Merge pull request #41 from inbo/sfp-201-nl

Sfp 201 nl

.zenodo.json

@@ -96,6 +96,18 @@
       "affiliation": "Research Institute for Nature and Forest",
       "type": "Researcher",
       "orcid": "0000-0002-5712-0770"
+    },
+    {
+      "name": "Nathalie Cools",
+      "affiliation": "Research Institute for Nature and Forest",
+      "type": "Researcher",
+      "orcid": "0000-0002-7059-2318"
+    },
+    {
+      "name": "Bruno De Vos",
+      "affiliation": "Research Institute for Nature and Forest",
+      "type": "Researcher",
+      "orcid": "0000-0001-9523-3453"
     }
   ]
 }

NEWS.md

@@ -1,3 +1,10 @@
+### First version of protocol: sfp-201-nl
+
+- Title: Bemonsteren aan de hand van oppervlaktemonsters
+- Published on: 2024-01-08
+- Version number: 2024.01
+- Link to this version: [sfp-201-nl version 2024.01](2024.01/index.html)
+
 ### First version of protocol: sfp-106-nl
 
 - Title: Richtlijnen voor het bepalen van het waterpeil in peilbuizen

source/sfp/2_soil/sfp_201_nl_oppervlaktemonster/01_afhankelijkheden.Rmd

@@ -0,0 +1,47 @@
+# Afhankelijkheden
+
+```{=html}
+<!--
+Hier niets invullen.
+Indien er dependencies zijn deze invullen in de yaml sectie van index.Rmd
+-->
+```
+```{r dependencies}
+empty_table <- tibble(
+    protocol_code = character(),
+    version_number = character(),
+    params = character(),
+    appendix = logical()
+  ) %>%
+    add_row() %>%
+    rename(
+      `Protocolcode` = protocol_code,
+      `Versienummer` = version_number,
+      `Opgenomen als subprotocol` = appendix) %>%
+  pander(split.tables = Inf)
+
+if (exists("params")) {
+  if (!is.null(params$dependencies)) {
+    transpose(params$dependencies) %>%
+    as_tibble() %>%
+    mutate(protocol_code = as.character(protocol_code),
+           version_number = as.character(version_number),
+           params = as.character(params),
+           version_number = ifelse(params == "NA",
+                           paste0("[", version_number, "](../", 
+                                  version_number,"/", "index.html)"),
+                           version_number),
+           appendix = as.logical(appendix)) %>%
+    rename(
+      `Protocolcode` = protocol_code,
+      `Versienummer` = version_number,
+      `Opgenomen als subprotocol` = appendix) %>%
+  pander(split.tables = Inf)
+  } else {
+    empty_table
+  }
+} else {
+  empty_table
+}
+rm(empty_table)
+```

source/sfp/2_soil/sfp_201_nl_oppervlaktemonster/02_onderwerp.Rmd

@@ -0,0 +1,64 @@
+# Onderwerp
+
+## Definities en afkortingen
+
+**Bodemoppervlak:** het bodemoppervlak vormt de referentie voor de 0 cm lijn.
+Het is de bovenkant van het bodemlichaam waarvan een oppervlakte staal wordt genomen.
+De matrix van het bodemlichaam kan zowel organisch als mineraal zijn.
+In terrestrische systemen is het de scheiding tussen de ecto-organische en de endo-organische laag.
+In semiterrestrische systemen is het de scheiding tussen de ecto-organische en de organische bodem of veenbodem.
+
+**Ecto-organische laag (of ectorganische laag):** Bij een ectorganische laag is het organische materiaal afkomstig van strooisel van planten dat bovenop het profiel is geaccumuleerd maar nog niet ingewerkt is en een organisch koolstofgehalte heeft van meer dan 20% bvb.
+strooisel, hooi - of rietresten, maaisel, mossen, schapenkeutels, koeienvlaaien, takken, vruchten, bladeren, ...
+
+**Endo-organische laag (of endorganische laag):** Een endorganische laag is een combinatie van minerale bodem met ingewerkt organisch materiaal van welke oorsprong dan ook.
+
+-   In terrestrische systemen is het organische materiaal veelal door biologische en fysische processen in de bodem opgenomen.
+    Het organische koolstof (OC) gehalte is lager dan 20%.
+
+-   In semi-terrestrische systemen worden veenlagen en (levende) wortelmatten ook tot de endorganische laag gerekend.
+
+-   De ecto - en de endo-organische laag vormen samen de holorganische laag.
+
+**Monster of staal:** in Vlaanderen zijn de begrippen 'monster' en 'staal' onderling inwisselbaar.
+Ze betekenen dus exact hetzelfde.
+'Monster' is een meer gangbare term in Nederland en wordt ook gehandhaafd in dit protocol.
+Het is een portie materiaal dat geselecteerd werd uit een grotere hoeveelheid materiaal.
+
+**Mengmonster:** is hier een ruimtelijk mengmonster.
+Het is dus een samengesteld monster dat verkregen wordt door (deel)monsters te mengen.
+De deelmonsters zijn genomen op meerdere plaatsen volgens een specifiek diepte-interval.
+
+**Laboratoriummonster:** een monster zoals het binnengebracht wordt in het analytisch laboratorium.
+Het laboratoriummonster is het finale monster vanuit het standpunt van bemonstering en eventuele voorbehandeling (drogen, deeltjes verkleinen en homogeniseren), maar het initiële monster vanuit het standpunt van het analytisch laboratorium.
+In laboratoriumtermen is dit het 'natief staal'.
+
+**Oppervlaktemonster:** een oppervlaktemonster is een monster genomen net onder het bodemoppervlak zonder de strooisellaag, op een diepte tot maximaal 30 cm diepte.
+
+**Proefvlak:** dit is de oppervlakte waarbinnen biotische en/of abiotische waarnemingen worden verricht.
+De dimensies zijn project-specifiek.
+
+**(Semi)-terrestrisch:** terrestrisch betekent voorkomend op het land, op of in de grond levend, voorkomend op minerale substraten.
+Semi-terrestrisch betekent ecosystemen met verlandings- en watervegetaties, voorkomend (groeiend) op organische substraten.
+
+**Veenbodem:** een veenbodem is een bodemtype (Histosol) dat opgebouwd is uit geaccumuleerd en slechts gedeeltelijk afgebroken organisch materiaal (minimaal 40 cm dik).
+Een veenbodem wordt in onze streken steeds gevormd in natte omstandigheden.
+
+## Doelstelling en toepassingsgebied
+
+**Doelstelling**: De hier beschreven bemonsteringsmethode heeft betrekking op het nemen van een representatief oppervlaktemonster gekoppeld aan een proefvlak, welke een vegetatieopnameplot kan zijn.
+Analyse van de oppervlaktemonsters leveren informatie aangaande de ruimtelijke patronen (laterale variatie) op standplaatsniveau.
+Korte afstandsvariabiliteit wordt gestabiliseerd door middel van mengmonsters.
+
+**Toepassingsgebied:** Dit veldprotocol betreft het nemen van bodemmonsters van de *vaste bodemfase* *in terrestrische en semi-terrestrische systemen*, dus het vaste deel van de bodem met de daaraan gebonden stoffen.
+De techniek is erop gericht om via het nemen van deelmonsters een representatief beeld te krijgen van de bemonsterde *puntlocatie* (proefvlak met beperkte oppervlakte).
+De strooisellaag, indien aanwezig, wordt niet mee opgenomen in het monster.
+
+In semi-terrestrische systemen kan de overgang tussen de ectorganische en de organische bodem of veenbodem (endorganische laag) heel geleidelijk en/of onduidelijk zijn.
+In dat geval, bevindt het bodemoppervlak (0 cm lijn) zich net onder de levende vegetatie.
+In dat geval zal het oppervlaktemonster zowel levend als dood organische materiaal (o.a. wortels) en slechts een zeer lage fractie aan minerale bodemdeeltjes bevatten.
+
+De laboratoriumanalyses worden uitgevoerd op het (gedroogd) bodemmonster.
+Bij het maken van een monster voor laboratoriumanalysen wordt bodemvreemd materiaal verwijderd.
+Het monster wordt reeds op terrein zoveel mogelijk ontdaan van levende materie (plantendelen, levende wortels (diameter \> 2 mm, bodemfauna,...), grind en stenen.
+Verdere voorbehandeling van het staal (drogen, zeven, verkleinen) gebeurt in het laboratorium.

source/sfp/2_soil/sfp_201_nl_oppervlaktemonster/03_beperkingen.Rmd

@@ -0,0 +1,10 @@
+# Beperkingen van het protocol
+
+```{=html}
+<!--
+Alleen in te vullen indien van toepassing.
+Bespreek onder welke condities het protocol niet gebruikt kan worden of wanneer afwijkingen nodig zijn ten opzichte van het standaard protocol.
+Vermeld hier ook mogelijke interferenties, knelpunten, ...
+-->
+```
+**Heterogeniteit:** bij het bemonsteren van oppervlaktemonsters worden deelmonsters gemengd tot één mengmonster, waarbij verondersteld wordt dat het mengmonster een representatief beeld levert van de lokale bemonsteringsplaats (het proefvlak).

source/sfp/2_soil/sfp_201_nl_oppervlaktemonster/04_principe.Rmd

@@ -0,0 +1,12 @@
+# Principe
+
+```{=html}
+<!--
+Korte omschrijving van de principes waarop het protocol gebaseerd is.
+Bv principe achter het nemen van mengmonsters, principe achter visueel inschatten van de bedekking van een plant, ...
+-->
+```
+De voorgeschreven bemonsteringsmethode moet de garantie inhouden dat het geanalyseerde bodemmonster voldoende representatief is voor de bodemfysische en bodemchemische kenmerken van het proefvlak.
+Daarom wordt het aantal deelmonsters en de plaats van de monstername eenduidig vastgelegd volgens een vooropgesteld bemonsteringspatroon.
+
+Alle deelmonsters dienen evenredig (in massa) vertegenwoordigd te zijn in het mengmonster welke vervolgens geanalyseerd wordt in het laboratorium op zijn fysische, biologische en/of chemische eigenschappen.

source/sfp/2_soil/sfp_201_nl_oppervlaktemonster/05_competenties.Rmd

@@ -0,0 +1,10 @@
+# Vereiste competenties
+
+```{=html}
+<!--
+Omschrijving van de basiskennis (bv. kennis van bepaalde soorten) en vaardigheden (bv. bepaalde apparatuur kunnen bedienen), die de gebruiker van het protocol moet hebben om het protocol op een gepaste manier te kunnen uitvoeren.
+Eventueel kan er verwezen worden naar bepaalde opleidingen.
+-->
+```
+De basisvaardigheden voor het uitvoeren van dit protocol zijn (1) het kunnen gebruiken van een GPS-toestel en (2) het gebruik van een gutsboor.
+De bodembemonstering beschreven in dit protocol kan dus uitgevoerd worden door alle INBO medewerkers mits het volgen van een ééndagsopleiding op het terrein.

source/sfp/2_soil/sfp_201_nl_oppervlaktemonster/06_benodigdheden.Rmd

@@ -0,0 +1,107 @@
+# Benodigdheden
+
+## Apparatuur
+
+```{=html}
+<!--
+Opsomming van de apparatuur die nodig is en verwijzingen naar de sip's (Standard Instrument Procedure; <protocol-code>-YYYY.NN) indien die er zijn.
+Indien geen specifiek sip's voorhanden, illustreer de toegelaten apparatuur met foto's, geef het exacte type apparatuur mee, ...
+-->
+```
+-   Er zijn allerhande toestellen met **GPS** mogelijkheden op de markt.
+    Al deze toestellen kunnen gebruikt worden.
+    Vermits de nauwkeurigheid echter afhangt van het type toestel, wordt het type gehanteerde toestel op het opnameformulier vermeld.
+    Mogelijke typen zijn:
+
+    -   RTK GPS
+    -   Trimble met externe antenne
+    -   Handheld GPS (Garmin, ...)
+    -   Smartphone, iPad, iPhone
+
+-   **Digitaal fototoestel** (met correcte datum en uurinstelling) of Smartphone, tablet, iPad, iPhone met ingebouwd fototoestel.
+    Correcte instelling van datum en uur is van belang om de foto's correct te kunnen archiveren.
+
+## Materiaal
+
+```{=html}
+<!--
+Opsomming van gebruikte materialen.
+Duidelijk aangeven welke materialen toelaatbaar zijn, welke volumes, afmetingen, materiaal, ... 
+vb. vermeld niet staalnamepotje, maar wel: vierkant flesje, volume 250 ml, gegradueerd, vervaardigd uit PE, met afsluitbare deksel uit PP.
+-->
+```
+-   **Gutsboor:** Een grondboor van het type 'guts' (Eng. Gouge auger, figuur \@ref(fig:gutsboren)). bestaat uit een cilindervormig boorlichaam waarvan het werkzame deel half cilindrisch is en van boven naar beneden een evenwijdig verloop heeft. Aan de onderzijde bevindt zich een scherpe snijrand. De minimale lengte van de holle buis moet 10 cm langer zijn dan de vooropgestelde bemonsteringsdiepte. De bemonsteringsdiepten moeten aangegeven zijn op de boor. Een diameter van 25 mm is meest geschikt voor de hier beschreven toepassing (minimale verstoring en toch voldoende monster). In zachte gronden wordt een gutsboor gebruikt zonder slagkop (figuur \@ref(fig:gutsboren) links); in hardere gronden een gutsboor mét slagkop (figuur \@ref(fig:gutsboren) rechts).
+
+(ref:gutsboren) **Links (Foto 1):** Set van gutsboren voor gebruik in zachte gronden [*©Eijkelkamp*](https://www.eijkelkamp.com/images/articles/1012/2f036e4b81700f990936f8ffdf5af7ac.jpg); **Rechts (Foto 2):** Set van gutsboren voor een iets hardere bodem. De gutsen zijn voorzien van een slagkop waarop men met een terugslagvrije hamer kan slaan om de guts dieper in de grond te brengen. [*©Eijkelkamp*](http://www.envco.ro/public/uploaded/640x480/soil-core-sampler-specific-1297995531.jpg)
+
+```{r gutsboren, fig.cap = "(ref:gutsboren)", fig.show = "hold", out.width = "50%", fig.align = "default"}
+include_graphics(
+  path = c("./media/image1.jpg", 
+           "./media/image2.jpg"))
+```
+
+-   1 **Afvalemmertje** (2,5 tot 3,0 L, polypropyleen)
+
+-   1 **Mengemmertje** (2,5 tot 3,0 L, polypropyleen) om het mengmonster aan te maken
+
+-   1 Universele **handborstel** van staaldraad (zie foto 2)
+
+-   **Documentatie** om het betreffende proefvlak te lokaliseren:
+
+    -   Afdruk van de orthofoto
+
+    -   aanduiding op topografische kaart
+
+    -   X en Y coördinaat indien de locatie vooraf reeds bepaald is (WGS84, latitude longitude coördinaten in decimale graden)
+
+    -   beschrijving van de toegankelijkheid van het terrein, situatieschets, vegetatietype, al dan niet aanwezigheid van peilbuis,...)
+
+-   **Legitimatiekaart en machtiging** van de beheerder of eigenaar van het terrein om het betreffende terrein te betreden en bodemmonsters te nemen
+
+-   **Kompas** (analoog, op GPS of App op smartphone)
+
+-   **Doek** (synthetisch of katoen) om materiaal te reinigen en af te drogen
+
+-   **Hamer**, terugslagvrije, staal met nylon kop (zie Figuur \@ref(fig:gutsboren))
+
+-   **Koelbox of koeltas** met vooraf gekoelde koelelementen
+
+-   1 **meetlint**, oprolbaar, min 25 m lengte (stalen of fibreglas) om hoekpunten proefvlak uit te zetten)
+
+-   1 **recipiënt** (monsterbakje), inhoud 750 ml, (zwart) bakje uit PP (polypropyleen) met doorzichtig deksel van (type Jorapack B x H x L = 15 \* 5 \* 18 cm)
+
+-   (Voorgedrukte met proefvlakcode) zelfklevende **etiketten**, type 'Heavy Duty', aantal: 1 per monster
+
+-   1 **spatel**, gebogen (Spatel 20, Eijkelkamp, Figuur \@ref(fig:gutsboren))
+
+-   **Opnameformulier** (zie voorbeeld in bijlage \@ref(bijlage-opnameformulier))
+
+-   **Schrijfmateriaal**: potlo(o)d(en), gum, slijper, dikke permanente markeerstift,
+
+-   (Voorgedrukte) **labels** ter markering van het **proefvlak** op de foto (aantal 1/proefvlak)
+
+-   **Schrijfplank**
+
+-   **Vouwmeter** (lengte 2 meter met centimeteraanduiding en wisselende kleuraanduiding voor de decimeters)
+
+-   4 **bamboestokjes** ter markering van de hoekpunten van het proefvlak
+
+## Reagentia en oplossingen (indien van toepassing)
+
+```{=html}
+<!--
+Een opsomming van reagentia, welke zuiverheid, volume, veiligheidsvoorschriften.
+vb. Zwavelzuur (H2SO4), geconcentreerd (96%), pro analyse + veiligheidsinfo (sterk zuur, bijtend, gebruik handschoenen, bril en masker bij gebruik)
+Een opsomming van oplossingen, welke zuiverheid, volume, veiligheidsvoorschriften.
+Indien deze oplossingen zelf worden bereid, vermeld dan ook de bereidingswijze.
+vb: Zwavelzuur 1M: verdun zwavelzuur geconcentreerd 18 maal met ultrapuur water.
+Opgelet: giet altijd zwavelzuur bij water en nooit omgekeerd!
+-->
+```
+-   Leidingwater in plastieken bidon, inhoud 5 L om materiaal te reinigen
+
+-   Drie druppelflesjes (inhoud 30-50 ml) met de volgende reagentia/oplossingen:
+
+    -   Zoutzuur (HCl), 10 %. Sterk zuur, bijtend. Gebruik handschoenen bij gebruik druppelflesje.
+    -   $\alpha$ -- $\alpha$' dipyridyl (IUPAC 2,2'-Bipyridine) is een 97% zuivere vaste stof in oplossing gebracht met 1 N ammoniumacetaat gebufferd op pH=7. Gebruik handschoenen bij gebruik druppelflesje.
+    -   Waterstofperoxide (H~2~O~2~), 10 %. Sterk zuur. Gebruik handschoenen bij gebruik druppelflesje.