Henter rel inn i master

DESCRIPTION

@@ -19,6 +19,7 @@ Imports:
     DT,
     kableExtra,
     knitr,
+    magrittr,
     lubridate,
     dplyr,
     rapbase,
@@ -28,7 +29,6 @@ Imports:
     shiny,
     shinyjs,
     testthat, 
-    tidyverse,
     xtable,
     zoo
 VignetteBuilder: knitr

R/NGERFigPrePost.R

@@ -113,7 +113,7 @@ NGERFigPrePost  <- function(RegData, valgtVar='ScoreGeneral', datoFra='2019-01-0
                      cex.names=cexgr, col=farger[1:3], border='white', ylim=c(0, ymax))
     }
 
-    if (retn == 'H') { #Benytte denne til å vise ulike variabler
+    if (retn == 'H') { #Benytte denne til å flere variabler samtidig
       #Horisontale søyler
       xmax <- min(max(GjsnPP,na.rm=T)*1.25, 100)
       pos <- barplot(t(GjsnPP), beside=TRUE, horiz=TRUE, main='', las=1,
@@ -123,8 +123,10 @@ NGERFigPrePost  <- function(RegData, valgtVar='ScoreGeneral', datoFra='2019-01-0
       #        fill=farger[c(1:3,NA)], border=NA, ncol=3, cex=0.9)
     }
 
-    legend('top', c('perop.', '1 år', '3 år', paste0('N=', N)), bty='n',
+    legend('top', y.intersp=0, bty='n',
+           c('perop.', '1 år', '3 år', paste0('N=', N)),
            fill=farger[c(1:3,NA)], border=NA, ncol=4, cex=0.9)
+
     title(tittel, font.main=1)	#line=0.5,
     #Tekst som angir hvilket utvalg som er gjort
     utvpos <- 3+length(tittel)-1	#Startlinje for teksten

R/NGERVarTilrettelegg.R

@@ -673,7 +673,7 @@ if (valgtVar == 'Tss2Enighet') {   #Andeler, #andelGrVar
     RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=F, right=T)
     grtxt <- c('0', levels(RegData$VariabelGr)[2:(length(gr)-1)])
     sortAvtagende <- T
-    KvalIndGrenser <- c(0, 2.4, 2.7, 3)
+    KvalIndGrenser <- c(0, 2.2, 2.6, 3)
     xAkseTxt <- 'sumskår'
     tittel <- 'TSS2, gjennomsnittlig sumskår'
   }
@@ -861,7 +861,7 @@ if (valgtVar == 'Tss2Enighet') {   #Andeler, #andelGrVar
     #AlleProsSort <- sort(table(AllePros[which(AllePros != '')]), decreasing = TRUE)
 
     if (valgtVar == 'ProsViktigLap'){
-      tittel <- 'Viktigste prosedyrer, laparaskopi '
+      tittel <- 'Viktigste laparaskopiprosedyrer'
       variable <- c('LBE01', 'laphyst',
                     'LAF11', 'JAL21',
                     'LAF01', 'LAC01')
@@ -871,7 +871,7 @@ if (valgtVar == 'Tss2Enighet') {   #Andeler, #andelGrVar
     }
 
     if (valgtVar == 'ProsViktigHys'){
-      tittel <- 'Viktigste prosedyrer, hysteroskopi '
+      tittel <- 'Viktigste hysteroskopiprosedyrer'
       variable <- c('LCB25', 'LUC02', 'LCB28', 'LCA22', 'LUC05')
       grtxt <- c('Ekstirpasjon av lesjon',
                  'Hysteroskopi',

inst/shinyApps/nger/app.R

@@ -2,7 +2,7 @@
 library(nger)
 
 idag <- Sys.Date()
-startDato <- startDato <- paste0(as.numeric(format(idag-100, "%Y")), '-01-01') #'2019-01-01' #Sys.Date()-364
+startDato <- paste0(as.numeric(format(idag-100, "%Y")), '-01-01') #'2019-01-01' #Sys.Date()-364
 # gjør Rapportekets www-felleskomponenter tilgjengelig for applikasjonen
 addResourcePath('rap', system.file('www', package='rapbase'))
 
@@ -25,7 +25,6 @@ if (paaServer) {
 tulledata <- 0
 if (!exists('RegData')) {
   data('NGERtulledata.Rdata', package = 'nger')
-  #SkjemaOversikt <- plyr::rename(SkjemaOversikt, replace=c('SykehusNavn'='ShNavn'))
   load('./data/NGERtulledata.Rdata')
   tulledata <- 1 #Må få med denne i tulledatafila..
   }
@@ -805,9 +804,7 @@ server <- function(input, output, session) {
     })
 
   #--------------Startside------------------------------
-  #-------Samlerapporter--------------------
-
-  # filename function for re-use - i dette tilfellet vil det funke fint å hardkode det samme..
+    # filename function for re-use - i dette tilfellet vil det funke fint å hardkode det samme..
   downloadFilename <- function(fileBaseName, type='') {
     paste0(fileBaseName, as.character(as.integer(as.POSIXct(Sys.time()))), '.pdf')
     }
@@ -1056,6 +1053,26 @@ output$lastNed_dataDump <- downloadHandler(
                          session = session)
         }, height=800, width=800)
 
+        output$LastNedFigRANDdim <- downloadHandler(
+          filename = function(){
+            paste0('FigRANDdim_', Sys.time(), '.', input$bildeformatKval)
+          },
+          content = function(file){
+            NGERFigPrePost(RegData=RegData, preprosess = 0,
+                           valgtVar='AlleRANDdim',
+                           datoFra=input$datovalgKval[1], datoTil=input$datovalgKval[2],
+                           enhetsUtvalg=as.numeric(input$enhetsUtvalgKvalRAND),
+                           reshID = reshID,
+                           velgAvd=as.numeric(input$velgReshKval),
+                           minald=as.numeric(input$alderKval[1]), maxald=as.numeric(input$alderKval[2]),
+                           OpMetode = as.numeric(input$opMetodeKval),
+                           Hastegrad = as.numeric(input$hastegradKval),
+                           velgDiag = as.numeric(input$velgDiagKval),
+                           AlvorlighetKompl = as.numeric(input$alvorlighetKomplKval),
+                           session = session,
+                           outfile = file)
+          })
+
       #----------Tabelloversikter ----------------------
       observe({
         tabInstrumentbruk <- instrumentbruk(RegData = RegData,
@@ -1477,7 +1494,6 @@ output$lastNed_dataDump <- downloadHandler(
       )
 
 #-----------Registeradministrasjon-----------
-  #-----Utsendinger
 
       if (rolle=='SC') {
 

inst/shinyApps/nger/app_henteData.R

@@ -0,0 +1,79 @@
+#Resultattjeneste for NGER
+library(nger)
+# gjør Rapportekets www-felleskomponenter tilgjengelig for applikasjonen
+addResourcePath('rap', system.file('www', package='rapbase'))
+
+context <- Sys.getenv("R_RAP_INSTANCE") #Blir tom hvis jobber lokalt
+paaServer <- (context %in% c("DEV", "TEST", "QA", "PRODUCTION")) #rapbase::isRapContext()
+regTitle = ifelse(paaServer,'NORSK GYNEKOLOGISK ENDOSKOPIREGISTER',
+                  'NORSK GYNEKOLOGISK ENDOSKOPIREGISTER med FIKTIVE data')
+
+ui <- navbarPage( #fluidPage( #"Hoved"Layout for alt som vises på skjermen
+  id = 'hovedark',
+
+  # lag logo og tittel som en del av navbar
+  title = div(a(includeHTML(system.file('www/logo.svg', package='rapbase'))),
+              regTitle),
+  # sett inn tittel også i browser-vindu
+  windowTitle = regTitle,
+  theme = "rap/bootstrap.css",
+
+
+  #-------Registeradministrasjon----------
+  tabPanel(p("Registeradministrasjon", title='Registeradministrasjonens side for registreringer og resultater'),
+           value = "Registeradministrasjon",
+           h3('Siden er bare synlig for SC-bruker', align = 'center'),
+
+           tabPanel(
+               h4("Eksport av krypterte data"),
+               sidebarPanel(
+                 rapbase::exportUCInput("ngerExport")
+               ),
+               mainPanel(
+                 rapbase::exportGuideUI("ngerExportGuide")
+               )
+             ) #Eksport-tab
+  ) #tab SC
+
+) #ui-del
+
+
+
+
+#----- Define server logic required to draw a histogram-------
+server <- function(input, output, session) {
+
+    #-- Div serveroppstart----
+
+  reshID <- ifelse(paaServer, as.numeric(rapbase::getUserReshId(session)), 105460)
+  rolle <- ifelse(paaServer, rapbase::getUserRole(shinySession=session), 'SC')
+  brukernavn <- reactive({ifelse(paaServer, rapbase::getUserName(session), 'inkognito')})
+
+  # widget
+  if (paaServer) {
+    output$appUserName <- renderText(rapbase::getUserFullName(session))
+    output$appOrgName <- renderText(paste0('rolle: ', rolle, '<br> ReshID: ', reshID) )}
+
+  # User info in widget
+  userInfo <- rapbase::howWeDealWithPersonalData(session)
+  observeEvent(input$userInfo, {
+    shinyalert::shinyalert("Dette vet Rapporteket om deg:", userInfo,
+                           type = "", imageUrl = "rap/logo.svg",
+                           closeOnEsc = TRUE, closeOnClickOutside = TRUE,
+                           html = TRUE, confirmButtonText = rapbase::noOptOutOk())
+  })
+
+  if (rolle=='SC') {
+
+    #----------- Eksport ----------------
+    registryName <- "nger"
+    ## brukerkontroller
+    rapbase::exportUCServer("ngerExport", registryName)
+    ## veileding
+    rapbase::exportGuideServer("ngerExportGuide", registryName)
+  }
+
+} #server
+# Run the application
+shinyApp(ui = ui, server = server)
+