update execs to python3, fixes #1294

src/projects/mts/mts.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 from __future__ import (print_function)
 
 import argparse

src/projects/mts/multirun.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 from __future__ import (print_function)
 
 import argparse

src/projects/mts/scripts/bhtsne.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 '''
 A simple Python wrapper for the bh_tsne binary that makes it easier to use it

src/projects/mts/scripts/bin_profiles.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 from __future__ import (print_function)
 
 import pandas

src/projects/mts/scripts/choose_bins.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 from __future__ import (print_function)
 
 import re

src/projects/mts/scripts/choose_samples.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 from __future__ import (print_function)
 
 import argparse

src/projects/mts/scripts/clusters2csv.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 from __future__ import print_function
 import sys
 

src/projects/mts/scripts/combine_contigs.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 from __future__ import print_function
 import sys
 import os

src/projects/mts/scripts/contig_name_filter.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 from __future__ import print_function
 
 import sys

src/projects/mts/scripts/cut_fasta.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 """Cut up fasta file in non-overlapping or overlapping parts of equal length.
 """
 from __future__ import print_function

src/projects/mts/scripts/gather_stats.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 from __future__ import (print_function)
 
 import argparse

src/projects/mts/scripts/multi_stats.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 from __future__ import (print_function)
 
 import argparse

src/projects/mts/scripts/split_bins.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 from __future__ import print_function
 
 from operator import itemgetter

src/projects/mts/scripts/subsample.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 from __future__ import (print_function)
 
 import argparse

src/projects/spades/pipeline/spades.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_init.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/commands_parser.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/executors/executor_local.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/executors/executor_save_yaml.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/executors/executors.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/options_parser.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/options_storage.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/process_cfg.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/scripts/breaking_scaffolds_script.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/scripts/check_test_script.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/scripts/compress_all.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/scripts/copy_files.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/scripts/correction_iteration_script.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/scripts/plasmid_glue.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 import os
 import sys

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/scripts/preprocess_contigs.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/scripts/preprocess_interlaced_reads.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/stages/before_start_stage.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/stages/breaking_scaffolds_stage.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/stages/check_test_stage.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/stages/correction_stage.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/stages/error_correction_stage.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/stages/pipeline.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/stages/preprocess_reads_stage.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/stages/scaffold_correction_stage.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/stages/spades_iteration_stage.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/stages/spades_stage.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/stages/stage.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/stages/terminating_stage.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades/pipeline/spades_pipeline/support.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spades_tools/kmerbin_converter.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/projects/spaligner/benchmarking/benchmarking_stats.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 import sys
 import json
 import unicodedata

src/projects/spaligner/benchmarking/test_spaligner.py

@@ -5,7 +5,7 @@
 # See file LICENSE for details.
 ############################################################################
 
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 import sys
 import json
 import unicodedata

src/test/teamcity/github_runner.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/test/teamcity/process_cfg.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/test/teamcity/update_saves.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/tools/misc/copyrighter.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/tools/misc/datasets_converter.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/tools/misc/datasets_info2yaml_converter.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/tools/misc/datasets_info_cleaner.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/tools/misc/sv_simulator.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/tools/misc/txt2gff.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/tools/reads_utils/crop/crop_bfaecium.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team

src/tools/reads_utils/ideal_by_fasta.py

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env python
+#!/usr/bin/env python3
 
 ############################################################################
 # Copyright (c) 2023-2024 SPAdes team