Ideas

Cambio radical

El Open Graph Drawing Framework (http://www.ogdf.net) tiene implementado el mejor algoritmo existente para dibujar grafos de este estilo, es de 2008 y se llama Upward Planarization: http://www.ae.uni-jena.de/alenmedia/de/dokumente/wea08_preprint_upwplan_pdf.pdf http://www.ae.uni-jena.de/alenmedia/de/dokumente/gd09_preprint_upwplanlayout_pdf.pdf

Para Timelines, se podria codear algo en C++ que use OGDF para generar una imagen vectorial SVG. Seria un cambio grande, porque el trabajo se haria en el servidor en vez del browser, pero es la mejor opcion en terminos de calidad.

Cambio no tan radical

Hasta hace unos años la mejor heuristica (por su facil implementacion y buenos resultados) para dibujar grafos de este estilo era la "barycenter heuristic". Recomiendo implementarla.