Omfattende tilpasninger til mysql8. Inkluderer endringer i tabellnavn…

… samt noen endringer i variabelnavn
Rapporteket · Dec 4, 2024 · 6811c72 · 6811c72
1 parent 17fd49e
commit 6811c72
Show file tree

Hide file tree

Showing 30 changed files with 221 additions and 214 deletions.
diff --git a/R/nraHentData.R b/R/nraHentData.R
@@ -11,101 +11,101 @@ nraHentRegData <- function() {
   dbType <- "mysql"
 
   query <- paste0("SELECT
-                  alleVarNum.Ukjent,
-                  alleVarNum.AnnenBekkenKirurgi,
-                  alleVarNum.AnnetTraume,
-                  alleVarNum.Hemoroidereksjon,
-                  alleVarNum.NevrologiskSykdom,
-                  alleVarNum.ObsteriskSkade,
-                  alleVarNum.PeriferNervskade,
-                  alleVarNum.PerinealAbscess,
-                  alleVarNum.Rectumreseksjon,
-                  alleVarNum.Sfinkterotomi,
-                  alleVarNum.KraftBehandling,
-                  alleVarNum.AnnetEtiologi,
-                  alleVarNum.Konservativ,
-                  alleVarNum.Irrigasjon,
-                  alleVarNum.Tibialisstimulering,
-                  alleVarNum.AnalInjection,
-                  alleVarNum.SNM,
-                  alleVarNum.Sfinkterplastikk,
-                  alleVarNum.Rectopexi,
-                  alleVarNum.KirurgiForRectumprolaps,
-                  alleVarNum.Gracilisplastikk,
-                  alleVarNum.Stomi,
-                  alleVarNum.AnnetTidligereBeh,
-                  alleVarNum.SenterKortNavn,
-                  alleVarNum.Symtomvarighet,
-                  alleVarNum.Ultralyd,
-                  alleVarNum.PartiellDefekt,
-                  alleVarNum.FullveggsdefektYtreSfinkter,
-                  alleVarNum.FullveggsdefektIndreSfinkter,
-                  alleVarNum.GenQol,
-                  alleVarNum.StMarksTotalScore,
-                  alleVarNum.QolSexualitet,
-                  alleVarNum.Tilfredshet,
-                  alleVarNum.Urinlekkasje,
-                  alleVarNum.Komplikasjon,
-                  alleVarNum.KomplikasjonT2,
-                  alleVarNum.PostopKomplikasjoner,
-                  alleVarNum.Bloedning,
-                  alleVarNum.Saarinfeksjon,
-                  alleVarNum.Saardehisens,
-                  alleVarNum.InkontinensFoerTest,
-                  alleVarNum.UrgencyFoerTest,
-                  alleVarNum.AvfoeringerFoerTest,
-                  alleVarNum.LekkasjedagerFoer,
-                  alleVarNum.InkontinensUnderTest,
-                  alleVarNum.UrgencyUnderTest,
-                  alleVarNum.AvfoeringerUnderTest,
-                  alleVarNum.LekkasjedagerUnder,
-                  alleVarNum.WexnerTotalScore,
-                  alleVarNum.Testprosedyre,
-                  alleVarNum.UrgencyFoerTestUtenLekkasje,
-                  alleVarNum.UrgencyFoerTestMedLekkasje,
-                  alleVarNum.UrgencyFoerPassivLekkasje,
-                  alleVarNum.UrgencyUnderPassivLekkasje,
-                  alleVarNum.UrgencyUnderUtenTestMedLekkasje,
-                  alleVarNum.UrgencyUnderTestLekkasje,
-                  alleVarNum.LekasjeFriFoerTest,
-                  alleVarNum.LekasjeFriUnderTest,
-                  alleVarNum.OppfoelgingMulig,
-                  alleVarNum.ICIQ_hyppighet,
-                  alleVarNum.ABD65,
-                  alleVarNum.ABD652AT2,
-                  alleVarNum.ABD60,
-                  alleVarNum.WexFastAvfoering,
-                  alleVarNum.WexBind,
-                  alleVarNum.WexFlytendeAvfoering,
-                  alleVarNum.WexLuft,
-                  alleVarNum.WexLivsstilsendring,
-                  alleVarNum.Onestage,
-                  alleVarNum.KirurgiForRectumprolaps_v2,
-                  alleVarNum.KunstigLukkMuskel,
-                  alleVarNum.PGICEndring,
-                  alleVarNum.PGICEndringLekkasje,
-                  alleVarNum.EQ5DSkore,
-                  alleVarNum.EQ5DHelsetilstand,
-                  alleVarNum.EQ5DAngst,
-                  alleVarNum.EQ5DPersonligStell,
-                  alleVarNum.EQ5DSmerte,
-                  alleVarNum.EQ5DGange,
-                  alleVarNum.EQ5DVanligeGjoeremaal,
-                  ForlopsOversikt.KobletForlopsID,
-                  ForlopsOversikt.ForlopsID,
-                  ForlopsOversikt.HovedDato,
-                  ForlopsOversikt.PasientAlder,
-                  ForlopsOversikt.PasientID,
-                  ForlopsOversikt.AvdRESH,
-                  ForlopsOversikt.Sykehusnavn,
-                  ForlopsOversikt.ForlopsType1Num,
-                  ForlopsOversikt.ForlopsType2Num,
-                  ForlopsOversikt.ForlopsType1,
-                  ForlopsOversikt.ForlopsType2,
-                  ForlopsOversikt.ErMann,
-                  ForlopsOversikt.OppflgRegStatus
-                  FROM alleVarNum INNER JOIN ForlopsOversikt
-                  ON alleVarNum.ForlopsID = ForlopsOversikt.ForlopsID")
+                  allevarnum.Ukjent,
+                  allevarnum.AnnenBekkenKirurgi,
+                  allevarnum.AnnetTraume,
+                  allevarnum.Hemoroidereksjon,
+                  allevarnum.NevrologiskSykdom,
+                  allevarnum.ObsteriskSkade,
+                  allevarnum.PeriferNervskade,
+                  allevarnum.PerinealAbscess,
+                  allevarnum.Rectumreseksjon,
+                  allevarnum.Sfinkterotomi,
+                  allevarnum.KraftBehandling,
+                  allevarnum.AnnetEtiologi,
+                  allevarnum.Konservativ,
+                  allevarnum.Irrigasjon,
+                  allevarnum.Tibialisstimulering,
+                  allevarnum.AnalInjection,
+                  allevarnum.SNM,
+                  allevarnum.Sfinkterplastikk,
+                  allevarnum.Rectopexi,
+                  allevarnum.KirurgiForRectumprolaps,
+                  allevarnum.Gracilisplastikk,
+                  allevarnum.Stomi,
+                  allevarnum.AnnetTidligereBeh,
+                  allevarnum.SenterKortNavn,
+                  allevarnum.Symtomvarighet,
+                  allevarnum.Ultralyd,
+                  allevarnum.PartiellDefekt,
+                  allevarnum.FullveggsdefektYtreSfinkter,
+                  allevarnum.FullveggsdefektIndreSfinkter,
+                  allevarnum.GenQol,
+                  allevarnum.StMarksTotalScore,
+                  allevarnum.QolSexualitet,
+                  allevarnum.Tilfredshet,
+                  allevarnum.Urinlekkasje,
+                  allevarnum.Komplikasjon,
+                  allevarnum.KomplikasjonT2,
+                  allevarnum.PostopKomplikasjoner,
+                  allevarnum.Bloedning,
+                  allevarnum.Saarinfeksjon,
+                  allevarnum.Saardehisens,
+                  allevarnum.InkontinensFoerTest,
+                  allevarnum.UrgencyFoerTest,
+                  allevarnum.AvfoeringerFoerTest,
+                  allevarnum.LekkasjedagerFoer,
+                  allevarnum.InkontinensUnderTest,
+                  allevarnum.UrgencyUnderTest,
+                  allevarnum.AvfoeringerUnderTest,
+                  allevarnum.LekkasjedagerUnder,
+                  allevarnum.WexnerTotalScore,
+                  allevarnum.Testprosedyre,
+                  allevarnum.UrgencyFoerTestUtenLekkasje,
+                  allevarnum.UrgencyFoerTestMedLekkasje,
+                  allevarnum.UrgencyFoerTestPassivLekkasje,
+                  allevarnum.UrgencyUnderTestPassivLekkasje,
+                  allevarnum.UrgencyUnderUtenTestUtenLekkasje,
+                  allevarnum.UrgencyUnderTestMedLekkasje,
+                  allevarnum.LekasjeFriFoerTest,
+                  allevarnum.LekasjeFriUnderTest,
+                  allevarnum.OppfoelgingMulig,
+                  allevarnum.ICIQ_hyppighet,
+                  allevarnum.ABD65,
+                  allevarnum.ABD652AT2,
+                  allevarnum.ABD60,
+                  allevarnum.WexFastAvfoering,
+                  allevarnum.WexBind,
+                  allevarnum.WexFlytendeAvfoering,
+                  allevarnum.WexLuft,
+                  allevarnum.WexLivsstilsendring,
+                  allevarnum.Onestage,
+                  allevarnum.KirurgiForRectumprolaps_v2,
+                  allevarnum.KunstigLukkMuskel,
+                  allevarnum.PGICEndring,
+                  allevarnum.PGICEndringLekkasje,
+                  allevarnum.EQ5DSkore,
+                  allevarnum.EQ5DHelsetilstand,
+                  allevarnum.EQ5DAngst,
+                  allevarnum.EQ5DPersonligStell,
+                  allevarnum.EQ5DSmerte,
+                  allevarnum.EQ5DGange,
+                  allevarnum.EQ5DVanligeGjoeremaal,
+                  forlopsoversikt.KobletForlopsID,
+                  forlopsoversikt.ForlopsID,
+                  forlopsoversikt.HovedDato,
+                  forlopsoversikt.PasientAlder,
+                  forlopsoversikt.PasientID,
+                  forlopsoversikt.AvdRESH,
+                  forlopsoversikt.Sykehusnavn,
+                  forlopsoversikt.ForlopsType1Num,
+                  forlopsoversikt.ForlopsType2Num,
+                  forlopsoversikt.ForlopsType1,
+                  forlopsoversikt.ForlopsType2,
+                  forlopsoversikt.ErMann,
+                  forlopsoversikt.OppflgRegStatus
+                  FROM allevarnum INNER JOIN forlopsoversikt
+                  ON allevarnum.ForlopsID = forlopsoversikt.ForlopsID")
 
   RegData <- rapbase::loadRegData(registryName, query, dbType)
 

diff --git a/R/nraPreprosess.R b/R/nraPreprosess.R
@@ -80,9 +80,9 @@ nraPreprosess <- function(RegData)
   RegData$red75_v2 <- as.numeric(RegData$Indikator1_lekk_red50_v2 >= 75)
   RegData$Indikator1_lekk_red50_v2 <- as.numeric(RegData$Indikator1_lekk_red50_v2 >= 50)
 
-  RegData$Indikator1_lekk_red50_v3 <- pmax((RegData$UrgencyFoerTestMedLekkasje - RegData$UrgencyUnderTestLekkasje)/RegData$UrgencyFoerTestMedLekkasje*100,
-                                           (RegData$UrgencyFoerPassivLekkasje - RegData$UrgencyUnderPassivLekkasje)/RegData$UrgencyFoerPassivLekkasje*100,
-                                           (RegData$UrgencyFoerTestUtenLekkasje - RegData$UrgencyUnderUtenTestMedLekkasje)/RegData$UrgencyFoerTestUtenLekkasje*100,
+  RegData$Indikator1_lekk_red50_v3 <- pmax((RegData$UrgencyFoerTestMedLekkasje - RegData$UrgencyUnderTestMedLekkasje)/RegData$UrgencyFoerTestMedLekkasje*100,
+                                           (RegData$UrgencyFoerTestPassivLekkasje - RegData$UrgencyUnderTestPassivLekkasje)/RegData$UrgencyFoerTestPassivLekkasje*100,
+                                           (RegData$UrgencyFoerTestUtenLekkasje - RegData$UrgencyUnderUtenTestUtenLekkasje)/RegData$UrgencyFoerTestUtenLekkasje*100,
                                            na.rm = T)
   RegData$Indikator1_lekk_red50_v3[is.nan(RegData$Indikator1_lekk_red50_v3)] <- 0
   RegData$red75_v3 <- as.numeric(RegData$Indikator1_lekk_red50_v3 >= 75)

diff --git a/R/nraSNMdagbok_v2.R b/R/nraSNMdagbok_v2.R
@@ -26,8 +26,8 @@ nraSNMdagbok_v2 <- function(RegData, datoFra='2012-04-01', datoTil='2050-12-31',
   RegData <- RegData[RegData$ForlopsType1Num == 2, ]
   RegData <- RegData[!is.na(RegData$UrgencyFoerTestUtenLekkasje), ]
 
-  # tmp <- !is.na(RegData[, c("AvfoeringerFoerTest", "AvfoeringerUnderTest", "UrgencyFoerTestUtenLekkasje", "UrgencyUnderUtenTestMedLekkasje",
-  #                           "UrgencyFoerTestMedLekkasje", "UrgencyUnderTestLekkasje", "UrgencyFoerPassivLekkasje", "UrgencyUnderPassivLekkasje",
+  # tmp <- !is.na(RegData[, c("AvfoeringerFoerTest", "AvfoeringerUnderTest", "UrgencyFoerTestUtenLekkasje", "UrgencyUnderUtenTestUtenLekkasje",
+  #                           "UrgencyFoerTestMedLekkasje", "UrgencyUnderTestMedLekkasje", "UrgencyFoerTestPassivLekkasje", "UrgencyUnderTestPassivLekkasje",
   #                           "LekasjeFriFoerTest", "LekasjeFriUnderTest")])
   # tmp[,1] & tmp[,2]
   #
@@ -80,19 +80,19 @@ nraSNMdagbok_v2 <- function(RegData, datoFra='2012-04-01', datoTil='2050-12-31',
 
   # PreGjsn <- colMeans(RegData[indHoved, c("InkontinensFoerTest", "UrgencyFoerTest", "AvfoeringerFoerTest", "LekkasjedagerFoer")], na.rm = TRUE)
   PreGjsn <- colMeans(RegData[indHoved, c("AvfoeringerFoerTest", "UrgencyFoerTestUtenLekkasje", "UrgencyFoerTestMedLekkasje",
-                                          "UrgencyFoerPassivLekkasje", "LekasjeFriFoerTest")], na.rm = TRUE)
+                                          "UrgencyFoerTestPassivLekkasje", "LekasjeFriFoerTest")], na.rm = TRUE)
 
   # PostGjsn <- colMeans(RegData[indHoved, c("InkontinensUnderTest", "UrgencyUnderTest", "AvfoeringerUnderTest", "LekkasjedagerUnder")], na.rm = TRUE)
-  PostGjsn <- colMeans(RegData[indHoved, c("AvfoeringerUnderTest", "UrgencyUnderUtenTestMedLekkasje", "UrgencyUnderTestLekkasje",
-                                           "UrgencyUnderPassivLekkasje", "LekasjeFriUnderTest")], na.rm = TRUE)
+  PostGjsn <- colMeans(RegData[indHoved, c("AvfoeringerUnderTest", "UrgencyUnderUtenTestUtenLekkasje", "UrgencyUnderTestMedLekkasje",
+                                           "UrgencyUnderTestPassivLekkasje", "LekasjeFriUnderTest")], na.rm = TRUE)
 
   PlotMatrise$Hoved <- as.matrix(rbind(PreGjsn, PostGjsn))
   NHoved <- length(indHoved)
   if (medSml==1) {
     PreGjsn <- colMeans(RegData[indRest, c("AvfoeringerFoerTest", "UrgencyFoerTestUtenLekkasje", "UrgencyFoerTestMedLekkasje",
-                                           "UrgencyFoerPassivLekkasje", "LekasjeFriFoerTest")], na.rm = TRUE)
-    PostGjsn <- colMeans(RegData[indRest, c("AvfoeringerUnderTest", "UrgencyUnderUtenTestMedLekkasje", "UrgencyUnderTestLekkasje",
-                                            "UrgencyUnderPassivLekkasje", "LekasjeFriUnderTest")], na.rm = TRUE)
+                                           "UrgencyFoerTestPassivLekkasje", "LekasjeFriFoerTest")], na.rm = TRUE)
+    PostGjsn <- colMeans(RegData[indRest, c("AvfoeringerUnderTest", "UrgencyUnderUtenTestUtenLekkasje", "UrgencyUnderTestMedLekkasje",
+                                            "UrgencyUnderTestPassivLekkasje", "LekasjeFriUnderTest")], na.rm = TRUE)
     PlotMatrise$Rest <- as.matrix(rbind(PreGjsn, PostGjsn))
     Nrest <- length(indRest)
   }

diff --git a/doc/.gitignore b/doc/.gitignore
@@ -103,7 +103,7 @@ InkontinensscoreMindreEnn9_sfinkt.wmf
 InkontinensscoreMindreEnn9_snm.pdf
 InkontinensscoreMindreEnn9_snm.wmf
 Klokeboken_nra_mailisbet_feb2021.xlsx
-SkjemaOversikt.docx
+skjemaoversikt.docx
 Tabell_Mona_02122020.csv
 indikator14.pdf
 indikator14.wmf

diff --git a/doc/03-reportViews.sql b/doc/03-reportViews.sql
@@ -1,8 +1,8 @@
 -- This file contains views for fairly complex to complex queries or queries that return interesting stuff (more than one report)
 
 drop view if exists followupStatus;
-DROP VIEW IF EXISTS ForlopsOversikt;
-DROP VIEW IF EXISTS SkjemaOversikt;
+DROP VIEW IF EXISTS forlopsoversikt;
+DROP VIEW IF EXISTS skjemaoversikt;
 
 create view followupStatus as 
 select 
@@ -16,7 +16,7 @@ select
     COUNT(m.FOLLOWUP_MCE IS NOT NULL AND m.Q1B_STATUS = 1) AS CNT_FOLLOWUPS
 from mcelist m, patient p where m.SSN = p.SSN group by FOLLOWUP_MCE;    
 
-create view ForlopsOversikt AS  
+create view forlopsoversikt AS  
   select
     CAST(m.MCEID AS CHAR) ForlopsID,
     m.CENTREID AS AvdRESH,
@@ -103,7 +103,7 @@ create view ForlopsOversikt AS
     LEFT OUTER JOIN q2a q2as2 ON q2as1.MCEID = q2as2.MCEID AND q2as2.STEP = 2;
 
 
-create view SkjemaOversikt AS
+create view skjemaoversikt AS
 select 
   '1A Anamnese' AS Skjemanavn,
   skjema.STATUS AS SkjemaStatus,
@@ -190,8 +190,8 @@ from
 WHERE skjema.CENTREID = c.ID;  
 
 
-drop view if exists alleVarNum;
-create view alleVarNum as
+drop view if exists allevarnum;
+create view allevarnum as
 SELECT m.MCEID AS ForlopsID,
        m.CENTREID AS AvdRESH,
        getFriendlyName(c.ID) AS Sykehusnavn,
@@ -629,4 +629,4 @@ SELECT m.MCEID AS ForlopsID,
     LEFT OUTER JOIN q1b q1b on m.MCEID = q1b.MCEID
     LEFT OUTER JOIN q2b q2b on m.MCEID = q2b.MCEID
     LEFT OUTER JOIN q2a q2as1 ON m.MCEID = q2as1.MCEID AND q2as1.STEP = 1
-    LEFT OUTER JOIN q2a q2as2 ON q2as1.MCEID = q2as2.MCEID AND q2as2.STEP = 2;      
+    LEFT OUTER JOIN q2a q2as2 ON q2as1.MCEID = q2as2.MCEID AND q2as2.STEP = 2;