rel inn i master

Henter rel inn i master # Conflicts: # aarsrapp/NGERKomplIntraHys_SKDE.csv # aarsrapp/NGERKomplIntraLap_SKDE.csv # aarsrapp/NGERKomplPostopHys_SKDE.csv # aarsrapp/NGERKomplPostopLap_SKDE.csv # aarsrapp/NGERTss2Generelt_SKDE.csv
Rapporteket · Jun 3, 2021 · 2996566 · 2996566
2 parents 9cb438d + 5fab77f
commit 2996566
Show file tree

Hide file tree

Showing 14 changed files with 603 additions and 53 deletions.
diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
@@ -1,8 +1,8 @@
 Package: nger
 Type: Package
 Title: Resultatrapporter for NGER
-Version: 3.2.2
-Date: 2021-03-15
+Version: 3.2.4
+Date: 2021-06-03
 Authors@R: c(person("Edvardsen", "Are", email = "[email protected]",
     role = "aut"), person("Olsen", "Lena", email = "[email protected]",
     role = c("cre", "aut")))

diff --git a/R/NGERFigKvalInd.R b/R/NGERFigKvalInd.R
@@ -92,11 +92,11 @@ NGERFigKvalInd <- function(RegData, reshID=0, velgAvd=0, datoFra='2013-01-01', d
     tittel <- 'RAND36 ved operasjon, alle dimensjoner'
     }
     if (valgtVar =='RAND1')  {
-      mangler <- c(-2, -7)
+      #mangler <- c(-2, -7)
       RANDvar <- c('R1ScorePhys',	'R1ScoreRoleLmtPhy',	'R1ScoreRoleLmtEmo',
                       'R1ScoreEnergy',	'R1ScoreEmo', 'R1ScoreSosial',
-                      'R1ScorePain',	'R1ScoreGeneral')[mangler]
-      grtxt <- grtxt[mangler]
+                      'R1ScorePain',	'R1ScoreGeneral') #[mangler]
+      #grtxt <- grtxt[mangler]
       tittel <- 'RAND36 ett år etter, alle dimensjoner'
                   }
     AggVerdier <- list(Hoved = colMeans(RegData[ind$Hoved, RANDvar], na.rm = T),

diff --git a/R/NGERRegDataSQL.R b/R/NGERRegDataSQL.R
@@ -16,6 +16,8 @@ NGERRegDataSQL <- function(datoFra = '2014-01-01', datoTil = '2099-01-01',...) {
   }
 #  query <- paste0('SELECT ',
 #  paste0('AlleVarNum.',varUtvalg,suffix=', \n'),
+  #"Opf0UtstyrInstrumenter", "Opf0UtstyrNett" og "Opf0UtstyrSutur"
+
 query <- paste0('SELECT
   HysBlodning,
     HysFluidOverload,
@@ -107,8 +109,8 @@ query <- paste0('SELECT
     R0Status,
     RY1metode,
     R1ScorePhys,
-    -- R1ScoreRoleLmtPhy,
-    --  R1ScorePain,
+    R1ScoreRoleLmtPhy,
+    R1ScorePain,
     R1ScoreGeneral,
     R1ScoreEnergy,
     R1ScoreSosial,
@@ -136,8 +138,8 @@ query <- paste0('SELECT
     Opf0KomplInfeksjon,
     Opf0KomplOrgan,
     -- Opf0KomplUtstyr,
-    Opf0UtstyrInstrumenter,
-    Opf0UtstyrNett,
+    -- Opf0UtstyrInstrumenter,
+    -- Opf0UtstyrNett,
     Opf0InfUVI,
     Opf0InfOpSaar  ,
     Opf0InfIntraabdominal,
@@ -152,7 +154,7 @@ query <- paste0('SELECT
     Opf0ReopLaparoskopi,
     Opf0ReopLaparotomi,
     Opf0Status,
-    Opf0UtstyrSutur,
+    -- Opf0UtstyrSutur,
     AlleVarNum.AvdRESH,
     AlleVarNum.Norsktalende,
     AlleVarNum.PasientID

diff --git a/R/NGERhjelpefunksjoner.R b/R/NGERhjelpefunksjoner.R
@@ -162,16 +162,17 @@ abonnementNGER <- function(rnwFil, brukernavn='ngerBrukernavn', reshID=0,
 #' @return Datafil til Resultatportalen
 #' @export
 
-dataTilOffVisning <- function(RegData = RegData, valgtVar, datoFra = '2014-01-01', aar=0,
-                              OpMetode=0,
+dataTilOffVisning <- function(RegData = RegData, valgtVar, datoFra = '2014-01-01',
+                              datoTil = Sys.Date(), OpMetode=0,
                               indID = 'indDummy', ResPort=0, lastNedFil=0, filUt='dummy'){
 
 
   filUt <- paste0('NGER', ifelse(filUt=='dummy',  valgtVar, filUt), c('_SKDE', '_ResPort')[ResPort+1],'.csv')
   figurtype <- ifelse(valgtVar=='Tss2Sumskaar', 'gjsnGrVar', 'andelGrVar') #MÅ ENDRES FOR SUMSKÅR!!
   NGERVarSpes <- NGERVarTilrettelegg(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, figurtype = figurtype)
   RegData <- NGERUtvalgEnh(RegData=NGERVarSpes$RegData, OpMetode = OpMetode,
-                           datoFra = paste0(aar[1],'-01-01'), datoTil = paste0(rev(aar)[1], '-12-31'))$RegData      #datoFra = datoFra) #) # #, datoTil=datoTil)
+                           datoFra = datoFra, datoTil = datoTil,
+                           )$RegData
 
   if (ResPort == 1){
       #  For hver kvalitetsindikator
@@ -249,12 +250,14 @@ dataTilOffVisning <- function(RegData = RegData, valgtVar, datoFra = '2014-01-01
                 '110734' = 	'974633574',		#Tønsberg	SYKEHUSET I VESTFOLD HF, SOMATIKK, TØNSBERG	Tønsberg
                 '700399' = 	'974589095',		#Ullevål	OSLO UNIVERSITETSSYKEHUS HF ULLEVÅL - SOMATIKK	Ullevål
                 '102583' = 	'974747545',		#Volda	HELSE MØRE OG ROMSDAL HF VOLDA SJUKEHUS - SOMATIKK	Volda
+                '4215139' = '973129856',    #Volvat Majorstuen
                 '106026' = 	'974743272',		#Voss	HELSE BERGEN HF VOSS SJUKEHUS	Voss
                 '108048' = 	'974633698',		#Østfold	SYKEHUSET ØSTFOLD HF MOSS - SOMATIKK	Moss
                 '102582' = 	'974747138'		#Ålesund	HELSE MØRE OG ROMSDAL HF ÅLESUND SJUKEHUS - SOMATIKK	Ålesund
       )
 
     RegDataUt$orgnr <- as.character(nyID[as.character(RegDataUt$ReshId)])
+    #unique(RegDataUt[ ,c('ShNavn', "ReshId", "orgnr")])
     RegDataUt <- RegDataUt[ ,c('year', 'orgnr', 'var', 'denominator', 'ind_id')]
   }
 
@@ -265,6 +268,7 @@ dataTilOffVisning <- function(RegData = RegData, valgtVar, datoFra = '2014-01-01
 
 
 
+
 #' ARE: Provide registration delay for NGER
 #'
 #' Provide registration delay in median number of days grouped by years

diff --git a/R/NGERtabeller.R b/R/NGERtabeller.R
@@ -242,8 +242,9 @@ tabKomplLap <- function(RegData, reshID=0, datoFra='2019-01-01', datoTil=Sys.Dat
 Blod <- c('Opf0KomplBlodning', 'Opf0BlodningAbdom', 'Opf0BlodningIntraabdominal', 'Opf0BlodningVaginal')
 
 #Utstyr
-UtstyrTxt <- c('Problemer m/Instrumenter', '...Nett', '...Laparaskopisk sutur') #m/utstyr','...
-Utstyr <- c('Opf0UtstyrInstrumenter', 'Opf0UtstyrNett', 'Opf0UtstyrSutur') #'Opf0KomplUtstyr',
+#UtstyrTxt <- c('Problemer m/Instrumenter', '...Nett', '...Laparaskopisk sutur') #m/utstyr','...
+#Utstyr <- c('Opf0UtstyrInstrumenter', 'Opf0UtstyrNett', 'Opf0UtstyrSutur') #'Opf0KomplUtstyr',
+#"Opf0UtstyrInstrumenter", "Opf0UtstyrNett" og "Opf0UtstyrSutur"
 
 #Infeksjon:
 # Opf0InfEndometritt = Salpingitt JA, ok.
@@ -262,8 +263,8 @@ Reop <- c("Opf0Reoperasjon", "Opf0ReopLaparoskopi", "Opf0ReopLaparotomi")
 RegData <- NGERUtvalgEnh(RegData, datoFra = datoFra, datoTil = datoTil)$RegData
 indMed <- intersect(which(RegData$Opf0Komplikasjoner %in% 0:1), which(RegData$OpType %in% c(1,3)))
 
-LapKomplVar <- c(Blod, Utstyr, Infeksjon, Organ, Reop)
-LapKomplTxt <- c(BlodTxt, UtstyrTxt, InfTxt, OrganTxt, ReopTxt)
+LapKomplVar <- c(Blod, Infeksjon, Organ, Reop) #c(Blod, Utstyr, Infeksjon, Organ, Reop)
+LapKomplTxt <- c(BlodTxt, InfTxt, OrganTxt, ReopTxt) #c(BlodTxt, UtstyrTxt, InfTxt, OrganTxt, ReopTxt)
 RegDataLapKompl <- RegData[indMed, c(LapKomplVar, "Opf0Komplikasjoner")]
 
 AntLap <- dim(RegDataLapKompl)[1]

diff --git a/RAND0_KI.pdf b/RAND0_KI.pdf
diff --git a/RAND1_KI.pdf b/RAND1_KI.pdf
diff --git a/TSS0_KI.pdf b/TSS0_KI.pdf
diff --git a/Tss2Sumskaar_ShGjsn.pdf b/Tss2Sumskaar_ShGjsn.pdf