暴露组学的黎明 - Miao Yu | 于淼

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暴露组学的黎明 - Miao Yu | 于淼
https://yufree.cn/cn/2018/11/07/exposome/

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Originally posted by Zzzxueying on 2018-11-08 02:45:32
暴露组学需要大的实验室和经费，一般的学校是很难负担的起的，必须有几个牛人牵头搞起一个大实验室才能开始测这测那。我个人觉得真正浪费的是，由于经费有限，每个人只能研究很小的样本量，最后的结果当然千差万别也不具有代表性，更难得出确定的结论。也许5年后，代谢组能和基因组一样有大的consortium，出来一些有意义的结果。

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Originally posted on 2018-11-08 02:50:38
我更看重方法论研究，基础分析如果有问题，后面做出的结果很难让人信服，现在的问题是很多面向实际问题的文章发的不错，但方法都很难说靠谱，不过没有这些文章垫底，估计也吸引不来经费与投资。

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Originally posted by Zzzxueying on 2018-11-08 02:55:24
其实测不准或者"我觉得就是这样"基本上是环境健康的通用理论。。。。。习惯就好

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Originally posted by JasperShen on 2019-10-14 20:26:39
是的,我赞同.我也觉得方法在组学研究中非常重要.需要有人来做这些基础的方法学.

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Originally posted by Liechi Zhang on 2018-11-10 04:33:06
组学结果往往大而化之，语焉不详，容易成为灌水文的重灾区。一来信噪比难以提升，因为样本的异质性；二来，从相关性到因果性（不是休谟那种因果）有很长的路要走，但是大多数组学研究只停留在拿到组学结果那步，特别是在数据获得成本降低了以后。

曝露组学整合了更多变量到数据分析里，感觉降低信噪比和找出因果关系的难度更大了。

有时候觉得组学是既强大又无能，这矛盾心态在我这里可能还会持续一段时间。

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Originally posted on 2018-11-10 05:32:30
组学属于面向问题整合知识的学科，但传统科研更喜欢控制实验。面向实际问题就会存在多因素共同影响的问题，组学尝试用模型来抽象这个过程，但模型可能捕捉不到未知因素；控制实验可以很好的说明点对点的问题但距离真实问题可能差的比较远，环境化学有很多人去关注持久性有机污染物，虽然毒理影响是真的但真实世界里其他影响因素可能权重更大更直接，这样的后果就是文章发不少但对实际问题的理解其实毫无参考价值。我倾向于希望组学能够回答在不同场景下，众多因素的贡献比例，例如某种病究竟是基因还是环境还是行为还是其他主导的？各自影响多大？其他因素会是什么？
这需要对不同组学技术整合到更大的模型里，但眼下分析手段还不足以给出靠谱的测量，后面的分析也就谈不上参考价值了，只能观其大略了。

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Originally posted by Liechi Zhang on 2018-11-10 06:15:10
我赞成组学可以整合各方面因素，提出针对特定问题的模型（这是很好的组学文章了，在生物学领域有很多组学文章止步于描述），这一点是控制实验难以做到的。不过相对于由组学的模型，我更看重对于模型的检验。未经检验的模型好比是一张无法兑换的支票，在我看来，和哲学家开的脑洞是一样的（就提出模型这一点来说，其实组学和哲学还确实很像）。

在我看到的很多研究里，特别是基础研究，由组学得到的很多结果是未经检验的，这是我觉得其无能的一个原因--文章发，事情了。准确地说，不是无能，而是没有被证明是有效的模型。

现在的技术条件，处理一些变量比较少的场景，我觉得运用组学是很好的；太复杂的场景，比如你提到的暴露组学涵盖的领域，我不确定这是否真的能得到有效的模型，还是一场方法学上的跃进？或许
reductionism 和 holism
一左一右向前走，哪边走快了，摔一跤，爬起来再继续走。

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Originally posted on 2018-11-10 13:52:07
我也觉得当前缺少模型检验及检验标准，很多方法或模型的提出者即是裁判员也是运动员，很容易出现各做各的，井水不犯河水，但这失去了整合的意义。反之互相评价容易出个人恩怨。当前美国代谢组学两位领军人物见面还克制些（然而这两个活宝很难出现在同一个会议了），不见面几乎对对方都是纯负面评价，要是用了A的方法在B的会议上报告，B点评的第一句话一般是A的方法不靠谱，所以你的报告价值不大...反之也一样。这也算是学科发展的初级阶段所必经的过程吧。