Update fyschem

[slambrechts]

toevoegen anova model lowest AIC

[slambrechts]

Als ik de html opnieuw knit na deze kleine aanpassingen zie ik verschilen in observed data points voor de Posterior Predictive Check plots

example from 3.1.1 (Fungi its2)

p <- performance::check_predictions(m_richness)
plot(p) + facet_zoom(xlim = c(0, 10))

Voor

Na

Maar in de output van de modelleringen enz lijk ik echter voorlopig geen verschillen te zien

[slambrechts]

input data for Nematoda - 18s - asv is wrong, and missing values should be treated differently then in the other datasets, see #32 (comment)

[hansvancalster]

Als ik de html opnieuw knit na deze kleine aanpassingen zie ik verschilen in observed data points voor de Posterior Predictive Check plots

Ik zie daar niet direct een verklaring voor. Krijg je telkens dezelfde geobserveerde data te zien als je de code voor die figuur verschillende keren achter elkaar loopt (ik zou dat verwachten, maar de blauwe bollen en ranges kunnen wel licht verschillen door stochastische effecten van sampling uit de posterior)?

[hansvancalster]

OK om te mergen tenzij er nog actie vereist is voor #41 (comment)?

[slambrechts]

OK om te mergen tenzij er nog actie vereist is voor #41 (comment)?

@hansvancalster idd, we gaan het overkoepelend dataframe aanpassen voor de nematoden data van ILVO

[slambrechts]

@hansvancalster after a lengthy investigation as to why not all datasets contained the same samples (https://github.com/slambrechts/INBO_eDNA_metabarcoding_BODEM/issues/249), this problem is now solved, and we have created a final new version of the metadata and the combined dataframe that this time contains the "nulwaarnemingen". I edited the code so that the remaining samples with 0 reads (such as for the microbes and nematodes from ILVO) are treated as missing data instead of nulwaarnemingen (all nulwaarnemingen should be accounted for already in the combined dataframe this time)

[hansvancalster]

Buiten de extensies die ontbreken lijkt me alles in orde. Ik heb de Rmd niet gerendered.

[hansvancalster]

.csv ontbreekt

[hansvancalster]

.csv ontbreekt

[slambrechts]

Buiten de extensies die ontbreken lijkt me alles in orde. Ik heb de Rmd niet gerendered.

Ok bedankt. Ik heb de Rmd ook nog niet gerendered, staat op de planning voor na de deadline van een ander project (28-01)