diff --git a/python/examples/9-showing_custom_bonds.py b/python/examples/9-showing_custom_bonds.py index fab081951..9c5af3658 100644 --- a/python/examples/9-showing_custom_bonds.py +++ b/python/examples/9-showing_custom_bonds.py @@ -124,9 +124,6 @@ stk.BuildingBlock.init_from_rdkit_mol(rdkitmol), ] -# Write to file for sanity checks. -for i, struct in enumerate(structures): - struct.write(f"data/stk_{i}.mol") # %% # diff --git a/python/examples/data/stk_0.mol b/python/examples/data/stk_0.mol deleted file mode 100644 index cd294ed00..000000000 --- a/python/examples/data/stk_0.mol +++ /dev/null @@ -1,37 +0,0 @@ - - RDKit 3D - - 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0999 V3000 -M V30 BEGIN CTAB -M V30 COUNTS 12 11 0 0 0 -M V30 BEGIN ATOM -M V30 1 N -1.3789 -0.7953 0.3238 0 -M V30 2 C -0.6980 0.4411 0.5929 0 -M V30 3 C 0.4802 0.6365 -0.3568 0 -M V30 4 N 1.4531 -0.3716 -0.2778 0 -M V30 5 H -1.8591 -0.7562 -0.6012 0 -M V30 6 H -0.7320 -1.6254 0.3496 0 -M V30 7 H -0.3501 0.4675 1.6463 0 -M V30 8 H -1.4140 1.2621 0.3731 0 -M V30 9 H 0.0242 0.6054 -1.3880 0 -M V30 10 H 0.9168 1.6345 -0.1926 0 -M V30 11 H 1.4680 -1.1058 -0.9708 0 -M V30 12 H 2.0898 -0.3929 0.5016 0 -M V30 END ATOM -M V30 BEGIN BOND -M V30 1 1 1 2 -M V30 2 1 2 3 -M V30 3 1 3 4 -M V30 4 1 1 5 -M V30 5 1 1 6 -M V30 6 1 2 7 -M V30 7 1 2 8 -M V30 8 1 3 9 -M V30 9 1 3 10 -M V30 10 1 4 11 -M V30 11 1 4 12 -M V30 END BOND -M V30 END CTAB -M END - -$$$$ diff --git a/python/examples/data/stk_1.mol b/python/examples/data/stk_1.mol deleted file mode 100644 index 9b327414e..000000000 --- a/python/examples/data/stk_1.mol +++ /dev/null @@ -1,176 +0,0 @@ - - RDKit 3D - - 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0999 V3000 -M V30 BEGIN CTAB -M V30 COUNTS 80 82 0 0 0 -M V30 BEGIN ATOM -M V30 1 C -1.2556 -0.4225 4.0772 0 -M V30 2 C -0.0397 0.2975 4.5383 0 -M V30 3 C 1.1868 -0.4347 4.0772 0 -M V30 4 C -0.0576 1.6914 4.0772 0 -M V30 5 H -1.4528 -0.5880 3.0318 0 -M V30 6 H -0.0193 0.3109 5.6490 0 -M V30 7 H 1.3357 -0.5727 3.0009 0 -M V30 8 H 0.7275 2.4052 4.2944 0 -M V30 9 C -3.7498 -1.7805 0.1839 0 -M V30 10 C -3.7106 -1.7760 -1.3020 0 -M V30 11 C -3.7569 -0.3623 -1.8045 0 -M V30 12 C -2.5293 -2.4982 -1.7907 0 -M V30 13 H -2.9918 -1.2913 0.7714 0 -M V30 14 H -4.6098 -2.2967 -1.6952 0 -M V30 15 H -2.9577 0.3230 -1.5023 0 -M V30 16 H -2.2946 -2.6232 -2.8406 0 -M V30 17 C 3.6233 -2.0364 -0.2630 0 -M V30 18 C 3.5997 -2.0048 -1.7488 0 -M V30 19 C 2.3985 -2.7516 -2.2514 0 -M V30 20 C 3.6345 -0.6206 -2.2376 0 -M V30 21 H 2.8205 -1.6246 0.3245 0 -M V30 22 H 4.5003 -2.5231 -2.1420 0 -M V30 23 H 1.4054 -2.4023 -1.9492 0 -M V30 24 H 3.6254 -0.3549 -3.2875 0 -M V30 25 C -0.1654 5.0154 -0.1294 0 -M V30 26 C -0.1810 4.9791 -1.6153 0 -M V30 27 C 1.0664 4.3124 -2.1178 0 -M V30 28 C -1.3971 4.3173 -2.1040 0 -M V30 29 H -0.1207 4.1143 0.4581 0 -M V30 30 H -0.1824 6.0182 -2.0084 0 -M V30 31 H 1.2603 3.2776 -1.8156 0 -M V30 32 H -1.6227 4.1765 -3.1539 0 -M V30 33 N -2.4870 -1.4284 4.1027 0 -M V30 34 C -3.8743 -1.8020 4.1257 0 -M V30 35 C -4.1982 -2.7786 2.9988 0 -M V30 36 N -3.9500 -2.2731 1.7136 0 -M V30 37 H -4.5169 -0.9007 4.0487 0 -M V30 38 H -4.0476 -2.3537 5.0747 0 -M V30 39 H -3.5080 -3.6538 3.1720 0 -M V30 40 H -5.2394 -3.1223 3.1048 0 -M V30 41 N 2.4914 -1.4606 3.6815 0 -M V30 42 C 3.5084 -2.4755 3.7045 0 -M V30 43 C 4.5162 -2.2677 2.5777 0 -M V30 44 N 3.9544 -2.3053 1.2924 0 -M V30 45 H 3.0489 -3.4825 3.6273 0 -M V30 46 H 4.0728 -2.3500 4.6535 0 -M V30 47 H 4.9293 -1.2325 2.7510 0 -M V30 48 H 5.3343 -2.9978 2.6836 0 -M V30 49 N -0.0432 3.5590 3.9060 0 -M V30 50 C 0.3254 4.9476 3.9293 0 -M V30 51 C -0.3584 5.7156 2.8019 0 -M V30 52 N -0.0432 5.2483 1.5169 0 -M V30 53 H 1.4272 5.0547 3.8532 0 -M V30 54 H -0.0670 5.3731 4.8780 0 -M V30 55 H -1.4614 5.5543 2.9742 0 -M V30 56 H -0.1367 6.7895 2.9081 0 -M V30 57 N -1.5947 -3.7958 -2.6583 0 -M V30 58 C -0.8120 -4.5200 -3.6214 0 -M V30 59 C 0.5519 -4.8952 -3.0492 0 -M V30 60 N 1.3313 -3.7958 -2.6583 0 -M V30 61 H -0.6881 -3.9197 -4.5463 0 -M V30 62 H -1.3409 -5.4775 -3.8176 0 -M V30 63 H 0.3181 -5.5054 -2.1299 0 -M V30 64 H 1.0853 -5.5334 -3.7717 0 -M V30 65 N -4.0129 0.8090 -2.7690 0 -M V30 66 C -4.6181 2.0621 -3.1270 0 -M V30 67 C -3.5788 3.0371 -3.6728 0 -M V30 68 N -2.5499 3.3430 -2.7690 0 -M V30 69 H -5.1355 2.5040 -2.2505 0 -M V30 70 H -5.3215 1.8575 -3.9627 0 -M V30 71 H -3.1237 2.5043 -4.5568 0 -M V30 72 H -4.0872 3.9465 -4.0307 0 -M V30 73 N 3.8995 1.1677 -2.7340 0 -M V30 74 C 4.1353 2.2077 -3.6971 0 -M V30 75 C 3.7783 3.5765 -3.1249 0 -M V30 76 N 2.4365 3.7017 -2.7340 0 -M V30 77 H 3.5534 2.0149 -4.6220 0 -M V30 78 H 5.2290 2.2284 -3.8933 0 -M V30 79 H 4.4236 3.6791 -2.2055 0 -M V30 80 H 4.0643 4.3575 -3.8474 0 -M V30 END ATOM -M V30 BEGIN BOND -M V30 1 1 1 2 -M V30 2 1 2 3 -M V30 3 1 2 4 -M V30 4 1 1 5 -M V30 5 1 2 6 -M V30 6 1 3 7 -M V30 7 1 4 8 -M V30 8 1 9 10 -M V30 9 1 10 11 -M V30 10 1 10 12 -M V30 11 1 9 13 -M V30 12 1 10 14 -M V30 13 1 11 15 -M V30 14 1 12 16 -M V30 15 1 17 18 -M V30 16 1 18 19 -M V30 17 1 18 20 -M V30 18 1 17 21 -M V30 19 1 18 22 -M V30 20 1 19 23 -M V30 21 1 20 24 -M V30 22 1 25 26 -M V30 23 1 26 27 -M V30 24 1 26 28 -M V30 25 1 25 29 -M V30 26 1 26 30 -M V30 27 1 27 31 -M V30 28 1 28 32 -M V30 29 1 33 34 -M V30 30 1 34 35 -M V30 31 1 35 36 -M V30 32 1 34 37 -M V30 33 1 34 38 -M V30 34 1 35 39 -M V30 35 1 35 40 -M V30 36 1 41 42 -M V30 37 1 42 43 -M V30 38 1 43 44 -M V30 39 1 42 45 -M V30 40 1 42 46 -M V30 41 1 43 47 -M V30 42 1 43 48 -M V30 43 1 49 50 -M V30 44 1 50 51 -M V30 45 1 51 52 -M V30 46 1 50 53 -M V30 47 1 50 54 -M V30 48 1 51 55 -M V30 49 1 51 56 -M V30 50 1 57 58 -M V30 51 1 58 59 -M V30 52 1 59 60 -M V30 53 1 58 61 -M V30 54 1 58 62 -M V30 55 1 59 63 -M V30 56 1 59 64 -M V30 57 1 65 66 -M V30 58 1 66 67 -M V30 59 1 67 68 -M V30 60 1 66 69 -M V30 61 1 66 70 -M V30 62 1 67 71 -M V30 63 1 67 72 -M V30 64 1 73 74 -M V30 65 1 74 75 -M V30 66 1 75 76 -M V30 67 1 74 77 -M V30 68 1 74 78 -M V30 69 1 75 79 -M V30 70 1 75 80 -M V30 71 2 1 33 -M V30 72 2 9 36 -M V30 73 2 3 41 -M V30 74 2 17 44 -M V30 75 2 4 49 -M V30 76 2 25 52 -M V30 77 2 12 57 -M V30 78 2 19 60 -M V30 79 2 11 65 -M V30 80 2 28 68 -M V30 81 2 20 73 -M V30 82 2 27 76 -M V30 END BOND -M V30 END CTAB -M END - -$$$$ diff --git a/python/examples/data/stk_2.mol b/python/examples/data/stk_2.mol deleted file mode 100644 index f0dfe7c02..000000000 --- a/python/examples/data/stk_2.mol +++ /dev/null @@ -1,272 +0,0 @@ - - RDKit 3D - - 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0999 V3000 -M V30 BEGIN CTAB -M V30 COUNTS 122 136 0 0 0 -M V30 BEGIN ATOM -M V30 1 Pd 0.0000 6.7061 0.0000 0 CHG=2 -M V30 2 Pd 0.0000 -6.7061 0.0000 0 CHG=2 -M V30 3 C 14.6172 4.7881 -0.6066 0 -M V30 4 N 13.4123 4.8933 -0.0000 0 -M V30 5 C 12.9018 3.7993 0.5932 0 -M V30 6 C 13.5659 2.5874 0.5996 0 -M V30 7 C 14.7939 2.4749 -0.0171 0 -M V30 8 C 15.4939 1.1926 -0.0090 0 -M V30 9 C 16.8711 1.1292 -0.0077 0 -M V30 10 C 17.5565 -0.0840 0.0004 0 -M V30 11 C 16.8578 -1.2740 0.0075 0 -M V30 12 C 15.4780 -1.2425 0.0064 0 -M V30 13 C 14.7497 -2.4936 0.0146 0 -M V30 14 C 13.5220 -2.5919 0.6235 0 -M V30 15 C 12.8806 -3.8096 0.5967 0 -M V30 16 N 13.4123 -4.8933 0.0000 0 -M V30 17 C 14.6118 -4.8155 -0.6003 0 -M V30 18 C 15.2647 -3.6219 -0.5866 0 -M V30 19 C 14.8141 -0.0144 -0.0018 0 -M V30 20 C 15.3148 3.5984 -0.6246 0 -M V30 21 H 14.9944 5.6977 -1.0750 0 -M V30 22 H 11.9249 3.8319 1.1009 0 -M V30 23 H 13.1630 1.6997 1.0741 0 -M V30 24 H 17.4342 2.0590 -0.0132 0 -M V30 25 H 18.6349 -0.1061 0.0012 0 -M V30 26 H 17.3723 -2.2363 0.0139 0 -M V30 27 H 13.0431 -1.7455 1.1225 0 -M V30 28 H 11.9020 -3.9029 1.0772 0 -M V30 29 H 15.0316 -5.7081 -1.0820 0 -M V30 30 H 16.2391 -3.5986 -1.0858 0 -M V30 31 H 13.7460 0.0126 -0.0026 0 -M V30 32 H 16.2634 3.5747 -1.1195 0 -M V30 33 C 0.6066 4.7881 14.6172 0 -M V30 34 N 0.0000 4.8933 13.4123 0 -M V30 35 C -0.5932 3.7993 12.9018 0 -M V30 36 C -0.5996 2.5874 13.5659 0 -M V30 37 C 0.0171 2.4749 14.7939 0 -M V30 38 C 0.0090 1.1926 15.4939 0 -M V30 39 C 0.0077 1.1292 16.8711 0 -M V30 40 C -0.0004 -0.0840 17.5565 0 -M V30 41 C -0.0075 -1.2740 16.8578 0 -M V30 42 C -0.0064 -1.2425 15.4780 0 -M V30 43 C -0.0146 -2.4936 14.7497 0 -M V30 44 C -0.6235 -2.5919 13.5220 0 -M V30 45 C -0.5967 -3.8096 12.8806 0 -M V30 46 N 0.0000 -4.8933 13.4123 0 -M V30 47 C 0.6003 -4.8155 14.6118 0 -M V30 48 C 0.5866 -3.6219 15.2647 0 -M V30 49 C 0.0018 -0.0144 14.8141 0 -M V30 50 C 0.6246 3.5984 15.3148 0 -M V30 51 H 1.0750 5.6977 14.9944 0 -M V30 52 H -1.1009 3.8319 11.9249 0 -M V30 53 H -1.0741 1.6997 13.1630 0 -M V30 54 H 0.0132 2.0590 17.4342 0 -M V30 55 H -0.0012 -0.1061 18.6349 0 -M V30 56 H -0.0139 -2.2363 17.3723 0 -M V30 57 H -1.1225 -1.7455 13.0431 0 -M V30 58 H -1.0772 -3.9029 11.9020 0 -M V30 59 H 1.0820 -5.7081 15.0316 0 -M V30 60 H 1.0858 -3.5986 16.2391 0 -M V30 61 H 0.0026 0.0126 13.7460 0 -M V30 62 H 1.1195 3.5747 16.2634 0 -M V30 63 C -14.6172 4.7881 0.6066 0 -M V30 64 N -13.4123 4.8933 0.0000 0 -M V30 65 C -12.9018 3.7993 -0.5932 0 -M V30 66 C -13.5659 2.5874 -0.5996 0 -M V30 67 C -14.7939 2.4749 0.0171 0 -M V30 68 C -15.4939 1.1926 0.0090 0 -M V30 69 C -16.8711 1.1292 0.0077 0 -M V30 70 C -17.5565 -0.0840 -0.0004 0 -M V30 71 C -16.8578 -1.2740 -0.0075 0 -M V30 72 C -15.4780 -1.2425 -0.0064 0 -M V30 73 C -14.7497 -2.4936 -0.0146 0 -M V30 74 C -13.5220 -2.5919 -0.6235 0 -M V30 75 C -12.8806 -3.8096 -0.5967 0 -M V30 76 N -13.4123 -4.8933 -0.0000 0 -M V30 77 C -14.6118 -4.8155 0.6003 0 -M V30 78 C -15.2647 -3.6219 0.5866 0 -M V30 79 C -14.8141 -0.0144 0.0018 0 -M V30 80 C -15.3148 3.5984 0.6246 0 -M V30 81 H -14.9944 5.6977 1.0750 0 -M V30 82 H -11.9249 3.8319 -1.1009 0 -M V30 83 H -13.1630 1.6997 -1.0741 0 -M V30 84 H -17.4342 2.0590 0.0132 0 -M V30 85 H -18.6349 -0.1061 -0.0012 0 -M V30 86 H -17.3723 -2.2363 -0.0139 0 -M V30 87 H -13.0431 -1.7455 -1.1225 0 -M V30 88 H -11.9020 -3.9029 -1.0772 0 -M V30 89 H -15.0316 -5.7081 1.0820 0 -M V30 90 H -16.2391 -3.5986 1.0858 0 -M V30 91 H -13.7460 0.0126 0.0026 0 -M V30 92 H -16.2634 3.5747 1.1195 0 -M V30 93 C -0.6066 4.7881 -14.6172 0 -M V30 94 N -0.0000 4.8933 -13.4123 0 -M V30 95 C 0.5932 3.7993 -12.9018 0 -M V30 96 C 0.5996 2.5874 -13.5659 0 -M V30 97 C -0.0171 2.4749 -14.7939 0 -M V30 98 C -0.0090 1.1926 -15.4939 0 -M V30 99 C -0.0077 1.1292 -16.8711 0 -M V30 100 C 0.0004 -0.0840 -17.5565 0 -M V30 101 C 0.0075 -1.2740 -16.8578 0 -M V30 102 C 0.0064 -1.2425 -15.4780 0 -M V30 103 C 0.0146 -2.4936 -14.7497 0 -M V30 104 C 0.6235 -2.5919 -13.5220 0 -M V30 105 C 0.5967 -3.8096 -12.8806 0 -M V30 106 N -0.0000 -4.8933 -13.4123 0 -M V30 107 C -0.6003 -4.8155 -14.6118 0 -M V30 108 C -0.5866 -3.6219 -15.2647 0 -M V30 109 C -0.0018 -0.0144 -14.8141 0 -M V30 110 C -0.6246 3.5984 -15.3148 0 -M V30 111 H -1.0750 5.6977 -14.9944 0 -M V30 112 H 1.1009 3.8319 -11.9249 0 -M V30 113 H 1.0741 1.6997 -13.1630 0 -M V30 114 H -0.0132 2.0590 -17.4342 0 -M V30 115 H 0.0012 -0.1061 -18.6349 0 -M V30 116 H 0.0139 -2.2363 -17.3723 0 -M V30 117 H 1.1225 -1.7455 -13.0431 0 -M V30 118 H 1.0772 -3.9029 -11.9020 0 -M V30 119 H -1.0820 -5.7081 -15.0316 0 -M V30 120 H -1.0858 -3.5986 -16.2391 0 -M V30 121 H -0.0026 0.0126 -13.7460 0 -M V30 122 H -1.1195 3.5747 -16.2634 0 -M V30 END ATOM -M V30 BEGIN BOND -M V30 1 2 3 4 -M V30 2 1 4 5 -M V30 3 2 5 6 -M V30 4 1 6 7 -M V30 5 1 7 8 -M V30 6 2 8 9 -M V30 7 1 9 10 -M V30 8 2 10 11 -M V30 9 1 11 12 -M V30 10 1 12 13 -M V30 11 2 13 14 -M V30 12 1 14 15 -M V30 13 2 15 16 -M V30 14 1 16 17 -M V30 15 2 17 18 -M V30 16 2 12 19 -M V30 17 2 7 20 -M V30 18 1 20 3 -M V30 19 1 19 8 -M V30 20 1 18 13 -M V30 21 1 3 21 -M V30 22 1 5 22 -M V30 23 1 6 23 -M V30 24 1 9 24 -M V30 25 1 10 25 -M V30 26 1 11 26 -M V30 27 1 14 27 -M V30 28 1 15 28 -M V30 29 1 17 29 -M V30 30 1 18 30 -M V30 31 1 19 31 -M V30 32 1 20 32 -M V30 33 2 33 34 -M V30 34 1 34 35 -M V30 35 2 35 36 -M V30 36 1 36 37 -M V30 37 1 37 38 -M V30 38 2 38 39 -M V30 39 1 39 40 -M V30 40 2 40 41 -M V30 41 1 41 42 -M V30 42 1 42 43 -M V30 43 2 43 44 -M V30 44 1 44 45 -M V30 45 2 45 46 -M V30 46 1 46 47 -M V30 47 2 47 48 -M V30 48 2 42 49 -M V30 49 2 37 50 -M V30 50 1 50 33 -M V30 51 1 49 38 -M V30 52 1 48 43 -M V30 53 1 33 51 -M V30 54 1 35 52 -M V30 55 1 36 53 -M V30 56 1 39 54 -M V30 57 1 40 55 -M V30 58 1 41 56 -M V30 59 1 44 57 -M V30 60 1 45 58 -M V30 61 1 47 59 -M V30 62 1 48 60 -M V30 63 1 49 61 -M V30 64 1 50 62 -M V30 65 2 63 64 -M V30 66 1 64 65 -M V30 67 2 65 66 -M V30 68 1 66 67 -M V30 69 1 67 68 -M V30 70 2 68 69 -M V30 71 1 69 70 -M V30 72 2 70 71 -M V30 73 1 71 72 -M V30 74 1 72 73 -M V30 75 2 73 74 -M V30 76 1 74 75 -M V30 77 2 75 76 -M V30 78 1 76 77 -M V30 79 2 77 78 -M V30 80 2 72 79 -M V30 81 2 67 80 -M V30 82 1 80 63 -M V30 83 1 79 68 -M V30 84 1 78 73 -M V30 85 1 63 81 -M V30 86 1 65 82 -M V30 87 1 66 83 -M V30 88 1 69 84 -M V30 89 1 70 85 -M V30 90 1 71 86 -M V30 91 1 74 87 -M V30 92 1 75 88 -M V30 93 1 77 89 -M V30 94 1 78 90 -M V30 95 1 79 91 -M V30 96 1 80 92 -M V30 97 2 93 94 -M V30 98 1 94 95 -M V30 99 2 95 96 -M V30 100 1 96 97 -M V30 101 1 97 98 -M V30 102 2 98 99 -M V30 103 1 99 100 -M V30 104 2 100 101 -M V30 105 1 101 102 -M V30 106 1 102 103 -M V30 107 2 103 104 -M V30 108 1 104 105 -M V30 109 2 105 106 -M V30 110 1 106 107 -M V30 111 2 107 108 -M V30 112 2 102 109 -M V30 113 2 97 110 -M V30 114 1 110 93 -M V30 115 1 109 98 -M V30 116 1 108 103 -M V30 117 1 93 111 -M V30 118 1 95 112 -M V30 119 1 96 113 -M V30 120 1 99 114 -M V30 121 1 100 115 -M V30 122 1 101 116 -M V30 123 1 104 117 -M V30 124 1 105 118 -M V30 125 1 107 119 -M V30 126 1 108 120 -M V30 127 1 109 121 -M V30 128 1 110 122 -M V30 129 9 4 1 -M V30 130 9 34 1 -M V30 131 9 64 1 -M V30 132 9 94 1 -M V30 133 9 16 2 -M V30 134 9 46 2 -M V30 135 9 76 2 -M V30 136 9 106 2 -M V30 END BOND -M V30 END CTAB -M END - -$$$$ diff --git a/python/examples/data/stk_3.mol b/python/examples/data/stk_3.mol deleted file mode 100644 index e6f366ee0..000000000 --- a/python/examples/data/stk_3.mol +++ /dev/null @@ -1,365 +0,0 @@ - - RDKit 3D - - 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0999 V3000 -M V30 BEGIN CTAB -M V30 COUNTS 170 181 0 0 0 -M V30 BEGIN ATOM -M V30 1 C -2.5393 -1.2587 5.2649 0 -M V30 2 C -1.2725 -0.5338 5.2649 0 -M V30 3 C -1.2400 0.8527 5.2649 0 -M V30 4 C -0.0713 1.5643 5.2649 0 -M V30 5 C -0.0571 3.0229 5.2649 0 -M V30 6 C 1.0968 0.8497 5.2649 0 -M V30 7 C 1.1356 -0.5436 5.2649 0 -M V30 8 C 2.4110 -1.2491 5.2649 0 -M V30 9 C -0.0685 -1.1963 5.2649 0 -M V30 10 H -2.5200 -2.3313 5.2649 0 -M V30 11 H -2.1982 1.3669 5.2649 0 -M V30 12 H 0.8725 3.5663 5.2649 0 -M V30 13 H 2.0496 1.3873 5.2649 0 -M V30 14 H 3.3080 -0.6695 5.2649 0 -M V30 15 H -0.0712 -2.2788 5.2649 0 -M V30 16 C -5.3748 -3.1335 1.1212 0 -M V30 17 C -4.9564 -2.8854 -0.2548 0 -M V30 18 C -4.1559 -3.7909 -0.9350 0 -M V30 19 C -3.7450 -3.5906 -2.2247 0 -M V30 20 C -2.9029 -4.5548 -2.9239 0 -M V30 21 C -4.1576 -2.4398 -2.8415 0 -M V30 22 C -4.9620 -1.4885 -2.2165 0 -M V30 23 C -5.3693 -0.2819 -2.9252 0 -M V30 24 C -5.3388 -1.7486 -0.9256 0 -M V30 25 H -5.9941 -2.4073 1.6110 0 -M V30 26 H -3.8590 -4.6870 -0.3950 0 -M V30 27 H -2.5892 -4.3804 -3.9390 0 -M V30 28 H -3.8472 -2.2482 -3.8729 0 -M V30 29 H -5.0347 -0.1503 -3.9308 0 -M V30 30 H -5.9638 -1.0285 -0.4132 0 -M V30 31 C 5.1527 -2.9337 0.9085 0 -M V30 32 C 4.7285 -2.6954 -0.4675 0 -M V30 33 C 5.1125 -1.5494 -1.1476 0 -M V30 34 C 4.7336 -1.2937 -2.4373 0 -M V30 35 C 5.1475 -0.0823 -3.1365 0 -M V30 36 C 3.9433 -2.2264 -3.0541 0 -M V30 37 C 3.5217 -3.3987 -2.4291 0 -M V30 38 C 2.6803 -4.3547 -3.1378 0 -M V30 39 C 3.9353 -3.5950 -1.1382 0 -M V30 40 H 4.8334 -3.8332 1.3984 0 -M V30 41 H 5.7401 -0.8442 -0.6076 0 -M V30 42 H 4.8396 0.1022 -4.1517 0 -M V30 43 H 3.6221 -2.0534 -4.0856 0 -M V30 44 H 2.3991 -4.1307 -4.1435 0 -M V30 45 H 3.6242 -4.4963 -0.6258 0 -M V30 46 C 0.2771 5.8890 0.7434 0 -M V30 47 C 0.2828 5.4025 -0.6326 0 -M V30 48 C -0.9017 5.1620 -1.3128 0 -M V30 49 C -0.9336 4.7060 -2.6025 0 -M V30 50 C -2.1897 4.4588 -3.3017 0 -M V30 51 C 0.2693 4.4879 -3.2193 0 -M V30 52 C 1.4953 4.7089 -2.5943 0 -M V30 53 C 2.7439 4.4584 -3.3030 0 -M V30 54 C 1.4585 5.1653 -1.3034 0 -M V30 55 H 1.2157 6.0622 1.2332 0 -M V30 56 H -1.8262 5.3529 -0.7728 0 -M V30 57 H -2.1955 4.0999 -4.3168 0 -M V30 58 H 0.2800 4.1233 -4.2507 0 -M V30 59 H 2.6906 4.1028 -4.3086 0 -M V30 60 H 2.3946 5.3465 -0.7910 0 -M V30 61 N -3.9995 -2.4253 5.2236 0 -M V30 62 C -5.4158 -2.8155 5.1613 0 -M V30 63 C -5.7872 -3.2781 6.5523 0 -M V30 64 C -7.0619 -4.0595 6.5945 0 -M V30 65 C -7.7087 -3.9302 5.2113 0 -M V30 66 C -6.7934 -4.7174 4.2776 0 -M V30 67 C -5.5256 -3.8946 4.1338 0 -M V30 68 N -5.4752 -3.2773 2.8138 0 -M V30 69 H -5.9636 -1.8840 4.8745 0 -M V30 70 H -4.9665 -3.9451 6.8946 0 -M V30 71 H -5.9109 -2.3910 7.1992 0 -M V30 72 H -6.8650 -5.1557 6.7160 0 -M V30 73 H -7.7332 -3.7367 7.3959 0 -M V30 74 H -8.7057 -4.3809 5.2971 0 -M V30 75 H -7.7738 -2.8742 4.9264 0 -M V30 76 H -6.4844 -5.6625 4.7981 0 -M V30 77 H -7.2653 -4.9642 3.3285 0 -M V30 78 H -4.6072 -4.5426 4.1892 0 -M V30 79 N 3.6993 -2.3691 5.2408 0 -M V30 80 C 4.7456 -3.4002 5.1786 0 -M V30 81 C 5.3321 -3.4902 6.5695 0 -M V30 82 C 6.6464 -4.2031 6.6118 0 -M V30 83 C 6.8578 -4.8281 5.2286 0 -M V30 84 C 7.0815 -3.6419 4.2947 0 -M V30 85 C 5.7348 -2.9557 4.1510 0 -M V30 86 N 5.1750 -3.2210 2.8310 0 -M V30 87 H 4.2131 -4.3406 4.8920 0 -M V30 88 H 5.4991 -2.4458 6.9117 0 -M V30 89 H 4.6259 -4.0410 7.2166 0 -M V30 90 H 7.4971 -3.4842 6.7331 0 -M V30 91 H 6.7028 -4.9457 7.4132 0 -M V30 92 H 7.7469 -5.4658 5.3144 0 -M V30 93 H 5.9760 -5.4127 4.9439 0 -M V30 94 H 7.7453 -2.9015 4.8151 0 -M V30 95 H 7.5312 -3.9272 3.3456 0 -M V30 96 H 5.8365 -1.8363 4.2062 0 -M V30 97 N -0.2313 4.7317 4.6410 0 -M V30 98 C 0.1393 6.1533 4.5786 0 -M V30 99 C -0.0754 6.7063 5.9696 0 -M V30 100 C -0.1143 8.2010 6.0119 0 -M V30 101 C 0.3210 8.6963 4.6286 0 -M V30 102 C -0.8187 8.2975 3.6951 0 -M V30 103 C -0.7404 6.7881 3.5513 0 -M V30 104 N -0.2313 6.4357 2.2312 0 -M V30 105 H 1.2198 6.1618 4.2916 0 -M V30 106 H -1.0633 6.3292 6.3121 0 -M V30 107 H 0.7548 6.3696 6.6164 0 -M V30 108 H -1.1621 8.5787 6.1335 0 -M V30 109 H 0.5011 8.6207 6.8131 0 -M V30 110 H 0.4293 9.7851 4.7144 0 -M V30 111 H 1.2678 8.2245 4.3435 0 -M V30 112 H -1.7915 8.5026 4.2158 0 -M V30 113 H -0.7965 8.8296 2.7460 0 -M V30 114 H -1.7608 6.3169 3.6068 0 -M V30 115 N -1.5219 -5.3789 -3.4557 0 -M V30 116 C -0.6502 -6.0829 -4.4078 0 -M V30 117 C -1.4667 -7.2310 -4.9573 0 -M V30 118 C -0.6383 -8.2697 -5.6445 0 -M V30 119 C 0.7772 -7.6965 -5.7721 0 -M V30 120 C 1.3092 -7.6490 -4.3424 0 -M V30 121 C 0.5551 -6.5299 -3.6465 0 -M V30 122 N 1.4295 -5.3789 -3.4557 0 -M V30 123 H -0.4110 -5.3291 -5.1981 0 -M V30 124 H -1.9640 -7.7118 -4.0872 0 -M V30 125 H -2.1892 -6.8320 -5.6919 0 -M V30 126 H -0.5195 -9.1840 -5.0080 0 -M V30 127 H -1.0501 -8.5716 -6.6120 0 -M V30 128 H 1.3358 -8.4000 -6.4027 0 -M V30 129 H 0.7376 -6.7007 -6.2275 0 -M V30 130 H 1.0024 -8.5930 -3.8187 0 -M V30 131 H 2.3913 -7.5435 -4.2950 0 -M V30 132 H 0.2377 -6.8315 -2.6098 0 -M V30 133 N -5.2458 1.4088 -3.6806 0 -M V30 134 C -5.7902 2.7297 -4.0283 0 -M V30 135 C -6.9776 2.4724 -4.9287 0 -M V30 136 C -7.4236 3.6865 -5.6801 0 -M V30 137 C -6.6552 4.8773 -5.0970 0 -M V30 138 C -5.2077 4.6558 -5.5272 0 -M V30 139 C -4.6944 3.4888 -4.7029 0 -M V30 140 N -3.7701 3.9648 -3.6806 0 -M V30 141 H -6.0994 3.1844 -3.0548 0 -M V30 142 H -6.6539 1.7112 -5.6712 0 -M V30 143 H -7.8241 2.1269 -4.3083 0 -M V30 144 H -7.1073 3.6410 -6.7539 0 -M V30 145 H -8.5067 3.8363 -5.6435 0 -M V30 146 H -7.0934 5.7753 -5.5511 0 -M V30 147 H -6.7605 4.8923 -4.0066 0 -M V30 148 H -5.2049 4.3000 -6.5916 0 -M V30 149 H -4.5975 5.5531 -5.4435 0 -M V30 150 H -4.0930 2.7751 -5.3318 0 -M V30 151 N 5.7193 1.4642 -4.0422 0 -M V30 152 C 5.8932 2.5711 -4.9943 0 -M V30 153 C 7.2958 2.4380 -5.5438 0 -M V30 154 C 7.7810 3.6748 -6.2310 0 -M V30 155 C 6.5769 4.6140 -6.3587 0 -M V30 156 C 6.2698 5.0510 -4.9290 0 -M V30 157 C 5.6777 3.8384 -4.2331 0 -M V30 158 N 4.2436 4.0201 -4.0422 0 -M V30 159 H 5.1208 2.4013 -5.7847 0 -M V30 160 H 7.9608 2.2477 -4.6737 0 -M V30 161 H 7.3114 1.6128 -6.2785 0 -M V30 162 H 8.5135 4.2348 -5.5945 0 -M V30 163 H 8.2484 3.4691 -7.1986 0 -M V30 164 H 6.9069 5.4495 -6.9892 0 -M V30 165 H 5.7344 4.0818 -6.8141 0 -M V30 166 H 7.2407 5.2573 -4.4052 0 -M V30 167 H 5.6374 5.9354 -4.8815 0 -M V30 168 H 6.0976 3.7143 -3.1964 0 -M V30 169 Br 1.1870 0.0000 0.0000 0 -M V30 170 Br -1.1870 0.0000 0.0000 0 -M V30 END ATOM -M V30 BEGIN BOND -M V30 1 1 1 2 -M V30 2 2 2 3 -M V30 3 1 3 4 -M V30 4 1 4 5 -M V30 5 2 4 6 -M V30 6 1 6 7 -M V30 7 1 7 8 -M V30 8 2 7 9 -M V30 9 1 9 2 -M V30 10 1 1 10 -M V30 11 1 3 11 -M V30 12 1 5 12 -M V30 13 1 6 13 -M V30 14 1 8 14 -M V30 15 1 9 15 -M V30 16 1 16 17 -M V30 17 2 17 18 -M V30 18 1 18 19 -M V30 19 1 19 20 -M V30 20 2 19 21 -M V30 21 1 21 22 -M V30 22 1 22 23 -M V30 23 2 22 24 -M V30 24 1 24 17 -M V30 25 1 16 25 -M V30 26 1 18 26 -M V30 27 1 20 27 -M V30 28 1 21 28 -M V30 29 1 23 29 -M V30 30 1 24 30 -M V30 31 1 31 32 -M V30 32 2 32 33 -M V30 33 1 33 34 -M V30 34 1 34 35 -M V30 35 2 34 36 -M V30 36 1 36 37 -M V30 37 1 37 38 -M V30 38 2 37 39 -M V30 39 1 39 32 -M V30 40 1 31 40 -M V30 41 1 33 41 -M V30 42 1 35 42 -M V30 43 1 36 43 -M V30 44 1 38 44 -M V30 45 1 39 45 -M V30 46 1 46 47 -M V30 47 2 47 48 -M V30 48 1 48 49 -M V30 49 1 49 50 -M V30 50 2 49 51 -M V30 51 1 51 52 -M V30 52 1 52 53 -M V30 53 2 52 54 -M V30 54 1 54 47 -M V30 55 1 46 55 -M V30 56 1 48 56 -M V30 57 1 50 57 -M V30 58 1 51 58 -M V30 59 1 53 59 -M V30 60 1 54 60 -M V30 61 1 61 62 -M V30 62 1 62 63 -M V30 63 1 63 64 -M V30 64 1 64 65 -M V30 65 1 65 66 -M V30 66 1 66 67 -M V30 67 1 67 68 -M V30 68 1 67 62 -M V30 69 1 62 69 -M V30 70 1 63 70 -M V30 71 1 63 71 -M V30 72 1 64 72 -M V30 73 1 64 73 -M V30 74 1 65 74 -M V30 75 1 65 75 -M V30 76 1 66 76 -M V30 77 1 66 77 -M V30 78 1 67 78 -M V30 79 1 79 80 -M V30 80 1 80 81 -M V30 81 1 81 82 -M V30 82 1 82 83 -M V30 83 1 83 84 -M V30 84 1 84 85 -M V30 85 1 85 86 -M V30 86 1 85 80 -M V30 87 1 80 87 -M V30 88 1 81 88 -M V30 89 1 81 89 -M V30 90 1 82 90 -M V30 91 1 82 91 -M V30 92 1 83 92 -M V30 93 1 83 93 -M V30 94 1 84 94 -M V30 95 1 84 95 -M V30 96 1 85 96 -M V30 97 1 97 98 -M V30 98 1 98 99 -M V30 99 1 99 100 -M V30 100 1 100 101 -M V30 101 1 101 102 -M V30 102 1 102 103 -M V30 103 1 103 104 -M V30 104 1 103 98 -M V30 105 1 98 105 -M V30 106 1 99 106 -M V30 107 1 99 107 -M V30 108 1 100 108 -M V30 109 1 100 109 -M V30 110 1 101 110 -M V30 111 1 101 111 -M V30 112 1 102 112 -M V30 113 1 102 113 -M V30 114 1 103 114 -M V30 115 1 115 116 -M V30 116 1 116 117 -M V30 117 1 117 118 -M V30 118 1 118 119 -M V30 119 1 119 120 -M V30 120 1 120 121 -M V30 121 1 121 122 -M V30 122 1 121 116 -M V30 123 1 116 123 -M V30 124 1 117 124 -M V30 125 1 117 125 -M V30 126 1 118 126 -M V30 127 1 118 127 -M V30 128 1 119 128 -M V30 129 1 119 129 -M V30 130 1 120 130 -M V30 131 1 120 131 -M V30 132 1 121 132 -M V30 133 1 133 134 -M V30 134 1 134 135 -M V30 135 1 135 136 -M V30 136 1 136 137 -M V30 137 1 137 138 -M V30 138 1 138 139 -M V30 139 1 139 140 -M V30 140 1 139 134 -M V30 141 1 134 141 -M V30 142 1 135 142 -M V30 143 1 135 143 -M V30 144 1 136 144 -M V30 145 1 136 145 -M V30 146 1 137 146 -M V30 147 1 137 147 -M V30 148 1 138 148 -M V30 149 1 138 149 -M V30 150 1 139 150 -M V30 151 1 151 152 -M V30 152 1 152 153 -M V30 153 1 153 154 -M V30 154 1 154 155 -M V30 155 1 155 156 -M V30 156 1 156 157 -M V30 157 1 157 158 -M V30 158 1 157 152 -M V30 159 1 152 159 -M V30 160 1 153 160 -M V30 161 1 153 161 -M V30 162 1 154 162 -M V30 163 1 154 163 -M V30 164 1 155 164 -M V30 165 1 155 165 -M V30 166 1 156 166 -M V30 167 1 156 167 -M V30 168 1 157 168 -M V30 169 2 1 61 -M V30 170 2 16 68 -M V30 171 2 8 79 -M V30 172 2 31 86 -M V30 173 2 5 97 -M V30 174 2 46 104 -M V30 175 2 20 115 -M V30 176 2 38 122 -M V30 177 2 23 133 -M V30 178 2 50 140 -M V30 179 2 35 151 -M V30 180 2 53 158 -M V30 181 1 169 170 -M V30 END BOND -M V30 END CTAB -M END - -$$$$ diff --git a/python/examples/data/stk_4.mol b/python/examples/data/stk_4.mol deleted file mode 100644 index 7195b102e..000000000 --- a/python/examples/data/stk_4.mol +++ /dev/null @@ -1,44 +0,0 @@ - - RDKit 3D - - 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0999 V3000 -M V30 BEGIN CTAB -M V30 COUNTS 15 15 0 0 0 -M V30 BEGIN ATOM -M V30 1 C 2.2158 0.0324 -0.0218 0 -M V30 2 C 0.7287 0.0297 -0.0118 0 -M V30 3 C 0.0383 -1.1614 0.0667 0 -M V30 4 C -1.3527 -1.1977 0.0782 0 -M V30 5 C -2.0901 -0.0334 0.0108 0 -M V30 6 C -1.3920 1.1548 -0.0676 0 -M V30 7 C -0.0036 1.1972 -0.0794 0 -M V30 8 H 2.6349 -0.0844 1.0025 0 -M V30 9 H 2.5646 -0.8265 -0.6062 0 -M V30 10 H 2.5418 1.0131 -0.3925 0 -M V30 11 H 0.6086 -2.1021 0.1214 0 -M V30 12 H -1.8853 -2.1304 0.1396 0 -M V30 13 H -3.1787 -0.0848 0.0212 0 -M V30 14 H -1.9686 2.0588 -0.1199 0 -M V30 15 H 0.5383 2.1347 -0.1412 0 -M V30 END ATOM -M V30 BEGIN BOND -M V30 1 1 1 2 -M V30 2 2 2 3 -M V30 3 1 3 4 -M V30 4 2 4 5 -M V30 5 1 5 6 -M V30 6 2 6 7 -M V30 7 1 7 2 -M V30 8 1 1 8 -M V30 9 1 1 9 -M V30 10 1 1 10 -M V30 11 1 3 11 -M V30 12 1 4 12 -M V30 13 1 5 13 -M V30 14 1 6 14 -M V30 15 1 7 15 -M V30 END BOND -M V30 END CTAB -M END - -$$$$