diff --git a/.gitignore b/.gitignore index 4d41f7c..1e275c4 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -84,6 +84,9 @@ ENV/ # IDE .vscode/ +.idea/ +*.iml + # Spyder project settings .spyderproject @@ -110,3 +113,4 @@ output/ validation/enterobase_90_50_with_blacklist.csv .coveragerc coverage_html_report/ +/.pytest_cache/ diff --git a/.travis.yml b/.travis.yml index 726df1f..fcc8c98 100644 --- a/.travis.yml +++ b/.travis.yml @@ -1,27 +1,22 @@ language: python python: - # We don't actually use the Travis Python, but this keeps it organized. - "3.6" -install: +before_install: - sudo apt-get update - # We do this conditionally because it saves us some downloading if the - # version is the same. - - if [[ "$TRAVIS_PYTHON_VERSION" == "2.7" ]]; then - wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh -O miniconda.sh; - else - wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O miniconda.sh; - fi +install: + - wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O miniconda.sh; - bash miniconda.sh -b -p $HOME/miniconda - - export PATH="$HOME/miniconda/bin:$PATH" - - hash -r + - echo ". $HOME/miniconda/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc + - source ~/.bashrc - conda config --set always_yes yes --set changeps1 no - - conda update -q conda + - conda update -y conda # Useful for debugging any issues with conda - conda info -a - conda config --add channels bioconda - - conda create -q -n test-environment python=$TRAVIS_PYTHON_VERSION samtools bowtie2 mash bcftools biopython nose blast pandas seqtk - - source activate test-environment + - conda config --add channels conda-forge + - conda create -q -n test-environment python=3.6 samtools>=1.7 pandas>=0.23 bowtie2>=2.3 mash>=2 bcftools>=1.7 biopython>=1.69 blast>=2.2.31 seqtk>=1.2 pytest>=3.6 + - conda activate test-environment - python setup.py install script: - - nosetests \ No newline at end of file + - pytest \ No newline at end of file diff --git a/README.md b/README.md index 6b344d3..6104c2a 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -1,14 +1,16 @@ +[![Master branch build status](https://api.travis-ci.org/phac-nml/ecoli_serotyping.svg?branch=master "Master Build Status")](https://travis-ci.org/phac-nml/ecoli_serotyping) + # ECTyper (an easy typer) -**ecyper** wraps a standalone serotyping module for _Escherichia coli_. -Supports _fasta_ and _fastq_ file formats. +**ecyper** is a standalone serotyping module for _Escherichia coli_. It supports _fasta_ and _fastq_ file formats. # Dependencies: - python 3.6.3.* +- pytest 3.6.* - pandas 0.21.0.* - samtools 1.5.* - bowtie2 2.3.0.* -- mash 1.1.* -- bcftools 1.6.* +- mash 2.0.* +- bcftools 1.8.* - biopython 1.69.* - blast 2.2.31 .* - seqtk 1.2.* @@ -17,48 +19,58 @@ Supports _fasta_ and _fastq_ file formats. 1. Get `miniconda` if you do not already have `miniconda` or `anaconda`: 1. `wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O miniconda.sh` 1. `bash miniconda.sh -b -p $HOME/miniconda` - 1. `export PATH="$HOME/miniconda/bin:$PATH"` + 1. `echo ". $HOME/miniconda/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc` + 1. `source ~/.bashrc` 2. Install ectyper * Directly via `conda` 1. `conda install -c bioconda ectyper` * Through `github` 1. Install dependencies - `conda install pandas samtools bowtie2 mash bcftools biopython nose blast seqtk tqdm python=3.6` + `pandas samtools bowtie2 mash bcftools biopython pytest blast seqtk tqdm python=3.6` 1. Download git repository then unzip `wget https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping/archive/master.zip` 1. Install ectyper inside unzipped directory `python setup.py install` # Basic Usage -1. Put all of your fasta/fastq files in one folder (concatenate paired files if you want the result to be considered a single entity) +1. Put the fasta/fastq files for serotyping analyses in one folder (concatenate paired files if you would like them to be considered a single entity) 1. `ectyper -i [file path]` -1. View the results on the console or in `output/[datetime]/output.csv` +1. View the results on the console or in `ectyper_[datetime]/output.csv` # Example Usage * `ectyper -i ecoliA.fasta` for a single file +* `ectyper -i ecoliA.fasta -o output_dir` for a single file, results stored in `output_dir` * `ectyper -i ecoliA.fasta,ecoliB.fastq,ecoliC.fna` for multiple files * `ectyper -i ecoli_folder` for a folder # Advanced Usage ``` -usage: ectyper [-h] -i INPUT [-d PERCENTIDENTITY] [-l PERCENTLENGTH] - [--verify] [-s] [--detailed] [-o OUTPUT] +usage: ectyper [-h] [-V] -i INPUT [-d PERCENTIDENTITY] [-l PERCENTLENGTH] + [--verify] [-o OUTPUT] [-r REFSEQ] + +ectyper v0.4.0 Prediction of Escherichia coli serotype from raw reads or +assembled genome sequences optional arguments: -h, --help show this help message and exit + -V, --version show program's version number and exit -i INPUT, --input INPUT Location of E. coli genome file(s). Can be a single - file or a directory + file, a comma-separated list of files, or a directory -d PERCENTIDENTITY, --percentIdentity PERCENTIDENTITY - Percent identity required for an allele match [default 90] + Percent identity required for an allele match [default + 90] -l PERCENTLENGTH, --percentLength PERCENTLENGTH - Percent length required for an allele match [default 50] + Percent length required for an allele match [default + 50] --verify Enable E. coli species verification - -s, --species Enable species identification when a non-E. coli - genome is found Note: refseq downloading is required - when running this option for the first time - --detailed Enable detailed program output -o OUTPUT, --output OUTPUT - Directory location of output files. + Directory location of output files + -r REFSEQ, --refseq REFSEQ + Location of pre-computed MASH RefSeq sketch. If + provided, genomes identified as non-E. coli will have + their species identified using MASH. For best results + the pre-sketched RefSeq archive https://gembox.cbcb.um + d.edu/mash/refseq.genomes.k21s1000.msh is recommended ``` -* The first time species identification is enabled you will need to wait for **ectyper** to download the reference sequences. + diff --git a/ectyper.puml b/ectyper.puml deleted file mode 100644 index d0ce016..0000000 --- a/ectyper.puml +++ /dev/null @@ -1,45 +0,0 @@ -@startuml - - -(ectyper \ncommandline) as ectyper -:Third Party App: as 3rd -:User: -> [Galaxy] -[Galaxy] --> :User: -:User: --> ectyper : "\nvia REST API\n or local machine" -3rd --> ectyper : "via REST API" -Galaxy -> ectyper -(ectyper) --> Galaxy - -package JSON { - (ectyper) --> JSON -} - -package TSV{ - (ectyper) --> TSV -} - -JSON --> [Galaxy] -JSON --> 3rd -TSV --> :User: - - - -'(Use the application) as (Use) -' -'User -> (Start) -'User --> (Use) -' -'Galaxy ---> (Use) - -'note right of Galaxy : This is an example. -' -'note right of (Use) -'A note can also -'be on several lines -'end note -' -'note "This note is connected\nto several objects." as N2 -'(Start) .. N2 -'N2 .. (Use) - -@enduml \ No newline at end of file diff --git a/ectyper/Data/bowtie_index/combined.1.bt2 b/ectyper/Data/bowtie_index/combined.1.bt2 deleted file mode 100644 index ff85ded..0000000 Binary files a/ectyper/Data/bowtie_index/combined.1.bt2 and /dev/null differ diff --git a/ectyper/Data/bowtie_index/combined.2.bt2 b/ectyper/Data/bowtie_index/combined.2.bt2 deleted file mode 100644 index 50b45e3..0000000 Binary files a/ectyper/Data/bowtie_index/combined.2.bt2 and /dev/null differ diff --git a/ectyper/Data/bowtie_index/combined.3.bt2 b/ectyper/Data/bowtie_index/combined.3.bt2 deleted file mode 100644 index 2dfa6eb..0000000 Binary files a/ectyper/Data/bowtie_index/combined.3.bt2 and /dev/null differ diff --git a/ectyper/Data/bowtie_index/combined.4.bt2 b/ectyper/Data/bowtie_index/combined.4.bt2 deleted file mode 100644 index cd7890d..0000000 Binary files a/ectyper/Data/bowtie_index/combined.4.bt2 and /dev/null differ diff --git a/ectyper/Data/bowtie_index/combined.rev.1.bt2 b/ectyper/Data/bowtie_index/combined.rev.1.bt2 deleted file mode 100644 index 542285a..0000000 Binary files a/ectyper/Data/bowtie_index/combined.rev.1.bt2 and /dev/null differ diff --git a/ectyper/Data/bowtie_index/combined.rev.2.bt2 b/ectyper/Data/bowtie_index/combined.rev.2.bt2 deleted file mode 100644 index 2852baf..0000000 Binary files a/ectyper/Data/bowtie_index/combined.rev.2.bt2 and /dev/null differ diff --git a/ectyper/Data/combined.fasta b/ectyper/Data/combined.fasta deleted file mode 100644 index 7b08b61..0000000 --- a/ectyper/Data/combined.fasta +++ /dev/null @@ -1,40191 +0,0 @@ ->lcl|1436893830000|3159571 -CGGAACCAGCGCCACCAGAAGGCAAATAACGCTGCCATAAATAAATGAACGCCGCGTGTAATCGCCAGTCTGGGTTAATAAACCAATGGATGAAACAAACGGTGAAAATGGAATTACCGCCAGAGGTACGGTTATCAGTGTCATAAATCCGGTCGCCACAAAGCTACGACGATAACGCGTATTCCCCGCGCCCTGCTGCGGATAAAAAACATCCGTGCCCCGAATCGCACCGTAGGTATTGCTGATATTTACCAGACCTGTAATCACCGCCGTCAGAATAATTCCCGGCGACAAAGCACCGCCACTGCCGAGCGGGAACCACTGCCAGTGCAACTCACCGGAGAGCGAGTGCGAAGAAGGAAAGCAAAAGTACCACAACAACCAGCCGGTTATGGTGCCGACCAGCAGGCCATAACGGGCAAAACGTTGCGGGAGGAAGATAATCATCCCCAGTACCAGGCACATCACCGCCACCGAGAGCGCGAACGGCGGTAACTGAATTTTAAAATTCGGGTCGGCTATGCCAAACGGCAGCCCGAGCATACCTTTGAAAAAGATAGTGGTCAGCTGCGCGCCCAGCATCAACATAAACAAGACCATCACCGACGGCGTAAATAACCGCGCCAGGCGATGGCCTAATCCGCTAAAACCAATCAACACCGTCAGCACGCCGGAGAGTGCAATCCCCACTGCCAGGCTGGTGGCGATATCGTTGATCGGTGTCCCGCGCGATGCTTCGCCAAGGGTGATAGTAAGGATGGTTCCCCACCACAGGCCACCTGGCCCTTCCATAATAGCGCGACGATGACCGCAGAACGCCTGAGCGAAGCAGGCCAGTGCGGTAGCAAGAAAAGCATATTGCGTGAGCGTAAGCAGGCTACTTTGCGGCAACTGAAAAGCAGAAAGTAGCGTAGGAGGAACCACAACCGTGTTGCAAAAAATAAAGAAAAACCACTGAAATCCTGATAACAGGCTTTCGCGGCTCACTGCAAAATTGAAC ->lcl|1436893909000|3159808 -CGGGTAGTCGCTAAACCCTGCACTATTCAAACCAAAGAAGCTAACGTTAATCTCGGGGATCTTTATACGCGCAATCTGCAACAACCTGGTTCTGCATCTGGCTGGCACAATATTACTTTGTCATTAACCGATTGTCCGGTTGAAACAAGTGCAGTGACGGCAATCGTGACAGGTTCAACTGACAATACGGGTTATTACAAAAATGAAGGTACTGCCGAAAATATTCAGATAGAGCTGAGGGATGACCAGGATGCTGCGTTAAAAAATGGCGATAGCAAAACGGTTATTGTTGATGAGATCACTCGTAATGCACAGTTTCCACTTAAGGCAAGAGCTATCACGGTGAATGGAAACGCAAGCCAGGGAACGATCGAGGCGCTAATCAATGTGATCTACACCTGGCAATAACGTCGATTCGATTTTCTTAGCCTTCTTTTTAAATCAATTTTT-AACCTTAGGATATATCATGGGTAAAACAATCAGTATAAAGGTCCTGTTCGGTATTTATCTTCTATTAATGGCAGGCAAAGTTTTTGCCTTCAGTTGTAATGTCGATGGCGGGTCAAGTATTGGAGCAGGTACAACCTCTGTTTATGTTAATCTCGACCCTGTAATACAGCCGGGCCAGAATCTGGTTGTAGACTTGTCTCAGCATATAAGTTGCTGGAATGATTACGGCGGCTGGTACGACACTGATCATATAAACCTGGTACAAGGCTCAGCTTTCGCAGGCTCCCTACAGTCATATAAAGGATCGCTGTACTGGAATAATGTGACCTACCCCTTCCCGTTGACGACAAATACCAACGTATTGGATATTGGTGATAAGACACCGATGCCATTACCGTTAAAACTCTATATTACCCCAGTTGGGGCGGCCGGTGGAGTTGTCATAAAAGCGGGGGAAGTCATTGCTCGTATTCATATGTATAAAATTGCAACATTAGGAAGCGGAAATCCGCGTAATTTTACGTGGAATATTATTTCAAATAACAATGTT ->lcl|2873786891000|3159389 -GCAGCCCCTGTTCCAGCTCTTCGACCATTTCCGGCGTTGCCCCTTTTTGCGGGCCAAACACCGCCGCCGCGCCGCGTGCCCCTACCAGCGGGTTATCAACGTCACATGCTACTTCAATATGGCAATTCGCCAGACGCGGATCGCATTCATCCATCTCAATGCTTGCCACGCGCGCTAAATTACCGCCGTTAGCCACCAGCACCTGACCGTCGGCATCAAGGAAACGCACACCGAGCGCCTGCGCCATGCCCATACCACCGTCGACCGTCGCACTGCCACCAATGCCGAGAATAATATGGCGAATGCCGTTATCCAGCGCATGACGAATTAACTCCCCCGTACCAAAACTGGAGGCCAGCAACGGATTACGCTTTTCAGGCGCGACCAGCATCAGGCCACTTGCTGCCGCCATCTCAATCACCGCCGTTTTCCCGTCGCCGGTAAGGCCATAAAAAGCATTCACTTTTTCGCCCATCGGCCCGCAGACTTCAAGCGTCACGATGTTGCCGCCCGTCGCGGCGACCATCGCATCCACCGTCCCTTCGCCGCCATCCGCTATCGGCAAACAGATATAGTTCGCATCGGGAAAGAGGGTCGAAAACCCGGCTTTAATTGCCTGACAACATTTTTCTGCACTTAAGCTCTCTTTAAAAGAGTCTGGCGCAATGACAATCTTCATTATCAATCCTTTTTCAACAAATTATTCGATGCGTTCCCACGGAATAAGATTATCCATAAGAACAGCCAGTAAAATCCCGACCAGTAAGCCGTTACTGAGCAGAGGACGCAGCGTTAATGGAAGGTCTTGCAGATACACAGGCGGTAATGCCATTAAAAATATGCCGACAAATAACGGCAATGCGAGTCGATAAATATTGCGAGCGGTAAACGTTATTTGCTGGCTAAACACCAGCGCGGAAAAGAGTAAAGGCAGATAAGAAACCAGCATGACCGCACTACTCACGGGTAAAGGGATACTGCAAAACAGTCGTGTGAGTGC ->lcl|2873787160000|3160196 -TGCCGCTGTCGAAACGCTGGAAGATGCGCCAACGGTAGAGGTTGTTACAGCCTGTTGTGCACGCTGCATGGCTTCAGTGGCTTTAACGACTTCCATTTGCTGCTCAAACTGAGCGATACGCTGCGCTGTCGCTGTAACTGCTTTTTCCACGCCATCACGGGAGACTTCCAGATTCGACAACACTTGCTCTTCAGCGGTAATGAGATTCTCAAGGCGCGCGATTTCTTCAGCAACTTCGTTAATCAACGACGGATTAACGTTCTTGCTTAACGCTTCCAGCGCACGGGCTTCCAGACTGGCTTTGCGCTCACGTAAATCTTTCAGCTTATCGTGACTTAATTTCACCCGCGCCAGCAGATCAACGCGAGATTTTCCGGCTTTATCGAGTTCAGCTTTAGCGTCACGAATATGCTGTTCCAGCATGCGCACGCCCTGGGTTTCTTCAATGGATTCTTCCGCCTGGGAGATAAACGATTTCCCCAGCGTAAATAAACTTTTTAAAATTCCCATAAATACCCGTCCTTGTAATTAGTGTGAATATTCTTCTGTAATTTCAGCCAGATCCAATGCGTTATCTACCAGCGAGGTTATCTCAAGCAGGATATCTTCAAGAGAAGATTTAAGCGATAACGCCCCGAAAACAATGTAATACTCTTCCTGTTGCACGCTGGAGATTCCTACCGATGACAACGGCATCATCTTCTGATTTCTTAATAAGAAGGTATTAAATTCATCTGGATTGCTGATACTACTTACCGGACAAATAAAGGTTTCGATAATCATTTGGCGGGAAGTAAAAAGAATATTGATTTGCAAATCGCCATAATCATTCATTTTAATAATTAATGCGCTCTCGCTATTTGTCACATCAATATTTTGTTCAGGTACAGTTTGCAGCGCCGTCGCCAGCGCCAACGGATTCCATGTCATATATTATTCCATATAGATTTAGTTTAAATATTAATAAAATGAATATTTGCAGTACGTAATTATCTTACCA ->lcl|4310679577000|3158082 -ATGGCCTGATGGCGATTGCGGCGGCTCGCCATGTTGGTGTAGCGCCGGCAGATGCCGCTAACGCGCTGGGTTCGTTTATTAACGCTCGCCGCCGTCTGGAGTTGCGTGGTGAAGCGAATGGCGTCACGGTATATGACGATTTTGCCCATCACCCGACGGCGATTCTGGCAACGCTTGCGGCGCTGCGTGGCAAAGTTGGCGGTACGGCGCGCATTATTGCTGTGCTGGAACCGCGCTCGAATACCATGAAAATGGGGATCTGCAAAGACGATCTGGCACCTTCATTAGGTCGTGCCGATGAAGTCTTCCTGCTGCAACCAGCGCATATTCCGTGGCAGGTGGCAGAAGTGGCAGAAGCCTGCGTTCAGCCTGCACACTGGAGTGGCGATGTGGATACGCTGGCAGATATGGTGGTGAAAACCGCTCAGCCTGGCGACCATATTCTGGTGATGAGCAACGGCGGTTTTGGTGGGATCCATCAGAAACTGCTGGATGGTCTGGCGAAGAAGGCGGAAGCCGCGCAGTAATTCGGCCTTAGCCTGATATAGTGTGCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATTTGAGCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGATGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTGCACCGCATCCGGCAAACCATACTCACATCAACAACGAAAATTACCCTTCATTCTCCGCCAGTTCGCGCAGATACTGGAAAATCTGGCGTGCGGATTTCGGCGGCTTATTCCCTTCTTTCTCTTTCTTCGCGTTGCGGATCAGAGTACGCAGCTGCTGACGATCGGCATCGGGCCACAGATTCAATACTTCAGCGATGGCGTCATCACCTTGATCGATCAGACGATCGCGCAGGTTTTCCAGTTTATGGAACAGCACCACCTGCTGGTTGTGACGGTTTTTCAGCTTATCCAGCGCCTGACGAATAGGCTCTACGTCGCGCTGGCGCAGCATCTTACCGATGAGCTGCAACTGGCGGCG ->lcl|4310679772000|3158667 -AATTGCACCCATGGCAATTGCACGAGCAGTGTTAATGTGGCGATTACGGTATCGATGACAACGGGTAAATAAGGTGATGAATATCACACAGGGATTATTAACAAAAGAATTCAAATAACCGCCATGCTATTACGTGTTATTTTTTAATAAGCGTGGTTGTTTTAAAAACCAGGTTAAAAGCGAGCGGATTATCAAATAAATTCTAACTATATTTTTTTGCCTGTCTGGATCACATAATCCAGATATTTTCCCTGTATGTTAATTGCAGTCATGCTTCACACCGTCGTTAAAAAGGAAGACAGATGAAAATCAGTCGGGAAACACTCCACCAGCTAATTGAGAATAAACTCTGCCAGGCTGGGTTAAAACGTGAGCACGCTGCAACCGTGGCTGAAGTATTGGTTTACGCCGATGCCAGAGGGATCCACTCTCATGGCGCGGTGCGCGTGGAATACTACGCGGAACGCATTTCAAAAGGCGGCACCAACCGCGAACCGGAGTTTCGTCTTGAGGAAACCGGGCCGTGCTCGGCAATTTTACATGCCGACAATGCCGCCGGACAGGTCGCGGCGAAAATGGGTATGGAACATGCCATCAAAACCGCCCAGCAAAATGGCGTTGCGGTGGTCGGTATCAGCCGGATGGGTCACAGCGGCGCAATCTCTTATTTTGTGCAGCAGGCAGCCCGCGCCGGATTCATTGGCATTTCGATGTGCCAGTCCGATCCAATGGTGGTGCCGTTTGGCGGCGCGGAAATTTACTACGGTACTAACCCCCTGGCCTTTGCCGCGCCGGGAGAAGGCGACGAGATCCTTACCTTTGATATGGCGACTACCGTACAGGCATGGGGAAAAGTGCTCGACGCCCGCTCGCGTAATATGTCTATCCCGGATACCTGGGCGGTCGATAAAAACGGTGCACCAACAACCGATCCGTTCGCGGTACATGCTCTGCTCCCCGCCGCCGGGCCAAAAGGGTATGGCCTGATGATGATGATTGA ->lcl|4310679831000|3158844 -CGTCCTCTCAGGCGTCTTACTCGGCTTACCGTTCGGGCGACAGGTTAGTTCGATGTATGACGATTTACACGCAGGGCGTAATTTGGGGCAATTACATATAGTTATTAATCCGAACTTTTTCTCCTCCAGCGAATTATTCCGTCAACATCTTAGCCAGACCATGCGCGAATTAAATGCCATTACCCCCGCGCCCGGTTTTAACCAAGTTTATTATCCCGGACAGGATCAGGATATTAAACAACGCAAAGCCGCCGTCGAAGGCATCGAAATTGTTGATGATATTTACCAGTATTTAATTTCCGACGCGCTTTATAACACGTCATACGAAACGAAAAATCCCTTTGCGCAATAATTATTGAGACAGGACTTTCTTATGATTACACATTTTCGTCAAGCCATAGAAGAAACGCTGCCCTGGCTTTCCTCTTTTGGCGCTGACCCAACGGGTGGGATGACCCGTTTACTTTATTCGCCGGAATGGCTGGAAACCCAGCAGCAATTTAAAAAAAGAATGGCAGCAAGTGGGCTGGAAACACGTTTCGATGAAGTAGGGAATTTATACGGTCGCCTGAATGGTACCGAATATCCACAGGAAGTGATTCTGAGCGGTTCGCATATCGATACCGTGGTTAACGGCGGTAACCTCGACGGGCAATTCGGCGCGCTGGCGGCGTGGCTGGCAATTGACTGGCTGAAAACGCAATACGGCGCGCCGCTACGTACGGTCGAAGTAGTGGCGATGGCAGAAGAAGAAGGCAGCCGCTTCCCGTATGTCTTCTGGGGCAGTAAAAATATCTTTGGGCTGGCGAATCCTGACGACGTGCGGAATATCTGTGATGCCAAAGGAAATAGTTTTGTCGATGCGATGAAGGCTTGCGGATTTACTCTTCCGAACGCCCCACTAACTCCGCGTCAGGATATTAAAGCCTTTGTTGAACTGCATATTGAACAGGGCTGTGTGCTGGAAAGTAATGGGCAATCAATTGGCGTGGTGAATGCA ->lcl|4310680254000|3160113 -AGAACGAGGCAAACAGGCTGTCCCAACGCTGAACAATATCCAGCACGTTCCAGGTGTCAGCGCCGTAGTGAATACTGGCTCCGGCAATAATACATACCCCAGCGACCGCAAACAGAATATAGGCCACAACTAAACCCAGCGTTTGCCCCAGCGCTTGCTCACGAAACGAGTGGGCGTTTTGCGTAAAGTCGGATGCGCTCACCGCCGGTGCCGCCCAGACCGCAACTACCGCGTTAATCACCACCAGGAACAAGAATCCACTGTTTTCTGCTTTCTGAATACCGCTCGGAATGTAGTCAAAGATTGGACCGAGCCCGACCAGCGAAATCGCCCAAATCGCCATACCGCCGAAAACGATATAGATGCACGGGTTAAGAATGGCAGTGAATTTATTTAAAACTTTGCCACCGCCAAAACCTATACCAACGTTGACCAGCCAGAAGAGTAAGAAAGTAATTAAGCCCGGTAGAGAAAGCCCTAACAGCGTGAAATCACCACCGAGAGTTAAAAATCCCGGCCAGATTTTGCCAATCAGAATCAAGCAGGCCAGTGACCCCGCGTAACATTGCAGGCCAAACCACATAATGGCAGCAATACCGCCTCTTAATAATCCGGGAAACAGTGCGCCACGTACGCCGTAAGAAGCACGCAGGATCATGGCAAACGGTACGCCGTATTTACTGCCCGCAGCGCCGTTTAATACCATTACCGCGGCAATGAAAAAGGCGCTGAGGATAATTGCCAGCATAATACTAAAGGTAGACAAGCCGAGAATAAAAAAGCCGCCGACCATCACATAATTGGGAACGTTATGAACCGAACCCATCCATAAGGTAAAATAGTTAAATGTTTTCCAGGTCCGCTGGCTTTGCGTTTTCGGCAATAGATCTTCGCTATAGCCGCGTTGCTGGAATAGTTTTCTCTGATGTTCCATAAATCCCTCTTAATTTCACGTATCGAATAACGTTGTTTTAATCTAGCTATGAGGAACAAATAAAAT ->lcl|4310680315000|3160296 -AAAAATATTATTTTTAATACTGAAGCAACATCTTTGGCTGCTTTCTTTTTT-AATATTGCTGGCCGATTCATATTCTGATATCGGCCATTTTTATTGCGGGTATCAGGCCAGTTTATGATTCGCCATTAATTCCAGCGCCTGCACTAACGCAGAGTGATCCAACTGGCTGCCACCGTTTGCCGCACAGGTATTAAATAACTCCTGGCAGGTCGCGGTGTTTGGCAGATTCAGCGCAAGTGCTTTCGCACTTTGCAGTGCCAGGTTGAGATCTTTCTGGTGCAGCGCAATTTTGAAACCTGGATTAAAGGTGCGTTTAATCATGCGCTCACCGTGAACTTCCAGAATACGTGAGGAAGCAAAGCCGCCCATCAGCGCCTGGCGCACACGTACCGGGTCCGCACCGGCTTTTGAAGCAAATAGCAGGGCTTCAGAAACCGCTTCAATATTGAGCGCCACGATAATCTGATTTGCCACTTTGCAGGTTTGACCGTCGCCGTTACCGCCCACGAGGGTGATATTTTTACCGAGCAGTTCAAACAGCGGTTTAACACGTTCAAATACCGCTTCATCACCGCCAACCATAATCGACAACGTCCCTTCACGCGCACCGATTTCACCGCCGGAGACTGGCGCATCGAGATAATCGCCGCCCAGTTCATTCACCTGACGAGCGAAACGCTTAGTTTCAATCGGGGAAATGGAGCTCATATCAACAATGGTTTTGCCCTTCAGCGAGGCTTTGGTACAACCATTTTCACCGAACAGAACTTCTTCAACCTGTGGTGTATCTGGCACCATAATAAAAATGATGTCCGATGCTTCCGTTACCTGGCGCGCAGTTTCAACACTGACGGCACCCAGTGACAGTAATTCATCAGCAACCGGTCCAATGGTCGTGACATGCAGTTGATGACCGGCACGCGCCAGATTAATGGCCATCGGTGTACCCATAATGCCTAAGCCAATAAATCCCAGTTTCATAATTAACCTCTTTTAAATT ->lcl|4310680399000|3160548 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'espO'}, {'START': 5217, 'STOP': 5411, 'ORIENTATION': '+', 'GENE_NAME': 'espO'}]","[{'START': 1168, 'STOP': 1295, 'ORIENTATION': '+', 'GENE_NAME': 'EC55989'}, {'START': 8275, 'STOP': 8319, 'ORIENTATION': '+', 'GENE_NAME': 'fimD'}]","[{'START': 1055, 'STOP': 3265, 'ORIENTATION': '-', 'GENE_NAME': 'katp'}]","[{'START': 8178, 'STOP': 12944, 'ORIENTATION': '-', 'GENE_NAME': 'upaG/ehaG'}, {'START': 8178, 'STOP': 12293, 'ORIENTATION': '-', 'GENE_NAME': 'upaG/ehaG'}]","[{'START': 148987, 'STOP': 150969, 'ORIENTATION': '-', 'GENE_NAME': 'chuA'}, {'START': 148987, 'STOP': 150933, 'ORIENTATION': '-', 'GENE_NAME': 'chuA'}, {'START': 152586, 'STOP': 153923, 'ORIENTATION': '+', 'GENE_NAME': 'chuW'}, {'START': 152664, 'STOP': 153923, 'ORIENTATION': '+', 'GENE_NAME': 'chuW'}, {'START': 147910, 'STOP': 148938, 'ORIENTATION': '-', 'GENE_NAME': 'chuS'}, {'START': 155102, 'STOP': 156094, 'ORIENTATION': '+', 'GENE_NAME': 'chuU'}, {'START': 151574, 'STOP': 152566, 'ORIENTATION': '+', 'GENE_NAME': 'chuT'}, 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'-', 'GENE_NAME': 'espR3'}]" diff --git a/ectyper/__init__.py b/ectyper/__init__.py index e69de29..7dd6fda 100644 --- a/ectyper/__init__.py +++ b/ectyper/__init__.py @@ -0,0 +1 @@ +__version__ = "0.5.1" \ No newline at end of file diff --git a/ectyper/blastFunctions.py b/ectyper/blastFunctions.py deleted file mode 100644 index dcbb87a..0000000 --- a/ectyper/blastFunctions.py +++ /dev/null @@ -1,113 +0,0 @@ -#!/usr/bin/env python - -""" -Functions for setting up, running, and parsing blast -""" -import logging -import os - -from ectyper import subprocess_util - -LOG = logging.getLogger(__name__) - - -def create_blast_db(filelist, temp_dir): - """http://stackoverflow.com/questions/23944657/typeerror-method-takes-1-positional-argument-but-2-were-given - Creating a blast DB using the makeblastdb command. - The database is created in the temporary folder of the system. - - Args: - filelist: list of genomes that was given by the user on the command line. - temp_dir: temporary directory to store the blastdb in. - - Returns: - Full path to the DB - """ - blast_db_path = os.path.join(temp_dir, 'ectyper_blastdb') - - LOG.debug("Generating the blast db at {0}".format(blast_db_path)) - cmd = [ - "makeblastdb", - "-in", ' '.join(filelist), - "-dbtype", "nucl", - "-title", "ectyper_blastdb", - "-out", blast_db_path] - subprocess_util.run_subprocess(cmd) - - return blast_db_path - - -def run_blast(query_file, blast_db, args): - """ - Execute a blastn run given the query files and blastdb - - Args: - query_file (str): one or both of the VF / Serotype input files - blast_db (str): validated fasta files from the user, in DB form - args (Namespace object): parsed commadnline options from the user - chunck_size: number of genomes in the database - - Returns: - The blast output file - """ - percent_identity = args.percentIdentity - percent_length = args.percentLength - - LOG.debug('Running blast query {0} against database {1} '.format( - query_file, blast_db)) - - blast_output_file = blast_db + '.output' - - cmd = [ - "blastn", - "-query", query_file, - "-db", blast_db, - "-out", blast_output_file, - '-perc_identity', str(percent_identity), - '-qcov_hsp_perc', str(percent_length), - '-max_hsps', '1', # each allele only need to hit once - # use default max_target_seqs=500 - "-outfmt", - '6 qseqid qlen sseqid length pident sstart send sframe qcovhsp', - "-word_size", "11" - ] - subprocess_util.run_subprocess(cmd) - with open(blast_output_file, mode='rb') as fh: - for line in fh: - LOG.debug(line.decode('ascii')) - return blast_output_file - -def run_blast_for_identification(query_file, blast_db): - """ - Execute a blastn run given the query files and blastdb - with special configuration for high performance identification - - Args: - query_file: one or both of the VF / Serotype input files - blast_db: validated fasta files from the user, in DB form - - Returns: - blast_output_file (str): path to the blast output file - """ - - LOG.debug('Running blast query {0} against database {1} '.format( - query_file, blast_db)) - - blast_output_file = blast_db + '.output' - - cmd = [ - "blastn", - "-query", query_file, - "-db", blast_db, - "-out", blast_output_file, - '-perc_identity', '90', - '-qcov_hsp_perc', '90', - '-max_target_seqs', '1', # we only want to know hit/no hit - # 10 query seq, we want at most 1 hit each - "-outfmt", - '6 qseqid qlen sseqid length pident sstart send sframe', - "-word_size", "11" - ] - subprocess_util.run_subprocess(cmd) - - return blast_output_file diff --git a/ectyper/commandLineOptions.py b/ectyper/commandLineOptions.py index cab18d9..02eb55b 100644 --- a/ectyper/commandLineOptions.py +++ b/ectyper/commandLineOptions.py @@ -1,7 +1,7 @@ #!/usr/bin/env python import argparse - +from ectyper import __version__ def parse_command_line(args=None): """ @@ -25,12 +25,23 @@ def check_percentage(value): ) return ivalue - parser = argparse.ArgumentParser() + parser = argparse.ArgumentParser( + description='ectyper v{} Prediction of Escherichia coli serotype from raw reads' + ' or assembled genome sequences'.format(__version__) + ) + + parser.add_argument( + "-V", + "--version", + action='version', + version="%(prog)s {}".format(__version__) + ) + parser.add_argument( "-i", "--input", - help="Location of E. coli genome file(s). Can be a single file or \ - a directory", + help="Location of E. coli genome file(s). Can be a single file, a \ + comma-separated list of files, or a directory", required=True ) @@ -57,26 +68,22 @@ def check_percentage(value): ) parser.add_argument( - "-s", - "--species", - action="store_true", - help="Enable species identification when a non-E. coli genome is found\n\ - Note: refseq downloading is required when running this option for\n\ - the first time" - ) - - parser.add_argument( - "--detailed", - action='store_true', - help="Enable detailed program output" + "-o", + "--output", + help="Directory location of output files" ) parser.add_argument( - "-o", - "--output", - help="Directory location of output files." + "-r", + "--refseq", + help="Location of pre-computed MASH RefSeq sketch. If provided, genomes " + "identified as non-E. coli will have their species identified using " + "MASH. For best results the pre-sketched RefSeq archive " + "https://gembox.cbcb.umd.edu/mash/refseq.genomes.k21s1000.msh " + "is recommended" ) if args is None: return parser.parse_args() - return parser.parse_args(args) + else: + return parser.parse_args(args) diff --git a/ectyper/definitions.py b/ectyper/definitions.py index 1258da7..d67ea46 100644 --- a/ectyper/definitions.py +++ b/ectyper/definitions.py @@ -10,11 +10,7 @@ DATA_DIR = os.path.join(ROOT_DIR, 'Data') WORKPLACE_DIR = os.getcwd() -SEROTYPE_FILE = os.path.join(DATA_DIR, 'ectyper_data.fasta') -SEROTYPE_ALLELE_JSON = os.path.join(DATA_DIR, 'ectyper_dict.json') -COMBINED = os.path.join(DATA_DIR, 'combined.fasta') - +GENOME_GROUP_SIZE = 50 +SEROTYPE_ALLELE_JSON = os.path.join(DATA_DIR, 'ectyper_new.json') ECOLI_MARKERS = os.path.join(DATA_DIR, 'ecoli_specific_markers.fasta') -SAMTOOLS = 'samtools' REFSEQ_SUMMARY = os.path.join(DATA_DIR, 'assembly_summary_refseq.txt') -REFSEQ_SKETCH = os.path.join(DATA_DIR, 'refseq.genomes.k21s1000.msh') diff --git a/ectyper/ectyper.py b/ectyper/ectyper.py index 588134e..f3f3bfe 100644 --- a/ectyper/ectyper.py +++ b/ectyper/ectyper.py @@ -2,302 +2,189 @@ """ Predictive serotyping for _E. coli_. """ -import logging import os -import sys import tempfile import datetime -from urllib.request import urlretrieve - -from ectyper import (blastFunctions, commandLineOptions, definitions, - genomeFunctions, loggingFunctions, predictionFunctions, - speciesIdentification) +import json +import logging -LOG_FILE = loggingFunctions.initialize_logging() -LOG = logging.getLogger(__name__) +from ectyper import (commandLineOptions, definitions, speciesIdentification, loggingFunctions, + genomeFunctions, predictionFunctions, subprocess_util, __version__) +# setup the application logging +LOG = loggingFunctions.create_logger() def run_program(): """ - Wrapper for both the serotyping and virulence finder - The program needs to do the following - (1) Filter genome files based on format - (2) Filter genome files based on species - (3) Map FASTQ files to FASTA seq - (1) Get names of all genomes being tested - (2) Create a BLAST database of those genomes - (3) Query for serotype - (4) Parse the results - (5) Display the results + Main function for E. coli serotyping. + Creates all required files and controls function execution. :return: success or failure - """ - # Initialize the program + args = commandLineOptions.parse_command_line() - LOG.info('Starting ectyper\nSerotype prediction with input:\n \ - {0}\n \ - Log file is: {1}'.format(args, LOG_FILE)) - LOG.debug(args) + output_directory = create_output_directory(args.output) - ## Initialize temporary directories for the scope of this program - with tempfile.TemporaryDirectory() as temp_dir: - temp_files = create_tmp_files(temp_dir, output_dir=args.output) - LOG.debug(temp_files) + #Create a file handler for log messages in the output directory + fh = logging.FileHandler(os.path.join(output_directory, 'ectyper.log')) + fh.setLevel(logging.DEBUG) + LOG.addHandler(fh) - # Download refseq file if speicies identification is enabled - if args.species: - download_refseq() + LOG.debug(args) + LOG.info("Starting ectyper v{}\nOutput directory is: {}" + .format(__version__, output_directory)) + # Initialize ectyper directory for the scope of this program + with tempfile.TemporaryDirectory() as temp_dir: LOG.info("Gathering genome files") raw_genome_files = genomeFunctions.get_files_as_list(args.input) - LOG.debug(raw_genome_files) - - LOG.info("Removing invalid file types") - raw_files_dict = get_raw_files(raw_genome_files) - LOG.debug(raw_files_dict) - - # Assembling fastq + verify ecoli genome - LOG.info("Preparing genome files for blast alignment") - final_fasta_files = filter_for_ecoli_files( - raw_files_dict, temp_files, verify=args.verify, species=args.species - ) - LOG.debug(final_fasta_files) - if len(final_fasta_files) is 0: - LOG.info("No valid genome files. Terminating the program.") - exit(0) + + LOG.info("Identifying genome file types") + # 'fasta'=[], 'fastq'=[], 'other'=[] + raw_files_dict = genomeFunctions.get_raw_files(raw_genome_files) + + alleles_fasta = create_alleles_fasta_file(temp_dir) + combined_fasta = genomeFunctions.create_combined_alleles_and_markers_file(alleles_fasta, temp_dir) + bowtie_base = genomeFunctions.create_bowtie_base(temp_dir, combined_fasta) if raw_files_dict['fastq'] else None + + # Assemble any fastq files, get final fasta list + all_fasta_files = genomeFunctions.assembleFastq(raw_files_dict, + temp_dir, + combined_fasta, + bowtie_base) + + # Verify we have at least one fasta file. Optionally species ID. + # Get a tuple of ecoli and other genomes + (ecoli_genomes, other_genomes_dict) = speciesIdentification.verify_ecoli(all_fasta_files, + raw_files_dict['other'], + args) LOG.info("Standardizing the genome headers") - (all_genomes_list, all_genomes_files) = \ - genomeFunctions.get_genome_names_from_files( - final_fasta_files, temp_files['fasta_temp_dir']) - LOG.debug(all_genomes_list) - LOG.debug(all_genomes_files) + final_fasta_files = genomeFunctions.get_genome_names_from_files(ecoli_genomes, temp_dir) # Main prediction function - predictions_file = run_prediction(all_genomes_files, args, - temp_files['output_file']) + predictions_dict = run_prediction(final_fasta_files, + args, + alleles_fasta) - # Add empty rows for genomes without blast result - predictions_file = predictionFunctions.add_non_predicted( - all_genomes_list, predictions_file) - LOG.info('Outputs stored in {0}'.format(temp_files['output_dir'])) + # Add empty rows for genomes without a blast result + final_predictions = predictionFunctions.add_non_predicted( + raw_genome_files, predictions_dict, other_genomes_dict) # Store most recent result in working directory - LOG.info('\nReporting result...') - predictionFunctions.report_result(predictions_file) - -def download_refseq(): - '''Download refseq file with progress bar - ''' - - - def reporthook(blocknum, blocksize, totalsize): - ''' - https://stackoverflow.com/questions/15644964/python-progress-bar-and-downloads - ''' - readsofar = blocknum * blocksize - if totalsize > 0: - s = "\r {:5.1%} {:{}d} / {:d}".format( - readsofar/totalsize, readsofar, - len(str(totalsize)), - totalsize - ) - sys.stderr.write(s) - if readsofar >= totalsize: # near the end - sys.stderr.write("\n") - else: # total size is unknown - sys.stderr.write("read {}\n".format(readsofar)) - - if not os.path.isfile(definitions.REFSEQ_SKETCH): - refseq_url = 'https://gembox.cbcb.umd.edu/mash/refseq.genomes.k21s1000.msh' - LOG.info("No refseq found. Downloading reference file for species identification...") - urlretrieve(refseq_url, definitions.REFSEQ_SKETCH, reporthook) - LOG.info("Download complete.") - -def create_tmp_files(temp_dir, output_dir=None): - """Create a dictionary of temporary files used by ectyper - - Args: - temp_dir: program scope temporary directory - output_dir(str, optional): - directory to store output - - Return: - a dictionary of temporary files - example: - {'assemble_temp_dir': 'test/temp/assemblies', - 'fasta_temp_dir': 'test/temp/fastas', - 'output_dir': os.path.abspath('output')+'/', - 'output_file': os.path.abspath('output/output.csv')} + LOG.info("Reporting results:\n") + + predictionFunctions.report_result(final_predictions, os.path.join(output_directory, 'output.csv')) + LOG.info("\nECTYper has finished successfully.") + + +def create_output_directory(output_dir): + """ + Create the output directory for ectyper + + :param output_dir: The user-specified output directory, if any + :return: The output directory """ + # If no output directory is specified for the run, create a one based on time + out_dir = None - # Get the correct files and directories - files_and_dirs = { - 'assemble_temp_dir': os.path.join(temp_dir, 'assemblies'), - 'fasta_temp_dir': os.path.join(temp_dir, 'fastas'), - } if output_dir is None: - output_dir = ''.join([ + date_dir = ''.join([ + 'ectyper_', str(datetime.datetime.now().date()), '_', str(datetime.datetime.now().time()).replace(':', '.') ]) - if os.path.isabs(output_dir): - pass + out_dir = os.path.join(definitions.WORKPLACE_DIR, date_dir) else: - output_dir = os.path.join(definitions.WORKPLACE_DIR, 'output', output_dir) - - output_file = os.path.join(output_dir, 'output.csv') - if os.path.isfile(output_file): - os.remove(output_file) - for d in [ - output_dir, files_and_dirs['assemble_temp_dir'], - files_and_dirs['fasta_temp_dir'] - ]: - if not os.path.exists(d): - os.makedirs(d) - - # Finalize the tmp_files dictionary - files_and_dirs['output_file'] = output_file - files_and_dirs['output_dir'] = output_dir - - LOG.info("Temporary files and directory created") - return files_and_dirs - - -def run_prediction(genome_files, args, predictions_file): - '''Core prediction functionality - - Args: - genome_files: - list of genome files - args: - commandline arguments - predictions_file: - filename of prediction output - - Returns: - predictions_file with prediction written in it - ''' - query_file = definitions.SEROTYPE_FILE - ectyper_dict_file = definitions.SEROTYPE_ALLELE_JSON - # create a temp dir for blastdb - with tempfile.TemporaryDirectory() as temp_dir: - # Divide genome files into chunks - chunk_size = 50 - genome_chunks = [ - genome_files[i:i + chunk_size] - for i in range(0, len(genome_files), chunk_size) - ] - for index, chunk in enumerate(genome_chunks): - LOG.info("Start creating blast database #{0}".format(index + 1)) - blast_db = blastFunctions.create_blast_db(chunk, temp_dir) - - LOG.info("Start blast alignment on database #{0}".format(index + 1)) - blast_output_file = blastFunctions.run_blast(query_file, blast_db, args) - LOG.info("Start serotype prediction for database #{0}".format(index + 1)) - predictions_file = predictionFunctions.predict_serotype( - blast_output_file, ectyper_dict_file, predictions_file, - args.detailed) - return predictions_file - - -def get_raw_files(raw_files): - """Take all the raw files, and filter not fasta / fastq - - Args: - raw_files(str): list of files from user input - - Returns: - A dictitionary collection of fasta and fastq files - example: - {'raw_fasta_files':[], - 'raw_fastq_files':[]} + if os.path.isabs(output_dir): + out_dir = output_dir + else: + out_dir = os.path.join(definitions.WORKPLACE_DIR, output_dir) + + if not os.path.exists(out_dir): + os.makedirs(out_dir) + + return out_dir + + +def create_alleles_fasta_file(temp_dir): """ - fasta_files = [] - fastq_files = [] - - for file in raw_files: - file_format = genomeFunctions.get_valid_format(file) - if file_format == 'fasta': - fasta_files.append(file) - elif file_format == 'fastq': - fastq_files.append(file) - - LOG.debug('raw fasta files: {}'.format(fasta_files)) - LOG.debug('raw fastq files: {}'.format(fastq_files)) - - return({'fasta':fasta_files, 'fastq':fastq_files}) - - -def filter_for_ecoli_files(raw_dict, temp_files, verify=False, species=False): - """filter ecoli, identify species, assemble fastq - Assemble fastq files to fasta files, - then filter all files by reference method if verify is enabled, - if identified as non-ecoli, identify species by mash method if species is enabled. - - Args: - raw_dict{fasta:list_of_files, fastq:list_of_files}: - dictionary collection of fasta and fastq files - temp_file: temporary directory - verify(bool): - whether to perform ecoli verification - species(bool): - whether to perform species identification for non-ecoli genome - Returns: - List of filtered and assembled genome files in fasta format + Every run, re-create the fasta file of alleles to ensure a single + source of truth for the ectyper data -- the JSON file. + + :temp_dir: temporary directory for length of program run + :return: the filepath for alleles.fasta """ - final_files = [] - for f in raw_dict.keys(): - temp_dir = temp_files['fasta_temp_dir'] if f == "fasta" else temp_files['assemble_temp_dir'] - - for ffile in raw_dict[f]: - filtered_file = filter_file_by_species( - ffile, f, temp_dir, verify=verify, species=species) - if filtered_file is not None and \ - genomeFunctions.get_valid_format(filtered_file) is not None: - final_files.append(filtered_file) - - LOG.info('{} final fasta files'.format(len(final_files))) - return final_files - -def filter_file_by_species(genome_file, genome_format, temp_dir, verify=False, species=False): - """filter ecoli, identify species, assemble fastq - Assemble fastq file to fasta file, - then filter the file by reference method if verify is enabled, - if identified as non-ecoli, identify species by mash method if species is enabled. - - Args: - genome_file: input genome file - genome_format(str): fasta or fastq - temp_file: temporary directory - verify(bool): - whether to perform ecoli verification - species(bool): - whether to perform species identification for non-ecoli genome - Returns: - The filtered and assembled genome files in fasta format + output_file = os.path.join(temp_dir, 'alleles.fasta') + + with open(definitions.SEROTYPE_ALLELE_JSON, 'r') as jsonfh: + json_data = json.load(jsonfh) + + with open(output_file, 'w') as ofh: + for a in ["O", "H"]: + for k in json_data[a].keys(): + ofh.write(">" + k + "\n") + ofh.write(json_data[a][k]["seq"] + "\n") + + LOG.debug(output_file) + return output_file + + +def run_prediction(genome_files, args, alleles_fasta): + """ + Serotype prediction of all the input files, which have now been properly + converted to fasta if required, and their headers standardized + + :param genome_files: List of genome files in fasta format + :param args: program arguments from the commandline + :param alleles_fasta: fasta format file of the ectyper O- and H-alleles + :param predictions_file: the output file to store the predictions + :return: predictions_file """ - combined_file = definitions.COMBINED - filtered_file = None - if genome_format == 'fastq': - iden_file, pred_file = \ - genomeFunctions.assemble_reads(genome_file, combined_file, temp_dir) - # If no alignment resut, the file is definitely not E.Coli - if genomeFunctions.get_valid_format(iden_file) is None: - LOG.warning( - "{} is filtered out because no identification alignment found".format(genome_file)) - return filtered_file - if not (verify or species) or speciesIdentification.is_ecoli_genome( - iden_file, genome_file, mash=species): - # final check before adding the alignment for prediction - if genomeFunctions.get_valid_format(iden_file) != 'fasta': - LOG.warning( - "{0} is filtered out because no prediction alignment found".format(genome_file)) - return filtered_file - filtered_file = pred_file - if genome_format == 'fasta': - if not (verify or species) \ - or speciesIdentification.is_ecoli_genome(genome_file, mash=species): - filtered_file = genome_file - return filtered_file + + predictions_dict = {} + # create a temp dir for blastdb + with tempfile.TemporaryDirectory() as temp_dir: + # Divide genome files into groups and create databases for each set + group_size = definitions.GENOME_GROUP_SIZE + genome_groups = [ + genome_files[i:i + group_size] + for i in range(0, len(genome_files), group_size) + ] + LOG.info("Creating blast databases") + for index, g_group in enumerate(genome_groups): + + LOG.debug("Creating blast database #{0} from {1}".format(index + 1, g_group)) + blast_db = os.path.join(temp_dir, "blastdb_" + str(index)) + blast_db_cmd = [ + "makeblastdb", + "-in", ' '.join(g_group), + "-dbtype", "nucl", + "-title", "ectyper_blastdb", + "-out", blast_db] + subprocess_util.run_subprocess(blast_db_cmd) + + LOG.info("Starting blast alignment on database #{0}".format(index + 1)) + blast_output_file = blast_db + ".output" + bcline = [ + 'blastn', + '-query', alleles_fasta, + '-db', blast_db, + '-out', blast_output_file, + '-perc_identity', str(args.percentIdentity), + '-qcov_hsp_perc', str(args.percentLength), + '-max_hsps', "1", + '-outfmt', "6 qseqid qlen sseqid length pident sstart send sframe qcovhsp sseq", + '-word_size', "11" + ] + subprocess_util.run_subprocess(bcline) + + LOG.info("Starting serotype prediction for database #{0}".format(index + 1)) + db_prediction_dict = predictionFunctions.predict_serotype( + blast_output_file, definitions.SEROTYPE_ALLELE_JSON) + + # merge the per-database predictions with the final predictions dict + predictions_dict = {**db_prediction_dict, **predictions_dict} + return predictions_dict + + diff --git a/ectyper/genomeFunctions.py b/ectyper/genomeFunctions.py index 6dd7daa..fc0d4af 100644 --- a/ectyper/genomeFunctions.py +++ b/ectyper/genomeFunctions.py @@ -1,14 +1,13 @@ +#!/usr/bin/env python + ''' Genome Utilities ''' -#!/usr/bin/env python import logging import os -import re import tempfile from tarfile import is_tarfile - from Bio import SeqIO from ectyper import definitions, subprocess_util @@ -25,30 +24,35 @@ def get_files_as_list(file_or_directory): Returns: files_list (list(str)): List of all the files found. - """ - files_list = [] - if file_or_directory == '': - return files_list - if os.path.isdir(file_or_directory): - LOG.info("Gathering genomes from directory " + file_or_directory) - # Create a list containing the file names - for root, dirs, files in os.walk(file_or_directory): - for filename in files: - files_list.append(os.path.join(root, filename)) - # check if input is concatenated file locations - elif ',' in file_or_directory: - LOG.info("Using genomes in the input list") - for filename in file_or_directory.split(','): - files_list.append(os.path.abspath(filename)) - else: - LOG.info("Using genomes in file " + file_or_directory) - files_list.append(os.path.abspath(file_or_directory)) + files_list = [] + if file_or_directory: + if os.path.isdir(file_or_directory): + LOG.info("Gathering genomes from directory " + file_or_directory) + + # Create a list containing the file names + for root, dirs, files in os.walk(file_or_directory): + for filename in files: + files_list.append(os.path.join(root, filename)) + # check if input is concatenated file locations + elif ',' in file_or_directory: + LOG.info("Using genomes in the input list") + for filename in file_or_directory.split(','): + files_list.append(os.path.abspath(filename)) + else: + LOG.info("Using genomes in file " + file_or_directory) + files_list.append(os.path.abspath(file_or_directory)) - return sorted(files_list) + if not files_list: + LOG.critical("No files were found for the ectyper run") + exit("No files were found") + + sorted_files = sorted(files_list) + LOG.debug(sorted_files) + return sorted_files def get_valid_format(file): @@ -59,7 +63,7 @@ def get_valid_format(file): file (str): path of file Returns: - fm (str or None): the file format if 'fasta' or 'fastq', otherwise None + fm (str or None): the file format if 'fasta', 'fastq', 'other' """ for fm in ['fastq', 'fasta']: try: @@ -68,45 +72,33 @@ def get_valid_format(file): if any(data): if is_tarfile(file): LOG.warning("Compressed file is not supported: {}".format(file)) - return None + return 'other' return fm - except FileNotFoundError as err: - LOG.warning("{0} is not found".format(file)) - return None - except UnicodeDecodeError as err: - LOG.warning("{0} is not a valid file".format(file)) - return None - except: - LOG.warning("{0} is an unexpected file".format(file)) - return None + except FileNotFoundError: + LOG.warning("{0} is not found.".format(file)) + return 'other' + except UnicodeDecodeError: + LOG.warning("{0} is not a valid file.".format(file)) + return 'other' + except ValueError: + LOG.debug("{0} is not a {1} file.".format(file, fm)) + LOG.warning("{0} is not a fasta/fastq file".format(file)) - return None + return 'other' def get_genome_names_from_files(files, temp_dir): """ For each file: - Takes the first header from a fasta file and sends it to the get_genome_name - function. Returns the name of the genome. If the name of the file is to be - used as the genome name, creates a temporary file using >lcl|filename as the - first part of the header. - - Args: - files (list): The list of files to get the genome names for - tempdir (str): A tempdir where the copied files will be stored - - Returns: - tuple(list(str), list(str)): first list is genome names, second list is file names + Uses the name of the file for the genome name, creates a temporary file using + >lcl|filename as the name in the fasta header. + :param files: All the fasta files for analyses + :param temp_dir: The ectyper temp directory + :return: List of files with fasta headers modified for filename """ - list_of_genomes = [] - list_of_files = [] + modified_genomes = [] for file in files: - # Always to use the filename as the genome name. - # This means we also need to create a new file adding - # the filename to each of the headers, so that downstream applications - # (eg. BLAST) can be used with the filename as genome name. - # get only the name of the file for use in the fasta header file_base_name = os.path.basename(file) file_path_name = os.path.splitext(file_base_name)[0] @@ -116,8 +108,7 @@ def get_genome_names_from_files(files, temp_dir): new_file = tempfile.NamedTemporaryFile(dir=temp_dir, delete=False).name # add the new name to the list of files and genomes - list_of_files.append(new_file) - list_of_genomes.append(n_name) + modified_genomes.append(new_file) with open(new_file, "w") as outfile: with open(file) as infile: @@ -125,156 +116,189 @@ def get_genome_names_from_files(files, temp_dir): outfile.write(">lcl|" + n_name + "|" + record.description + "\n") outfile.write(str(record.seq) + "\n") - return list_of_genomes, list_of_files + LOG.debug(("Modified genomes: {}".format(modified_genomes))) + return modified_genomes -def get_genome_name(header): +def create_bowtie_base(temp_dir, reference): """ - Getting the name of the genome by hierarchy. This requires reading the first - fasta header from the file. It also assumes a single genome per file. + Create the bowtie reference, based on the combined E. coli markers and + O- and H- type alleles - Args: - header (str): The header containing the record. - - Returns: - genomeName (str): Name of the genome contained in the header. + :param temp_dir: Program wide temporary directory + :param reference: The fasta file to use as a reference for the base + :return: The full path to bowtie_base """ - re_patterns = ( - # Look for lcl followed by the possible genome name - re.compile('(lcl\|[\w\-\.]+)'), - - # Look for contigs in the wwwwdddddd format - re.compile('([A-Za-z]{4}\d{2})\d{6}'), - - # Look for a possible genome name at the beginning of the record ID - re.compile('^(\w{8}\.\d)'), - - # Look for ref, gb, emb or dbj followed by the possible genome name - re.compile('(ref\|\w{2}_\w{6}|gb\|\w{8}|emb\|\w{8}|dbj\|\w{8})'), - - # Look for gi followed by the possible genome name - re.compile('(gi\|\d{8})'), + LOG.info("Creating bowtie2 base index") + bowtie_base = os.path.join(temp_dir, 'bowtie_reference') + LOG.info("Creating the bowtie2 index at {}".format(bowtie_base)) + bowtie_build = [ + 'bowtie2-build', + '-f', + reference, + bowtie_base + ] + subprocess_util.run_subprocess(bowtie_build) + return bowtie_base - # Look for name followed by space, then description - re.compile('^([\w\-\.]+)\s+[\w\-\.]+') - ) - - # if nothing matches, use the full header as genome_name - genome_name = header - for rep in re_patterns: - m = rep.search(header) - - if m: - genome_name = m.group(1) - break - - return str(genome_name) - -def assemble_reads(reads, reference, temp_dir): - ''' - Return path to assembled reads. - Assemble short reads by mapping to a reference genome. - Default output is the same as reads file - (basename+'iden.fasta' and basename+'pred.fasta'). - Args: - reads (str): FASTQ/FQ format reads file - reference (str): FASTA format reference file - temp_dir (str): temp_dir for storing assembled files +def assemble_reads(reads, bowtie_base, combined_fasta, temp_dir): + """ + Assembles fastq reads to the specified reference file. + :param reads: The fastq file to assemble + :param bowtie_base: The full-path to the bowtie reference created for this run + :param combined_fasta: Combined E. coli markers and O- and H- alleles + :param temp_dir: The ectyper temporary directory + :return: The full path to the assembled fasta file + """ - Returns: - tuple(str, str): identifcation and prediction fasta file - ''' - output = os.path.join( + output_fasta = os.path.join( temp_dir, - os.path.splitext(os.path.basename(reads))[0]+'.fasta' + os.path.splitext(os.path.basename(reads))[0] + '.fasta' ) - # run once if index reference does not exist - index_path = \ - os.path.join( - definitions.DATA_DIR, - 'bowtie_index', - os.path.splitext(os.path.basename(reference))[0] - ) - index_dir = os.path.split(index_path)[0] - if not os.path.isdir(index_dir): - LOG.info('Reference index does not exist. Creating new reference index at {}'.format(index_dir)) - if not os.path.exists(index_dir): - os.makedirs(index_dir) - cmd1 = [ - 'bowtie2-build', - reference, - index_path - ] - subprocess_util.run_subprocess(cmd1) - - cmd2 = [ + # Run bowtie2 + sam_reads = os.path.join(temp_dir, 'reads.sam') + bowtie_run = [ 'bowtie2', '--score-min L,1,-0.5', '--np 5', - '-x', index_path, + '-x', bowtie_base, '-U', reads, - '-S', os.path.join(temp_dir, 'reads.sam') + '-S', sam_reads ] - subprocess_util.run_subprocess(cmd2) + subprocess_util.run_subprocess(bowtie_run) - cmd3 = [ - definitions.SAMTOOLS, 'view', + # Convert reads from sam to bam + bam_reads = os.path.join(temp_dir, 'reads.bam') + sam_convert = [ + 'samtools', 'view', + '-S', '-F 4', '-q 1', - '-bS', os.path.join(temp_dir, 'reads.sam'), - '-o', os.path.join(temp_dir, 'reads.bam') + '-b', + '-o', bam_reads, + sam_reads, ] - subprocess_util.run_subprocess(cmd3) - cmd4 = [ - definitions.SAMTOOLS, 'sort', - os.path.join(temp_dir, 'reads.bam'), - '-o', os.path.join(temp_dir, 'reads.sorted.bam'), + subprocess_util.run_subprocess(sam_convert) + + # Sort the reads + sorted_bam_reads = os.path.join(temp_dir, 'reads.sorted.bam') + sam_sort = [ + 'samtools', 'sort', + bam_reads, + '-o', sorted_bam_reads ] - subprocess_util.run_subprocess(cmd4) + subprocess_util.run_subprocess(sam_sort) + + # Create fasta from the reads + mpileup = [ + 'bcftools', 'mpileup', + '-f', combined_fasta, + sorted_bam_reads] + mpileup_output = subprocess_util.run_subprocess(mpileup) + + variant_calling = [ + 'bcftools', + 'call', + '-c' + ] + variant_calling_output = subprocess_util.run_subprocess(variant_calling, mpileup_output.stdout) - shell_cmd = [ - definitions.SAMTOOLS+' mpileup -uf', # mpileup - reference, - os.path.join(temp_dir, 'reads.sorted.bam'), - '|', - 'bcftools call -c', # variant calling - '|', - 'vcfutils.pl vcf2fq', # vcf to fq - '|', - 'seqtk seq -A -', # fq to fasta - '>', - output + to_fastq = [ + 'vcfutils.pl', + 'vcf2fq' + ] + to_fastq_output = subprocess_util.run_subprocess(to_fastq, variant_calling_output.stdout) + + to_fasta = [ + 'seqtk', + 'seq', + '-A' ] - subprocess_util.run_subprocess(' '.join(shell_cmd), is_shell=True) - return split_mapped_output(output) + to_fasta_output = subprocess_util.run_subprocess(to_fasta, to_fastq_output.stdout) -def split_mapped_output(file): - ''' - Splits given fasta files into two file based on 'lcl' tags - in the seq header + # Write the final fasta file as bytes rather than str + LOG.info("Creating fasta file {}".format(output_fasta)) + with open(output_fasta, 'wb') as ofh: + ofh.write(to_fasta_output.stdout) + + return output_fasta + + +def get_raw_files(raw_files): + """Take all the raw files, and filter not fasta / fastq Args: - file (str): path to input fasta file + raw_files(str): list of files from user input Returns: - (str): path to ecoli identification fasta seq - (str): path to serotype prediction fasta seq - ''' - identif_file = os.path.splitext(file)[0]+'.iden.fasta' - predict_file = os.path.splitext(file)[0]+'.pred.fasta' - identif_seqs = [] - predict_seqs = [] - for record in SeqIO.parse(file, 'fasta'): - if 'lcl' in record.description: - identif_seqs.append(record) + A dictionary collection of fasta and fastq files + example: + {'raw_fasta_files':[], + 'raw_fastq_files':[]} + """ + fasta_files = [] + fastq_files = [] + other_files = [] + + for file in raw_files: + file_format = get_valid_format(file) + if file_format == 'fasta': + fasta_files.append(file) + elif file_format == 'fastq': + fastq_files.append(file) else: - predict_seqs.append(record) - with open(identif_file, "w") as output_handle: - SeqIO.write(identif_seqs, output_handle, "fasta") - with open(predict_file, "w") as output_handle: - SeqIO.write(predict_seqs, output_handle, "fasta") - return identif_file, predict_file + other_files.append(file) + + LOG.debug('raw fasta files: {}'.format(fasta_files)) + LOG.debug('raw fastq files: {}'.format(fastq_files)) + LOG.debug("other non- fasta/fastq files: {}".format(other_files)) + + return({'fasta':fasta_files, + 'fastq':fastq_files, + 'other':other_files}) + + +def assembleFastq(raw_files_dict, temp_dir, combined_fasta, bowtie_base): + """ + For any fastq files, map and assemble the serotyping genes, and optionally + the E. coli specific genes. + :param raw_files_dict: Dictionary of ['fasta'] and ['fastq'] files + :param temp_dir: Temporary files created for ectyper + :param combined_fasta: Combined E. coli markers and O- and H- alleles + :param bowtie_base: The bowtie base index of O- and H- alleles and E. coli markers + :return: list of all fasta files, including the assembled fastq + """ + + all_fasta_files = raw_files_dict['fasta'] + for fastq_file in raw_files_dict['fastq']: + fasta_file = assemble_reads(fastq_file, bowtie_base, combined_fasta, temp_dir) + all_fasta_files.append(fasta_file) + + return all_fasta_files + + +def create_combined_alleles_and_markers_file(alleles_fasta, temp_dir): + """ + Create a combined E. coli specific marker and serotyping allele file + Do this every program run to prevent the need for keeping a separate combined file in sync. + + :param alleles_fasta: The O- and H- alleles file + :param temp_dir: Temporary directory for program run + :return: The combined alleles and markers file + """ + + combined_file = os.path.join(temp_dir, 'combined_ident_serotype.fasta') + LOG.info("Creating combined serotype and identification fasta file") + + with open(combined_file, 'w') as ofh: + with open(definitions.ECOLI_MARKERS, 'r') as mfh: + ofh.write(mfh.read()) + + with open(alleles_fasta, 'r') as sfh: + ofh.write(sfh.read()) + + return combined_file diff --git a/ectyper/loggingFunctions.py b/ectyper/loggingFunctions.py index d55f1ac..3e7408d 100644 --- a/ectyper/loggingFunctions.py +++ b/ectyper/loggingFunctions.py @@ -1,45 +1,23 @@ -#!/usr/bin/env python -""" - Set up the logging -""" - import logging -import os - -import ectyper.definitions as D - -def initialize_logging(): +def create_logger(): """ - Set up the screen and file logging. + Create the logger for ectyper - Args: - None - - Returns: - log_file (str): The log filename + :return: The root logger for the program """ - # set up DEBUG logging to file, INFO logging to STDERR - log_file = os.path.join(D.WORKPLACE_DIR, 'ectyper.log') - + log = logging.getLogger('ectyper') formatter = logging.Formatter( '%(asctime)s %(name)-12s %(levelname)-8s %(message)s') - - # logging to file - logging.basicConfig( - level=logging.DEBUG, - format='%(asctime)s %(name)-12s %(levelname)-8s %(message)s', - datefmt='%m-%d %H:%M', - filename=log_file, - filemode='w') + log.setLevel(logging.DEBUG) # define a Handler which writes INFO messages or higher to the sys.stderr console = logging.StreamHandler() console.setFormatter(formatter) console.setLevel(logging.INFO) + log.addHandler(console) + + return log - # add the handler to the root logger - logging.getLogger('').addHandler(console) - return log_file diff --git a/ectyper/predictionFunctions.py b/ectyper/predictionFunctions.py index 8401e10..e7a6e1a 100644 --- a/ectyper/predictionFunctions.py +++ b/ectyper/predictionFunctions.py @@ -3,8 +3,6 @@ import json import logging import os -from collections import defaultdict - import pandas as pd LOG = logging.getLogger(__name__) @@ -13,134 +11,102 @@ Serotype prediction for E. coli """ -def predict_serotype(blast_output_file, ectyper_dict_file, predictions_file, detailed=False): - """Make serotype prediction for all genomes based on blast output - - Args: - blast_output_file(str): - blastn output with outfmt: - "6 qseqid qlen sseqid length pident sstart send sframe qcovhsp -word_size 11" - ectyper_dict_file(str): - mapping file used to associate allele id to allele informations - predictions_file(str): - csv file to store result - detailed(bool, optional): - whether to generate detailed output or not - - Returns: - predictions_file + +def predict_serotype(blast_output_file, ectyper_dict_file): + """ + Predict the serotype of all genomes, given the blast output of the markers against the genomes + + :param blast_output_file: Results of allele file against the genomes of interest + :param ectyper_dict_file: JSON file of known alleles and their O and H mappings + :return: The CSV formatted predictions file """ - basename, extension = os.path.splitext(predictions_file) - parsed_output_file = ''.join([basename, '_raw', extension]) LOG.info("Predicting serotype from blast output") output_df = blast_output_to_df(blast_output_file) ectyper_df = ectyper_dict_to_df(ectyper_dict_file) + with pd.option_context('display.max_rows', None, 'display.max_columns', None): + LOG.debug("blast_df:\n{}".format(output_df)) + LOG.debug("ectyper_df:\n{}".format(ectyper_df)) + # Merge output_df and ectyper_df output_df = output_df.merge(ectyper_df, left_on='qseqid', right_on='name', how='left') predictions_dict = {} + # Select individual genomes output_df['genome_name'] = output_df['sseqid'].str.split('|').str[1] - # Initialize constants - gene_pairs = {'wzx':'wzy', 'wzy':'wzx', 'wzm':'wzt', 'wzt':'wzm'} - predictions_columns = ['O_prediction', 'O_info', 'H_prediction', 'H_info'] - gene_list = ['wzx', 'wzy', 'wzm', 'wzt', 'fliC', 'fllA', 'flkA', 'flmA', 'flnA'] - if detailed: - # Add gene lists for detailed output report - for gene in gene_list: - predictions_columns.append(gene) + + # Make prediction for each genome based on blast output for genome_name, per_genome_df in output_df.groupby('genome_name'): - # Make prediction for each genome based on blast output - predictions_dict[genome_name] = get_prediction( - per_genome_df, predictions_columns, gene_pairs, detailed) - predictions_df = pd.DataFrame(predictions_dict).transpose() - if predictions_df.empty: - predictions_df = pd.DataFrame(columns=predictions_columns) - predictions_df = predictions_df[predictions_columns] - store_df(output_df, parsed_output_file) - store_df(predictions_df, predictions_file) + predictions_dict[genome_name] = get_prediction(per_genome_df) + + LOG.info("Serotype prediction completed") - return predictions_file - -def get_prediction(per_genome_df, predictions_columns, gene_pairs, detailed, ): - """Make serotype prediction for single genomes based on blast output - - Args: - per_genome_df(DataFrame): - blastn outputs for the given genome - predictions_columns(dict): - columns to be filled by prediction function - gene_pairs(dict): - dict of pair genes used for paired logic - detailed(bool): - whether to generate detailed output or not - Return: - Prediction dictionary for the given genome + LOG.debug("Predictions dict:\n{}".format(predictions_dict)) + return predictions_dict + + +def get_prediction(per_genome_df): """ - # Extract potential predictors - useful_columns = [ - 'gene', 'serotype', 'score', 'name', 'desc', 'pident', 'qcovhsp', 'qseqid', 'sseqid' - ] - per_genome_df = per_genome_df.sort_values(['gene', 'serotype', 'score'], ascending=False) - per_genome_df = per_genome_df[~per_genome_df.duplicated(['gene', 'serotype'])] - predictors_df = per_genome_df[useful_columns] - predictors_df = predictors_df.sort_values('score', ascending=False) - predictions = {} - for column in predictions_columns: - predictions[column] = None - for predicting_antigen in ['O', 'H']: - genes_pool = defaultdict(list) - for index, row in predictors_df.iterrows(): - gene = row['gene'] - if detailed: - predictions[gene] = True - if not predictions[predicting_antigen+'_prediction']: - serotype = row['serotype'] - if serotype[0] is not predicting_antigen: - continue - genes_pool[gene].append(serotype) - prediction = None - if len(serotype) < 1: - continue - antigen = serotype[0].upper() - if antigen != predicting_antigen: + Make serotype prediction for a single genome based on the blast output + + :param per_genome_df: The blastn results for the given genome + :return: serotype dictionary + """ + + per_genome_df = per_genome_df.sort_values('score', ascending=False) + LOG.debug("per_genome_df:\n{}".format(per_genome_df)) + + # The DataFrame is sorted in descending order by score + # Once we hit a wzx / wzy or wzm / wzt pair, O type is done + # Once we hit a flX gene, H type is done + + serotype = { + 'O':'-', + 'H':'-' + } + + for row in per_genome_df.itertuples(): + # if O or H is already set, skip + # get the 'O' or 'H' from the antigen column + ant = row.antigen[:1] + if serotype[ant] == '-': + if ant == 'H': + serotype[ant] = row.antigen + serotype[row.antigen] = { + row.gene:row.score + } + else: + # logic for O-type pairs + # skip if an allele for a gene already exists + if row.antigen in serotype and row.gene in serotype[row.antigen]: continue - if gene in gene_pairs.keys(): - predictions[antigen+'_info'] = 'Only unpaired alignments found' - # Pair gene logic - potential_pairs = genes_pool.get(gene_pairs.get(gene)) - if potential_pairs is None: - continue - if serotype in potential_pairs: - prediction = serotype else: - # Normal logic - prediction = serotype - if prediction is None: - continue - predictions[antigen+'_info'] = 'Alignment found' - predictions[predicting_antigen+'_prediction'] = prediction - # No alignment found - ## Make prediction based on non-paired gene - ## if only one non-paired gene is avaliable - if predictions.get(predicting_antigen+'_prediction') is None: - if len(genes_pool) == 1: - serotypes = list(genes_pool.values())[0] - if len(serotypes) == 1: - predictions[antigen+'_info'] = 'Lone unpaired alignment found' - predictions[predicting_antigen+'_prediction'] = serotypes[0] - return predictions + # if antigen has never been encountered, init + if row.antigen not in serotype: + serotype[row.antigen] = {} + + serotype[row.antigen][row.gene] = row.score + # if wzm / wzy or wzx / wzy, call the match + if 'wzx' in serotype[row.antigen] and 'wzy' in serotype[row.antigen]: + serotype[ant] = row.antigen + elif 'wzm' in serotype[row.antigen] and 'wzt' in serotype[row.antigen]: + serotype[ant] = row.antigen + else: + continue + else: + continue + + return serotype + def blast_output_to_df(blast_output_file): - '''Convert raw blast output file to DataFrame - Args: - blast_output_file(str): location of blast output - - Returns: - DataFrame: - DataFrame that contains all informations from blast output - ''' - # Load blast output + """ + Convert the raw Blast output to a DataFrame + + :param blast_output_file: Blast results to convert + :return: DataFrame of the blast results + """ + output_data = [] with open(blast_output_file, 'r') as fh: for line in fh: @@ -154,31 +120,41 @@ def blast_output_to_df(blast_output_file): 'sstart': fields[5], 'send': fields[6], 'sframe': fields[7], - 'qcovhsp': fields[8] + 'qcovhsp': fields[8], + 'sseq': fields[9] } output_data.append(entry) df = pd.DataFrame(output_data) + if not output_data: - LOG.info("No hit found for this blast query") + LOG.warning("No hits found for blast output file {}".format(blast_output_file)) + # Return empty dataframe with correct columns return pd.DataFrame( columns=[ 'length', 'pident', 'qcovhsp', 'qlen', 'qseqid', 'send', - 'sframe', 'sseqid', 'sstart' + 'sframe', 'sseqid', 'sstart', 'sseq' ]) - df['score'] = df['pident'].astype(float)*df['qcovhsp'].astype(float)/10000 - return df + else: + df['score'] = df['pident'].astype(float)*df['qcovhsp'].astype(float)/10000 + return df + def ectyper_dict_to_df(ectyper_dict_file): - # Read ectyper dict + """ + Load all the known alleles for the O and H genes, and store them as a DataFrame. + :param ectyper_dict_file: JSON file of all known O- and H- alleles + :return: DataFrame of the JSON file + """ + with open(ectyper_dict_file) as fh: ectyper_dict = json.load(fh) temp_list = [] for antigen, alleles in ectyper_dict.items(): for name, allele in alleles.items(): new_entry = { - 'serotype': allele.get('allele'), + 'antigen': allele.get('allele'), 'name': name, 'gene': allele.get('gene'), 'desc': allele.get('desc') @@ -187,45 +163,57 @@ def ectyper_dict_to_df(ectyper_dict_file): df = pd.DataFrame(temp_list) return df -def store_df(src_df, dst_file): - """Append dataframe to a file if it exists, otherwise, make a new file - Args: - src_df(str): dataframe object to be stored - dst_file(str): dst_file to be modified/created + +def report_result(final_dict, output_file): """ - if os.path.isfile(dst_file): - with open(dst_file, 'a') as fh: - src_df.to_csv(fh, header=False) - else: - with open(dst_file, 'w') as fh: - src_df.to_csv(fh, header=True, index_label='genome') - -def report_result(csv_file): - '''Report the content of dataframe in log - - Args: - csv_file(str): location of the prediction file - ''' - df = pd.read_csv(csv_file) - if df.empty: - LOG.info('No prediction was made becuase no alignment was found') - return - LOG.info('\n{0}'.format(df.to_string(index=False))) - -def add_non_predicted(all_genomes_list, predictions_file): - '''Add genomes that do not show up in blast result to prediction file - - Args: - all_genome_list(list): - list of genomes from user input - predictions_file(str): - location of the prediction file - Returns: - str: location of the prediction file - ''' - df = pd.read_csv(predictions_file) - df = df.merge(pd.DataFrame(all_genomes_list, columns=['genome']), on='genome', how='outer') - df.fillna({'O_info':'No alignment found', 'H_info':'No alignment found'}, inplace=True) - df.fillna('-', inplace=True) - df.to_csv(predictions_file, index=False) - return predictions_file + Outputs the results of the ectyper run to the output file, and to the log. + + :param final_dict: Final ectyper predictions dictionary + :param output_file: File whose contents will be added to the log + :return: None + """ + + output = [] + for k, v in final_dict.items(): + output_line = [k] + + if 'error' in v: + output_line.append(v['error']) + else: + output_line.append(v['O']) + output_line.append(v['H']) + + antigens = [v['O'], v['H']] + for ant in antigens: + if ant != "-": + for kk, vv in sorted(v[ant].items()): + output_line.append(kk + ':' + " {0:.2f}".format(vv)) + print_line = "\t".join(output_line) + output.append(print_line + "\n") + LOG.info(print_line) + + with open(output_file, "w") as ofh: + for line in sorted(output): + ofh.write(line) + + +def add_non_predicted(all_genomes_list, predictions_dict, other_dict): + """ + Add genomes that do not show up in the blast results to the final predictions + + :param all_genomes_list: the list of genomes given by the user + :param predictions_data_frame: the Dict containing the ectyper predictions + :return: modified prediction file + """ + + # genome names are given without the filename extension + for g in all_genomes_list: + gname = os.path.splitext(os.path.split(g)[1])[0] + + if gname not in predictions_dict: + LOG.debug("gname is {}".format(gname)) + predictions_dict[gname] = { + 'error': other_dict[g] + } + + return predictions_dict diff --git a/ectyper/speciesIdentification.py b/ectyper/speciesIdentification.py index bb1e63e..f6e9003 100644 --- a/ectyper/speciesIdentification.py +++ b/ectyper/speciesIdentification.py @@ -1,74 +1,79 @@ import logging -import multiprocessing import os import tempfile -from Bio import SeqIO - -from ectyper import genomeFunctions, blastFunctions, definitions, subprocess_util +from ectyper import genomeFunctions, definitions, subprocess_util +import re LOG = logging.getLogger(__name__) -def is_ecoli_genome(iden_file, genome_file=None, mash=False): - ''' - Return True if file is classified as ecoli by ecoli markers, otherwise False - Args: - iden_file (str): path to valid fasta genome file - genome_file (str): Optional path to valid fastq file for reads - mash (bool): Optional input to decide whether to use mash if genome is - identified as non-ecoli +def is_ecoli(genome_file): + """ + Checks whether the given genome is E. coli or not - Returns: - bool: True if iden_file is ecoli, False otherwise - ''' - if genome_file is None: - genome_file = iden_file - num_hit = get_num_hits(iden_file) + :param genome_file: The genome file in fasta format + :return: True or False + """ + + num_hit = get_num_hits(genome_file) if num_hit < 3: - LOG.info( - "{0} is identified as " - "an invalid e.coli genome file " - "by marker approach".format(os.path.basename(iden_file))) - if mash: - species = get_species(genome_file) - LOG.info( - "{0} is identified as genome of " - "{1} by mash approach".format(os.path.basename(iden_file), species)) + LOG.warning( + "{0} is identified as an invalid E. coli genome " + "by the marker approach of " + "https://bmcmicrobiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12866-016-0680-0#Tab3" + " where at least three E. coli specific markers must be " + "present".format(os.path.basename(genome_file))) return False - LOG.debug("{0} is a valid e.coli genome file".format(os.path.basename(iden_file))) - return True + else: + return True -def get_num_hits(target): - ''' - Return number of matching hits when query the reference genome - on the target genome - Args: - target (str): target genome +def get_num_hits(target): + """ + Identify the number of E. coli specific markers carried by the target genome. + :param target: The genome file under analysis + :return: The number of E. coli specific markers found + """ - Returns: - int: number of hits found - ''' num_hit = 0 - try: - with tempfile.TemporaryDirectory() as temp_dir: - blast_db = blastFunctions.create_blast_db([target], temp_dir) - result = blastFunctions.run_blast_for_identification( - definitions.ECOLI_MARKERS, - blast_db - ) - with open(result) as handler: - LOG.debug("get_num_hits() output:") - for line in handler: - LOG.debug(line) - num_hit += 1 - LOG.debug("{0} aligned to {1} marker sequences".format(target, num_hit)) - except SystemExit: - pass + name = os.path.splitext(os.path.split(target)[1])[0] + + with tempfile.TemporaryDirectory() as tdir: + blast_db = os.path.join(tdir, name) + blast_db_cmd = [ + "makeblastdb", + "-in", target, + "-dbtype", "nucl", + "-title", "ecoli_test", + "-out", blast_db] + subprocess_util.run_subprocess(blast_db_cmd) + + result_file = blast_db + ".output" + bcline = [ + 'blastn', + '-query', definitions.ECOLI_MARKERS, + '-db', blast_db, + '-out', result_file, + '-perc_identity', "90", + '-qcov_hsp_perc', "90", + '-max_target_seqs', "1", + '-outfmt', "6 qseqid qlen sseqid length pident sstart send sframe", + '-word_size', "11" + ] + subprocess_util.run_subprocess(bcline) + + with open(result_file) as handler: + LOG.debug("get_num_hits() output:") + for line in handler: + LOG.debug(line) + num_hit += 1 + LOG.debug("{0} aligned to {1} marker sequences".format(target, num_hit)) + return num_hit -def get_species(file): - ''' + +def get_species(file, args): + """ Given a fasta/fastq file, return the most likely species identification Args: @@ -76,77 +81,78 @@ def get_species(file): Returns: str: name of estimated species - ''' - LOG.info("Identifying species for {0}".format(file)) - if not os.path.isfile(definitions.REFSEQ_SKETCH): - LOG.warning("No refseq found.") - return None - species = 'unknown' - if genomeFunctions.get_valid_format(file) == 'fasta': - tmp_file = tempfile.NamedTemporaryFile().name - basename = os.path.basename(file).replace(' ', '_') - with open(tmp_file, 'w') as new_fh: - header = '> {0}\n'.format(basename) - new_fh.write(header) - for record in SeqIO.parse(file, 'fasta'): - new_fh.write(str(record.seq)) - new_fh.write('nnnnnnnnnnnnnnnnnnnn') - try: - species = get_species_helper(tmp_file) - except Exception: - pass - if genomeFunctions.get_valid_format(file) == 'fastq': - species = get_species_helper(file) - return species + """ -def get_species_helper(file): - ''' - Given a fasta/fastq file with one sequence, return the most likely species - identification + mash_cmd = [ + 'mash', 'dist', + args.refseq, + file + ] + mash_output = subprocess_util.run_subprocess(mash_cmd) - Args: - file (str): fasta/fastq file input + sort_cmd = [ + 'sort', + '-gk3' + ] + sort_output = subprocess_util.run_subprocess(sort_cmd, input_data=mash_output.stdout) - Returns: - str: name of estimated species - ''' - species = 'unknown' - cmd = [ - 'mash', 'dist', - file, - definitions.REFSEQ_SKETCH, - '|', - 'sort -gk3 -', - '|', - 'head -1 -' + head_cmd = [ + 'head', + '-n', '1' ] - try: - mash_output = subprocess_util.run_subprocess(' '.join(cmd), is_shell=True) - ass_acc_num = '_'.join(mash_output.split('\t')[1].split('_')[:2]) - cmd = [ - 'grep -E', - ass_acc_num, - definitions.REFSEQ_SUMMARY - ] - summary_output = subprocess_util.run_subprocess(' '.join(cmd), is_shell=True) - species = summary_output.split('\t')[7] - return species - except Exception as err: - LOG.warning('No matching species found with distance estimation:{0}'.format(err)) - try: - cmd = [ - 'mash screen', - '-w', - '-p', str(multiprocessing.cpu_count()//2), - definitions.REFSEQ_SKETCH, - file, - '| sort -gr - | head -1 -' - ] - screen_output = subprocess_util.run_subprocess(' '.join(cmd), is_shell=True) - LOG.debug(screen_output.split('\t')) - species = screen_output.split('\t')[5].split('\n')[0] - except Exception as err2: - LOG.warning( - 'No matching species found with distance screening either:{}'.format(err2) - ) + + head_output = subprocess_util.run_subprocess(head_cmd, input_data=sort_output.stdout) + top_match = head_output.stdout.decode("utf-8").split()[0] + LOG.info(top_match) + + m = re.match(r"(GCF_\d+)", top_match) + refseq_key = None + if m: + refseq_key = m.group(1) + else: + LOG.critical("Unknown key from MASH species search") + exit("MASH error") + + LOG.info(refseq_key) + grep_cmd = [ + 'grep', + refseq_key, + definitions.REFSEQ_SUMMARY + ] + grep_output = subprocess_util.run_subprocess(grep_cmd) + + species = grep_output.stdout.decode("utf-8").split('\t')[7] + LOG.info(species) + return species + + +def verify_ecoli(fasta_files, ofiles, args): + """ + Verifying the _E. coli_-ness of the genome files + :param fasta_files: [] of all fasta files + :param ofiles: [] of all non-fasta files + :param args: Command line arguments + :return: ([ecoli_genomes], {file:species}) + """ + + ecoli_files = [] + other_files = {} + + for f in fasta_files: + if is_ecoli(f): + ecoli_files.append(f) + else: + if args.refseq: + other_files[f] = get_species(f, args) + else: + other_files[f] = "Failed E. coli species confirmation" + + for bf in ofiles: + other_files[bf] = "Non fasta / fastq file" + + return ecoli_files, other_files + + + + diff --git a/ectyper/subprocess_util.py b/ectyper/subprocess_util.py index 5f1391f..fe9e4aa 100644 --- a/ectyper/subprocess_util.py +++ b/ectyper/subprocess_util.py @@ -1,14 +1,14 @@ -''' -Utilities -''' +#!/usr/bin/env python + import logging import subprocess import timeit LOG = logging.getLogger(__name__) -def run_subprocess(cmd, is_shell=False): - ''' + +def run_subprocess(cmd, input_data=None, un=False): + """ Run cmd command on subprocess Args: @@ -16,19 +16,25 @@ def run_subprocess(cmd, is_shell=False): Returns: stdout (str): The stdout of cmd - ''' + """ + start_time = timeit.default_timer() - LOG.debug("Running: {0}".format(cmd)) comp_proc = subprocess.run( cmd, - shell=is_shell, - universal_newlines=True, - check=True, + shell=False, + input = input_data, + check=False, + universal_newlines=un, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE ) - stderr = comp_proc.stderr - stdout = comp_proc.stdout - elapsed_time = timeit.default_timer() - start_time - LOG.debug("Subprocess finished successfully in {:0.3f} sec.".format(elapsed_time)) - return stdout + + if comp_proc.returncode == 0: + elapsed_time = timeit.default_timer() - start_time + LOG.debug("Subprocess {} finished successfully in {:0.3f} sec.".format(cmd, elapsed_time)) + return comp_proc + else: + LOG.error("Error in subprocess. The following command failed: {}".format(cmd)) + LOG.error("Subprocess {} failed with error: ".format(cmd, comp_proc.stderr)) + LOG.critical("ectyper has stopped") + exit("subprocess failure") diff --git a/enterobase_serotype.csv b/enterobase_serotype.csv deleted file mode 100644 index 5cd1ccf..0000000 --- a/enterobase_serotype.csv +++ /dev/null @@ -1,5845 +0,0 @@ -,genome name,given H,given O,serotype tag -0,ESC_HA7792AA_AS,,,Ox13 -1,ESC_HA9975AA_AS,21,98,O98:H21. -2,ESC_HA7457AA_AS,7,157,O157:H7 -3,ESC_IA1636AA_AS,11,26,O26:H11 -4,ESC_HA7911AA_AS,,40,O40 -5,ESC_GA6789AA_AS,,26,O26 -6,ESC_HA8681AA_AS,7,104,O104:H7 -7,ESC_HA1758AA_AS,,30,O30 -8,ESC_IA0097AA_AS,21,116,O116:H21 -9,ESC_IA0176AA_AS,49,181,O181:H49 -10,ESC_HA8229AA_AS,,8,O8 -11,ESC_GA6833AA_AS,11,86,O86:H11 -12,ESC_KA7806AA_AS,7,157,O157:H7 -13,ESC_IA1488AA_AS,31,6,O6:H31 -14,ESC_BA2437AA_AS,,157,O157 -15,ESC_BA2284AA_AS,6,2,O2:H6 -16,ESC_HA7522AA_AS,7,157,O157:H7 -17,ESC_HA0120AA_AS,,121,O121 -18,ESC_LA5738AA_AS,11,103,O103:H11 -19,ESC_GA3669AA_AS,,110,O110 -20,ESC_CA4319AA_AS,,157,O157 -21,ESC_KA6814AA_AS,7,157,O157:H7 -22,ESC_HA8174AA_AS,,99,O99 -23,ESC_KA7857AA_AS,,7,O7:Hnt -24,ESC_FA6831AA_AS,39,157,O157:H39 -25,ESC_HA4902AA_AS,7,157,O157:H7 -26,ESC_KA6815AA_AS,7,157,O157:H7 -27,ESC_GA2931AA_AS,7,157,O157:H7 -28,ESC_GA3652AA_AS,,55,O55 -29,ESC_CA0854AA_AS,7,157,O157:H7 -30,ESC_BA3668AA_AS,,26,O26 -31,ESC_GA9206AA_AS,31,6,O6:H31 -32,ESC_GA2927AA_AS,7,157,O157:H7 -33,ESC_CA0022AA_AS,,157,O157 -34,ESC_LA1372AA_AS,,103,O103 -35,ESC_BA6051AA_AS,,157,O157 -36,ESC_GA8985AA_AS,,55,O55 -37,ESC_CA1745AA_AS,,157,O157 -38,ESC_GA8936AA_AS,2,103,O103:H2 -39,ESC_HA8076AA_AS,38,,Ox38:H38 -40,ESC_AA9198AA_AS,,157,O157 -41,ESC_HA1829AA_AS,,183,O183 -42,ESC_HA8560AA_AS,11,11,O11:H11 -43,ESC_GA9181AA_AS,,181,O181 -44,ESC_HA2669AA_AS,7,157,O157:H7 -45,ESC_FA9639AA_AS,,26,O26 -46,ESC_IA1468AA_AS,,157,O157 -47,ESC_HA8581AA_AS,26,80,O80:H26 -48,ESC_IA0096AA_AS,2,,O.:H2 -49,ESC_GA9216AA_AS,11,26,O26:H11 -50,ESC_GA9438AA_AS,31,175,O175:H31 -51,ESC_FA6837AA_AS,51,58,O58:H51 -52,ESC_HA8033AA_AS,,2,O2 -53,ESC_CA5990AA_AS,,157,O157 -54,ESC_HA4898AA_AS,7,157,O157:H7 -55,ESC_IA0060AA_AS,9,,O.:H9 -56,ESC_GA9317AA_AS,7,55,O55:H7 -57,ESC_NA9441AA_AS,7,157,O157:H7 -58,ESC_FA6859AA_AS,29,54,O54:K+:H29 -59,ESC_IA2219AA_AS,6,12,O12:K1:H6 -60,ESC_CA0439AA_AS,,,Non-O157 -61,ESC_HA9058AA_AS,,36,O36 -62,ESC_CA4208AA_AS,,157,O157 -63,ESC_GA9271AA_AS,,6,O6 -64,ESC_GA0438AA_AS,,157,O157 -65,ESC_GA1482AA_AS,2,103,O103:H2 -66,ESC_KA6037AA_AS,11,26,O26:H11 -67,ESC_CA6155AA_AS,,103,O103 -68,ESC_IA1134AA_AS,,157,O157 -69,ESC_GA6838AA_AS,,141,O141 -70,ESC_HA8607AA_AS,23,149,O149:H23 -71,ESC_KA6018AA_AS,11,26,O26:H11 -72,ESC_GA1529AA_AS,,121,O121 -73,ESC_LA1546AA_AS,21,91,O91:H21 -74,ESC_BA9516AA_AS,,26,O26 -75,ESC_FA6818AA_AS,36,51,O51:H36 -76,ESC_HA7773AA_AS,11,153,O153:H11 -77,ESC_BA9207AA_AS,7,157,O157:H7 -78,ESC_HA8759AA_AS,,59,O59 -79,ESC_HA9272AA_AS,,157,O157 -80,ESC_GA3092AA_AS,7,157,O157:H7 -81,ESC_HA7495AA_AS,7,157,O157:H7 -82,ESC_GA2877AA_AS,,121,O121 -83,ESC_HA8502AA_AS,,88,O88 -84,ESC_GA0461AA_AS,,111,E. Coli O111:Pending -85,ESC_OA0180AA_AS,,51,O51 -86,ESC_PA1909AA_AS,7,157,O157:H7 -87,ESC_IA0138AA_AS,21,113,O113:H21 -88,ESC_HA6252AA_AS,7,157,O157:H7 -89,ESC_HA8723AA_AS,26,132,O132:H26 -90,ESC_GA6863AA_AS,7,79,O79:H7 -91,ESC_BA6954AA_AS,7,157,O157:H7 -92,ESC_HA1790AA_AS,,128,O128Ab -93,ESC_OA0191AA_AS,7,157,O157:H7 -94,ESC_FA8163AA_AS,,111,O111 -95,ESC_IA8277AA_AS,7,157,O157:H7 -96,ESC_HA8994AA_AS,,33,O33 -97,ESC_IA1179AA_AS,,157,O157 -98,ESC_CA3763AA_AS,,157,O157 -99,ESC_GA9698AA_AS,7,157,O157:H7 -100,ESC_HA8148AA_AS,,48,O48 -101,ESC_GA2938AA_AS,7,157,O157:H7 -102,ESC_LA6589AA_AS,,157,O157 -103,ESC_LA1391AA_AS,,103,O103 -104,ESC_HA3580AA_AS,,121,O121 -105,ESC_HA9093AA_AS,,7,O7 -106,ESC_FA7488AA_AS,,111,O111 -107,ESC_FA6254AA_AS,7,157,O157:H7 -108,ESC_HA7509AA_AS,7,157,O157:H7 -109,ESC_GA9673AA_AS,7,157,O157:H7 -110,ESC_CA3782AA_AS,,157,O157 -111,ESC_GA6704AA_AS,,103,O103 -112,ESC_HA9063AA_AS,21,8,O8:H21 -113,ESC_GA9456AA_AS,,103,O103 -114,ESC_HA3302AA_AS,,157,O157 -115,ESC_IA1298AA_AS,,157,O157 -116,ESC_HA7460AA_AS,7,157,O157:H7 -117,ESC_CA2559AA_AS,,157,O157 -118,ESC_HA3949AA_AS,,103,E. Coli O103:Pending -119,ESC_GA6712AA_AS,,103,O103 -120,ESC_GA6494AA_AS,,145,O145 -121,ESC_HA8369AA_AS,4,2,O2:H4 -122,ESC_HA7396AA_AS,7,157,O157:H7 -123,ESC_HA1831AA_AS,,185,O185 -124,ESC_PA1944AA_AS,,5,O5 -125,ESC_HA4965AA_AS,7,157,O157:H7 -126,ESC_CA0141AA_AS,,157,O157 -127,ESC_HA8046AA_AS,,7,O7 -128,ESC_IA8172AA_AS,7,157,O157:H7 -129,ESC_BA0931AA_AS,,157,O157 -130,ESC_NA8405AA_AS,,121,O121 -131,ESC_HA1814AA_AS,,162,O162 -132,ESC_HA7541AA_AS,6,,Nd:H6 -133,ESC_NA9489AA_AS,7,157,O157:H7 -134,ESC_GA3638AA_AS,,26,O26 -135,ESC_HA2665AA_AS,17,25,O25:H17 -136,ESC_IA2247AA_AS,9,8,O8:K44:H9 -137,ESC_HA7914AA_AS,,8,O8 -138,ESC_KA6024AA_AS,11,26,O26:H11 -139,ESC_PA1912AA_AS,,162,O162 -140,ESC_GA3716AA_AS,,76,O76 -141,ESC_GA9262AA_AS,51,55,O55:H51 -142,ESC_BA5875AA_AS,7,157,O157:H7 -143,ESC_BA5509AA_AS,,157,O157 -144,ESC_GA2892AA_AS,7,157,O157:H7 -145,ESC_HA6280AA_AS,7,157,O157:H7 -146,ESC_IA1450AA_AS,6,16,O16:H6 -147,ESC_GA3637AA_AS,,26,O26 -148,ESC_FA6799AA_AS,5,20,O20:K84:H5 -149,ESC_KA7428AA_AS,4,25,O25b:H4 -150,ESC_HA8109AA_AS,,8,O8 -151,ESC_HA7397AA_AS,7,157,O157:H7 -152,ESC_HA8645AA_AS,21,2,O2:H21 -153,ESC_PA0805AA_AS,,157,O157 -154,ESC_GA8498AA_AS,28,166,O166:H28 -155,ESC_KA5991AA_AS,11,26,O26:H11 -156,ESC_GA6859AA_AS,7,421,O421:H7 -157,ESC_FA7714AA_AS,,111,E. Coli O111:Nm -158,ESC_GA2773AA_AS,7,157,O157:H7 -159,ESC_IA6433AA_AS,25,114,O114:H25 -160,ESC_IA1207AA_AS,,157,O157 -161,ESC_HA5854AA_AS,7,157,O157:H7 -162,ESC_LA5737AA_AS,11,26,O26:H11 -163,ESC_HA3272AA_AS,,157,O157 -164,ESC_NA9502AA_AS,7,157,O157:H7 -165,ESC_GA9222AA_AS,,121,O121 -166,ESC_GA3668AA_AS,,157,O157 -167,ESC_HA8355AA_AS,5,65,O65:H5 -168,ESC_GA8913AA_AS,15,1,O1:H15 -169,ESC_IA1213AA_AS,,157,O157 -170,ESC_GA1477AA_AS,2,103,O103:H2 -171,ESC_IA1471AA_AS,,157,O157 -172,ESC_LA5775AA_AS,,143,O143 -173,ESC_HA8272AA_AS,56,58,O58:H56 -174,ESC_HA0353AA_AS,,121,O121 -175,ESC_IA0166AA_AS,49,116,O116:H49 -176,ESC_FA8262AA_AS,,157,O157 -177,ESC_OA0175AA_AS,,111,O111 -178,ESC_CA0275AA_AS,,157,O157 -179,ESC_IA0691AA_AS,8,168,O168W:H8 -180,ESC_HA8247AA_AS,,11,O11 -181,ESC_HA8566AA_AS,15,106,O106:H15 -182,ESC_IA0070AA_AS,49,8,O8:H49 -183,ESC_OA5488AA_AS,,157,O157 -184,ESC_MA3601AA_AS,,8,O8 -185,ESC_HA8232AA_AS,,6,O6 -186,ESC_GA2926AA_AS,7,157,O157:H7 -187,ESC_KA1884AA_AS,7,157,O157:H7 -188,ESC_IA1157AA_AS,,157,O157 -189,ESC_GA4816AA_AS,7,157,O157:H7 -190,ESC_GA9157AA_AS,49,125,O125Ac:H49 -191,ESC_GA9459AA_AS,,168,O168 -192,ESC_GA2552AA_AS,,45,O45 -193,ESC_IA1189AA_AS,,157,O157 -194,ESC_GA9665AA_AS,7,157,O157:H7 -195,ESC_BA5759AA_AS,,157,O157 -196,ESC_BA9361AA_AS,,157,O157 -197,ESC_GA6880AA_AS,27,86,O86:H27 -198,ESC_LA4820AA_AS,7,157,O157:H7 -199,ESC_BA1232AA_AS,,157,O157 -200,ESC_HA1824AA_AS,,177,O177 -201,ESC_HA8108AA_AS,21,103,O103:H21 -202,ESC_BA6786AA_AS,,157,O157 -203,ESC_CA2847AA_AS,,157,O157 -204,ESC_CA1754AA_AS,,157,O157 -205,ESC_HA8035AA_AS,27,1,O1:H27 -206,ESC_CA3048AA_AS,,157,O157 -207,ESC_GA9011AA_AS,11,26,O26:H11 -208,ESC_HA8489AA_AS,27,130,O130:H27 -209,ESC_HA7934AA_AS,,128,O128 -210,ESC_GA9151AA_AS,21,140,O140:H21 -211,ESC_OA0066AA_AS,,157,O157 -212,ESC_GA7657AA_AS,,103,E. Coli O103:Pending -213,ESC_IA3360AA_AS,,157,O157 -214,ESC_GA3715AA_AS,,102,O102 -215,ESC_CA5748AA_AS,,157,O157 -216,ESC_HA7524AA_AS,7,157,O157:H7 -217,ESC_HA8788AA_AS,42,132,O132:H42 -218,ESC_MA8359AA_AS,7,157,O157:H7 -219,ESC_IA1258AA_AS,,157,O157 -220,ESC_HA7434AA_AS,10,8,O8:H10 -221,ESC_GA8952AA_AS,,151,O151 -222,ESC_FA6863AA_AS,44,3,O3:H44 -223,ESC_GA9165AA_AS,,121,O121 -224,ESC_CA4168AA_AS,,157,O157 -225,ESC_HA5882AA_AS,7,157,O157:H7 -226,ESC_HA7402AA_AS,7,157,O157:H7 -227,ESC_GA6895AA_AS,,21,O21 -228,ESC_HA8726AA_AS,25,66,O66:H25 -229,ESC_CA4349AA_AS,,157,O157 -230,ESC_BA8431AA_AS,,103,O103 -231,ESC_BA0095AA_AS,,26,O26 -232,ESC_CA4017AA_AS,,157,O157 -233,ESC_GA9310AA_AS,19,96,O96:H19 -234,ESC_NA8409AA_AS,,121,O121 -235,ESC_CA6821AA_AS,,157,O157 -236,ESC_CA5750AA_AS,,157,O157 -237,ESC_GA2908AA_AS,7,157,O157:H7 -238,ESC_GA6543AA_AS,,26,O26 -239,ESC_FA7715AA_AS,,111,E. 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Coli O26:Pending -475,ESC_LA1394AA_AS,,103,O103 -476,ESC_AA8336AA_AS,7,157,O157:H7 -477,ESC_HA4853AA_AS,7,157,O157:H7 -478,ESC_CA1404AA_AS,7,157,O157:H7 -479,ESC_GA9403AA_AS,1,6,O6:H1 -480,ESC_KA0745AA_AS,,157,O157 -481,ESC_IA1245AA_AS,,157,O157 -482,ESC_BA0039AA_AS,,157,O157 -483,ESC_HA8195AA_AS,,11,O11 -484,ESC_BA3048AA_AS,,157,O157 -485,ESC_LA1538AA_AS,18,15,O15:H18 -486,ESC_FA8162AA_AS,,103,O103 -487,ESC_IA1638AA_AS,,157,O157 -488,ESC_LA1425AA_AS,,103,O103 -489,ESC_HA8363AA_AS,36,55,O55:H36 -490,ESC_HA4961AA_AS,7,157,O157:H7 -491,ESC_HA8582AA_AS,,158,O158 -492,ESC_NA9487AA_AS,7,157,O157:H7 -493,ESC_CA5297AA_AS,,157,O157 -494,ESC_NA9506AA_AS,7,157,O157:H7 -495,ESC_CA6665AA_AS,,157,O157 -496,ESC_IA1661AA_AS,,157,O157 -497,ESC_GA9184AA_AS,25,156,O156:H25 -498,ESC_PA0733AA_AS,,157,O157 -499,ESC_IA2266AA_AS,5,75,O75:K5:H5 -500,ESC_HA1970AA_AS,4,25,O25B:H4 -501,ESC_CA4162AA_AS,,157,O157 -502,ESC_LA1410AA_AS,,103,O103 -503,ESC_GA3497AA_AS,11,26,O26:H11 -504,ESC_HA7802AA_AS,16,11,O11:H16 -505,ESC_HA8401AA_AS,36,147,O147:H36 -506,ESC_LA5811AA_AS,21,146,O146:H21 -507,ESC_KA4422AA_AS,7,157,O157:H7 -508,ESC_HA8103AA_AS,,146,O146 -509,ESC_BA5703AA_AS,,157,O157 -510,ESC_HA1764AA_AS,,81,O81 -511,ESC_GA8799AA_AS,19,96,O96:H19 -512,ESC_BA1383AA_AS,,157,O157 -513,ESC_HA8551AA_AS,9,161,O161:H9 -514,ESC_BA4497AA_AS,,157,O157 -515,ESC_FA6798AA_AS,46,44,"O44:K53,O93:H46" -516,ESC_HA8405AA_AS,48,7,O7:H48 -517,ESC_HA9071AA_AS,,86,O86 -518,ESC_HA8544AA_AS,5,117,O117:H5 -519,ESC_BA5750AA_AS,,157,O157 -520,ESC_IA7103AA_AS,2,,H2 -521,ESC_IA8062AA_AS,7,157,O157:H7 -522,ESC_GA9223AA_AS,30,3,O3:H30 -523,ESC_IA1195AA_AS,,157,O157 -524,ESC_PA1951AA_AS,,33,O33 -525,ESC_IA1441AA_AS,,157,O157 -526,ESC_BA9884AA_AS,,26,O26 -527,ESC_HA7291AA_AS,,2,O2 -528,ESC_OA0176AA_AS,,157,O157 -529,ESC_KA7805AA_AS,7,157,O157:H7 -530,ESC_BA0702AA_AS,11,26,O26:H11 -531,ESC_HA8817AA_AS,9,96,O96:H9 -532,ESC_HA8218AA_AS,,4,O4 -533,ESC_BA1675AA_AS,,157,O157 -534,ESC_NA8428AA_AS,,121,O121 -535,ESC_HA4865AA_AS,7,157,O157:H7 -536,ESC_IA0124AA_AS,2,,Ounk:H2. -537,ESC_HA7482AA_AS,7,157,O157:H7 -538,ESC_HA4934AA_AS,7,157,O157:H7 -539,ESC_GA9661AA_AS,7,157,O157:H7 -540,ESC_BA5602AA_AS,,157,O157 -541,ESC_HA7988AA_AS,5,107,O107:H5 -542,ESC_IA1653AA_AS,21,146,O146:H21 -543,ESC_HA8740AA_AS,56,53,O53:H56 -544,ESC_GA9248AA_AS,17,25,O25:H17 -545,ESC_GA9197AA_AS,,25,O25 -546,ESC_IA0729AA_AS,10,6,O6:H10 -547,ESC_FA9838AA_AS,,103,O103 -548,ESC_HA7944AA_AS,4,119,O119:H4 -549,ESC_BA4207AA_AS,7,157,O157:H7 -550,ESC_HA7907AA_AS,,50,O50 -551,ESC_PA0709AA_AS,,157,O157 -552,ESC_HA8357AA_AS,25,11,O11:H25 -553,ESC_BA6922AA_AS,11,26,O26:H11 -554,ESC_GA3740AA_AS,7,157,O157:H7 -555,ESC_IA6957AA_AS,25,110,O110:H25 -556,ESC_HA0893AA_AS,14,91,O91:H14 -557,ESC_FA9847AA_AS,,145,O145 -558,ESC_HA3299AA_AS,,157,O157 -559,ESC_GA0333AA_AS,8,22,O22:H8 -560,ESC_KA6032AA_AS,11,26,O26:H11 -561,ESC_HA1816AA_AS,,164,O164 -562,ESC_OA5495AA_AS,,157,O157 -563,ESC_LA5800AA_AS,7,55,O55:H7 -564,ESC_BA3013AA_AS,,157,O157 -565,ESC_GA8811AA_AS,27,126,O126:H27 -566,ESC_BA6480AA_AS,,103,O103 -567,ESC_IA1657AA_AS,21,146,O146:H21 -568,ESC_IA1924AA_AS,,26,O26 -569,ESC_GA8852AA_AS,14,91,O91:H14 -570,ESC_HA8249AA_AS,6,139,O139:H6 -571,ESC_BA4001AA_AS,,157,O157 -572,ESC_HA8687AA_AS,7,104,O104:H7 -573,ESC_GA9149AA_AS,,96,O96 -574,ESC_GA4685AA_AS,4,104,O104:H4 -575,ESC_GA6877AA_AS,8,20,O20:H8 -576,ESC_HA8318AA_AS,21,175,O175:H21 -577,ESC_LA5888AA_AS,,159,O159 -578,ESC_FA5567AA_AS,,103,O103 -579,ESC_GA5553AA_AS,,145,O145:Nm -580,ESC_CA5731AA_AS,,157,O157 -581,ESC_HA8226AA_AS,,86,O86 -582,ESC_IA0067AA_AS,25,88,O88:H25 -583,ESC_GA2903AA_AS,7,157,O157:H7 -584,ESC_GA5549AA_AS,,145,O145:Nm -585,ESC_IA2718AA_AS,,157,O157 -586,ESC_GA0463AA_AS,,103,E. 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Coli O103:Pending -844,ESC_BA5097AA_AS,,157,O157 -845,ESC_KA6818AA_AS,7,157,O157:H7 -846,ESC_GA9228AA_AS,31,175,O175:H31 -847,ESC_IA8091AA_AS,7,157,O157:H7 -848,ESC_CA2666AA_AS,,157,O157 -849,ESC_HA8988AA_AS,,25,O25 -850,ESC_IA1663AA_AS,33,101,O101:H33 -851,ESC_HA3951AA_AS,,111,E. Coli O111:Pending -852,ESC_HA8197AA_AS,10,53,O53:H10 -853,ESC_HA9917AA_AS,2,,O-:H2 -854,ESC_HA4416AA_AS,,26,E. Coli O26:Undetermined -855,ESC_CA5636AA_AS,,157,O157 -856,ESC_GA6491AA_AS,,103,O103 -857,ESC_BA1948AA_AS,,157,O157 -858,ESC_HA8090AA_AS,,4,O4 -859,ESC_NA9498AA_AS,7,157,O157:H7 -860,ESC_GA6542AA_AS,,103,O103 -861,ESC_HA8311AA_AS,,145,O145 -862,ESC_LA6621AA_AS,,157,O157 -863,ESC_HA0889AA_AS,5,16,O16:H5 -864,ESC_HA6119AA_AS,,157,O157 -865,ESC_GA1485AA_AS,2,103,O103:H2 -866,ESC_HA8617AA_AS,,108,O108 -867,ESC_FA6898AA_AS,6,125,O125Ac:H6 -868,ESC_GA8895AA_AS,2,128,O128Ab:H2 -869,ESC_LA1574AA_AS,4,25,O25B:H4:K100 -870,ESC_AA7978AA_AS,,157,O157 -871,ESC_MA3445AA_AS,,26,O26 -872,ESC_HA8733AA_AS,,145,O145 -873,ESC_HA7975AA_AS,,8,O8 -874,ESC_GA3647AA_AS,,26,O26 -875,ESC_HA9096AA_AS,10,141,O141:H10 -876,ESC_GA0442AA_AS,,45,O45 -877,ESC_AA9322AA_AS,,157,O157 -878,ESC_GA7640AA_AS,7,157,O157:H7 -879,ESC_HA1825AA_AS,,178,O178 -880,ESC_NA9527AA_AS,,157,O157:Nm -881,ESC_HA8375AA_AS,18,73,O73:H18 -882,ESC_HA6244AA_AS,7,157,O157:H7 -883,ESC_BA3361AA_AS,,157,O157 -884,ESC_BA4083AA_AS,,157,O157 -885,ESC_GA9415AA_AS,,1,O1 -886,ESC_CA6732AA_AS,,157,O157 -887,ESC_HA8596AA_AS,,144,O144 -888,ESC_GA9214AA_AS,,157,O157 -889,ESC_HA6114AA_AS,,157,O157 -890,ESC_GA8958AA_AS,25,182,O182:H25 -891,ESC_CA6106AA_AS,7,157,O157:H7 -892,ESC_LA6459AA_AS,7,157,O157:H7 -893,ESC_LA1393AA_AS,,103,O103 -894,ESC_BA8124AA_AS,,103,O103 -895,ESC_BA3944AA_AS,,157,O157 -896,ESC_FA8158AA_AS,,45,O45 -897,ESC_KA1826AA_AS,7,157,O157:H7 -898,ESC_HA8243AA_AS,18,128,O128:H18 -899,ESC_HA7437AA_AS,21,25,O25:H21 -900,ESC_FA6058AA_AS,,157,O157 -901,ESC_HA4866AA_AS,7,157,O157:H7 -902,ESC_OA0085AA_AS,7,157,O157:H7 -903,ESC_HA4905AA_AS,7,157,O157:H7 -904,ESC_HA0343AA_AS,,121,O121 -905,ESC_BA0094AA_AS,,157,O157 -906,ESC_KA5968AA_AS,11,26,O26:H11 -907,ESC_GA9249AA_AS,5,89,O89:H5 -908,ESC_CA6521AA_AS,7,157,O157:H7 -909,ESC_AA9692AA_AS,,157,O157 -910,ESC_HA5970AA_AS,,11,O11 -911,ESC_FA7690AA_AS,,103,E. Coli O103:Undetermined -912,ESC_IA1203AA_AS,,78,O78 -913,ESC_IA8160AA_AS,7,157,O157:H7 -914,ESC_KA4407AA_AS,7,157,O157:H7 -915,ESC_HA9263AA_AS,,157,O157 -916,ESC_PA1946AA_AS,,117,O117 -917,ESC_HA8829AA_AS,,57,O57 -918,ESC_HA8481AA_AS,52,133,O133:H52 -919,ESC_NA9462AA_AS,7,157,O157:H7 -920,ESC_HA7808AA_AS,17,83,O83:H17 -921,ESC_HA8603AA_AS,,101,O101 -922,ESC_HA8183AA_AS,,125,O125 -923,ESC_IA0064AA_AS,28,36,O36:H28 -924,ESC_GA2934AA_AS,7,157,O157:H7 -925,ESC_HA8535AA_AS,14,8,O8:H14 -926,ESC_NA8402AA_AS,,121,O121 -927,ESC_FA6843AA_AS,42,157,O157:H42 -928,ESC_GA9226AA_AS,45,186,O186:H45 -929,ESC_HA8622AA_AS,,135,O135 -930,ESC_IA0099AA_AS,2,,O.:H2 -931,ESC_GA3753AA_AS,7,157,O157:H7 -932,ESC_BA7597AA_AS,,157,O157 -933,ESC_IA7248AA_AS,21,174,O174:H21 -934,ESC_HA2685AA_AS,7,157,O157:H7 -935,ESC_HA8157AA_AS,16,35,O35:H16 -936,ESC_CA1664AA_AS,,26,O26 -937,ESC_GA9112AA_AS,2,128,O128Ab:H2 -938,ESC_HA8717AA_AS,,23,O23 -939,ESC_GA3689AA_AS,,166,O166 -940,ESC_HA8395AA_AS,40,7,O7:H40 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-971,ESC_GA9148AA_AS,11,26,O26:H11 -972,ESC_BA5528AA_AS,,157,O157 -973,ESC_MA2317AA_AS,7,157,O157:H7 -974,ESC_CA5832AA_AS,,157,O157 -975,ESC_IA1446AA_AS,,157,O157 -976,ESC_BA8059AA_AS,,103,O103 -977,ESC_CA2225AA_AS,,157,O157 -978,ESC_OA0074AA_AS,,157,O157 -979,ESC_LA1545AA_AS,10,85,O85:H10 -980,ESC_HA8325AA_AS,32,154,O154:H32 -981,ESC_HA0899AA_AS,17,25,O25:H17 -982,ESC_HA8765AA_AS,,75,O75 -983,ESC_LA5482AA_AS,7,157,O157:H7 -984,ESC_HA8491AA_AS,48,109,O109:H48 -985,ESC_BA0794AA_AS,,157,O157 -986,ESC_GA8908AA_AS,28,145,O145:H28 -987,ESC_HA9074AA_AS,,6,O6 -988,ESC_GA8812AA_AS,2,128,O128Ab:H2 -989,ESC_BA6512AA_AS,,157,O157 -990,ESC_HA8694AA_AS,,112,O112 -991,ESC_BA5419AA_AS,,157,O157 -992,ESC_HA8211AA_AS,,142,O142 -993,ESC_GA4823AA_AS,31,6,O6:K15:H31 -994,ESC_GA1522AA_AS,,145,O145 -995,ESC_GA9318AA_AS,,121,O121 -996,ESC_HA7899AA_AS,6,14,O14:H6 -997,ESC_LA5749AA_AS,21,174,O174:H21 -998,ESC_BA9199AA_AS,,157,O157 -999,ESC_BA1201AA_AS,7,157,O157:H7 -1000,ESC_HA5880AA_AS,7,157,O157:H7 -1001,ESC_HA2670AA_AS,16,87,O87:H16 -1002,ESC_IA0121AA_AS,20,,O.:H20 -1003,ESC_GA9311AA_AS,2,103,O103:H2 -1004,ESC_GA7639AA_AS,7,157,O157:H7 -1005,ESC_HA8043AA_AS,21,156,O156:H21 -1006,ESC_IA6434AA_AS,6,125,O125:H6 -1007,ESC_HA1826AA_AS,,179,O179 -1008,ESC_GA6827AA_AS,,4,O4 -1009,ESC_GA2904AA_AS,7,157,O157:H7 -1010,ESC_GA9173AA_AS,,5,O5:H- -1011,ESC_AA8082AA_AS,,157,O157 -1012,ESC_CA1798AA_AS,,157,O157 -1013,ESC_LA1404AA_AS,,103,O103 -1014,ESC_GA9380AA_AS,31,175,O175:H31 -1015,ESC_HA1775AA_AS,,105,O105 -1016,ESC_GA8900AA_AS,5,75,O75:H5 -1017,ESC_CA3619AA_AS,,157,O157 -1018,ESC_GA9260AA_AS,7,1,O1:H7 -1019,ESC_GA9686AA_AS,7,157,O157:H7 -1020,ESC_HA7487AA_AS,7,157,O157:H7 -1021,ESC_CA3838AA_AS,,157,O157 -1022,ESC_IA8266AA_AS,7,157,O157:H7 -1023,ESC_HA8364AA_AS,10,88,O88:H10 -1024,ESC_HA6255AA_AS,7,157,O157:H7 -1025,ESC_HA7443AA_AS,8,22,O22:H8 -1026,ESC_FA6899AA_AS,19,125,O125Ab:H19 -1027,ESC_OA5500AA_AS,7,157,O157:H7 -1028,ESC_IA0163AA_AS,19,159,O159:H19 -1029,ESC_CA6373AA_AS,,157,O157 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Coli O69:H11 -1105,ESC_BA8671AA_AS,,103,O103 -1106,ESC_CA3024AA_AS,,157,O157 -1107,ESC_GA2919AA_AS,7,157,O157:H7 -1108,ESC_LA1379AA_AS,,103,O103 -1109,ESC_GA9239AA_AS,,96,O96 -1110,ESC_IA8299AA_AS,7,157,O157:H7 -1111,ESC_IA1637AA_AS,14,91,O91:H14 -1112,ESC_HA2680AA_AS,7,157,O157:H7 -1113,ESC_IA0135AA_AS,21,113,O113:H21 -1114,ESC_KA7562AA_AS,,26,O26 -1115,ESC_CA0095AA_AS,,157,O157 -1116,ESC_HA6233AA_AS,7,157,O157:H7 -1117,ESC_HA2664AA_AS,7,157,O157:H7 -1118,ESC_MA3600AA_AS,,9,O9 -1119,ESC_BA7219AA_AS,,157,O157 -1120,ESC_AA9568AA_AS,,157,O157 -1121,ESC_CA1180AA_AS,,157,O157 -1122,ESC_IA0613AA_AS,,157,O157 -1123,ESC_HA8041AA_AS,,37,O37 -1124,ESC_BA0010AA_AS,,157,O157 -1125,ESC_HA2678AA_AS,7,157,O157:H7 -1126,ESC_HA8038AA_AS,,156,O156 -1127,ESC_HA9088AA_AS,,,Ox18 -1128,ESC_HA0362AA_AS,,121,O121 -1129,ESC_HA6237AA_AS,7,157,O157:H7 -1130,ESC_GA6828AA_AS,39,2,O2:H39 -1131,ESC_HA1769AA_AS,,93,O93 -1132,ESC_GA9396AA_AS,31,6,O6:H31 -1133,ESC_LA5894AA_AS,7,157,O157:H7 -1134,ESC_BA6017AA_AS,,157,O157 -1135,ESC_NA8401AA_AS,,121,O121 -1136,ESC_GA6613AA_AS,,157,O157 -1137,ESC_IA1281AA_AS,,157,O157 -1138,ESC_AA8769AA_AS,,157,O157 -1139,ESC_HA3937AA_AS,,111,E. Coli O111:Nm -1140,ESC_BA7578AA_AS,,157,O157 -1141,ESC_GA2905AA_AS,7,157,O157:H7 -1142,ESC_OA0084AA_AS,7,157,O157:H7 -1143,ESC_FA6853AA_AS,52,11,O11:K-:H52 -1144,ESC_NA8412AA_AS,,121,O121 -1145,ESC_BA4565AA_AS,,26,O26 -1146,ESC_KA5980AA_AS,11,26,O26:H11 -1147,ESC_HA6841AA_AS,,103,O103 -1148,ESC_IA1211AA_AS,,157,O157 -1149,ESC_LA1575AA_AS,4,25,O25B:H4:K100 -1150,ESC_HA8172AA_AS,5,9,O9:H5 -1151,ESC_HA0306AA_AS,,103,O103 -1152,ESC_CA4245AA_AS,,103,O103 -1153,ESC_HA8426AA_AS,10,87,O87:H10 -1154,ESC_KA9609AA_AS,7,157,O157:H7 -1155,ESC_HA8427AA_AS,4,39,O39:H4 -1156,ESC_IA1133AA_AS,,157,O157 -1157,ESC_GA8934AA_AS,19,59,O59:H19 -1158,ESC_IA1287AA_AS,,157,O157 -1159,ESC_GA3687AA_AS,,26,O26 -1160,ESC_GA8907AA_AS,,6,O6 -1161,ESC_AA8625AA_AS,,157,O157 -1162,ESC_BA6875AA_AS,,157,O157 -1163,ESC_OA1770AA_AS,,157,O157 -1164,ESC_IA1453AA_AS,,157,O157 -1165,ESC_HA4017AA_AS,11,26,E. 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Coli O118:H16 -1501,ESC_IA7158AA_AS,,,H- -1502,ESC_LA5740AA_AS,11,26,O26:H11 -1503,ESC_HA4884AA_AS,7,157,O157:H7 -1504,ESC_HA8223AA_AS,,,Ox23 -1505,ESC_IA0153AA_AS,11,130,O130:H11 -1506,ESC_KA1963AA_AS,7,157,O157:H7 -1507,ESC_HA5873AA_AS,7,157,O157:H7 -1508,ESC_HA7989AA_AS,,18,O18 -1509,ESC_IA1159AA_AS,,157,O157 -1510,ESC_AA9980AA_AS,,157,O157 -1511,ESC_FA6857AA_AS,29,133,O133:H29 -1512,ESC_GA6867AA_AS,51,136,O136:H51 -1513,ESC_LA5776AA_AS,,167,O167:H- -1514,ESC_GA9386AA_AS,,126,O126 -1515,ESC_GA3108AA_AS,7,157,O157:H7 -1516,ESC_GA1845AA_AS,,111,O111 -1517,ESC_HA9082AA_AS,10,36,O36:H10 -1518,ESC_HA9068AA_AS,,110,O110 -1519,ESC_CA2012AA_AS,7,157,O157:H7 -1520,ESC_GA8872AA_AS,31,126,O126:H31 -1521,ESC_HA0119AA_AS,,121,O121 -1522,ESC_HA8769AA_AS,,124,O124 -1523,ESC_PA0710AA_AS,,157,O157 -1524,ESC_HA8713AA_AS,,166,O166 -1525,ESC_FA7474AA_AS,,8,O8 -1526,ESC_FA6874AA_AS,43,174,O174:H43 -1527,ESC_IA3154AA_AS,,121,O121 -1528,ESC_HA7961AA_AS,,2,O2 -1529,ESC_GA6849AA_AS,11,21,O21:H11 -1530,ESC_GA3714AA_AS,,182,O182 -1531,ESC_FA7058AA_AS,,157,O157 -1532,ESC_IA1655AA_AS,2,128,O128Ab:H2 -1533,ESC_LA1445AA_AS,10,37,O37:H10 -1534,ESC_BA6293AA_AS,,157,O157 -1535,ESC_HA6838AA_AS,,103,O103 -1536,ESC_IA1263AA_AS,,157,O157 -1537,ESC_IA2231AA_AS,,84,O84:H- -1538,ESC_MA3448AA_AS,,45,O45 -1539,ESC_GA8800AA_AS,17,25,O25:H17 -1540,ESC_GA7637AA_AS,7,157,O157:H7 -1541,ESC_KA5363AA_AS,7,157,O157:H7 -1542,ESC_HA8753AA_AS,34,73,O73:H34 -1543,ESC_IA2243AA_AS,,8,O8:K+:H- -1544,ESC_HA2676AA_AS,7,157,O157:H7 -1545,ESC_HA4840AA_AS,7,157,O157:H7 -1546,ESC_KA1863AA_AS,7,157,O157:H7 -1547,ESC_HA1822AA_AS,,175,O175 -1548,ESC_IA1628AA_AS,,157,O157 -1549,ESC_GA7076AA_AS,,103,O103 -1550,ESC_HA4844AA_AS,7,157,O157:H7 -1551,ESC_GA6884AA_AS,4,1,O1:H4 -1552,ESC_GA8826AA_AS,21,91,O91:H21 -1553,ESC_HA8085AA_AS,,84,O84 -1554,ESC_BA8508AA_AS,,157,O157 -1555,ESC_FA4790AA_AS,,103,O103 -1556,ESC_FA8178AA_AS,,112,O112 -1557,ESC_GA8881AA_AS,18,44,O44:H18 -1558,ESC_GA8831AA_AS,,2,O2 -1559,ESC_HA4882AA_AS,7,157,O157:H7 -1560,ESC_HA7923AA_AS,,2,O2 -1561,ESC_GA6391AA_AS,,157,O157 -1562,ESC_HA1823AA_AS,,176,O176 -1563,ESC_IA7204AA_AS,21,142,O142:H21 -1564,ESC_HA8587AA_AS,10,29,O29:H10 -1565,ESC_CA3540AA_AS,,157,O157 -1566,ESC_GA2900AA_AS,7,157,O157:H7 -1567,ESC_HA2681AA_AS,7,157,O157:H7 -1568,ESC_HA0312AA_AS,,15,O15 -1569,ESC_HA8552AA_AS,34,21,O21:H34 -1570,ESC_GA5552AA_AS,,145,O145:Nm -1571,ESC_GA3721AA_AS,,26,O26 -1572,ESC_BA2992AA_AS,,157,O157 -1573,ESC_HA8020AA_AS,5,23,O23:H5 -1574,ESC_LA5769AA_AS,,8,O8 -1575,ESC_IA0151AA_AS,21,98,O98:H21. -1576,ESC_HA3270AA_AS,,157,O157 -1577,ESC_HA8600AA_AS,20,149,O149:H20 -1578,ESC_GA9372AA_AS,2,128,O128Ab:H2 -1579,ESC_HA4916AA_AS,7,157,O157:H7 -1580,ESC_BA0935AA_AS,7,157,O157:H7 -1581,ESC_GA3720AA_AS,,26,O26 -1582,ESC_OA9379AA_AS,,54,O54 -1583,ESC_OA0053AA_AS,,157,O157 -1584,ESC_GA8847AA_AS,19,76,O76:H19 -1585,ESC_BA7044AA_AS,7,157,O157:H7 -1586,ESC_HA8181AA_AS,,128,O128 -1587,ESC_LA1726AA_AS,,111,O111 -1588,ESC_HA9939AA_AS,4,,O-:H4 -1589,ESC_GA8956AA_AS,11,26,O26:H11 -1590,ESC_LA5901AA_AS,7,157,O157:H7 -1591,ESC_GA9240AA_AS,17,11,O11:H17 -1592,ESC_HA4972AA_AS,7,157,O157:H7 -1593,ESC_IA8199AA_AS,7,157,O157:H7 -1594,ESC_KA2171AA_AS,49,181,O181:H49 -1595,ESC_BA5259AA_AS,,157,O157 -1596,ESC_IA0101AA_AS,1,32,O32:H1 -1597,ESC_GA6666AA_AS,18,1,O1:H18 -1598,ESC_KA9621AA_AS,7,157,O157:H7 -1599,ESC_GA0145AA_AS,,26,E. 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Coli O103:Undetermined -1624,ESC_BA3791AA_AS,,157,O157 -1625,ESC_OA0010AA_AS,7,157,O157:H7 -1626,ESC_GA9261AA_AS,5,75,O75:H5 -1627,ESC_AA8518AA_AS,,157,O157 -1628,ESC_LA1497AA_AS,,130,O130 -1629,ESC_IA0066AA_AS,7,,O.:H7 -1630,ESC_GA9237AA_AS,17,25,O25:H17 -1631,ESC_GA9381AA_AS,7,54,O54:H7 -1632,ESC_GA8994AA_AS,,38,O38 -1633,ESC_HA9094AA_AS,5,4,O4:H5 -1634,ESC_BA1963AA_AS,7,157,O157:H7 -1635,ESC_GA9724AA_AS,,103,O103 -1636,ESC_HA8684AA_AS,7,104,O104:H7 -1637,ESC_HA8787AA_AS,30,33,O33:H30 -1638,ESC_LA1547AA_AS,,123,O123 -1639,ESC_HA7410AA_AS,4,,Nd:H4 -1640,ESC_HA8313AA_AS,,65,O65 -1641,ESC_GA8932AA_AS,,145,O145 -1642,ESC_BA4140AA_AS,,157,O157 -1643,ESC_GA6824AA_AS,11,103,O103:H11 -1644,ESC_OA0012AA_AS,,157,O157 -1645,ESC_LA5463AA_AS,7,157,O157:H7 -1646,ESC_FA6871AA_AS,33,99,O99:H33 -1647,ESC_GA0439AA_AS,,157,O157 -1648,ESC_FA4839AA_AS,,157,O157 -1649,ESC_KA7787AA_AS,7,157,O157:H7 -1650,ESC_HA7536AA_AS,,157,O157 -1651,ESC_HA8422AA_AS,4,76,O76:H4 -1652,ESC_GA8849AA_AS,,25,O25 -1653,ESC_IA2253AA_AS,6,,R:K1:H6 -1654,ESC_NA9529AA_AS,7,157,O157:H7 -1655,ESC_CA3350AA_AS,,157,O157 -1656,ESC_CA4715AA_AS,,145,O145:Nm -1657,ESC_LA1373AA_AS,,103,O103 -1658,ESC_HA0309AA_AS,,4,O4 -1659,ESC_GA3666AA_AS,,157,O157 -1660,ESC_HA5983AA_AS,,19,O19 -1661,ESC_LA5911AA_AS,42,10,O10:H42 -1662,ESC_HA8237AA_AS,,157,O157 -1663,ESC_KA6001AA_AS,11,26,O26:H11 -1664,ESC_GA8816AA_AS,1,6,O6:H1 -1665,ESC_HA7813AA_AS,42,158,O158:H42 -1666,ESC_HA7483AA_AS,7,157,O157:H7 -1667,ESC_HA7456AA_AS,7,157,O157:H7 -1668,ESC_HA8186AA_AS,,124,O124 -1669,ESC_MA3444AA_AS,,157,O157 -1670,ESC_IA2227AA_AS,1,6,O6:K2:H1 -1671,ESC_BA0229AA_AS,,111,O111 -1672,ESC_HA9972AA_AS,38,84,O84:H38 -1673,ESC_KA5680AA_AS,7,157,O157:H7 -1674,ESC_CA6550AA_AS,,157,O157 -1675,ESC_GA6707AA_AS,,103,O103 -1676,ESC_GA2925AA_AS,7,157,O157:H7 -1677,ESC_HA4879AA_AS,7,157,O157:H7 -1678,ESC_HA8239AA_AS,,,Ox02 -1679,ESC_HA8805AA_AS,,,Ox23 -1680,ESC_FA8165AA_AS,,45,O45 -1681,ESC_KA6011AA_AS,11,26,O26:H11 -1682,ESC_PA1913AA_AS,,62,O62 -1683,ESC_IA8209AA_AS,7,157,O157:H7 -1684,ESC_HA3278AA_AS,,157,O157 -1685,ESC_FA6896AA_AS,12,128,O128Ac:K-:H12 -1686,ESC_BA1218AA_AS,,157,O157 -1687,ESC_GA9411AA_AS,,22,O22 -1688,ESC_GA5391AA_AS,,121,O121 -1689,ESC_BA3631AA_AS,,157,O157 -1690,ESC_GA4689AA_AS,25,165,O165:H25 -1691,ESC_GA8965AA_AS,,16,O16 -1692,ESC_GA8878AA_AS,6,2,O2:H6 -1693,ESC_IA8203AA_AS,7,157,O157:H7 -1694,ESC_FA9659AA_AS,,111,O111 -1695,ESC_IA8169AA_AS,7,157,O157:H7 -1696,ESC_BA5022AA_AS,,157,O157 -1697,ESC_LA5470AA_AS,7,157,O157:H7 -1698,ESC_GA8494AA_AS,9,55,O55:H9 -1699,ESC_FA6900AA_AS,18,115,O115:K-:H18 -1700,ESC_IA0095AA_AS,2,,O.:H2 -1701,ESC_GA9188AA_AS,7,55,O55:H7 -1702,ESC_AA8641AA_AS,,157,O157 -1703,ESC_CA6887AA_AS,,103,O103 -1704,ESC_HA8455AA_AS,8,82,O82:H8 -1705,ESC_HA6283AA_AS,7,157,O157:H7 -1706,ESC_AA7970AA_AS,,157,O157 -1707,ESC_HA8523AA_AS,,145,O145 -1708,ESC_CA1107AA_AS,11,26,O26:H11 -1709,ESC_NA3264AA_AS,,26,O26 -1710,ESC_HA8496AA_AS,,120,O120 -1711,ESC_FA8436AA_AS,,103,E. 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Coli O125Ac -1854,ESC_GA9005AA_AS,,146,O146 -1855,ESC_BA4194AA_AS,,157,O157 -1856,ESC_GA8919AA_AS,,146,O146 -1857,ESC_AA8457AA_AS,,157,O157 -1858,ESC_HA8250AA_AS,,45,O45 -1859,ESC_AA9052AA_AS,,111,O111:Nm -1860,ESC_GA2928AA_AS,7,157,O157:H7 -1861,ESC_NA8737AA_AS,,103,O103 -1862,ESC_CA4258AA_AS,,157,O157 -1863,ESC_LA5519AA_AS,7,157,O157:H7 -1864,ESC_BA0516AA_AS,,157,O157 -1865,ESC_HA8116AA_AS,,161,O161 -1866,ESC_KA6019AA_AS,11,26,O26:H11 -1867,ESC_HA2661AA_AS,7,157,O157:H7 -1868,ESC_HA8479AA_AS,,,Ox28 -1869,ESC_BA6562AA_AS,,157,O157 -1870,ESC_HA9124AA_AS,,157,O157 -1871,ESC_HA8470AA_AS,,99,O99 -1872,ESC_KA6808AA_AS,7,157,O157:H7 -1873,ESC_HA7517AA_AS,7,157,O157:H7 -1874,ESC_CA2546AA_AS,,157,O157 -1875,ESC_GA8791AA_AS,21,91,O91:H21 -1876,ESC_GA8911AA_AS,,148,O148 -1877,ESC_IA2234AA_AS,1,,R:K2:H1 -1878,ESC_HA5968AA_AS,,105,O105 -1879,ESC_CA7308AA_AS,,157,O157 -1880,ESC_KA9623AA_AS,7,157,O157:H7 -1881,ESC_FA6029AA_AS,,103,O103 -1882,ESC_HA7941AA_AS,51,,Ox21:H51 -1883,ESC_AA9661AA_AS,,157,O157 -1884,ESC_HA7770AA_AS,,,Ox18 -1885,ESC_GA9012AA_AS,21,146,O146:H21 -1886,ESC_CA1928AA_AS,,157,O157 -1887,ESC_FA8445AA_AS,,26,E. Coli O26:Pending -1888,ESC_GA9417AA_AS,7,55,O55:H7 -1889,ESC_HA7419AA_AS,11,121,O121:H11 -1890,ESC_CA2375AA_AS,,157,O157 -1891,ESC_FA4846AA_AS,8,111,O111:H8 -1892,ESC_MA8270AA_AS,7,157,O157:H7 -1893,ESC_MA8360AA_AS,7,157,O157:H7 -1894,ESC_HA7420AA_AS,28,150,O150:H28 -1895,ESC_HA7995AA_AS,,102,O102 -1896,ESC_KA5985AA_AS,11,26,O26:H11 -1897,ESC_BA0639AA_AS,,157,O157 -1898,ESC_CA2879AA_AS,,157,O157 -1899,ESC_CA6437AA_AS,,45,O45 -1900,ESC_KA7440AA_AS,10,153,O153:H10 -1901,ESC_HA4824AA_AS,7,157,O157:H7 -1902,ESC_FA7718AA_AS,,26,E. Coli O26:Undetermined -1903,ESC_IA7201AA_AS,2,,H2 -1904,ESC_GA8969AA_AS,,127,O127A -1905,ESC_HA8651AA_AS,15,103,O103:H15 -1906,ESC_BA5746AA_AS,,157,O157 -1907,ESC_LA5849AA_AS,45,110,O110:H45 -1908,ESC_CA6063AA_AS,,157,O157 -1909,ESC_HA8631AA_AS,,16,O16 -1910,ESC_HA7778AA_AS,6,137,O137:H6 -1911,ESC_FA7717AA_AS,,126,E. Coli O126:Undetermined -1912,ESC_GA9144AA_AS,,55,O55 -1913,ESC_BA2502AA_AS,,157,O157 -1914,ESC_PA1952AA_AS,,1,O1 -1915,ESC_HA8442AA_AS,,60,O60 -1916,ESC_IA2225AA_AS,7,,R:K1:H7 -1917,ESC_HA2531AA_AS,,113,O113 -1918,ESC_LA1539AA_AS,,36,O36 -1919,ESC_GA5530AA_AS,,111,O111:Nm -1920,ESC_HA0126AA_AS,,117,O117 -1921,ESC_FA6063AA_AS,,145,O145 -1922,ESC_GA2878AA_AS,,26,O26 -1923,ESC_HA8476AA_AS,,103,O103 -1924,ESC_FA8270AA_AS,,152,O152 -1925,ESC_GA9420AA_AS,11,26,O26:H11 -1926,ESC_LA1401AA_AS,,103,O103 -1927,ESC_FA8252AA_AS,,164,O164:Nm -1928,ESC_HA7932AA_AS,,36,O36 -1929,ESC_KA7436AA_AS,10,153,O153:H10 -1930,ESC_GA9006AA_AS,6,2,O2:H6 -1931,ESC_NA9541AA_AS,,157,O157 -1932,ESC_BA6763AA_AS,,157,O157 -1933,ESC_HA7909AA_AS,,,Ox25 -1934,ESC_HA7450AA_AS,7,157,O157:H7 -1935,ESC_HA7908AA_AS,,70,O70 -1936,ESC_HA1745AA_AS,12,9,"O9, H12" -1937,ESC_JA4174AA_AS,,103,O103 -1938,ESC_HA8160AA_AS,42,10,O10:H42 -1939,ESC_HA5979AA_AS,,6,O6 -1940,ESC_LA2132AA_AS,7,157,O157:H7 -1941,ESC_IA1158AA_AS,,157,O157 -1942,ESC_IA2275AA_AS,21,174,O174:H21 -1943,ESC_LA1464AA_AS,11,26,O26:H11 -1944,ESC_HA8338AA_AS,,100,O100 -1945,ESC_CA2668AA_AS,,157,O157 -1946,ESC_HA8266AA_AS,14,6,O6:H14 -1947,ESC_GA9410AA_AS,6,15,O15:H6 -1948,ESC_HA7416AA_AS,11,,Nd:H11 -1949,ESC_LA1926AA_AS,,157,O157:Nm -1950,ESC_OA6268AA_AS,,157,O157 -1951,ESC_LA5877AA_AS,19,61,O61:H19 -1952,ESC_GA3749AA_AS,7,157,O157:H7 -1953,ESC_KA7782AA_AS,7,157,O157:H7 -1954,ESC_HA8711AA_AS,,55,O55 -1955,ESC_IA1131AA_AS,,145,O145 -1956,ESC_HA3972AA_AS,2,103,E. 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Coli O103:Pending -1981,ESC_GA9374AA_AS,,15,O15 -1982,ESC_HA8984AA_AS,,91,O91 -1983,ESC_HA0808AA_AS,10,121,O121:H10 -1984,ESC_HA7436AA_AS,49,8,O8:H49 -1985,ESC_HA8093AA_AS,,150,O150 -1986,ESC_HA1760AA_AS,,45,O45 -1987,ESC_HA6236AA_AS,7,157,O157:H7 -1988,ESC_HA8598AA_AS,,14,O14 -1989,ESC_BA1923AA_AS,,157,O157 -1990,ESC_KA7432AA_AS,10,153,O153:H10 -1991,ESC_LA1494AA_AS,,175,O175 -1992,ESC_HA8428AA_AS,10,114,O114:H10 -1993,ESC_BA0799AA_AS,,157,O157 -1994,ESC_IA6956AA_AS,,,H- -1995,ESC_GA6663AA_AS,8,6,O6:H8 -1996,ESC_GA9368AA_AS,25,11,O11:H25 -1997,ESC_GA9076AA_AS,7,55,O55:H7 -1998,ESC_NA9539AA_AS,7,157,O157:H7 -1999,ESC_HA3275AA_AS,,157,O157 -2000,ESC_GA9697AA_AS,7,157,O157:H7 -2001,ESC_GA9234AA_AS,14,91,O91:H14 -2002,ESC_HA7286AA_AS,,157,O157 -2003,ESC_GA9117AA_AS,,164,O164 -2004,ESC_HA4013AA_AS,11,26,E. 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Coli Orough:H11 -2420,ESC_IA1147AA_AS,,157,O157 -2421,ESC_IA0157AA_AS,19,8,O8:H19 -2422,ESC_HA8826AA_AS,35,128,O128:H35 -2423,ESC_GA1519AA_AS,,45,O45 -2424,ESC_KA0403AA_AS,7,157,O157:H7 -2425,ESC_HA8263AA_AS,,96,O96 -2426,ESC_FA8253AA_AS,,152,O152:Nm -2427,ESC_CA7057AA_AS,,128,O128:Nm -2428,ESC_GA8789AA_AS,14,91,O91:H14 -2429,ESC_HA8075AA_AS,12,22,O22:H12 -2430,ESC_HA7458AA_AS,7,157,O157:H7 -2431,ESC_GA9232AA_AS,,185,O185 -2432,ESC_GA9161AA_AS,,29,O29 -2433,ESC_HA8166AA_AS,11,8,O8:H11 -2434,ESC_BA2923AA_AS,11,26,O26:H11 -2435,ESC_KA6028AA_AS,11,26,O26:H11 -2436,ESC_HA8201AA_AS,21,91,O91:H21 -2437,ESC_BA8769AA_AS,,157,O157 -2438,ESC_HA4962AA_AS,7,157,O157:H7 -2439,ESC_GA8896AA_AS,17,78,O78:H17 -2440,ESC_LA6465AA_AS,7,157,O157:H7 -2441,ESC_IA8268AA_AS,7,157,O157:H7 -2442,ESC_CA4175AA_AS,,157,O157 -2443,ESC_GA1480AA_AS,2,103,O103:H2 -2444,ESC_LA4806AA_AS,,157,O157 -2445,ESC_IA8077AA_AS,7,157,O157:H7 -2446,ESC_NA8404AA_AS,,121,O121 -2447,ESC_OA7578AA_AS,7,157,O157:H7 -2448,ESC_AA8012AA_AS,,157,O157 -2449,ESC_CA4458AA_AS,,157,O157 -2450,ESC_FA6877AA_AS,53,83,O83:H53 -2451,ESC_JA0905AA_AS,,103,O103 -2452,ESC_KA5979AA_AS,11,26,O26:H11 -2453,ESC_HA4858AA_AS,7,157,O157:H7 -2454,ESC_HA5865AA_AS,7,157,O157:H7 -2455,ESC_HA7790AA_AS,,148,O148 -2456,ESC_HA0124AA_AS,,36,O36 -2457,ESC_LA1371AA_AS,,103,O103 -2458,ESC_KA7808AA_AS,7,157,O157:H7 -2459,ESC_GA9155AA_AS,1,4,O4:H1 -2460,ESC_FA8271AA_AS,,144,O144 -2461,ESC_GA9277AA_AS,,104,O104 -2462,ESC_OA9378AA_AS,,103,O103 -2463,ESC_LA1576AA_AS,4,25,O25B:H4:K100 -2464,ESC_LA5462AA_AS,7,157,O157:H7 -2465,ESC_BA3984AA_AS,,157,O157 -2466,ESC_OA1578AA_AS,,157,O157 -2467,ESC_GA6632AA_AS,,117,O117 -2468,ESC_HA1788AA_AS,,126,O126 -2469,ESC_HA7421AA_AS,1,25,O25:H1 -2470,ESC_AA9103AA_AS,,157,O157 -2471,ESC_CA0516AA_AS,,157,O157 -2472,ESC_AA8537AA_AS,,157,O157 -2473,ESC_IA8175AA_AS,7,157,O157:H7 -2474,ESC_GA8863AA_AS,7,1,O1:H7 -2475,ESC_HA8448AA_AS,10,6,O6:H10 -2476,ESC_BA0086AA_AS,,157,O157 -2477,ESC_GA6857AA_AS,9,129,O129:H9 -2478,ESC_AA9033AA_AS,,157,O157 -2479,ESC_CA1143AA_AS,,157,O157 -2480,ESC_HA8795AA_AS,27,118,O118:H27 -2481,ESC_BA5574AA_AS,,157,O157 -2482,ESC_NA8421AA_AS,,121,O121 -2483,ESC_IA1494AA_AS,17,117,O117:H17 -2484,ESC_AA9444AA_AS,,157,O157 -2485,ESC_IA8301AA_AS,7,157,O157:H7 -2486,ESC_GA8916AA_AS,17,113,O113:H17 -2487,ESC_IA0077AA_AS,7,153,O153/O178:H7 -2488,ESC_FA6866AA_AS,53,11,O11:H53 -2489,ESC_HA7971AA_AS,29,91,O91:H29 -2490,ESC_HA6254AA_AS,7,157,O157:H7 -2491,ESC_HA6223AA_AS,7,157,O157:H7 -2492,ESC_FA6846AA_AS,43,103,O103:H43 -2493,ESC_BA7588AA_AS,,157,O157 -2494,ESC_HA4963AA_AS,7,157,O157:H7 -2495,ESC_HA2663AA_AS,7,157,O157:H7 -2496,ESC_HA8750AA_AS,2,43,O43:H2 -2497,ESC_HA0139AA_AS,,9,O9 -2498,ESC_KA1729AA_AS,7,157,O157:H7 -2499,ESC_NA8735AA_AS,,157,O157 -2500,ESC_IA1196AA_AS,,26,O26 -2501,ESC_HA7425AA_AS,21,104,O104:H21 -2502,ESC_HA7904AA_AS,8,108,O108:H8 -2503,ESC_IA1273AA_AS,,157,O157 -2504,ESC_LA5813AA_AS,2,103,O103:H2 -2505,ESC_BA9769AA_AS,7,157,O157:H7 -2506,ESC_HA8577AA_AS,34,127,O127:H34 -2507,ESC_CA0569AA_AS,,26,O26 -2508,ESC_FA6850AA_AS,23,79,(O79):H23 -2509,ESC_GA9412AA_AS,,143,O143 -2510,ESC_BA0187AA_AS,,157,O157 -2511,ESC_GA6620AA_AS,,157,O157 -2512,ESC_HA7170AA_AS,32,70,O70:H32 -2513,ESC_BA3911AA_AS,,157,O157 -2514,ESC_GA9430AA_AS,2,80,O80:H2 -2515,ESC_LA1396AA_AS,,103,O103 -2516,ESC_FA8439AA_AS,,111,E. Coli O111:Undetermined -2517,ESC_IA8236AA_AS,7,157,O157:H7 -2518,ESC_BA4175AA_AS,,157,O157 -2519,ESC_HA3292AA_AS,,157,O157 -2520,ESC_LA4805AA_AS,,157,O157 -2521,ESC_HA8773AA_AS,8,7,O7:H8 -2522,ESC_HA7816AA_AS,,130,O130 -2523,ESC_HA7765AA_AS,4,17,O17:H4 -2524,ESC_HA4900AA_AS,7,157,O157:H7 -2525,ESC_GA9324AA_AS,11,26,O26:H11 -2526,ESC_IA0106AA_AS,16,,O.:H16 -2527,ESC_HA7290AA_AS,18,43,O43:H18 -2528,ESC_LA5876AA_AS,9,409,O409:H9 -2529,ESC_CA0124AA_AS,7,157,O157:H7 -2530,ESC_HA4976AA_AS,7,157,O157:H7 -2531,ESC_PA2793AA_AS,,157,O157 -2532,ESC_HA7999AA_AS,52,103,O103:H52 -2533,ESC_IA1639AA_AS,17,78,O78:H17 -2534,ESC_FA8260AA_AS,,26,O26 -2535,ESC_LA4810AA_AS,,157,O157 -2536,ESC_HA8471AA_AS,28,15,O15:H28 -2537,ESC_IA2217AA_AS,,16,O16:K1:H- -2538,ESC_GA9300AA_AS,,12,O12 -2539,ESC_IA0075AA_AS,49,116,O116:H49 -2540,ESC_LA1392AA_AS,,103,O103 -2541,ESC_PA2018AA_AS,,157,O157 -2542,ESC_HA4964AA_AS,7,157,O157:H7 -2543,ESC_LA1386AA_AS,,103,O103 -2544,ESC_GA9441AA_AS,,26,O26 -2545,ESC_HA8002AA_AS,,162,O162 -2546,ESC_AA7899AA_AS,,157,O157 -2547,ESC_HA7411AA_AS,32,,Nd:H32 -2548,ESC_HA8028AA_AS,,41,O41 -2549,ESC_IA0065AA_AS,7,185,O185:H7 -2550,ESC_HA8380AA_AS,10,173,O173:H10 -2551,ESC_KA7786AA_AS,7,157,O157:H7 -2552,ESC_HA9919AA_AS,28,8,O8:H28 -2553,ESC_IA0192AA_AS,8,179,O179:H8 -2554,ESC_PA0716AA_AS,,157,O157 -2555,ESC_HA7484AA_AS,7,157,O157:H7 -2556,ESC_GA1526AA_AS,,26,O26 -2557,ESC_KA4424AA_AS,7,157,O157:H7 -2558,ESC_NA3257AA_AS,,26,O26 -2559,ESC_GA8954AA_AS,,76,O76 -2560,ESC_IA2240AA_AS,,2,O2:K7:H- -2561,ESC_HA7960AA_AS,,20,O20 -2562,ESC_AA9004AA_AS,,157,O157 -2563,ESC_BA4318AA_AS,,157,O157 -2564,ESC_PA2044AA_AS,,157,O157 -2565,ESC_CA3416AA_AS,7,157,O157:H7 -2566,ESC_IA1678AA_AS,,157,O157 -2567,ESC_HA0465AA_AS,,157,O157 -2568,ESC_GA3100AA_AS,7,157,O157:H7 -2569,ESC_GA6544AA_AS,,103,O103 -2570,ESC_GA7280AA_AS,,157,O157 -2571,ESC_GA6868AA_AS,14,113,O113:H14 -2572,ESC_GA0143AA_AS,11,26,E. Coli O26:H11 -2573,ESC_HA8635AA_AS,,23,O23 -2574,ESC_LA4804AA_AS,,157,O157 -2575,ESC_GA6623AA_AS,,111,O111 -2576,ESC_KA7832AA_AS,14,36,O36:H14 -2577,ESC_IA2259AA_AS,,9,O9:K34:H- -2578,ESC_HA8776AA_AS,32,5,O5:H32 -2579,ESC_LA5726AA_AS,,8,O8:K27:H- -2580,ESC_HA8477AA_AS,8,43,O43:H8 -2581,ESC_IA2274AA_AS,21,113,O113:H21 -2582,ESC_BA4977AA_AS,,157,O157 -2583,ESC_BA2937AA_AS,,157,O157 -2584,ESC_HA6257AA_AS,7,157,O157:H7 -2585,ESC_CA7425AA_AS,,157,O157 -2586,ESC_HA7938AA_AS,,136,O136 -2587,ESC_FA4842AA_AS,7,157,O157:H7 -2588,ESC_JA4177AA_AS,,103,O103 -2589,ESC_GA9186AA_AS,17,117,O117:H17 -2590,ESC_GA2914AA_AS,7,157,O157:H7 -2591,ESC_GA0459AA_AS,16,118,E. Coli O118:H16 -2592,ESC_IA0149AA_AS,19,,O-:H19 -2593,ESC_GA9375AA_AS,31,85,O85:H31 -2594,ESC_GA9392AA_AS,5,88,O88:H5 -2595,ESC_IA1139AA_AS,,157,O157 -2596,ESC_HA7528AA_AS,10,6,O6:H10 -2597,ESC_HA8107AA_AS,,103,O103 -2598,ESC_LA6454AA_AS,7,157,O157:H7 -2599,ESC_HA4018AA_AS,11,26,E. 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Coli O26:Pending -2628,ESC_HA8115AA_AS,,121,O121 -2629,ESC_FA7668AA_AS,,26,E. Coli O26 -2630,ESC_LA5915AA_AS,45,15,O15:H45 -2631,ESC_BA0505AA_AS,,157,O157 -2632,ESC_HA5881AA_AS,7,157,O157:H7 -2633,ESC_BA2370AA_AS,7,157,O157:H7 -2634,ESC_HA7986AA_AS,,222,O222 -2635,ESC_CA3616AA_AS,11,26,O26:H11 -2636,ESC_HA8015AA_AS,,28,O28 -2637,ESC_IA0022AA_AS,11,130,O130:H11 -2638,ESC_JA4175AA_AS,,157,O157 -2639,ESC_FA5572AA_AS,,121,O121 -2640,ESC_IA2271AA_AS,,4,O4:H- -2641,ESC_HA5853AA_AS,7,157,O157:H7 -2642,ESC_CA0770AA_AS,,157,O157 -2643,ESC_FA7671AA_AS,2,186,E. Coli O186:H2 -2644,ESC_GA6486AA_AS,,103,O103 -2645,ESC_NA8318AA_AS,,103,E. 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Coli O145:Pending -2842,ESC_HA8153AA_AS,14,156,O156:H14 -2843,ESC_BA5782AA_AS,,157,O157 -2844,ESC_BA4438AA_AS,,157,O157 -2845,ESC_HA6229AA_AS,7,157,O157:H7 -2846,ESC_BA6550AA_AS,,157,O157 -2847,ESC_CA6917AA_AS,,157,O157 -2848,ESC_IA8205AA_AS,7,157,O157:H7 -2849,ESC_GA6635AA_AS,,88,O88 -2850,ESC_BA3176AA_AS,11,26,O26:H11 -2851,ESC_HA0150AA_AS,,101,O101 -2852,ESC_CA2835AA_AS,,157,O157 -2853,ESC_GA3663AA_AS,,111,O111 -2854,ESC_CA6317AA_AS,,157,O157 -2855,ESC_GA8867AA_AS,7,55,O55:H7 -2856,ESC_CA0984AA_AS,,157,O157 -2857,ESC_BA8396AA_AS,,157,O157 -2858,ESC_GA8859AA_AS,11,177,O177:H11 -2859,ESC_GA6661AA_AS,40,409,O409:H40 -2860,ESC_CA6510AA_AS,19,8,O8:H19 -2861,ESC_FA6808AA_AS,40,40,O40:H40 -2862,ESC_GA7524AA_AS,,157,O157 -2863,ESC_GA6897AA_AS,35,147,O147:H35 -2864,ESC_AA9715AA_AS,,157,O157 -2865,ESC_LA1436AA_AS,,103,O103 -2866,ESC_GA6832AA_AS,12,409,O409:H12 -2867,ESC_IA1193AA_AS,,157,O157 -2868,ESC_KA7271AA_AS,7,,H7 -2869,ESC_HA2655AA_AS,11,177,O177:H11 -2870,ESC_LA5466AA_AS,7,157,O157:H7 -2871,ESC_GA8968AA_AS,16,,O-:H16 -2872,ESC_PA1908AA_AS,,26,O26 -2873,ESC_FA6872AA_AS,44,16,O16:K19:H44 -2874,ESC_HA2002AA_AS,,157,O157 -2875,ESC_BA8487AA_AS,,157,O157 -2876,ESC_GA6522AA_AS,,103,O103 -2877,ESC_HA8275AA_AS,,2,O2 -2878,ESC_LA5875AA_AS,,13,O13 -2879,ESC_HA7531AA_AS,1,2,O2:H1 -2880,ESC_GA3700AA_AS,,103,O103 -2881,ESC_FA6826AA_AS,42,2,O2:K-:H42 -2882,ESC_HA8224AA_AS,,16,O16 -2883,ESC_AA9812AA_AS,,157,O157 -2884,ESC_GA2550AA_AS,,145,O145 -2885,ESC_GA6610AA_AS,,157,O157 -2886,ESC_BA9995AA_AS,,103,O103 -2887,ESC_IA1183AA_AS,,157,O157 -2888,ESC_IA1671AA_AS,25,177,O177:H25 -2889,ESC_LA1531AA_AS,42,10,O10:H42 -2890,ESC_GA2930AA_AS,7,157,O157:H7 -2891,ESC_HA9087AA_AS,,25,O25 -2892,ESC_GA3679AA_AS,,146,O146 -2893,ESC_HA8167AA_AS,11,113,O113:H11 -2894,ESC_CA6386AA_AS,,157,O157 -2895,ESC_FA8437AA_AS,,121,E. Coli O121:Undetermined -2896,ESC_GA8999AA_AS,28,145,O145:H28 -2897,ESC_HA8372AA_AS,,8,O8 -2898,ESC_HA8482AA_AS,39,14,O14:H39 -2899,ESC_HA3947AA_AS,,26,E. Coli O26:Pending -2900,ESC_BA3234AA_AS,7,157,O157:H7 -2901,ESC_IA6985AA_AS,28,145,O145:H28 -2902,ESC_GA8891AA_AS,2,128,O128Ab:H2 -2903,ESC_LA1426AA_AS,,103,O103 -2904,ESC_HA8592AA_AS,6,109,O109:H6 -2905,ESC_LA5752AA_AS,11,26,O26:H11 -2906,ESC_AA9243AA_AS,,157,O157 -2907,ESC_HA8702AA_AS,,54,O54 -2908,ESC_HA8105AA_AS,,17,O17 -2909,ESC_HA7895AA_AS,43,15,O15:H43 -2910,ESC_GA0147AA_AS,,26,E. Coli O26:Nm -2911,ESC_BA8860AA_AS,,157,O157 -2912,ESC_FA6865AA_AS,3,8,O8:H3 -2913,ESC_KA5969AA_AS,11,26,O26:H11 -2914,ESC_IA2229AA_AS,,75,O75:K5:H- -2915,ESC_HA7957AA_AS,,82,O82 -2916,ESC_BA7982AA_AS,,157,O157 -2917,ESC_GA4826AA_AS,7,157,E. 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Coli O103:Pending -3571,ESC_HA7521AA_AS,7,157,O157:H7 -3572,ESC_CA3029AA_AS,,157,O157 -3573,ESC_IA0650AA_AS,12,116,O116:H12 -3574,ESC_KA4767AA_AS,7,157,O157:H7 -3575,ESC_HA8609AA_AS,,115,O115 -3576,ESC_KA6813AA_AS,7,157,O157:H7 -3577,ESC_CA4670AA_AS,,157,O157 -3578,ESC_FA8266AA_AS,,73,O73 -3579,ESC_GA8890AA_AS,17,25,O25:H17 -3580,ESC_HA8756AA_AS,,105,O105 -3581,ESC_IA2232AA_AS,,2,O2:K5:H- -3582,ESC_AA8212AA_AS,,157,O157 -3583,ESC_LA1374AA_AS,,103,O103 -3584,ESC_HA0141AA_AS,,,Ox25 -3585,ESC_IA1286AA_AS,,157,O157 -3586,ESC_GA8829AA_AS,28,145,O145:H28 -3587,ESC_GA8991AA_AS,19,76,O76:H19 -3588,ESC_HA7789AA_AS,4,18,O18:H4 -3589,ESC_GA2906AA_AS,7,157,O157:H7 -3590,ESC_GA9691AA_AS,7,157,O157:H7 -3591,ESC_HA8025AA_AS,56,9,O9:H56 -3592,ESC_AA9696AA_AS,,157,O157 -3593,ESC_HA7777AA_AS,11,153,O153:H11 -3594,ESC_LA6463AA_AS,7,157,O157:H7 -3595,ESC_HA8527AA_AS,19,112,O112:H19 -3596,ESC_HA7822AA_AS,39,174,O174:H39 -3597,ESC_IA2249AA_AS,6,12,O12:K1:H6 -3598,ESC_KA7844AA_AS,7,55,O55:H7 -3599,ESC_KA6027AA_AS,11,26,O26:H11 -3600,ESC_LA1631AA_AS,,157,O157 -3601,ESC_FA6901AA_AS,33,11,O11:Kne:H33 -3602,ESC_HA5857AA_AS,7,157,O157:H7 -3603,ESC_CA4332AA_AS,7,157,O157:H7 -3604,ESC_FA8441AA_AS,2,103,E. 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Coli O26:H11 -3695,ESC_IA0660AA_AS,,111,O111 -3696,ESC_HA0125AA_AS,38,69,O69:H38 -3697,ESC_HA8682AA_AS,7,104,O104:H7 -3698,ESC_BA4012AA_AS,,157,O157 -3699,ESC_HA3587AA_AS,,121,O121 -3700,ESC_GA9590AA_AS,2,103,E. Coli O103:H2 -3701,ESC_HA7815AA_AS,6,150,O150:H6 -3702,ESC_GA6621AA_AS,,111,O111 -3703,ESC_GA6708AA_AS,,26,O26 -3704,ESC_HA8512AA_AS,57,156,O156:H57 -3705,ESC_HA0898AA_AS,2,80,O80:H2 -3706,ESC_HA7439AA_AS,19,78,O78:H19 -3707,ESC_IA7155AA_AS,25,153,O153:H25 -3708,ESC_HA4022AA_AS,16,172,E. Coli O172:H16 -3709,ESC_BA0993AA_AS,,157,O157 -3710,ESC_HA9091AA_AS,27,119,O119:H27 -3711,ESC_HA8418AA_AS,11,38,O38:H11 -3712,ESC_GA6706AA_AS,,103,O103 -3713,ESC_HA8324AA_AS,,175,O175 -3714,ESC_LA5895AA_AS,,165,O165 -3715,ESC_KA0429AA_AS,7,157,O157:H7 -3716,ESC_NA9488AA_AS,7,157,O157:H7 -3717,ESC_HA5874AA_AS,7,157,O157:H7 -3718,ESC_BA7734AA_AS,,26,O26 -3719,ESC_BA3349AA_AS,,157,O157 -3720,ESC_HA7426AA_AS,2,104,O104:H2 -3721,ESC_GA3102AA_AS,7,157,O157:H7 -3722,ESC_BA7294AA_AS,,157,O157 -3723,ESC_HA8031AA_AS,2,26,O26:H2 -3724,ESC_HA4843AA_AS,7,157,O157:H7 -3725,ESC_HA8725AA_AS,8,168,O168:H8 -3726,ESC_BA0766AA_AS,,157,O157 -3727,ESC_HA8114AA_AS,,414,O414 -3728,ESC_BA3699AA_AS,7,157,O157:H7 -3729,ESC_IA1190AA_AS,,157,O157 -3730,ESC_FA8251AA_AS,,136,O136:Nm -3731,ESC_IA1896AA_AS,,103,O103 -3732,ESC_HA8614AA_AS,28,14,O14:H28 -3733,ESC_HA7771AA_AS,,91,O91 -3734,ESC_GA3682AA_AS,,103,O103 -3735,ESC_LA4814AA_AS,,157,O157 -3736,ESC_HA9077AA_AS,,402,O402 -3737,ESC_HA7430AA_AS,4,2,O2:H4 -3738,ESC_HA3581AA_AS,,121,O121 -3739,ESC_CA1510AA_AS,,157,O157 -3740,ESC_HA8397AA_AS,11,55,O55:H11 -3741,ESC_GA8484AA_AS,,157,O157 -3742,ESC_HA4874AA_AS,7,157,O157:H7 -3743,ESC_PA1915AA_AS,,8,O8 -3744,ESC_HA8649AA_AS,,3,O3 -3745,ESC_BA9644AA_AS,7,157,O157:H7 -3746,ESC_GA3693AA_AS,,55,O55 -3747,ESC_GA9367AA_AS,33,92,O92:H33 -3748,ESC_GA1917AA_AS,,121,O121 -3749,ESC_LA1927AA_AS,,157,O157:Nm -3750,ESC_HA6193AA_AS,,109,E. 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Coli O186:H2 -3793,ESC_IA1627AA_AS,,157,O157 -3794,ESC_GA9258AA_AS,,146,O146 -3795,ESC_GA0426AA_AS,11,26,O26:H11 -3796,ESC_KA9620AA_AS,7,157,O157:H7 -3797,ESC_CA1096AA_AS,,157,O157 -3798,ESC_CA5772AA_AS,,157,O157 -3799,ESC_IA0165AA_AS,30,100,O100:H30 -3800,ESC_LA1390AA_AS,,103,O103 -3801,ESC_HA8425AA_AS,,20,O20 -3802,ESC_IA0017AA_AS,2,43,O43:H2 -3803,ESC_NA9473AA_AS,7,157,O157:H7 -3804,ESC_NA9499AA_AS,7,157,O157:H7 -3805,ESC_GA8880AA_AS,1,6,O6:H1 -3806,ESC_HA8696AA_AS,,120,O120 -3807,ESC_GA2863AA_AS,,103,O103 -3808,ESC_CA3182AA_AS,7,157,O157:H7 -3809,ESC_HA7926AA_AS,,103,O103 -3810,ESC_IA0184AA_AS,21,113,O113:H21 -3811,ESC_HA8999AA_AS,,35,O35 -3812,ESC_IA0139AA_AS,16,,O.:H16 -3813,ESC_GA6541AA_AS,,45,O45 -3814,ESC_KA7566AA_AS,,157,O157 -3815,ESC_HA9072AA_AS,6,156,O156:H6 -3816,ESC_BA6589AA_AS,,157,O157 -3817,ESC_HA8149AA_AS,12,85,O85:H12 -3818,ESC_GA8960AA_AS,,6,O6 -3819,ESC_GA8810AA_AS,2,112,O112Ab:H2 -3820,ESC_CA1412AA_AS,,157,O157 -3821,ESC_CA3260AA_AS,,157,O157 -3822,ESC_HA8781AA_AS,52,88,O88:H52 -3823,ESC_BA5469AA_AS,,157,O157 -3824,ESC_IA1165AA_AS,,157,O157 -3825,ESC_HA7486AA_AS,7,157,O157:H7 -3826,ESC_BA2773AA_AS,11,26,O26:H11 -3827,ESC_GA8802AA_AS,28,145,O145:H28 -3828,ESC_HA1971AA_AS,4,25,O25B:H4 -3829,ESC_NA3242AA_AS,,26,O26 -3830,ESC_CA2787AA_AS,,157,O157 -3831,ESC_HA4930AA_AS,7,157,O157:H7 -3832,ESC_HA7974AA_AS,10,6,O6:H10 -3833,ESC_HA9059AA_AS,20,78,O78:H20 -3834,ESC_GA8929AA_AS,,157,O157 -3835,ESC_GA3694AA_AS,,26,O26 -3836,ESC_HA1812AA_AS,,159,O159 -3837,ESC_HA2675AA_AS,7,157,O157:H7 -3838,ESC_GA9371AA_AS,31,126,O126:H31 -3839,ESC_CA4667AA_AS,,103,O103 -3840,ESC_LA5485AA_AS,7,157,O157:H7 -3841,ESC_BA1163AA_AS,,157,O157 -3842,ESC_KA7434AA_AS,10,153,O153:H10 -3843,ESC_IA0074AA_AS,49,181,O181:H49 -3844,ESC_FA6811AA_AS,30,153,O153:H30 -3845,ESC_CA0660AA_AS,,157,O157 -3846,ESC_BA5777AA_AS,,157,O157 -3847,ESC_CA2672AA_AS,,157,O157 -3848,ESC_OA5484AA_AS,,9,O9 -3849,ESC_BA9415AA_AS,,157,O157 -3850,ESC_AA9447AA_AS,,157,O157 -3851,ESC_FA6836AA_AS,35,128,O128:H35 -3852,ESC_BA0009AA_AS,,157,O157 -3853,ESC_GA2910AA_AS,7,157,O157:H7 -3854,ESC_GA6637AA_AS,19,20,O20:H19 -3855,ESC_IA1140AA_AS,,157,O157 -3856,ESC_KA2196AA_AS,,76,O76 -3857,ESC_HA4828AA_AS,7,157,O157:H7 -3858,ESC_KA1692AA_AS,7,157,O157:H7 -3859,ESC_CA5569AA_AS,,157,O157 -3860,ESC_HA8377AA_AS,,112,O112 -3861,ESC_GA8883AA_AS,17,13,O13:H17 -3862,ESC_LA1383AA_AS,,103,O103 -3863,ESC_FA8265AA_AS,,121,O121:Nm -3864,ESC_HA7977AA_AS,,88,O88 -3865,ESC_HA0297AA_AS,,150,O150 -3866,ESC_LA1432AA_AS,,103,O103 -3867,ESC_MA8269AA_AS,7,157,O157:H7 -3868,ESC_HA8404AA_AS,40,127,O127:H40 -3869,ESC_GA2916AA_AS,7,157,O157:H7 -3870,ESC_HA8374AA_AS,36,25,O25:H36 -3871,ESC_IA1223AA_AS,16,157,O157:H16 -3872,ESC_GA9303AA_AS,,75,O75 -3873,ESC_HA7966AA_AS,8,162,O162:H8 -3874,ESC_KA5365AA_AS,7,157,O157:H7 -3875,ESC_KA7784AA_AS,7,157,O157:H7 -3876,ESC_CA0955AA_AS,,157,O157 -3877,ESC_HA6104AA_AS,,157,O157 -3878,ESC_CA2412AA_AS,,157,O157 -3879,ESC_HA2656AA_AS,7,157,O157:H7 -3880,ESC_IA0170AA_AS,11,,O.:H11 -3881,ESC_LA4797AA_AS,,157,O157 -3882,ESC_HA6113AA_AS,,157,O157 -3883,ESC_HA4855AA_AS,7,157,O157:H7 -3884,ESC_GA5389AA_AS,,157,O157 -3885,ESC_HA6439AA_AS,7,157,O157:H7 -3886,ESC_CA0663AA_AS,,157,O157 -3887,ESC_HA8100AA_AS,15,158,O158:H15 -3888,ESC_IA7246AA_AS,8,174,O174:H8 -3889,ESC_HA8629AA_AS,,42,O42 -3890,ESC_KA7430AA_AS,10,153,O153:H10 -3891,ESC_BA0860AA_AS,,157,O157 -3892,ESC_LA5729AA_AS,2,5,O5:H2 -3893,ESC_LA1534AA_AS,,20,O20 -3894,ESC_HA8492AA_AS,29,139,O139:H29 -3895,ESC_FA4791AA_AS,,111,O111 -3896,ESC_HA8436AA_AS,10,162,O162:H10 -3897,ESC_GA3632AA_AS,,8,O8 -3898,ESC_IA1221AA_AS,,157,O157 -3899,ESC_GA9325AA_AS,5,75,O75:H5 -3900,ESC_FA6059AA_AS,,103,O103 -3901,ESC_HA8595AA_AS,,428,O428 -3902,ESC_HA8690AA_AS,,147,O147 -3903,ESC_IA1665AA_AS,2,128,O128Ab:H2 -3904,ESC_GA9146AA_AS,,84,O84 -3905,ESC_HA0891AA_AS,17,15,O15:H17 -3906,ESC_MA1219AA_AS,7,157,O157:H7 -3907,ESC_HA7952AA_AS,,80,O80 -3908,ESC_BA2580AA_AS,,157,O157 -3909,ESC_HA7998AA_AS,12,20,O20:H12 -3910,ESC_IA0050AA_AS,8,168,O168:H8 -3911,ESC_IA6438AA_AS,34,86,O86:H34 -3912,ESC_GA9083AA_AS,16,181,O181:H16 -3913,ESC_HA7455AA_AS,7,157,O157:H7 -3914,ESC_GA9450AA_AS,11,26,O26:H11 -3915,ESC_IA2220AA_AS,7,2,O2:K1:H7 -3916,ESC_CA6602AA_AS,,157,O157 -3917,ESC_IA1294AA_AS,,157,O157 -3918,ESC_CA0598AA_AS,,157,O157 -3919,ESC_FA8258AA_AS,,103,O103 -3920,ESC_BA3789AA_AS,,157,O157 -3921,ESC_IA1487AA_AS,19,76,O76:H19 -3922,ESC_BA8658AA_AS,,157,O157 -3923,ESC_LA5910AA_AS,19,157,O157:H19 -3924,ESC_PA0810AA_AS,,157,O157 -3925,ESC_KA6023AA_AS,11,26,O26:H11 -3926,ESC_GA6835AA_AS,2,79,O79:H2 -3927,ESC_GA9178AA_AS,19,171,O171:H19 -3928,ESC_HA1817AA_AS,,166,O166 -3929,ESC_FA8156AA_AS,,26,O26 -3930,ESC_BA0143AA_AS,7,157,O157:H7 -3931,ESC_LA5511AA_AS,7,157,O157:H7 -3932,ESC_NA3247AA_AS,,26,O26 -3933,ESC_HA9127AA_AS,,157,O157 -3934,ESC_IA2252AA_AS,21,64,O64:H21 -3935,ESC_BA7326AA_AS,,157,O157 -3936,ESC_CA2524AA_AS,28,8,O8:H28 -3937,ESC_HA8771AA_AS,38,,Ox23:H38 -3938,ESC_IA0167AA_AS,5,113,O113:H5 -3939,ESC_FA8443AA_AS,,121,E. 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Coli O103:Pending -4062,ESC_HA3952AA_AS,,103,E. Coli O103:Pending -4063,ESC_AA9535AA_AS,6,2,O2:H6 -4064,ESC_HA8440AA_AS,,162,O162 -4065,ESC_HA7927AA_AS,,76,O76 -4066,ESC_KA0430AA_AS,7,157,O157:H7 -4067,ESC_LA5804AA_AS,11,26,O26:H11 -4068,ESC_HA6248AA_AS,7,157,O157:H7 -4069,ESC_HA8273AA_AS,10,25,O25:H10 -4070,ESC_IA1141AA_AS,,157,O157 -4071,ESC_HA7964AA_AS,,86,O86 -4072,ESC_HA8558AA_AS,7,147,O147:H7 -4073,ESC_KA0404AA_AS,7,157,O157:H7 -4074,ESC_GA1484AA_AS,2,103,O103:H2 -4075,ESC_NA3263AA_AS,,26,O26 -4076,ESC_NA3250AA_AS,,26,O26 -4077,ESC_GA9172AA_AS,1,6,O6:H1 -4078,ESC_HA8101AA_AS,12,141,O141:H12 -4079,ESC_HA6456AA_AS,,111,O111 -4080,ESC_GA3117AA_AS,7,157,O157:H7 -4081,ESC_HA8547AA_AS,12,21,O21:H12 -4082,ESC_HA8608AA_AS,30,413,O413:H30 -4083,ESC_HA7902AA_AS,8,66,O66:H8 -4084,ESC_HA5862AA_AS,7,157,O157:H7 -4085,ESC_CA5804AA_AS,,157,O157 -4086,ESC_KA1966AA_AS,7,157,O157:H7 -4087,ESC_HA8078AA_AS,,15,O15 -4088,ESC_HA8777AA_AS,,4,O4 -4089,ESC_HA8557AA_AS,4,33,O33:H4 -4090,ESC_PA1943AA_AS,,150,O150 -4091,ESC_HA8415AA_AS,9,60,O60:H9 -4092,ESC_GA9130AA_AS,21,146,O146:H21 -4093,ESC_HA7981AA_AS,,81,O81 -4094,ESC_HA6230AA_AS,7,157,O157:H7 -4095,ESC_GA6878AA_AS,51,86,O86:H51 -4096,ESC_HA0376AA_AS,,157,O157 -4097,ESC_BA9354AA_AS,,157,O157 -4098,ESC_IA1236AA_AS,,26,O26 -4099,ESC_HA8055AA_AS,,147,O147 -4100,ESC_GA6484AA_AS,,45,O45 -4101,ESC_HA8728AA_AS,4,25,O25:H4 -4102,ESC_GA3701AA_AS,,26,O26 -4103,ESC_IA1225AA_AS,,157,O157 -4104,ESC_GA0444AA_AS,21,146,O146:H21 -4105,ESC_HA6109AA_AS,,157,O157 -4106,ESC_HA4854AA_AS,7,157,O157:H7 -4107,ESC_KA4410AA_AS,7,157,O157:H7 -4108,ESC_HA7516AA_AS,7,157,O157:H7 -4109,ESC_HA8729AA_AS,34,160,O160:H34 -4110,ESC_HA5554AA_AS,,103,O103 -4111,ESC_BA4894AA_AS,,157,O157 -4112,ESC_LA5805AA_AS,,157,O157:Nm -4113,ESC_GA9696AA_AS,7,157,O157:H7 -4114,ESC_PA0718AA_AS,,157,O157 -4115,ESC_HA7464AA_AS,7,157,O157:H7 -4116,ESC_HA4825AA_AS,7,157,O157:H7 -4117,ESC_HA8766AA_AS,,111,O111 -4118,ESC_LA1411AA_AS,,103,O103 -4119,ESC_KA0481AA_AS,7,157,O157:H7 -4120,ESC_HA3304AA_AS,,157,O157 -4121,ESC_GA8834AA_AS,17,78,O78:H17 -4122,ESC_HA9945AA_AS,16,,O-:H16 -4123,ESC_GA9677AA_AS,7,157,O157:H7 -4124,ESC_HA8282AA_AS,,9,O9 -4125,ESC_HA7912AA_AS,16,15,O15:H16 -4126,ESC_BA8776AA_AS,,157,O157 -4127,ESC_KA9615AA_AS,7,157,O157:H7 -4128,ESC_LA5744AA_AS,21,91,O91:H21 -4129,ESC_HA7441AA_AS,30,8,O8:H30 -4130,ESC_BA3539AA_AS,,111,O111 -4131,ESC_IA8115AA_AS,7,157,O157:H7 -4132,ESC_IA8073AA_AS,7,157,O157:H7 -4133,ESC_HA8091AA_AS,8,20,O20:H8 -4134,ESC_KA1800AA_AS,7,157,O157:H7 -4135,ESC_HA9049AA_AS,,156,O156 -4136,ESC_HA4849AA_AS,7,157,O157:H7 -4137,ESC_IA1186AA_AS,,157,O157 -4138,ESC_FA6805AA_AS,54,107,O107:H54 -4139,ESC_GA9701AA_AS,7,157,O157:H7 -4140,ESC_HA4909AA_AS,7,157,O157:H7 -4141,ESC_HA7401AA_AS,7,157,O157:H7 -4142,ESC_GA9183AA_AS,11,26,O26:H11 -4143,ESC_IA1251AA_AS,,157,O157 -4144,ESC_IA7153AA_AS,2,103,O103:H2 -4145,ESC_HA8623AA_AS,11,14,O14:H11 -4146,ESC_HA8494AA_AS,9,8,O8:H9 -4147,ESC_CA0245AA_AS,,157,O157 -4148,ESC_GA8835AA_AS,2,128,O128Ab:H2 -4149,ESC_GA3065AA_AS,7,157,O157:H7 -4150,ESC_HA8638AA_AS,6,79,O79:H6 -4151,ESC_HA8454AA_AS,,,Ox38 -4152,ESC_GA3106AA_AS,7,157,O157:H7 -4153,ESC_LA5733AA_AS,1,,R:K12:H1 -4154,ESC_HA1781AA_AS,,117,O117 -4155,ESC_NA9476AA_AS,7,157,O157:H7 -4156,ESC_MA3602AA_AS,,89,O89 -4157,ESC_CA1527AA_AS,,157,O157 -4158,ESC_GA8950AA_AS,21,146,O146:H21 -4159,ESC_GA1527AA_AS,,111,O111 -4160,ESC_HA8050AA_AS,,6,O6 -4161,ESC_HA6465AA_AS,28,8,O8:H28 -4162,ESC_BA0789AA_AS,,157,O157 -4163,ESC_BA3187AA_AS,7,157,O157:H7 -4164,ESC_HA2688AA_AS,7,157,O157:H7 -4165,ESC_HA4001AA_AS,,26,E. 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-4677,ESC_GA9236AA_AS,18,15,O15:H18 -4678,ESC_GA0142AA_AS,,103,E. 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Coli O26:H11 -4911,ESC_GA8943AA_AS,18,25,O25:H18 -4912,ESC_IA1452AA_AS,28,166,O166:H28 -4913,ESC_OA7576AA_AS,7,157,O157:H7 -4914,ESC_GA8817AA_AS,12,65,O65:H12 -4915,ESC_HA8335AA_AS,,141,O141 -4916,ESC_HA4886AA_AS,7,157,O157:H7 -4917,ESC_NA3261AA_AS,,26,O26 -4918,ESC_IA1274AA_AS,,157,O157 -4919,ESC_GA3643AA_AS,,128,O128Ab -4920,ESC_HA9125AA_AS,,157,O157 -4921,ESC_HA8820AA_AS,15,55,O55:H15 -4922,ESC_KA5976AA_AS,11,26,O26:H11 -4923,ESC_KA5999AA_AS,11,26,O26:H11 -4924,ESC_GA8842AA_AS,27,126,O126:H27 -4925,ESC_HA4021AA_AS,2,103,E. Coli O103:H2 -4926,ESC_HA6261AA_AS,7,157,O157:H7 -4927,ESC_KA1798AA_AS,7,157,O157:H7 -4928,ESC_GA9250AA_AS,7,55,O55:H7 -4929,ESC_JA1034AA_AS,11,26,O26:H11 -4930,ESC_HA2718AA_AS,,121,O121 -4931,ESC_HA4920AA_AS,7,157,O157:H7 -4932,ESC_KA7802AA_AS,7,157,O157:H7 -4933,ESC_HA8392AA_AS,17,33,O33:H17 -4934,ESC_HA8042AA_AS,26,119,O119:H26 -4935,ESC_NA9443AA_AS,,121,O121 -4936,ESC_KA6817AA_AS,7,157,O157:H7 -4937,ESC_AA8963AA_AS,,157,O157 -4938,ESC_HA8180AA_AS,32,75,O75:H32 -4939,ESC_HA8627AA_AS,38,20,O20:H38 -4940,ESC_GA9086AA_AS,2,43,O43:H2 -4941,ESC_IA7069AA_AS,25,,Ont:H25 -4942,ESC_BA5897AA_AS,,157,O157 -4943,ESC_CA3411AA_AS,,157,O157 -4944,ESC_AA9138AA_AS,7,157,O157:H7 -4945,ESC_KA7431AA_AS,8,111,O111:H8 -4946,ESC_HA7413AA_AS,4,71,O71:H4 -4947,ESC_LA5806AA_AS,21,174,O174:H21 -4948,ESC_HA8510AA_AS,56,10,O10:H56 -4949,ESC_GA9195AA_AS,17,78,O78:H17 -4950,ESC_HA6266AA_AS,7,157,O157:H7 -4951,ESC_GA6634AA_AS,,146,O146 -4952,ESC_HA9075AA_AS,10,409,O409:H10 -4953,ESC_AA7942AA_AS,,157,O157 -4954,ESC_KA6033AA_AS,11,26,O26:H11 -4955,ESC_IA1476AA_AS,,157,O157 -4956,ESC_HA8633AA_AS,10,13,O13:H10 -4957,ESC_BA8734AA_AS,,157,O157 -4958,ESC_HA7785AA_AS,,,Ox09 -4959,ESC_HA6263AA_AS,7,157,O157:H7 -4960,ESC_HA2699AA_AS,7,157,O157:H7 -4961,ESC_CA2484AA_AS,,157,O157 -4962,ESC_LA6624AA_AS,7,157,O157:H7 -4963,ESC_HA8475AA_AS,24,155,O155:H24 -4964,ESC_HA8718AA_AS,,75,O75 -4965,ESC_HA8813AA_AS,10,101,O101:H10 -4966,ESC_KA2250AA_AS,25,165,O165:H25 -4967,ESC_NA8397AA_AS,,121,O121 -4968,ESC_GA9591AA_AS,,26,E. Coli O26:Undetermined -4969,ESC_HA8169AA_AS,12,98,O98:H12 -4970,ESC_LA6462AA_AS,7,157,O157:H7 -4971,ESC_LA1414AA_AS,,103,O103 -4972,ESC_GA9182AA_AS,,2,O2 -4973,ESC_HA8213AA_AS,,149,O149 -4974,ESC_GA7656AA_AS,,165,E. Coli O165:Nm -4975,ESC_AA9581AA_AS,,157,O157 -4976,ESC_LA6366AA_AS,7,157,O157:H7 -4977,ESC_BA0103AA_AS,,145,O145 -4978,ESC_KA4414AA_AS,7,157,O157:H7 -4979,ESC_FA6903AA_AS,19,9,O9:K36:H19 -4980,ESC_CA4945AA_AS,7,157,O157:H7 -4981,ESC_IA7203AA_AS,25,114,O114:H25 -4982,ESC_LA1431AA_AS,,103,O103 -4983,ESC_IA1673AA_AS,,157,O157 -4984,ESC_HA7793AA_AS,49,17,O17:H49 -4985,ESC_CA6253AA_AS,,111,O111 -4986,ESC_IA1705AA_AS,2,84,O84:H2 -4987,ESC_HA8532AA_AS,16,73,O73:H16 -4988,ESC_FA8263AA_AS,,111,O111 -4989,ESC_GA2741AA_AS,7,121,E. 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Coli O69:H11 -5040,ESC_HA0329AA_AS,7,157,O157:H7 -5041,ESC_KA0426AA_AS,7,157,O157:H7 -5042,ESC_HA8143AA_AS,,111,O111 -5043,ESC_KA4961AA_AS,7,157,O157:H7 -5044,ESC_LA6362AA_AS,,157,O157 -5045,ESC_HA8461AA_AS,,118,O118 -5046,ESC_GA9366AA_AS,11,13,O13:H11 -5047,ESC_HA5870AA_AS,7,157,O157:H7 -5048,ESC_KA6005AA_AS,11,26,O26:H11 -5049,ESC_GA6885AA_AS,,26,O26 -5050,ESC_KA5362AA_AS,7,157,O157:H7 -5051,ESC_OA0072AA_AS,,157,O157 -5052,ESC_HA8162AA_AS,,145,O145 -5053,ESC_HA7943AA_AS,,6,O6 -5054,ESC_HA5883AA_AS,7,157,O157:H7 -5055,ESC_HA7894AA_AS,12,43,O43:H12 -5056,ESC_GA9114AA_AS,2,71,O71:H2 -5057,ESC_CA1039AA_AS,,145,O145 -5058,ESC_GA6831AA_AS,10,88,O88:H10 -5059,ESC_FA6057AA_AS,,157,O157 -5060,ESC_GA2881AA_AS,,121,O121 -5061,ESC_HA4899AA_AS,7,157,O157:H7 -5062,ESC_HA7761AA_AS,8,21,O21:H8 -5063,ESC_IA8218AA_AS,7,157,O157:H7 -5064,ESC_KA6812AA_AS,7,157,O157:H7 -5065,ESC_LA7808AA_AS,,157,O157 -5066,ESC_HA2707AA_AS,7,157,O157:H7 -5067,ESC_HA8346AA_AS,6,2,O2:H6 -5068,ESC_HA9055AA_AS,,43,O43 -5069,ESC_HA0122AA_AS,,121,O121 -5070,ESC_HA8463AA_AS,29,139,O139:H29 -5071,ESC_BA7049AA_AS,,157,O157 -5072,ESC_BA3812AA_AS,,157,O157 -5073,ESC_GA1530AA_AS,,45,O45 -5074,ESC_HA7440AA_AS,19,,Nd:H19 -5075,ESC_HA8381AA_AS,8,168,O168:H8 -5076,ESC_GA6609AA_AS,,121,O121 -5077,ESC_KA1617AA_AS,7,157,O157:H7 -5078,ESC_KA6012AA_AS,11,26,O26:H11 -5079,ESC_LA5904AA_AS,,7,O7 -5080,ESC_NA9468AA_AS,7,157,O157:H7 -5081,ESC_HA3280AA_AS,,157,O157 -5082,ESC_GA9679AA_AS,7,157,O157:H7 -5083,ESC_GA9123AA_AS,,124,O124:H- -5084,ESC_LA2126AA_AS,7,157,O157:H7 -5085,ESC_CA1462AA_AS,,157,O157 -5086,ESC_HA9083AA_AS,28,99,O99:H28 -5087,ESC_HA8230AA_AS,,2,O2 -5088,ESC_GA0131AA_AS,,103,E. 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Coli O103:H2 -5780,ESC_GA5558AA_AS,,111,E. Coli O111:Nm -5781,ESC_CA3331AA_AS,,157,O157 -5782,ESC_BA4169AA_AS,,157,O157 -5783,ESC_CA2116AA_AS,,157,O157 -5784,ESC_IA8179AA_AS,7,157,O157:H7 -5785,ESC_HA8399AA_AS,37,101,O101:H37 -5786,ESC_LA5878AA_AS,,88,O88 -5787,ESC_IA1466AA_AS,,157,O157 -5788,ESC_GA9108AA_AS,,103,O103 -5789,ESC_HA8824AA_AS,43,88,O88:H43 -5790,ESC_HA4924AA_AS,7,157,O157:H7 -5791,ESC_FA8438AA_AS,,103,E. Coli O103:Undetermined -5792,ESC_GA8819AA_AS,1,1,O1:K1:H1 -5793,ESC_IA1290AA_AS,,157,O157 -5794,ESC_GA9210AA_AS,,6,O6 -5795,ESC_IA8217AA_AS,7,157,O157:H7 -5796,ESC_FA6839AA_AS,29,2,O2:H29 -5797,ESC_HA8799AA_AS,39,6,O6:H39 -5798,ESC_HA8522AA_AS,36,174,O174:H36 -5799,ESC_HA7533AA_AS,27,174,O174:H27 -5800,ESC_GA4723AA_AS,7,55,O55:H7 -5801,ESC_HA8807AA_AS,,43,O43 -5802,ESC_HA8562AA_AS,19,20,O20:H19 -5803,ESC_KA6002AA_AS,11,26,O26:H11 -5804,ESC_HA8413AA_AS,,4,O4 -5805,ESC_HA8438AA_AS,,1,O1 -5806,ESC_IA1156AA_AS,,157,O157 -5807,ESC_HA8065AA_AS,20,1,O1:H20 -5808,ESC_HA8081AA_AS,8,91,O91:H8 -5809,ESC_LA5803AA_AS,8,174,O174:H8 -5810,ESC_BA3634AA_AS,,157,O157 -5811,ESC_HA8328AA_AS,12,139,O139:H12 -5812,ESC_HA7805AA_AS,2,153,O153:H2 -5813,ESC_BA8561AA_AS,,103,O103 -5814,ESC_AA9488AA_AS,7,157,O157:H7 -5815,ESC_BA1829AA_AS,,157,O157 -5816,ESC_MA1237AA_AS,7,157,O157:H7 -5817,ESC_IA8238AA_AS,7,157,O157:H7 -5818,ESC_GA8996AA_AS,,55,O55 -5819,ESC_IA1148AA_AS,,26,O26 -5820,ESC_LA1408AA_AS,,103,O103 -5821,ESC_HA7915AA_AS,,114,O114 -5822,ESC_HA7804AA_AS,10,85,O85:H10 -5823,ESC_KA2180AA_AS,36,174,O174:H36 -5824,ESC_IA1153AA_AS,,157,O157 -5825,ESC_BA4821AA_AS,,157,O157 -5826,ESC_HA4850AA_AS,7,157,O157:H7 -5827,ESC_CA0768AA_AS,7,157,O157:H7 -5828,ESC_GA4695AA_AS,,149,O149 -5829,ESC_HA4862AA_AS,7,157,O157:H7 -5830,ESC_HA7493AA_AS,7,157,O157:H7 -5831,ESC_CA3332AA_AS,,157,O157 -5832,ESC_LA1389AA_AS,,103,O103 -5833,ESC_IA2238AA_AS,,6,O6:K5:H- -5834,ESC_IA2269AA_AS,7,2,O2:K1:H7 -5835,ESC_KA5982AA_AS,11,26,O26:H11 -5836,ESC_KA7811AA_AS,7,157,O157:H7 -5837,ESC_MA1495AA_AS,,103,O103 -5838,ESC_IA0062AA_AS,42,74,O74:H42 -5839,ESC_HA8193AA_AS,,101,O101 -5840,ESC_GA3688AA_AS,,91,O91 -5841,ESC_IA6959AA_AS,8,174,O174:H8 -5842,ESC_BA5787AA_AS,,157,O157 -5843,ESC_CA3956AA_AS,,157,O157 diff --git a/helper_scripts/single_json.py b/helper_scripts/single_json.py new file mode 100644 index 0000000..ce1eb9c --- /dev/null +++ b/helper_scripts/single_json.py @@ -0,0 +1,40 @@ +#!/usr/env/bin python + +import os +import json +import sys +from Bio import SeqIO + +""" +Add the fasta sequence to the JSON to have a single source of truth +""" + +fasta_file = sys.argv[1] +json_file = sys.argv[2] +out_file = sys.argv[3] + +# Gather the fasta sequences +fasta_dict = {} +with open(fasta_file, 'r') as fastafh: + for record in SeqIO.parse(fastafh, "fasta"): + fasta_dict[str(record.id)] = str(record.seq) + + +# Combine the fasta sequences with the other data and print it out +with open(json_file, 'r') as jsonfh: + json_data = json.load(jsonfh) + + for k,v in fasta_dict.items(): + if k in json_data["O"]: + json_data["O"][k]["seq"] = v + + elif k in json_data["H"]: + json_data["H"][k]["seq"] = v + + else: + print("{} does not exist".format(k), file=sys.stderr) + + with open(out_file, 'w') as jsonofh: + jsonofh.write(json.dumps(json_data)) + + diff --git a/recipe/ectyper/build.sh b/recipe/ectyper/build.sh deleted file mode 100644 index 55ea547..0000000 --- a/recipe/ectyper/build.sh +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -#!/bin/bash - -$PYTHON setup.py install \ No newline at end of file diff --git a/recipe/ectyper/meta.yaml b/recipe/ectyper/meta.yaml deleted file mode 100644 index 209efd2..0000000 --- a/recipe/ectyper/meta.yaml +++ /dev/null @@ -1,30 +0,0 @@ -about: - license: MIT - summary: Ectyper is a python script for serotyping e.coli genomes - author: Camille La Rose, Chad Laing, Sam Sung - home: https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping - -package: - name: ectyper - version: 0.0.8 - -source: - url: https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping/archive/239795e27446c467c8100aeaa73a741efdbb026f.zip - md5: d2cfb90afe8290b60c9c491aaee8db70 - -requirements: - build: - - python 3.6.3.* - run: - - python 3.6.3.* - - pandas 0.21.0.* - - samtools 1.5.* - - bowtie2 2.3.0.* - - mash 1.1.* - - bcftools 1.6.* - - biopython 1.69.* - - blast 2.2.31 .* - - seqtk 1.2.* -test: - commands: - - ectyper -h diff --git a/recipe/meta.yaml b/recipe/meta.yaml new file mode 100644 index 0000000..b6ea065 --- /dev/null +++ b/recipe/meta.yaml @@ -0,0 +1,44 @@ +{% set data = load_setup_py_data(setup_file='../setup.py', from_recipe_dir=True) %} +{% set version = data.get('version') %} + +about: + license: Apache 2 + summary: ECtyper is a python program for serotyping E. coli genomes + author: Chad Laing, Camille La Rose, Sam Sung + home: https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping + +package: + name: ectyper + version: {{ version }} + +source: + url: https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping/archive/v{{ version }}.tar.gz + +build: + number: 1 + script: python setup.py install + +requirements: + build: + - python >=3.6 + + run: + - python >=3.6 + - pytest >=3.6 + - pandas >=0.23 + - samtools >=1.7 + - bowtie2 >=2.3 + - mash >=2.0 + - bcftools >=1.7 + - biopython >=1.69 + - blast >=2.2.31 + - seqtk >=1.2 + +test: + import: + - ectyper + test: + - "ectyper --help" + + + diff --git a/setup.py b/setup.py index 27ecb89..25c54e1 100644 --- a/setup.py +++ b/setup.py @@ -1,19 +1,17 @@ -try: - from setuptools import setup -except ImportError: - from distutils.core import setup +from setuptools import setup +from ectyper import __version__ setup( name='ectyper', - version='0.0.8', + version=__version__, description='E. coli serotyping', url='https://github.com/phac-nml/ecoli_serotyping', - author='Camille La Rose, Chad Laing, Sam Sung', - author_email='claro100@uottawa.ca, chad.laing@canada.ca, sam.sung@canada.ca', - license='MIT', + author='Chad Laing, Sam Sung, Camille La Rose', + author_email='chad.laing@canada.ca, sam.sung@canada.ca, claro100@uottawa.ca', + license='Apache 2', scripts=['bin/ectyper'], packages=['ectyper'], package_data={'ectyper': ['Data/*']}, zip_safe=False, - test_suite='nose.collector' + test_suite='py.test' ) \ No newline at end of file diff --git a/test/Data/Straphylococcus.fasta b/test/Data/Staphylococcus.fasta similarity index 100% rename from test/Data/Straphylococcus.fasta rename to test/Data/Staphylococcus.fasta diff --git a/test/Data/test_dir/sample.fasta b/test/Data/test_dir/sample.fasta deleted file mode 100644 index 3099436..0000000 --- a/test/Data/test_dir/sample.fasta +++ /dev/null @@ -1,30 +0,0 @@ ->H10-1-fliC-origin -ATGGCACAAGTCATTAATACCAACAGCCTCTCGCTGATCACTCAAAATAATATCAACAAG -AACCAGTCTGCGCTGTCGAGTTCTATCGAGCGTCTGTCTTCTGGCTTGCGTATTAACAGC -GCGAAGGATGACGCCGCGGGTCAGGCGATTGCTAACCGTTTTACTTCTAACATTAAAGGC -CTGACTCAGGCTGCACGTAACGCCAACGACGGTATTTCTGTTGCGCAGACCACCGAAGGC -GCGCTGTCCGAAATTAACAACAACTTACAGCGTGTGCGTGAGCTGACTGTTCAGGCGACC -ACCGGTACTAACTCTGAGTCTGACCTGTCTTCTATCCAGGACGAAATCAAATCTCGCCTG -GAAGAGATTGATCGTGTTTCAAGTCAGACTCAATTTAACGGCGTGAATGTTTTGGCTAAA -GATGGGAAAATGAACATTCAGGTTGGGGCAAATGATGGACAGACTATCACTATTGATCTG -AAAAAGATCGATTCATCTACACTAAACCTCTCCAGTTTTGATGCTGCAAACTTGGGCACC -AGTGTTAAAGATGGGGCCACCATCAATAAGCAAGTGGCAGTAGGTGCTGGCGACTTTAAA -GATAAAGCTTCAGGATCGTTAGGTACCCTAAAATTAGTTGAGAAAGACGGTAAGTACTAT -GTAAATGACACTAAAAGTAGTAAGTACTACGATGCCGAAGTAGATACTAGTAAGGGTGAA -ATTAACTTCAACTCTACAAATGAAAGTGGAACTACTCCTACTGCAGCGACGGAAGTAACT -ACTGTTGGCCGCGATGTAAAATTGGATGCTTCTGCACTTAAAGCCAACCAATCGCTTGTC -GTGTATAAAGATAAAAGCGGCAATGATGCTTATATCATTCAGACCAAAGATGTAACAACT -AATCAATCAACTTTCAATGCCGCTAATATCAGTGATGCTGGTGTTTTATCTATTGGTGCA -TCTACAACCGCGCCAAGCAATTTAACAGCTGACCCGCTTAAGGCTCTTGATGATGCAATT -GCATCTGTTGATAAATTCCGCTCTTCTCTCGGTGCCGTTCAGAACCGTCTGGATTCTGCC -ATTGCCAACCTGAACAACACCACTACCAACCTGTCTGAAGCGCAGTCCCGTATTCAGGAC -GCTGACTATGCGACCGAAGTGTCCAACATGTCGAAAGCGCAGATTATCCAGCAGGCCGGT -AACTCCGTGCTGGCAAAAGCCAACCAGGTACCGCAGCAGGTTCTGTCTCTGCTGCAGGGT -TAG ->lcl|1436893830000|3159571 -CGGAACCAGCGCCACCAGAAGGCAAATAACGCTGCCATAAATAAATGAACGCCGCGTGTAATCGCCAGTCTGGGTTAATAAACCAATGGATGAAACAAACGGTGAAAATGGAATTACCGCCAGAGGTACGGTTATCAGTGTCATAAATCCGGTCGCCACAAAGCTACGACGATAACGCGTATTCCCCGCGCCCTGCTGCGGATAAAAAACATCCGTGCCCCGAATCGCACCGTAGGTATTGCTGATATTTACCAGACCTGTAATCACCGCCGTCAGAATAATTCCCGGCGACAAAGCACCGCCACTGCCGAGCGGGAACCACTGCCAGTGCAACTCACCGGAGAGCGAGTGCGAAGAAGGAAAGCAAAAGTACCACAACAACCAGCCGGTTATGGTGCCGACCAGCAGGCCATAACGGGCAAAACGTTGCGGGAGGAAGATAATCATCCCCAGTACCAGGCACATCACCGCCACCGAGAGCGCGAACGGCGGTAACTGAATTTTAAAATTCGGGTCGGCTATGCCAAACGGCAGCCCGAGCATACCTTTGAAAAAGATAGTGGTCAGCTGCGCGCCCAGCATCAACATAAACAAGACCATCACCGACGGCGTAAATAACCGCGCCAGGCGATGGCCTAATCCGCTAAAACCAATCAACACCGTCAGCACGCCGGAGAGTGCAATCCCCACTGCCAGGCTGGTGGCGATATCGTTGATCGGTGTCCCGCGCGATGCTTCGCCAAGGGTGATAGTAAGGATGGTTCCCCACCACAGGCCACCTGGCCCTTCCATAATAGCGCGACGATGACCGCAGAACGCCTGAGCGAAGCAGGCCAGTGCGGTAGCAAGAAAAGCATATTGCGTGAGCGTAAGCAGGCTACTTTGCGGCAACTGAAAAGCAGAAAGTAGCGTAGGAGGAACCACAACCGTGTTGCAAAAAATAAAGAAAAACCACTGAAATCCTGATAACAGGCTTTCGCGGCTCACTGCAAAATTGAAC ->lcl|1436893909000|3159808 -CGGGTAGTCGCTAAACCCTGCACTATTCAAACCAAAGAAGCTAACGTTAATCTCGGGGATCTTTATACGCGCAATCTGCAACAACCTGGTTCTGCATCTGGCTGGCACAATATTACTTTGTCATTAACCGATTGTCCGGTTGAAACAAGTGCAGTGACGGCAATCGTGACAGGTTCAACTGACAATACGGGTTATTACAAAAATGAAGGTACTGCCGAAAATATTCAGATAGAGCTGAGGGATGACCAGGATGCTGCGTTAAAAAATGGCGATAGCAAAACGGTTATTGTTGATGAGATCACTCGTAATGCACAGTTTCCACTTAAGGCAAGAGCTATCACGGTGAATGGAAACGCAAGCCAGGGAACGATCGAGGCGCTAATCAATGTGATCTACACCTGGCAATAACGTCGATTCGATTTTCTTAGCCTTCTTTTTAAATCAATTTTT-AACCTTAGGATATATCATGGGTAAAACAATCAGTATAAAGGTCCTGTTCGGTATTTATCTTCTATTAATGGCAGGCAAAGTTTTTGCCTTCAGTTGTAATGTCGATGGCGGGTCAAGTATTGGAGCAGGTACAACCTCTGTTTATGTTAATCTCGACCCTGTAATACAGCCGGGCCAGAATCTGGTTGTAGACTTGTCTCAGCATATAAGTTGCTGGAATGATTACGGCGGCTGGTACGACACTGATCATATAAACCTGGTACAAGGCTCAGCTTTCGCAGGCTCCCTACAGTCATATAAAGGATCGCTGTACTGGAATAATGTGACCTACCCCTTCCCGTTGACGACAAATACCAACGTATTGGATATTGGTGATAAGACACCGATGCCATTACCGTTAAAACTCTATATTACCCCAGTTGGGGCGGCCGGTGGAGTTGTCATAAAAGCGGGGGAAGTCATTGCTCGTATTCATATGTATAAAATTGCAACATTAGGAAGCGGAAATCCGCGTAATTTTACGTGGAATATTATTTCAAATAACAATGTT ->lcl|2873786891000|3159389 -GCAGCCCCTGTTCCAGCTCTTCGACCATTTCCGGCGTTGCCCCTTTTTGCGGGCCAAACACCGCCGCCGCGCCGCGTGCCCCTACCAGCGGGTTATCAACGTCACATGCTACTTCAATATGGCAATTCGCCAGACGCGGATCGCATTCATCCATCTCAATGCTTGCCACGCGCGCTAAATTACCGCCGTTAGCCACCAGCACCTGACCGTCGGCATCAAGGAAACGCACACCGAGCGCCTGCGCCATGCCCATACCACCGTCGACCGTCGCACTGCCACCAATGCCGAGAATAATATGGCGAATGCCGTTATCCAGCGCATGACGAATTAACTCCCCCGTACCAAAACTGGAGGCCAGCAACGGATTACGCTTTTCAGGCGCGACCAGCATCAGGCCACTTGCTGCCGCCATCTCAATCACCGCCGTTTTCCCGTCGCCGGTAAGGCCATAAAAAGCATTCACTTTTTCGCCCATCGGCCCGCAGACTTCAAGCGTCACGATGTTGCCGCCCGTCGCGGCGACCATCGCATCCACCGTCCCTTCGCCGCCATCCGCTATCGGCAAACAGATATAGTTCGCATCGGGAAAGAGGGTCGAAAACCCGGCTTTAATTGCCTGACAACATTTTTCTGCACTTAAGCTCTCTTTAAAAGAGTCTGGCGCAATGACAATCTTCATTATCAATCCTTTTTCAACAAATTATTCGATGCGTTCCCACGGAATAAGATTATCCATAAGAACAGCCAGTAAAATCCCGACCAGTAAGCCGTTACTGAGCAGAGGACGCAGCGTTAATGGAAGGTCTTGCAGATACACAGGCGGTAATGCCATTAAAAATATGCCGACAAATAACGGCAATGCGAGTCGATAAATATTGCGAGCGGTAAACGTTATTTGCTGGCTAAACACCAGCGCGGAAAAGAGTAAAGGCAGATAAGAAACCAGCATGACCGCACTACTCACGGGTAAAGGGATACTGCAAAACAGTCGTGTGAGTGC - diff --git a/test/Data/test_sketch.msh b/test/Data/test_sketch.msh new file mode 100644 index 0000000..6258e11 Binary files /dev/null and b/test/Data/test_sketch.msh differ diff --git a/test/ectyper_test.py b/test/ectyper_test.py deleted file mode 100644 index 69f240e..0000000 --- a/test/ectyper_test.py +++ /dev/null @@ -1,96 +0,0 @@ -import argparse -import hashlib -import os -import sys -import tempfile -import unittest - -sys.path.append(os.path.join(os.path.dirname(__file__), "..")) -from ectyper import ectyper - - - - -def set_input(input, percent_iden=None, output=None): - args = ['-i', input] - if percent_iden: - args += ['-d', str(percent_iden)] - if output: - args += ['-o', output] - sys.argv[1:] = args - - -def get_md5(file): - with open(file, 'rb') as handler: - return hashlib.md5(handler.read()).hexdigest() - - -class TestEctyper(unittest.TestCase): - # Print all differences if there is difference - maxDiff = None - - def test_invalid_input(self): - valid_fasta = 'test/Data/test_dir/sample.fasta' - set_input(valid_fasta, percent_iden=999) - with self.assertRaises(SystemExit) as e: - ectyper.run_program() - self.assertEqual(e.exception.code, 2) - - def test_invalid_file(self): - invalid_file = '' - set_input(invalid_file) - with self.assertRaises(SystemExit) as e: - ectyper.run_program() - self.assertEqual(e.exception.code, 0) - - def test_valid_fastq_file(self): - input = 'test/Data/Escherichia.fastq' - output_dir = 'test_valid_fastq_file' - expected_checksum = '95d5cc69090fc686d3f5c5ba6602f374' - set_input(input, output=output_dir) - ectyper.run_program() - self.assertEqual( - get_md5(os.path.join('output', output_dir, 'output.csv')), - expected_checksum - ) - - def test_folder_input(self): - input = 'test/Data/test_dir' - output_dir = 'test_folder_input' - set_input(input, output=output_dir) - expected_checksum = 'bd9354495c264bcfb79c5581b9e7c953' - ectyper.run_program() - self.assertEqual( - get_md5(os.path.join('output', output_dir, 'output.csv')), - expected_checksum - ) - - def test_list_input(self): - input = 'test/Data/test_dir/sample.fasta,test/Data/test_dir/sample.fasta' - output_dir = 'test_list_input' - set_input(input, output=output_dir) - expected_checksum = '3ad690bf9f3ea87dd0200600f72fa618' - ectyper.run_program() - self.assertEqual( - get_md5(os.path.join('output', output_dir, 'output.csv')), - expected_checksum - ) - - def test_create_tmp_files(self): - # Test relative path - expected_dict = {'assemble_temp_dir': 'test/temp/assemblies', - 'fasta_temp_dir': 'test/temp/fastas', - 'output_dir': os.path.abspath('output') + '/', - 'output_file': os.path.abspath('output/output.csv')} - self.assertDictEqual(expected_dict, ectyper.create_tmp_files( - 'test/temp', output_dir='')) - expected_dict = {'assemble_temp_dir': 'test/temp/assemblies', - 'fasta_temp_dir': 'test/temp/fastas', - 'output_dir': os.path.abspath('output/test'), - 'output_file': os.path.abspath('output/test/output.csv')} - self.assertDictEqual(expected_dict, ectyper.create_tmp_files( - 'test/temp', output_dir='test')) - - -if __name__ == '__main__': - unittest.main() diff --git a/test/genome_test.py b/test/genome_test.py deleted file mode 100644 index 86bc7fb..0000000 --- a/test/genome_test.py +++ /dev/null @@ -1,35 +0,0 @@ -import os -import sys -import unittest - -sys.path.append(os.path.join(os.path.dirname(__file__), "..")) -from ectyper.genomeFunctions import get_files_as_list, get_valid_format - - -class TestGenomeFunction(unittest.TestCase): - - def test_get_files_as_list(self): - # this function does not check for validity of file - input = 'test/Data/test_dir/sample.fasta,test/Data/test_dir/sample.fasta.tar,test/Data/test_dir/sample2.fasta,test/Data/test_dir/test_junk.txt' - output = '' - self.assertEqual(len(get_files_as_list(input)), 4) - - def test_get_valid_format(self): - # None file - self.assertEqual(None, get_valid_format('123')) - # Random txt - self.assertEqual(None, get_valid_format( - 'test/Data/test_dir/test_junk.txt')) - # renamed tar file - self.assertEqual(None, get_valid_format( - 'test/Data/test_dir/sampletar')) - # zip file - self.assertEqual(None, get_valid_format( - 'test/Data/test_dir/sample.fasta.zip')) - # actual fasta - self.assertEqual('fasta', get_valid_format( - 'test/Data/test_dir/sample.fasta')) - - -if __name__ == '__main__': - unittest.main() diff --git a/test/prediction_test.py b/test/prediction_test.py deleted file mode 100644 index 09b3377..0000000 --- a/test/prediction_test.py +++ /dev/null @@ -1,74 +0,0 @@ -import datetime -import os -import sys -import tempfile -import unittest - -import pandas as pd -sys.path.append(os.path.join(os.path.dirname(__file__), "..")) -from ectyper import commandLineOptions, ectyper, predictionFunctions - - -class TestPrediction(unittest.TestCase): - - def test_no_prediction(self): - print("\nTesting %s" % self.id()) - genome_file = 'test/Data/prediction/no_hit.fna' - df, raw_df = self.helper(genome_file) - self.assertEqual(df.shape[0], 1) - self.assertEqual(df.O_prediction[0], '-') - self.assertEqual(df.H_prediction[0], '-') - self.assertTrue(raw_df.empty) - - def test_unpaired_prediction(self): - print("\nTesting %s" % self.id()) - genome_file = 'test/Data/prediction/unpaired.fna' - df, raw_df = self.helper(genome_file) - self.assertEqual(df.shape[0], 1) - self.assertEqual(df.O_prediction[0], '-') - self.assertEqual(df.O_info[0], 'Only unpaired alignments found') - self.assertEqual(df.H_prediction[0], '-') - self.assertFalse(raw_df.empty) - - def test_lone_unpaired_prediction(self): - print("\nTesting %s" % self.id()) - genome_file = 'test/Data/prediction/lone_unpaired.fna' - df, raw_df = self.helper(genome_file) - self.assertEqual(df.shape[0], 1) - self.assertEqual(df.O_prediction[0], 'O64') - self.assertEqual(df.O_info[0], 'Lone unpaired alignment found') - self.assertEqual(df.H_prediction[0], '-') - self.assertFalse(raw_df.empty) - - def test_one_prediction(self): - genome_file = 'test/Data/prediction/one_hit.fna' - df, raw_df = self.helper(genome_file) - self.assertEqual(df.shape[0], 1) - self.assertEqual(df.O_prediction[0], '-') - self.assertEqual(df.H_prediction[0], 'H7') - self.assertFalse(raw_df.empty) - - def test_two_prediction(self): - print("\nTesting %s" % self.id()) - genome_file = 'test/Data/prediction/two_hit.fna' - df, raw_df = self.helper(genome_file) - self.assertEqual(df.shape[0], 1) - self.assertEqual(df.O_prediction[0], 'O157') - self.assertEqual(df.H_prediction[0], 'H1') - self.assertFalse(raw_df.empty) - - def helper(self, genome_file): - args = commandLineOptions.parse_command_line(['-i', 'test']) - genome_file = genome_file - with tempfile.TemporaryDirectory() as temp_dir: - prediction_file = os.path.join(temp_dir + 'output.csv') - ectyper.run_prediction([genome_file], args, prediction_file) - basename, extension = os.path.splitext(prediction_file) - raw_prediction_file = ''.join([basename, '_raw', extension]) - predictionFunctions.add_non_predicted( - [os.path.splitext(os.path.basename(genome_file))[0]], prediction_file) - return pd.read_csv(prediction_file), pd.read_csv(raw_prediction_file) - - -if __name__ == '__main__': - unittest.main() diff --git a/test/species_test.py b/test/species_test.py deleted file mode 100644 index ab8b7e9..0000000 --- a/test/species_test.py +++ /dev/null @@ -1,47 +0,0 @@ -import os -import sys -import unittest - -sys.path.append(os.path.join(os.path.dirname(__file__), "..")) -from ectyper import definitions, speciesIdentification - - -class TestSpeciesId(unittest.TestCase): - - def test_ecoli_fasta_file(self): - escherichia_fasta = 'test/Data/Escherichia.fna' - salamonella_fasta = 'test/Data/Salmonella.fasta' - self.assertTrue( - speciesIdentification.is_ecoli_genome(escherichia_fasta)) - self.assertFalse( - speciesIdentification.is_ecoli_genome(salamonella_fasta)) - - def test_different_species_fasta_file(self): - if not os.path.isfile(definitions.REFSEQ_SKETCH): - print("No seqref file. Skip this test.") - return False - escherichia_fasta = 'test/Data/Escherichia.fna' - salamonella_fasta = 'test/Data/Salmonella.fasta' - streptococcus_fasta = 'test/Data/Streptococcus.fasta' - straphylococcus_fasta = 'test/Data/Straphylococcus.fasta' - yersinia_fasta = 'test/Data/Yersinia.fasta' - listeria_fasta = 'test/Data/Listeria.fasta' - campylobacter_fasta = 'test/Data/Campylobacter.fasta' - self.assertIn('Escherichia coli', - speciesIdentification.get_species(escherichia_fasta)) - self.assertIn( - 'Salmonella', speciesIdentification.get_species(salamonella_fasta)) - self.assertIn('Streptococcus', - speciesIdentification.get_species(streptococcus_fasta)) - self.assertIn('Staphylococcus', speciesIdentification.get_species( - straphylococcus_fasta)) - self.assertIn( - 'Yersinia', speciesIdentification.get_species(yersinia_fasta)) - self.assertIn( - 'Listeria', speciesIdentification.get_species(listeria_fasta)) - self.assertIn('Campylobacter', - speciesIdentification.get_species(campylobacter_fasta)) - - -if __name__ == '__main__': - unittest.main() diff --git a/test/test_ectyper_integration.py b/test/test_ectyper_integration.py new file mode 100644 index 0000000..d0a5d28 --- /dev/null +++ b/test/test_ectyper_integration.py @@ -0,0 +1,102 @@ +import sys +import pytest +import tempfile +import os +from ectyper import ectyper + +TEST_ROOT = os.path.dirname(__file__) + + +def set_input(input, percent_iden=None, output=tempfile.mkdtemp()): + """ + Create the sys.argv[] without need for commandline input. + :param input: Input file given by testing function + :param percent_iden: Percent identity for comparison + :param output: Location of output + :return: None + """ + args = ['-i', input, '--verify', '-r', os.path.join(TEST_ROOT, 'Data/test_sketch.msh')] + + if percent_iden: + args += ['-d', str(percent_iden)] + if output: + args += ['-o', output] + sys.argv[1:] = args + + +def test_integration_invalid_file(caplog): + """ + Giving a non-fasta file in fasta-file name. + :return: None + """ + file = os.path.join(TEST_ROOT, 'Data/test_dir/badfasta.fasta') + set_input(file) + ectyper.run_program() + assert "badfasta\tNon fasta / fastq file" in caplog.text + + +def test_integration_no_file(): + """ + Giving no input to the program. + :return: None + """ + file = '' + set_input(file) + with pytest.raises(SystemExit) as se: + ectyper.run_program() + assert se.type == SystemExit + assert se.value.code == "No files were found" + + +def test_integration_valid_file(caplog): + """ + Ensure a valid E. coli fasta passes + :return: None + """ + file = os.path.join(TEST_ROOT, 'Data/Escherichia.fna') + set_input(file) + ectyper.run_program() + assert "Escherichia\tO103\tH2" in caplog.text + + +def test_integration_yersinia(caplog): + """ + Ensure a non-E. coli gets categorized as such + :return: None + """ + file = os.path.join(TEST_ROOT, 'Data/Yersinia.fasta') + set_input(file) + ectyper.run_program() + assert "Yersinia pestis" in caplog.text + + +def test_valid_fastq_file(caplog): + """ + Given a valid fastq file, get the correct results. + Use a temp dir for the test output + :return: None + """ + file = os.path.join(TEST_ROOT, 'Data/Escherichia.fastq') + set_input(file) + ectyper.run_program() + assert "Escherichia\tO22\tH8" in caplog.text + + +def test_multiple_directories(caplog): + """ + Check a number of small files, some good, some bad, + within a nested directory structure. + + :param caplog: Capture logging output for pytest + :return: None + """ + the_dir = os.path.join(TEST_ROOT, 'Data/test_dir') + set_input(the_dir) + ectyper.run_program() + assert "sample2\tO148\tH44" in caplog.text + assert "sample3\tO148\tH44" in caplog.text + assert "sample4\tO148\tH44" in caplog.text + assert "badfasta\tNon fasta / fastq file" in caplog.text + assert "sample.fasta\tNon fasta / fastq file" in caplog.text + assert "sampletar\tNon fasta / fastq file" in caplog.text + assert "test_junk\tNon fasta / fastq file" in caplog.text \ No newline at end of file diff --git a/validation/Validation Analysis.ipynb b/validation/Validation Analysis.ipynb index c412a1e..bb4c396 100644 --- a/validation/Validation Analysis.ipynb +++ b/validation/Validation Analysis.ipynb @@ -425,7 +425,7 @@ ] }, "metadata": {}, - "output_type": "display_data" + "output_type": "execute_result" }, { "data": {