1.cLoops简介
cLoops (see loops) 是一个快速寻找3D染色体高通量数据(例如ChIA-PET,Hi-ChIP,Hi-C)中高精度相互作用区域（loops）的软件，相比类似的软件（例如ChIA-PET中的mango,ChiaSig,ChIA-PET2, 以及Hi-C中的HiCCUPS,HOMER,Fit-Hi-C,GOTHiC,diffHic，HiChIP最新的工具hichipper），我们的速度快，精确度高，不需要GPU。可以从YaqiangCao cLoops得到开发者版本或者cLoops release得到稳定发布版本。
如果您觉得cLoops有用，请引用我们的文章(准备中)：
如果需要帮忙调试参数或者提供相关意见，请在cLoops issue中提出；如果需要合作分析，请先联系[email protected]。
我们正在针对GRID-seq 以及Capture Hi-C做一些算法适配以及调参，希望能很快推出可用版本。如果您开发的测序方法得到的heatmap类似于ChIA-PET, HiChIP和Hi-C，通过调整minPts 和eps 理论上也可以适用，如果需要合作调参或适配算法，请先联系[email protected]。