Skip to content

Commit

Permalink
Henter rel inn i master
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
@lenaringstado
lenaringstado committed Mar 25, 2022
2 parents fdfb698 + 6a28e9c commit b69474e
Show file tree
Hide file tree
Showing 29 changed files with 311 additions and 1,201 deletions.
6 changes: 3 additions & 3 deletions DESCRIPTION
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,8 +1,8 @@
Package: nger
Type: Package
Title: Resultatrapporter for NGER
Version: 3.3.0
Date: 2022-02-11
Version: 3.4.0
Date: 2022-03-25
Authors@R: c(person("Edvardsen", "Are", email = "[email protected]",
role = "aut"), person("Olsen", "Lena", email = "[email protected]",
role = c("cre", "aut")))
Expand All @@ -14,7 +14,7 @@ Depends:
R (>= 3.5.0)
Remotes:
Rapporteket/rapFigurer,
Rapporteket/rapbase,
Rapporteket/rapbase@*release,
Rapporteket/raplog
Imports:
DT,
Expand Down
Binary file added NGERmndRapp2022-03-15_e45fb89676fb93a0e96bced13854eba5.pdf
View file
Binary file not shown.
14 changes: 10 additions & 4 deletions R/NGERUtvalgEnh.R
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -13,6 +13,7 @@
#' 6: LCD11 (laparoskopisk assistert vaginal hysterektomi)
#' 7: Robotassisert inngrep
#' 8: Kolpopeksiene
#' 9: Hysterectomier (alle)
#' @param velgDiag 0: Alle
#' 1: Ovarialcyster (N83.0, N83.1, N83.2 og D27)
#' 2: Endometriose, livmorvegg (N80.0)
Expand Down Expand Up @@ -79,7 +80,8 @@ NGERUtvalgEnh <- function(RegData, datoFra='2016-01-01', datoTil='3000-12-31', f
#Operasjonstype:
indMCE <- if (OpMetode %in% c(1:3)){which(RegData$OpMetode %in% c(OpMetode,3))
} else {indMCE <- 1:Ninn}
if (OpMetode %in% c(4:6,8)) {
if (OpMetode == 7) {indMCE <- which(RegData$LapRobotKirurgi == 1)} #ROBOT_KIRURGI==TRUE
if (OpMetode %in% c(4:6,8,9)) {
ProsLap <- c('LapProsedyre1', 'LapProsedyre2', 'LapProsedyre3')
indMCE <- switch(as.character(OpMetode),
'4' = unique(c(which(RegData[,ProsLap] == 'LCD01', arr.ind = TRUE)[,1],
Expand All @@ -88,9 +90,12 @@ NGERUtvalgEnh <- function(RegData, datoFra='2016-01-01', datoTil='3000-12-31', f

'6' = which(RegData[,ProsLap] == 'LCD11', arr.ind = TRUE)[,1], #LCD11: laparoskopisk assistert vaginal hysterektomi).
'8' = which(RegData[,ProsLap] == 'LEF51', arr.ind = TRUE)[,1], #LCC11: Kolpopeksiene)
# '9' = rowSums(RegData[,ProsLap] == "M017" | RegData[,ProsLap] == "M018", na.rm = TRUE) > 0L%in% LCD00, LCD01,LCD04,LCD11, LCC1
'9' = unique(c(which(RegData$LapProsedyre1 %in% c('LCD00', 'LCD01','LCD04','LCD11', 'LCC11')),
which(RegData$LapProsedyre2 %in% c('LCD00', 'LCD01','LCD04','LCD11', 'LCC11')), #Egentlig ikke nødvendig å sjekke pros2 og 3
which(RegData$LapProsedyre3 %in% c('LCD00', 'LCD01','LCD04','LCD11', 'LCC11'))))
)
}
if (OpMetode == 7) {indMCE <- which(RegData$LapRobotKirurgi == 1)} #ROBOT_KIRURGI==TRUE


if (velgDiag !=0) {
Expand Down Expand Up @@ -157,13 +162,14 @@ if (velgDiag !=0) {
if ((minald>0) | (maxald<110))
{paste0('Pasienter fra ', if (N>0) {min(RegData$Alder, na.rm=T)} else {minald},
' til ', if (N>0) {max(RegData$Alder, na.rm=T)} else {maxald}, ' år')},
if (OpMetode %in% c(1:8)){paste0('Operasjonsmetode: ',
if (OpMetode %in% c(1:9)){paste0('Operasjonstype: ',
c('Laparoskopi', 'Hysteroskopi', 'Begge',
'Tot. lap. hysterektomi (LCD01/LCD04)',
'Lap. subtotal hysterektomi (LCC11)',
'Lap. ass. vag. hysterektomi (LCD11)',
'Robotassisert inngrep',
'Kolpopeksiene')[OpMetode])},
'Kolpopeksiene',
'Hysterektomier')[OpMetode])},
if (Hastegrad[1] %in% 1:3){
paste0('Hastegrad: ',
paste0(c('Elektiv', 'Akutt', 'Ø-hjelp')[as.numeric(Hastegrad)], collapse=','))},
Expand Down
23 changes: 12 additions & 11 deletions R/NGERhjelpefunksjoner.R
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -123,13 +123,9 @@ henteSamlerapporter <- function(filnavn, rnwFil, reshID=0,
abonnementNGER <- function(rnwFil, brukernavn='ngerBrukernavn', reshID=0,
datoFra=Sys.Date()-180, datoTil=Sys.Date()) {

raplog::subLogger(author = brukernavn, reshId = reshID[[1]],
registryName = 'NGER',
msg = paste("Abonnement, ", rnwFil))

# reshID <- reshID[[1]]
# datoFra <- datoFra[[1]]
# datoTil <- datoTil[[1]]
# raplog::subLogger(author = brukernavn, reshId = reshID,
# registryName = 'NGER',
# msg = paste("Abonnement, ", rnwFil))

filbase <- substr(rnwFil, 1, nchar(rnwFil)-4)
tmpFile <- paste0(filbase, Sys.Date(),'_',digest::digest(brukernavn), '.Rnw')
Expand All @@ -138,13 +134,18 @@ abonnementNGER <- function(rnwFil, brukernavn='ngerBrukernavn', reshID=0,
setwd(tempdir())
dir <- getwd()
file.copy(src, tmpFile, overwrite = TRUE)
# raplog::subLogger(author = brukernavn, reshId = reshID,
# registryName = 'NGER',
# msg = paste("1 Klar til strikking, ", rnwFil))
knitr::knit2pdf(input=tmpFile) #, output = paste0(filbase, digest::digest(brukernavn),'.tex'))
#utfil <- file.copy(paste0(substr(tmpFile, 1, nchar(tmpFile)-3), 'pdf'))
# raplog::subLogger(author = brukernavn, reshId = reshID,
# registryName = 'NGER',
# msg = paste("2 Ferdig med strikking, ", rnwFil))
utfil <- paste0(dir, '/', substr(tmpFile, 1, nchar(tmpFile)-3), 'pdf')

raplog::subLogger(author = brukernavn, reshId = reshID[[1]],
registryName = 'NGER',
msg = paste("Sender: ", utfil))
# raplog::subLogger(author = brukernavn, reshId = reshID,
# registryName = 'NGER',
# msg = paste("Sender: ", utfil))
return(utfil)
}

Expand Down
19 changes: 3 additions & 16 deletions R/NGERtabeller.R
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -22,9 +22,9 @@ tabAntOpphShMnd <- function(RegData, datoTil=Sys.Date(), antMnd=6, reshID=0,
RegData <- Utvalg$RegData
RegDataDum <- RegData[RegData$InnDato <= as.Date(datoTil, tz='UTC')
& RegData$InnDato > as.Date(datoFra, tz='UTC'), aggVar]
RegDataDum$Maaned1 <- floor_date(RegDataDum$InnDato, 'month')
RegDataDum$Maaned1 <- lubridate::floor_date(RegDataDum$InnDato, 'month')
tabAvdMnd1 <- table(RegDataDum[ , c('ShNavn', 'Maaned1')])
colnames(tabAvdMnd1) <- format(ymd(colnames(tabAvdMnd1)), '%b %y') #month(ymd(colnames(tabAvdMnd1)), label = T)
colnames(tabAvdMnd1) <- format(lubridate::ymd(colnames(tabAvdMnd1)), '%b %y') #month(lubridate::ymd(colnames(tabAvdMnd1)), label = T)
if (reshID==0){
tabAvdMnd1 <- addmargins((tabAvdMnd1))}
#tabAvdMnd1 <- RegDataDum %>% group_by(Maaned=floor_date(InnDato, "month"), ShNavn) %>%
Expand Down Expand Up @@ -144,18 +144,12 @@ lagTabavFigGjsnGrVar <- function(UtDataFraFig){
#' Generere tabell med nøkkeltall
#' @export

tabNGERpasientegenskaper <- function(RegData, datoFra='2019-01-01', datoTil=Sys.Date(), tidsenhet='Kvartal') {
tabNGERpasientegenskaper <- function(RegData, datoFra='2022-01-01', datoTil=Sys.Date(), tidsenhet='Kvartal') {
# make dummy column for all MCEs
RegData <- NGERUtvalgEnh(RegData=RegData, datoFra = datoFra, datoTil = datoTil)$RegData
RegDataFunk <- SorterOgNavngiTidsEnhet(RegData=RegData, tidsenhet = tidsenhet)
RegData <- RegDataFunk$RegData
tidtxt <- RegDataFunk$tidtxt
# xAkseTxt <- switch(tidsenhet,
# Aar='Operasjonsår',
# Halvaar = 'Operasjonsår og -halvår',
# Kvartal = 'Operasjonsår og -kvartal',
# Mnd='Operasjonsår og -måned')


n <- dim(RegData)[1]
RegData$dummy <- rep("\\textbf{BMI, alle} ($kg/m^2$)", n)
Expand All @@ -171,13 +165,6 @@ tabNGERpasientegenskaper <- function(RegData, datoFra='2019-01-01', datoTil=Sys.
myTab <- rbind(myTab,
xtabs(OpPariteter ~ OpMetode + TidsEnhetSort,
aggregate(OpPariteter~OpMetode+TidsEnhetSort,RegData,mean)))
RegData$dummy <- "\\textbf{Graviditeter, alle} (\\textit{antall})"
myTab <- rbind(myTab,
xtabs(OpGraviditeter ~ dummy + TidsEnhetSort,
aggregate(OpGraviditeter~dummy+TidsEnhetSort,RegData,mean)))
myTab <- rbind(myTab,
xtabs(OpGraviditeter ~ OpMetode + TidsEnhetSort,
aggregate(OpGraviditeter~OpMetode+TidsEnhetSort,RegData,mean)))
RegData$dummy <- "\\textbf{Knivtider, alle} (\\textit{minutt})"
myTab <- rbind(myTab,
xtabs(OpTid ~ dummy + TidsEnhetSort,
Expand Down
11 changes: 4 additions & 7 deletions doc/NGERkjorefil.r
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -20,19 +20,18 @@ reshID <- 110734 # 110734 (Tønsberg) #Må sendes med til funksjon
datoFra <- '2019-01-01'
datoTil <- Sys.Date()
sluttDato <- datoTil
setwd('C:/ResultattjenesteGIT/nger/inst/')
setwd('../inst/')
#setwd('C:/ResultattjenesteGIT/nger/inst/')
setwd('~/nger/inst/')
data('NGERtulledata', package = 'nger')
load('A:/NGER/NGER2019-09-03.Rdata')
RegData <- NGERPreprosess(RegData=RegData) #I App'en preprosesseres data

src <- normalizePath(system.file('NGERSamleRapp.Rnw', package='nger'))
knitr::knit(src <- normalizePath(system.file('NGERSamleRapp.Rnw', package='nger')), encoding = 'UTF-8')
knitr::knit(src <- normalizePath(system.file('NGERSamleRapp.Rnw', package='nger')))
knitr::knit('NGERSamleRapp.Rnw', encoding = 'UTF-8')
tools::texi2pdf('NGERSamleRapp.tex')

knit('NGERmndRapp.Rnw', encoding = 'UTF-8')
tools:: texi2pdf('NGERmndRapp.tex')
knitr::knit2pdf('NGERmndRapp.Rnw')

#--Vil undersøke variabelen Opf0Status nærmere
RegData <- NGERPreprosess(NGERRegDataSQL(datoFra = '2021-01-01', datoTil = '2021-10-31'))
Expand Down Expand Up @@ -71,8 +70,6 @@ table(RegData[,c('Opf0Komplikasjoner', 'Opf0metode', 'Opf0Status')], useNA = 'a'
#NB: Mulig ikke bør bruke Komplikasjoner for å sjekke...
table(RegData[which(is.na(RegData$Opf0Status)), c('Opf0metode', 'Aar')], useNA = 'a')



#------------------------------Kjøre App----------------------------
rm(list=ls())
load(paste0('A:/NGER/NGER2019-09-03.Rdata'))
Expand Down
63 changes: 22 additions & 41 deletions inst/NGERSamleRapp.Rnw
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -162,12 +162,8 @@ if (!exists('RegData')){
@

<<FellesParamOgPreprosess, echo=FALSE, warnings=FALSE>>=
outfile <- ''
enhetsUtvalg <- 1
OpMetode<-99
Hastegrad <- ''
tidsenhet <- 'Mnd'
tidsspenn <- difftime(datoTil,datoFra, units = 'weeks')
if (tidsspenn > 60) {tidsenhet <- 'Kvartal'}
Expand All @@ -177,7 +173,7 @@ tidsperiodeTxt <- paste0('Operasjonene er utført i perioden ', datoFra, ' til '
RegDataHele <- NGERUtvalgEnh(RegData = RegData, datoFra = startAar, datoTil = datoTil)$RegData
#RegDataHele$Aar <- as.factor(RegDataHele$Aar)
NGERUtvalg <- NGERUtvalgEnh(RegData = RegData, datoFra = datoFra,
datoTil = datoTil, OpMetode = OpMetode, Hastegrad=Hastegrad)
datoTil = datoTil, OpMetode = OpMetode)
RegData <- NGERUtvalg$RegData
#RegData$Aar <- as.factor(RegData$Aar)
Expand Down Expand Up @@ -230,9 +226,9 @@ print(xtable::xtable(tabAvdN, digits=0, align=c('l', rep('r', max(c(1,ncol(tabAv

<<'Tabell:Pasientkarakterisika', results='asis', warnings=FALSE, echo=FALSE, eval=T >>=
TabPasKar <- tabNGERpasientegenskaper(RegDataHele[indEgetHele,])
TabPasKar <- tabNGERpasientegenskaper(RegDataHele[indEgetHele,], datoFra = datoFra)
cap <- paste0("Gjennomsnittlig BMI, fødsler, graviditeter og knivtid ved ", egetSh, '. ', tidsperiodeTxt)
cap <- paste0("Gjennomsnittlig BMI, fødsler og knivtid ved ", egetSh, '. ', tidsperiodeTxt)
tab <- xtable::xtable(TabPasKar, align=c("l", "l", rep("r", ncol(TabPasKar)-1)),
digits=c(0,0,rep(1, ncol(TabPasKar)-1)),
Expand All @@ -249,27 +245,24 @@ dum <- NGERFigAndeler(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='A
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='AlderFord.pdf')
dum <- NGERFigAndeler(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='OpAnestesi', datoTil=datoTil,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='OpAnestesiLap.pdf', OpMetode = 1,
Hastegrad=Hastegrad)
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='OpAnestesiLap.pdf', OpMetode = 1
)
dum <- NGERFigAndeler(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='OpAnestesi', datoTil=datoTil,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='OpAnestesiHyp.pdf', OpMetode = 2,
Hastegrad=Hastegrad)
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='OpAnestesiHyp.pdf', OpMetode = 2
)
dum <- NGERFigAndelerGrVar(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
valgtVar='OpAntibProfylakse',
reshID=reshID, outfile='OpAntibProfylakse.pdf', OpMetode=OpMetode,
Hastegrad = Hastegrad)
reshID=reshID, outfile='OpAntibProfylakse.pdf', OpMetode=OpMetode)
dum <- NGERFigAndeler(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='LapEkstrautstyr', datoTil=datoTil,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='LapEkstrautstyr.pdf', OpMetode = 1,
Hastegrad=Hastegrad)
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='LapEkstrautstyr.pdf', OpMetode = 1)
dum <- NGERFigAndeler(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='LapTeknikk', datoTil=datoTil,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='LapTeknikk.pdf', OpMetode = 1,
Hastegrad=Hastegrad)
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='LapTeknikk.pdf', OpMetode = 1)
dum <- NGERFigAndelTid(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='KomplIntra', datoTil=datoTil,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='KomplIntraLapAar.pdf',
Expand All @@ -280,12 +273,10 @@ dum <- NGERFigAndelTid(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='
OpMetode=2, tidsenhet = tidsenhet)
dum <- NGERFigAndeler(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='KomplPostopType', datoTil=datoTil,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='KomplPostLap.pdf', OpMetode = 1,
Hastegrad=Hastegrad)
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='KomplPostLap.pdf', OpMetode = 1)
dum <- NGERFigAndeler(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='KomplPostopType', datoTil=datoTil,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='KomplPostHys.pdf', OpMetode = 2,
Hastegrad=Hastegrad)
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='KomplPostHys.pdf', OpMetode = 2)
dum <- NGERFigAndelTid(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='KomplPostop', datoTil=datoTil,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='KomplPostLapAar.pdf',
Expand All @@ -305,21 +296,17 @@ dum <- NGERFigAndelTid(RegData=RegData,preprosess=0, datoFra=datoFra, valgtVar='
OpMetode=2, tidsenhet = tidsenhet)
dum <- NGERFigAndeler(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='Opf0AlvorlighetsGrad', datoTil=datoTil,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='Opf0AlvorLap.pdf', OpMetode = 1,
Hastegrad=Hastegrad)
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='Opf0AlvorLap.pdf', OpMetode = 1)
dum <- NGERFigAndeler(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='Opf0AlvorlighetsGrad', datoTil=datoTil,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='Opf0AlvorHys.pdf', OpMetode = 2,
Hastegrad=Hastegrad)
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='Opf0AlvorHys.pdf', OpMetode = 2)
dum <- NGERFigAndeler(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='LapIntraabdominell', datoTil=datoTil,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='LapIntraabdominell.pdf', OpMetode = '',
Hastegrad=Hastegrad)
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='LapIntraabdominell.pdf')
dum <- NGERFigAndeler(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='HysKomplikasjoner', datoTil=datoTil,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='HysKompl.pdf', OpMetode = '',
Hastegrad=Hastegrad)
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='HysKompl.pdf')
@
Expand Down Expand Up @@ -530,29 +517,23 @@ utvikling over tid.}
<<'DivFig2', results='asis', echo=FALSE, eval=T>>=
dum <- NGERFigAndeler(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='KomplPostUtd', datoTil=datoTil,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='KomplPostUtd.pdf', OpMetode = '',
Hastegrad=Hastegrad)
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='KomplPostUtd.pdf')
dum <- NGERFigAndeler(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, valgtVar='KomplReopUtd', datoTil=datoTil,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='KomplReopUtd.pdf', OpMetode = '',
Hastegrad=Hastegrad)
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, outfile='KomplReopUtd.pdf')
dum <- NGERFigAndelerGrVar(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, valgtVar='KomplPostop',
reshID=reshID, outfile='KomplPostLapShus.pdf', OpMetode=1,
Hastegrad = Hastegrad)
reshID=reshID, outfile='KomplPostLapShus.pdf', OpMetode=1)
dum <- NGERFigAndelerGrVar(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, valgtVar='KomplPostop',
reshID=reshID, outfile='KomplPostHysShus.pdf', OpMetode=2,
Hastegrad = Hastegrad)
reshID=reshID, outfile='KomplPostHysShus.pdf', OpMetode=2)
dum <- NGERFigAndelerGrVar(RegData=RegData,preprosess=0, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, valgtVar='Opf0AlvorlighetsGrad',
reshID=reshID, outfile='Opf0AlvorligLapShus.pdf', OpMetode=1,
Hastegrad = Hastegrad)
reshID=reshID, outfile='Opf0AlvorligLapShus.pdf', OpMetode=1)
dum <- NGERFigAndelerGrVar(RegData=RegData, preprosess=0,datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, valgtVar='Opf0AlvorlighetsGrad',
reshID=reshID, outfile='Opf0AlvorligHysShus.pdf', OpMetode=2,
Hastegrad = Hastegrad)
reshID=reshID, outfile='Opf0AlvorligHysShus.pdf', OpMetode=2)
@

Expand Down
Loading

0 comments on commit b69474e

Please sign in to comment.