Update doc and fix RTFD images with absolute URL (#576)

docs/changelog.md

@@ -3,13 +3,13 @@
 2.0.0 (2024-10-29)
 ------------------
 
-Refonte globale de l'interface de TaxHub avec Flask-admin, pour simplifier son développement et sa maintenance, mais aussi permettre de l'intégrer complètement dans le module "Admin" de GeoNature.  
-Si vous utilisez GeoNature, TaxHub sera désormais intégré à celui-ci dans le module "Admin" et il ne sera plus nécessaire de l'installer, l'administrer ni le mettre à jour indépendamment.  
-Compatibilité avec GeoNature 2.15.0 minimum.
+- Refonte globale de l'interface de TaxHub avec Flask-admin, pour simplifier son développement et sa maintenance, mais aussi permettre de l'intégrer complètement dans le module "Admin" de GeoNature.  
+- Si vous utilisez GeoNature, TaxHub sera désormais intégré à celui-ci dans le module "Admin" et il ne sera plus nécessaire de l'installer, l'administrer ni le mettre à jour indépendamment.  
+- Compatibilité avec GeoNature 2.15.0 minimum.
 
 **🚀 Nouveautés**
 
-- Refonte majeure de l'interface. Migration de Angular JS à Flask-Admin (#297, #377)
+- Refonte majeure de l'interface. Migration de Angular JS à Flask-Admin (#297, #377, par @amandine-sahl, @TheoLechemia, @jacquesfize)
 - Suppression de la table `bib_noms`. Les attributs et médias sont désormais directement associés à la table `taxref`. Cela simplifie la gestion des taxons par les administrateurs, ainsi que la mise à jour régulière de Taxref (#111, #163)
 - Ajout d'une interface d'administration pour la création des types d'attributs et des thèmes
 - Peuplement en lot des listes de taxons avec un CSV de cd_nom (#299)
@@ -25,6 +25,7 @@ Compatibilité avec GeoNature 2.15.0 minimum.
 - Evolution de la procédure de migration Taxref (#382)
 - Déplacement de la doc de mise à jour de Taxref dans la documentation générale de TaxHub (#555)
 - Dépreciation de la route `/taxoninfo` au profit de la route `/taxref` (#554)
+- Ajout des propriétés optionnelles sur la route `/taxref` permettant de récupérer les attributs et les médias de chaque taxon (#498)
 - Ajout d'une route `/bdc_statuts/status_symbologies` renvoyant la symbologie de statuts des taxons (couleurs des valeurs des listes rouges) (#510, par @edelclaux)
 - Amélioration de la vue `taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete` pour afficher tous les noms d'un taxon (#332, par @JulienCorny et @andriacap)
 - Ajout d’une vue matérialisée `vm_taxref_tree` contenant pour chaque `cd_nom` la liste complète des `cd_ref` de ses taxons parents (#567, par @jbdesbas, @amandine-sahl, @bouttier)

docs/developpement.md

@@ -51,11 +51,11 @@
     - Params :
         -   codes : filtre sur une liste de codes de types de statuts séparés par des virgules.
         -   gatherings : filtre sur une liste de type de regroupement de types de statuts séparés par des virgules.
-- `/bdc_statuts/status_symbologies`  : Retourne les symbologies associées au statuts au format JSON. \
-  Ces symbologies sont définies statiquement, au format suivant:\
+- `/bdc_statuts/status_symbologies` : Retourne les symbologies associées au statuts au format JSON.  
+  Ces symbologies sont définies statiquement, au format suivant :
 
-```json
-{
+  ```json
+  {
     "symbologies": [
         {
             "types": ["LRM", "LRE", "LRN", "LRR"],
@@ -74,8 +74,8 @@
             },
         }
     ]
-}
-```
+  }
+  ```
 
-> Ces valeurs sont issues de la charte des codes couleurs pour les statuts Liste rouge, définis internationalement par l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) \
-> <https://uicn.fr/wp-content/uploads/2018/04/guide-pratique-listes-rouges-regionales-especes-menacees.pdf> (page 55)
+  > Ces valeurs sont issues de la charte des codes couleurs pour les statuts Liste rouge, définis internationalement par l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) \
+  > <https://uicn.fr/wp-content/uploads/2018/04/guide-pratique-listes-rouges-regionales-especes-menacees.pdf> (page 55)

docs/index.rst

@@ -8,7 +8,7 @@ Bienvenue dans la doc de TaxHub
    manuel-utilisateur
    manuel-administrateur
    developpement 
-   update_taxref_version 
+   update-taxref-version 
    changelog
 
 Contributeurs
@@ -18,4 +18,4 @@ Contributeurs
     :limit: 100
     :avatars:
     :exclude: dependabot[bot]
-    :contributions:
+    :contributions:

docs/manuel-administrateur.md

@@ -13,15 +13,13 @@
     Pour spécifier les taxons à traiter la commande prend comme paramètre 
     un fichier CSV contenant une liste de cd_nom
 
-Des scripts d'intégration 
-
 ## Mise à jour de Taxref
 
 Un ensemble de commandes permettent de réaliser un changement de version
 de Taxref.
 
 La documentation détaillée est accessible ici :
-<https://github.com/PnX-SI/TaxHub/tree/master/apptax/taxonomie/commands/migrate_taxref>
+<https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/update-taxref-version.html>
 
 ## Gestion des permissions
 

docs/manuel-utilisateur.md

@@ -6,32 +6,31 @@ L'application TaxHub permet de gérer les informations liées à la
 taxonomie dans votre instance de GeoNature : espèces saisissables sur le
 module Occtax de GeoNature, informations diverses sur les espèces,
 enrichissement des fiches espèces de GeoNature-atlas, regroupement des
-taxons en listes personnalisées etc.
+taxons en listes personnalisées, etc.
 
 3 onglets principaux structurent l'application :
 
 -   **TAXREF** : Dans cet onglet, tout utilisateur connecté ou non peut
     explorer le référentiel taxonomique. Un utilisateur disposant des
-    permissions suffisantss pourra également ajouter des attributs ou médias à un taxon. 
+    permissions suffisantes pourra également ajouter des attributs ou médias à un taxon. 
 -   **LISTES** : Cet onglet recense les listes disponibles et permet d'en
     créer des nouvelles, de les peupler, les modifier et les exporter.
 -   **ATTRIBUTS** : Cet onglet recense les attributs disponibles et permet d'en
     créer de nouveaux.
 
-## Exploration du Taxref
+## Exploration de Taxref
 
 Dans l'onglet Taxref, vous pouvez explorer le référentiel national
 complet. Vous pouvez ainsi requêter selon différents champs et filtrer les résultats sur
 ces différentes colonnes, ou encore consulter les fiches espèces sur le
 site de l'INPN. Pour ces fonctions, il n'est pas nécessaire d'être
 connecté.
 
-![image](images/explore_taxref.gif)
+![image](https://media.githubusercontent.com/media/PnX-SI/TaxHub/master/docs/images/explore_taxref.gif)
 
 Cet onglet permet d'explorer le référentiel taxonomique national et de consultrer pour chaque taxon les attributs et médias de votre instance.
 
-![image](images/detail_taxon.gif)
-
+![image](https://media.githubusercontent.com/media/PnX-SI/TaxHub/master/docs/images/detail_taxon.gif)
 
 ## Mettre à jour les informations d'un taxon
 
@@ -49,7 +48,6 @@ pourrez associer un ou plusieurs médias à un taxon. Ces médias peuvent
 être des images, des vidéos, des enregistrements sonores, des fichiers
 PDF etc.
 
-
 ## Créer et gérer des listes personnalisées
 
 TaxHub permet d'organiser les taxons au sein de listes personnalisées.
@@ -78,7 +76,7 @@ insectes.
 Une fois la liste créée, vous pourrez la peupler ou l'exporter comme vu
 précédemment.
 
-![image](images/create_use_lists.gif)
+![image](https://media.githubusercontent.com/media/PnX-SI/TaxHub/master/docs/images/create_use_lists.gif)
 
 ## Créer et gérer des thèmes et attributs personnalisés
 
@@ -98,7 +96,7 @@ entrée dans l'onglet "Thème". En créant cette
 entité, un ordre peut être donné au nouveau thème afin de les ordonner
 dans l'interface.
 
-![image](images/create_theme.gif)
+![image](https://media.githubusercontent.com/media/PnX-SI/TaxHub/master/docs/images/create_theme.gif)
 
 De la même manière, pour créer un attribut, il faut créer une nouvelle
 entrée dans l'onglet "Attribut"`. Il est alors possible de définir ses modalités possibles
@@ -108,8 +106,7 @@ pour les listes, les attributs peuvent ou non être limités à un règne ou
 
 Votre application TaxHub est désormais dotée de nouveaux attributs !
 
-![image](images/create_attribut.gif)
-
+![image](https://media.githubusercontent.com/media/PnX-SI/TaxHub/master/docs/images/create_attribut.gif)
 
 ## Gérer le contenu de GeoNature-atlas
 

docs/update_taxref_version.md → docs/update-taxref-version.md

@@ -7,7 +7,7 @@ A noter qu'il n'est pas nécessaire de migrer les versions de taxref
 une à une. Il est par exemple possible de passer directement de Taxref
 version 13 à 17.
 
-## Avant de commencer :
+## Avant de commencer
 
 -   La migration d'une version de Taxref est une opération conséquente.
     Ce script permet d'automatiser au maximum les opérations, mais
@@ -26,7 +26,8 @@ version 13 à 17.
     -   Sinon le faire depuis GeoNature
         `(venv)$ geonature db autoupgrade`
 
-## Migrer taxref
+## Mettre à jour Taxref
+
 Le passage vers une nouvelle version de Taxref se fait en 2 étapes,
 disponibles sous forme de commandes python.
 
@@ -38,10 +39,10 @@ activer, il faut :
     # Activer le virtual env
     source venv/bin/activate
 
-### Importer la nouvelle version de taxref
+### Importer la nouvelle version de Taxref
 
 **import_taxref_vXX** : import de Taxref et détection des changements de
-`bib_noms`.
+`bib_noms` (avant TaxHub 2.0.0).
 
 Un export des changements est réalisé à l'issue du script, dans le
 fichier `liste_changements.csv`.
@@ -53,10 +54,10 @@ Ce script réalise les opérations suivantes :
 -   Analyse des données dans la Synthèse de GeoNature et identification
     de celles dont le cd_nom a disparu dans la nouvelle version de
     Taxref (listés dans le fichier `liste_cd_nom_disparus_synthese.csv`)
--   Identification des cd_noms ayant disparu dans la table
-    `taxonomie.bib_noms`
+-   Identification des cd_noms ayant disparus dans la table
+    `taxonomie.bib_noms` (avant TaxHub 2.0.0)
 -   Liste des cd_nom supprimés de `taxonomie.bib_noms` dans le fichier
-    `liste_cd_nom_disparus_bib_noms.csv`
+    `liste_cd_nom_disparus_bib_noms.csv` (avant TaxHub 2.0.0)
 -   Détection et export des changements à venir dans le schéma
     temporaire `tmp_taxref_changes` et sa table `comp_grap`
 -   Liste dans le fichier `liste_changements.csv` les changements qui
@@ -161,7 +162,7 @@ pourrez relancer le script.
     remplacés et supprimés
 -   Mise à jour des cd_ref de `taxonomie.bib_noms` en fonction des
     cd_noms, suppression des noms disparus, ajout des noms de références
-    manquants
+    manquants (avant TaxHub 2.0.0)
 -   Répercussion des évolutions de Taxref sur les tables
     `taxonomie.t_medias` et `taxonomie.cor_taxon_attribut` en fonction
     des cas et actions définis dans la table
@@ -191,12 +192,14 @@ sensibilité avec la version correspondant à la nouvelle version de
 Taxref. Voir
 <https://docs.geonature.fr/admin-manual.html#gestion-de-la-sensibilite>.
 
-![image](images/bdc_statut.png)
+## MCD et cas de changements de taxons
+
+![image](https://media.githubusercontent.com/media/PnX-SI/TaxHub/master/docs/images/bdc_statut.png)
 
-![image](images/update-taxref-cas-1.jpg)
+![image](https://media.githubusercontent.com/media/PnX-SI/TaxHub/master/docs/images/update-taxref-cas-1.jpg)
 
-![image](images/update-taxref-cas-2.jpg)
+![image](https://media.githubusercontent.com/media/PnX-SI/TaxHub/master/docs/images/update-taxref-cas-2.jpg)
 
-![image](images/update-taxref-cas-3.jpg)
+![image](https://media.githubusercontent.com/media/PnX-SI/TaxHub/master/docs/images/update-taxref-cas-3.jpg)
 
-![image](images/update-taxref-cas-4.jpg)
+![image](https://media.githubusercontent.com/media/PnX-SI/TaxHub/master/docs/images/update-taxref-cas-4.jpg)