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Update and rename update_taxref_version.md to update-taxref-version.md
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camillemonchicourt authored Oct 30, 2024
1 parent c4a30b6 commit a0a2b9d
Showing 1 changed file with 16 additions and 13 deletions.
29 changes: 16 additions & 13 deletions docs/update_taxref_version.md → docs/update-taxref-version.md
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -7,7 +7,7 @@ A noter qu'il n'est pas nécessaire de migrer les versions de taxref
une à une. Il est par exemple possible de passer directement de Taxref
version 13 à 17.

## Avant de commencer :
## Avant de commencer

- La migration d'une version de Taxref est une opération conséquente.
Ce script permet d'automatiser au maximum les opérations, mais
Expand All @@ -26,7 +26,8 @@ version 13 à 17.
- Sinon le faire depuis GeoNature
`(venv)$ geonature db autoupgrade`

## Migrer taxref
## Mettre à jour Taxref

Le passage vers une nouvelle version de Taxref se fait en 2 étapes,
disponibles sous forme de commandes python.

Expand All @@ -38,10 +39,10 @@ activer, il faut :
# Activer le virtual env
source venv/bin/activate

### Importer la nouvelle version de taxref
### Importer la nouvelle version de Taxref

**import_taxref_vXX** : import de Taxref et détection des changements de
`bib_noms`.
`bib_noms` (avant TaxHub 2.0.0).

Un export des changements est réalisé à l'issue du script, dans le
fichier `liste_changements.csv`.
Expand All @@ -53,10 +54,10 @@ Ce script réalise les opérations suivantes :
- Analyse des données dans la Synthèse de GeoNature et identification
de celles dont le cd_nom a disparu dans la nouvelle version de
Taxref (listés dans le fichier `liste_cd_nom_disparus_synthese.csv`)
- Identification des cd_noms ayant disparu dans la table
`taxonomie.bib_noms`
- Identification des cd_noms ayant disparus dans la table
`taxonomie.bib_noms` (avant TaxHub 2.0.0)
- Liste des cd_nom supprimés de `taxonomie.bib_noms` dans le fichier
`liste_cd_nom_disparus_bib_noms.csv`
`liste_cd_nom_disparus_bib_noms.csv` (avant TaxHub 2.0.0)
- Détection et export des changements à venir dans le schéma
temporaire `tmp_taxref_changes` et sa table `comp_grap`
- Liste dans le fichier `liste_changements.csv` les changements qui
Expand Down Expand Up @@ -161,7 +162,7 @@ pourrez relancer le script.
remplacés et supprimés
- Mise à jour des cd_ref de `taxonomie.bib_noms` en fonction des
cd_noms, suppression des noms disparus, ajout des noms de références
manquants
manquants (avant TaxHub 2.0.0)
- Répercussion des évolutions de Taxref sur les tables
`taxonomie.t_medias` et `taxonomie.cor_taxon_attribut` en fonction
des cas et actions définis dans la table
Expand Down Expand Up @@ -191,12 +192,14 @@ sensibilité avec la version correspondant à la nouvelle version de
Taxref. Voir
<https://docs.geonature.fr/admin-manual.html#gestion-de-la-sensibilite>.

![image](images/bdc_statut.png)
## MCD et cas de changements de taxons

![image](https://media.githubusercontent.com/media/PnX-SI/TaxHub/master/docs/images/bdc_statut.png)

![image](images/update-taxref-cas-1.jpg)
![image](https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/docs/images/update-taxref-cas-1.jpg)

![image](images/update-taxref-cas-2.jpg)
![image](https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/docs/images/update-taxref-cas-2.jpg)

![image](images/update-taxref-cas-3.jpg)
![image](https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/docs/images/update-taxref-cas-3.jpg)

![image](images/update-taxref-cas-4.jpg)
![image](https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/docs/images/update-taxref-cas-4.jpg)

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