉首相（当時）に報告する研究者たち
  左から３人目が榊佳之プロジェクトリーダー（国際シンポジウム講演者 関連動画）
  右から２番目がDDBJの菅原英明教授（当時）
  

• 2005

  ARSA（キーワード検索システム）の試験運用開始

  高速XML型データベースエンジンを使用
  検索対象はDDBJ定期リリースと新着データのみ
  毎日夜間にデータ更新のため中断
  

  第18回国際実務者会議を三島で開催（5/16 - 18)

  

  次世代シーケンサーの登場（Genome Analyzer：Illumina社）

• 2007

  スパコンシステムの新システムへの更新

  DDBJ CIB-DDBJ センター長の交代

  新センター長に菅原秀明が就任

  DDBJ フラットファイルの書式変更

  DDBJ フラットファイルのE-mailアドレス、電話番号、FAX番号の非表示化

  DDBJHPのデザイン、ロゴ変更

  
  

• 2008

  DDBJ CIB-DDBJ センター長の交代

  新センター長に五條堀孝が就任

  SRAデータの受付、NCBI SRA への仲介登録を試験的に開始

  第21回国際実務者会議を三島で開催（5/20 - 22)

  

  Trace Archive の受付・公開開始

  E-mail による検索サービス終了
  SRS終了

• 2009

  DDBJ CIB-DDBJセンター長の交代

  新センター長に大久保公策が就任

  DDBJ Sequence Read Archive(DRA)，DDBJ Trace Archive(DTA) ウェブサイト開設

  JST-BIRD事業の資金援助を受けてSRAデータ登録・公開システムの開発を開始
  

  DDBJ 運営スタッフの大幅な異動

  DBCLS との連携を強化
  担当教員：大久保、高木、中村、小笠原、神沼

• 2010

  日本人の個人ゲノム配列が公開

  理化学研究所 ゲノム医科学研究センター による、国際ハップマッププロジェクト で用いられた日本人男性の全ゲノム配列の解析

• 2011

  東北大震災発生

  原発事故による計画停電の影響によりスパコンシステムの長期停止や各種サービスの断続的稼働等、DDBJにも大きな影響を及ぼした

  第24回国際実務者会議開催（5/23 - 27)

  2011.03.11 に発生した東北大震災の福島原子力発電所事故による電力不足の懸念等により大阪で開催された
  

  BioProject ウェブサイト開設

• 2012

  遺伝研スパコンシステムの更新

  DDBJ の改組

  CIB-DDBJ から独立し、「DDBJ センター」として国立遺伝学研究所の事業系センター（共同利用事業センター）のひとつに
  センター長に高木利久が就任

  DDBJホームページのデザインとロゴの更新

  

  冨田勝教授の個人ゲノム配列が DRA より公開

  Web 版塩基配列登録システム 運用開始

  SAKURA でのデータ登録受付終了

• 2013

  JSTと共同でヒトの制限公開データベース(JGA) の運用開始

  

• 2014

  第27回国際実務者会議を三島で開催（5/20 - 22)

  

• 2015

  DBCLS/NBDC/PDBj/DDBJ 合同講習会（All-in-one 合同講習会）を開催

  日本の基盤的生命科学データベースの構築・管理・運営を担っているバイオサイエンスデータベースセンター（NBDC），ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS），日本蛋白質構造データバンク（PDBj），日本 DNA データバンク（DDBJ）が、第１回の合同講習会を開催（7/18 大阪）

• 2017

  第30回国際実務者会議を三島で開催（5/24 - 26)

  

  国際シンポジウム開催（5/27 - 29)

  シンポジウムで講演する高木センター長
  
  DDBJ担当教員：高木、中村、有田、大久保、小笠原、神沼、原、川島