Guillaume Pressiat
28 novembre 2021
Le développement de ce package a été initié au DIM du siège de l'AP-HP. Il était auparavant hébergé sur le github IM-APHP.
Ce package contient des fonctions pour :
- la gestion des archives PMSI en entrée / sortie des logiciels de l'ATIH : dézippage, suppression des archives, voir ici
- l'import des fichiers des champs PMSI MCO, SSR, HAD, PSY et RSF, voir ici et là
- Administrer les données dans une base de données avec R, voir ici ou là
- Requêter les données aisément, voir ici
- Valoriser les résumés anonymes PMSI du MCO et de l'HAD, voir ici et là
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Un livret numérique en ligne présente le fonctionnement du package et donne des exemples de codes (imports, requêtes, analyses) pour se familiariser à son utilisation.
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pmeasyrs'inscrit désormais dans un ensemble de packages et de projets pour le PMSI avec R, auquel appartient par exemple le package nomensland. -
Une page github rassemble toutes les informations autour du package : la documentation, des exemples ainsi que la présentation et le suivi des évolutions avec la partie bloc-notes.
Une vidéo est aussi disponible.
pmeasyr utilise les packages suivants, il faut donc les installer avant de préférence.
install.packages('tidyverse')
install.packages('sjlabelled')
install.packages('sqldf')Le plus simple pour installer pmeasyr est de lancer directement :
install.packages('pmeasyr', repos = 'https://guillaumepressiat.r-universe.dev')Cf guillaumepressiat.r-universe.
# install.packages('remotes')
library(remotes)
install_github('guillaumepressiat/pmeasyr')Cette commande lance l'installation du package et de ses dépendances.
Souvent, les établissements hospitaliers ont mis en place un proxy qui empèche l'installation pratique d'un package sur github. Voici comment faire dans ce cas.
# install.packages('httr')
library(httr)
set_config( use_proxy(
url = "proxy_url", # Remplacer proxy_url par l'URL de votre proxy
port = 8080,
username = "user", # Remplacer user par votre nom d'utilisateur du proxy
password = "password" #Remplacer password par votre nom d'utilisateur du proxy
))
# install.packages('remotes')
library(remotes)
install_github('guillaumepressiat/pmeasyr')Une autre option dans ce contexte est la configuration définitive des proxys du logiciel R au sein du fichier Renviron.site, voir ici par exemple. En cas de question, n'hésitez pas à ouvrir une issue.
Par exemple, si vous ne connaissez pas votre proxy, vous pouvez faire comme indiqué ici.
La vignette introductive du package donne des exemples de commandes pour les traitements des données du champ PMSI MCO.
browseVignettes('pmeasyr')Ou bien consulter la vignette en ligne.
Ci-après, des arguments en faveur de l'utilisation de R dans le contexte des données PMSI.
Les données du Programme de Médicalisation des Systèmes d'Informations (PMSI) sont souvent traitées via des logiciels spécifiques au PMSI (ou des outils statistiques / bases de données du marché) ne permettant pas de réaliser des traitements statistiques et des infographies satisfaisantes. Les départements d'information médicale sont donc souvent amenés à retraiter ces données avec R.
L'évolution récente de R intègre la manipulation de bases de données de taille importante. Le package pmeasyr s'inscrit dans cette veine et permet de réaliser de façon autonome l'ensemble des traitements (de l'import des données à leur analyse) avec R.
En travaillant uniquement avec R, on peut mettre en place un flux de travail épuré : un seul projet, un seul programme, un seul logiciel. La traçabilité, la reproductibilité et la mise à jour des opérations sont ainsi facilitées.
Le travail avec de multiples logiciels oblige à l'export / import de fichiers entre les différents logiciels, et chaque modification du début du flux de travail génère des fichiers exportés v1, v2, ...
Avec un flux complet dans R, toute nouvelle modification est intégrée au processus de travail global. La localisation de toutes les étapes d'une analyse en un seul point évite les erreurs et la confusion lorsque l'on reprend l'analyse ultérieurement.
L'utilisation de R confère aux données du PMSI la liberté proposée par le logiciel :
- les requêtes sur les diagnostics et les actes peuvent s'écrire de multiples façons et c'est l'utilisateur qui crée ses propres programmes
- les données sont dans R : prêtes pour des modèles linéaires, logistiques, des classifications...
- la confrontation des données in* (reflet du codage des établissements) aux données out* (reflet de la valorisation accordée à l'établissement) est facilitée par l'import du fichier tra (cf vignette), cela peut permettre aux équipes DIM d'améliorer leur recueil
- le reporting de l'activité en excel, pdf, word, html, ou en créant des applications (shiny)
- l'utilisation des graphiques pour représenter des volumes d'activités et des cartographies interactives pour visualiser la localisation d'activités, de patientèles, et les flux de patients
- le partage de projets RStudio, qui facilite et encourage les travaux en équipe.
*NB: Données In / Out : données en entrée / sortie des logiciels de l'ATIH
L'engouement autour de R est lié au développement de packages intuitifs et performants : readr, dplyr, tidyr, magrittr, pour n'en citer que quelques-uns. pmeasyr s'appuie sur ces packages pour proposer des imports de données rapides sur des fichiers de taille importante (l'entité juridique de l'AP-HP est prise en charge sans problème avec un ordinateur récent).
Dans le cas de pmeasyr, l'import de 100 000 rsa (partie fixe, parsing des passages unités médicales, des diagnostics associés et des actes) nécessite en moyenne 5 secondes avec un processeur i7 -- 16Go de ram.
En dernier ressort, R travaillant en mémoire vive, les exécutions de requêtes sont très rapides.