Changed logic for calculating new peptide length

[likhitha-surapaneni]

Ticket: ENSVAR-6621

Testing

vep -i input.vcf \
-o Result.vcf \
--assembly GRCh38 --no_stats --fork 4 --force \
--cache --offline --db_version 112 --use_given_ref \
--dir_cache <cache_dir> \
--fasta <fasta_file> \
--dir_plugins <plugins_dir> \
--vcf  \
--sift s --polyphen s --total_length --numbers \
--hgvs --protein --symbol --ccds --tsl --canonical  --mane --biotype \
--check_existing --exclude_null_alleles \
--cache_version 112 \
--plugin Downstream 

Input

chr1    2430625 .   C   CGTGGGTGAGTGAGGCCCTGGCT

To check if there is no breaking change for other variants