drf config

djangoAPI/urls.py

@@ -7,6 +7,7 @@
 
 router = routers.DefaultRouter()
 router.register(r'back/VS_doking2', views.VS_ViewSet, basename='admin')
+router.register(r'process-plasmodocking', views.ProcessPlasmodockingViewSet)
 
 urlpatterns = [
     path('', include(router.urls)),

fiocruz/models.py

@@ -55,7 +55,6 @@ class Process_Plasmodocking(models.Model):
         ("concluido", "Concluído"),
         ("error", "Erro"),
     ]
-
     nome = models.CharField(max_length=200)
     user = models.ForeignKey(UserCustom, on_delete=models.CASCADE)
     ligante = models.FileField(upload_to=ligante_arquivo, blank=True, null=True)
@@ -64,10 +63,7 @@ class Process_Plasmodocking(models.Model):
     status = models.CharField(max_length=20, choices=STATUS_CHOICES, default="em fila")
     type = models.CharField(max_length=20, choices=TYPE_CHOICES, default="Falciparum")
     redocking = models.BooleanField(default=True)
-
-    def formatted_data(self):
-        return self.data.strftime('%H:%M:%S - %d/%m/%Y')
-
+
     def __str__(self):
         return f"{self.nome} - {self.get_type_display()}"
 
@@ -91,9 +87,6 @@ class Macromoleculas_virtaulS(models.Model):
 
     def __str__(self):
             return self.nome
-
-
-
 
 #Macromoleculas Sem redocking
 def arquivo_macro_SR(instance, filename):

fiocruz/serializers.py

@@ -32,4 +32,11 @@ def create(self, validated_data):
         )
         user.set_password(validated_data['password'])
         user.save()
-        return user
+        return user
+
+class ProcessPlasmodockingSerializer(serializers.ModelSerializer):
+    username = serializers.CharField(write_only=True)
+
+    class Meta:
+        model = Process_Plasmodocking
+        fields = '__all__'

fiocruz/tasks.py

@@ -123,64 +123,50 @@ def plasmodocking_CR(username, id_processo, email_user):
     arquivos_vs = Process_Plasmodocking.objects.get(id=id_processo) 
     arquivos_vs.status = "processando"
     arquivos_vs.save()
-
     #---------------------------------------------------------------------
     # criar pastas do usuario 
     dir_path = os.path.join(settings.MEDIA_ROOT, "plasmodocking", f"user_{username}", arquivos_vs.nome)
     diretorio_macromoleculas,diretorio_dlgs,diretorio_gbests,diretorio_lig_split,diretorio_ligantes_pdbqt = criar_diretorios(username, arquivos_vs.nome)
-
     #---------------------------------------------------------------------
     #preparação ligante
     preparar_ligantes(arquivos_vs,diretorio_lig_split,diretorio_ligantes_pdbqt)
     ligantes_pdbqt = listar_arquivos(diretorio_ligantes_pdbqt)
-
     #---------------------------------------------------------------------
     #execução do AutodockGPU
     if arquivos_vs.type == 'falciparum' :
         macromoleculas = Macromoleculas_virtaulS.objects.all()
-
         print("Macromoleculas Falciparum com redocking")
     else:    
         macromoleculas = Macromoleculas_Vivax_CR.objects.all()
-
         print("Macromoleculas Vivax com redocking")
-
     data, tabela_final = [], []
-
     with tqdm(total=len(macromoleculas), desc=f'Plasmodocking usuario {username} processo {arquivos_vs.nome}') as pbar:
-
         for macromolecula in macromoleculas:
             print("Macromolecula: "+macromolecula.rec)
-            receptor_data, data_data = preparar_dados_receptor(macromolecula, ligantes_pdbqt, diretorio_dlgs,diretorio_ligantes_pdbqt,diretorio_macromoleculas,username,arquivos_vs.nome,arquivos_vs.type)
+            receptor_data, data_data = preparar_dados_receptor(macromolecula, ligantes_pdbqt, diretorio_dlgs,diretorio_ligantes_pdbqt,
+            diretorio_macromoleculas,username,arquivos_vs.nome,arquivos_vs.type)
             data.append(receptor_data)
             tabela_final.extend(data_data)
             # Atualize a barra de progresso
             pbar.update(1)
-
     #fim dos 2 for ligante e receptor    
     remover_arquivos_xml(diretorio_dlgs, "*.xml")
     json_data = json.dumps(data, indent=4) 
-
     # Especifique o caminho e nome do arquivo onde você deseja salvar o JSON
     file_path = os.path.join(settings.MEDIA_ROOT, "plasmodocking", f"user_{username}", arquivos_vs.nome,"dados.json")
-
     with open(file_path, 'w') as json_file:
         json_file.write(json_data)
-
     arquivos_vs.status = "concluido"
     arquivos_vs.resultado_final = json_data
     arquivos_vs.save()
-
     file_path = os.path.join(settings.MEDIA_ROOT, "plasmodocking", f"user_{username}", arquivos_vs.nome)
     dfdf = pd.DataFrame(tabela_final)
     csv_file_path = os.path.join(file_path, 'dadostab.csv')
     dfdf.to_csv(csv_file_path, sep=';', index=False)
-
     #----------------zip file---------------
     dir_path = os.path.join(settings.MEDIA_ROOT, "plasmodocking", f"user_{username}")
     command = ["zip", "-r", arquivos_vs.nome+"/"+arquivos_vs.nome+".zip", arquivos_vs.nome]
     executar_comando(command, dir_path)
-
     ##enviar_email.delay(username,arquivos_vs.nome,email_user)
     return "task concluida com sucesso"
 

fiocruz/templates/template.html

@@ -22,7 +22,6 @@
         <img src="https://www.infoescola.com/wp-content/uploads/2020/04/Fiocruz.jpg" alt="Imagem 2" />
         <img src=`https://avatars.githubusercontent.com/u/46599724?s=48&v=4` alt="Imagem 3" />
         <img src="https://www.rondonia.fiocruz.br/wp-content/uploads/2022/01/MARCA-PAD-01-1-1024x359.png" alt="Imagem 4" />
-
       </div>
 </body>
 </html>

fiocruz/views.py

@@ -7,15 +7,15 @@
 from .models import Process_Plasmodocking, Macromoleculas_virtaulS, UserCustom, Macro_Prepare, Macromoleculas_Sem_Redocking
 from rest_framework import viewsets, generics
 from django.http import FileResponse, HttpResponse, JsonResponse 
-from .serializers import VS_Serializer, UserCustomSerializer
+from .serializers import ProcessPlasmodockingSerializer, VS_Serializer, UserCustomSerializer
 from .tasks import plasmodocking_SR, prepare_macro_SemRedocking, prepare_macro_ComRedocking,plasmodocking_CR
 from django.conf import settings
 from rest_framework.views import APIView
 from rest_framework_simplejwt.tokens import RefreshToken
 from rest_framework.response import Response
 from rest_framework import status
 from django.shortcuts import render
-
+from rest_framework.decorators import action
 from .util import (
     textfld,
 )
@@ -322,3 +322,57 @@ def view3d(request, username, nome_process, receptor_name, ligante_code):
         'ligante_data': ligante_data
     }
     return render(request, 'view3d.html', context)  
+
+
+class ProcessPlasmodockingViewSet(viewsets.ModelViewSet):
+    queryset = Process_Plasmodocking.objects.all()
+    serializer_class = ProcessPlasmodockingSerializer
+
+    @action(detail=False, methods=['get'], url_path='by-user')
+    def by_user(self, request):
+        username = request.query_params.get('username', None)
+        if username is not None:
+            user = UserCustom.objects.get(username=username)
+            queryset = Process_Plasmodocking.objects.filter(user=user)
+            serializer = self.get_serializer(queryset, many=True)
+            return Response(serializer.data, status=status.HTTP_200_OK)
+        else:
+            return Response({"detail": "Parâmetro 'username' é necessário."}, status=status.HTTP_400_BAD_REQUEST)
+
+    def create(self, request, *args, **kwargs):
+        data = request.data
+        username = data.get('username')
+        nome = data.get('nome')
+        arquivo = data.get('ligante')
+        type = data.get('type')
+        redocking = data.get('redocking', True)  # Será passado como booleano
+
+        try:
+            redocking = bool(redocking)
+        except ValueError:
+            return Response({'message': 'Valor inválido para redocking.'}, status=status.HTTP_400_BAD_REQUEST)
+
+        try:
+            user = UserCustom.objects.get(username=username)
+        except UserCustom.DoesNotExist:
+            return Response({'message': 'Usuário não encontrado'}, status=status.HTTP_404_NOT_FOUND)
+
+        if Process_Plasmodocking.objects.filter(user=user, nome=nome).exists():
+            return Response({'message': 'Um processo com esse nome já existe para este usuário'}, status=status.HTTP_400_BAD_REQUEST)
+
+        email_user = user.email
+
+        arquivos_vs = Process_Plasmodocking(nome=nome, ligante=arquivo, user=user, type=type, redocking=redocking, status="em fila")
+        arquivos_vs.save()
+
+        if type == 'falciparum' and redocking:
+            plasmodocking_CR.delay(username, arquivos_vs.id, email_user)
+        elif type == 'falciparum' and not redocking:
+            plasmodocking_SR.delay(username, arquivos_vs.id, email_user)
+        elif type == 'vivax' and redocking:
+            plasmodocking_CR.delay(username, arquivos_vs.id, email_user)
+        elif type == 'vivax' and not redocking:
+            plasmodocking_SR.delay(username, arquivos_vs.id, email_user)
+
+        serializer = self.get_serializer(arquivos_vs)
+        return Response(serializer.data, status=status.HTTP_201_CREATED)