Adapt check presence

[hansvancalster]

In deze PR een paar verbeteringen aan de check_presence functie zodat je ook als input een character vector van soortnamen kan doorgeven of ze kan lezen vanaf een txt bestand

[slambrechts]

Ok, bedankt. Lijkt mij ook interessant om rechtstreeks te integreren in de data analyse Rmarkdown? Door eerst de gedetecteerde soorten uit het phyloseq object te halen

species_df <- data.frame(tax_table(physeq)[, "species"], stringsAsFactors = FALSE)

en dan daarop het check presence script lopen?

[hansvancalster]

Ok, bedankt. Lijkt mij ook interessant om rechtstreeks te integreren in de data analyse Rmarkdown? Door eerst de gedetecteerde soorten uit het phyloseq object te halen

species_df <- data.frame(tax_table(physeq)[, "species"], stringsAsFactors = FALSE)

en dan daarop het check presence script lopen?

Goed idee, dat kan je in je PR #8 implementeren. Ik zal nu eerst deze PR mergen en dan Check_occurrence ook in main mergen. Daarna kan je de branch van PR #8 verder werken nadat je git pull origin main hebt uitgevoerd. Je kan deze functie laden in de Rmd via source()