Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Sfp 105 nl #53

Merged
merged 51 commits into from
Dec 12, 2023
Merged
Show file tree
Hide file tree
Changes from 46 commits
Commits
Show all changes
51 commits
Select commit Hold shift + click to select a range
3761bca
Create from docx and rearrange titles
ToonVanDaele May 9, 2022
01421a0
correct layout
ToonVanDaele May 9, 2022
41f4af0
cross ref figures and layout
ToonVanDaele May 9, 2022
90b6ccb
add checklist
ToonVanDaele May 9, 2022
236b9e6
replace backslash with forward slash
ToonVanDaele May 12, 2022
f3e399a
correct orcid
ToonVanDaele May 12, 2022
95b017a
delete temp import files
ToonVanDaele May 20, 2022
4735009
remove 'afhankelijkheden'; add dependencies with hyperlink
ToonVanDaele May 20, 2022
576714b
PR #53 add link to SOP-005
ToonVanDaele May 20, 2022
ebc34d2
PR #53 remove reference
ToonVanDaele May 20, 2022
ecdc753
PR #53 add weblink SOP-006
ToonVanDaele May 20, 2022
b8a7c17
PR #53 add weblink SOP-006
ToonVanDaele May 20, 2022
ed4e0c4
add weblink to sip-054
ToonVanDaele May 20, 2022
eeda5fd
PR #53 commentaar toegevoegd drempelwaarde voor toepassing
ToonVanDaele May 24, 2022
c168d81
commentaar ivm transport toegevoegd
ToonVanDaele May 24, 2022
e27f519
add comments
ToonVanDaele May 24, 2022
cfa56b0
add references
ToonVanDaele May 24, 2022
2827ae0
Merge branch 'main' of https://github.com/inbo/protocolsource into sf…
hansvancalster Feb 1, 2023
2ceace1
move files to source folder
hansvancalster Feb 1, 2023
fc657de
fix check_structure and frontmatter issues
hansvancalster Feb 1, 2023
a5392fc
fix problem with unicode character
hansvancalster Feb 1, 2023
1222bec
fix from_docx folder issues
hansvancalster Feb 1, 2023
b10889b
update .zenodo.json
Feb 1, 2023
5450ffb
update general NEWS.md
Feb 1, 2023
b0d0474
Merge branch 'main' into sfp-105-nl
hansvancalster Feb 3, 2023
7f1c8b8
update .zenodo.json
Feb 3, 2023
ded2344
update general NEWS.md
Feb 3, 2023
9fcca86
Merge branch 'main' of https://github.com/inbo/protocolsource into sf…
hansvancalster Feb 6, 2023
c3333df
update .zenodo.json
Feb 6, 2023
8a3e010
update general NEWS.md
Feb 6, 2023
7bc63a8
fix merge conflicts
hansvancalster Feb 8, 2023
1b83d77
Bumped 2023.01 to 2023.02 in index.Rmd
Feb 8, 2023
8c35b9e
comply with template
hansvancalster Feb 8, 2023
d12bf5e
update .zenodo.json
Feb 8, 2023
9783de6
update general NEWS.md
Feb 8, 2023
6e3050e
add edit link
hansvancalster Feb 9, 2023
981eabb
update general NEWS.md
Feb 9, 2023
09a96ef
merge main into protocol branch
hansvancalster Feb 15, 2023
e05b73c
Merge branch 'main' of https://github.com/inbo/protocolsource into sf…
hansvancalster Mar 1, 2023
b4e3ee8
comply with latest changes in protocolhelper
hansvancalster Mar 1, 2023
1927c61
Bumped 2023.02 to 2023.03 in index.Rmd and NEWS.md
hansvancalster Mar 2, 2023
6a1b70a
change render output folder
hansvancalster Mar 2, 2023
cbba349
verkeerde verwijzingen verwijderd
hansvancalster Mar 2, 2023
b3a424c
link naar SOP-005 toegevoegd
hansvancalster Mar 2, 2023
1686475
overbodige manuele refs onder referenties (worden gelinkt in de tekst)
hansvancalster Mar 2, 2023
7108987
historiek
hansvancalster Mar 2, 2023
80ebc5b
add dependency to sfp-104-nl
ToonVanDaele Dec 4, 2023
a0400fd
Merge branch 'main' into sfp-105-nl
ToonVanDaele Dec 4, 2023
795d839
Bumped 2023.03 to 2023.09 in index.Rmd and NEWS.md
Dec 4, 2023
6b90e55
fix wrong version number
hansvancalster Dec 12, 2023
4249fe4
update general NEWS.md
Dec 12, 2023
File filter

Filter by extension

Filter by extension

Conversations
Failed to load comments.
Loading
Jump to
Jump to file
Failed to load files.
Loading
Diff view
Diff view
28 changes: 8 additions & 20 deletions NEWS.md
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,25 +1,13 @@
### First version of protocol: sfp-403-nl

- Title: Vegetatieopname en LSVI-bepaling habitat 3260
- Published on: 2023-02-09
- Version number: 2023.02
- Link to this version: [sfp-403-nl version 2023.02](2023.02/index.html)
- Title: Vegetatieopname en LSVI-bepaling habitat 3260
- Published on: 2023-02-09
- Version number: 2023.02
- Link to this version: [sfp-403-nl version 2023.02](2023.02/index.html)

### First version of protocol: sfp-001-nl

- Title: Vervangprocedure voor geselecteerde steekproefeenheden van terrestrische types
- Published on: 2023-02-07
- Version number: 2023.01
- Link to this version: [sfp-001-nl version 2023.01](2023.01/index.html)

<!--One entry for each release describing the generic changes since the previous release.
e.g. (sort most recent first)

- 2020.03
- sfp-403_shorttitle_nl (first version)
- sfp-403_shorttitle_en (first version)
- 2020.02
- sfp-402_shorttitle_nl (update)
- 2020.01
- sfp-402_shorttitle_nl (first version)
-->
- Title: Vervangprocedure voor geselecteerde steekproefeenheden van terrestrische types
- Published on: 2023-02-07
- Version number: 2023.01
- Link to this version: [sfp-001-nl version 2023.01](2023.01/index.html)
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,47 @@
# Afhankelijkheden

```{=html}
<!--
Hier niets invullen.
Indien er dependencies zijn deze invullen in de yaml sectie van index.Rmd
-->
```
```{r dependencies}
empty_table <- tibble(
protocol_code = character(),
version_number = character(),
params = character(),
appendix = logical()
) %>%
add_row() %>%
rename(
`Protocolcode` = protocol_code,
`Versienummer` = version_number,
`Opgenomen als subprotocol` = appendix) %>%
pander(split.tables = Inf)

if (exists("params")) {
if (!is.null(params$dependencies)) {
transpose(params$dependencies) %>%
as_tibble() %>%
mutate(protocol_code = as.character(protocol_code),
version_number = as.character(version_number),
params = as.character(params),
version_number = ifelse(params == "NA",
paste0("[", version_number, "](../",
version_number,"/", "index.html)"),
version_number),
appendix = as.logical(appendix)) %>%
rename(
`Protocolcode` = protocol_code,
`Versienummer` = version_number,
`Opgenomen als subprotocol` = appendix) %>%
pander(split.tables = Inf)
} else {
empty_table
}
} else {
empty_table
}
rm(empty_table)
```
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,42 @@
# Onderwerp

## Definities en afkortingen

```{=html}
<!--
Definities van begrippen en afkortingen die noodzakelijk zijn om dit document te begrijpen en het protocol op een gepaste manier te kunnen uitvoeren.
-->
```
- **Peilbuis**: een peilbuis met in het ondergrondse deel een filterelement over de hele lengte voor het meten van de grondwaterstand nabij het maaiveld.
Grondwater kan over de volledige ondergrondse lengte van het instrument door perforaties naar binnen en naar buiten stromen.
De filter snijdt steeds met de grondwaterstand, behalve als het grondwaterpeil boven het maaiveld uitstijgt.
Het waterpeil in de buis wijkt weinig of niet af van de grondwaterstand.
Strikt gezien moet dit een grondwaterstandsbuis noemen, maar de term peilbuis is zodanig algemeen in gebruik dat het gebruiken van een nieuwe term tot nog veel meer verwarring zou leiden.

- **Piëzometer:** een buis met een filterelement van enkele tientallen centimeter (de INBO afspraak is 50 cm) voor het meten van de stijghoogte (of ook drukhoogte) op een bepaalde diepte.
Het peil in de buis komt overeen met de druk ter hoogte van de filter en die kan verschillen van het grondwaterpeil.
De stijghoogte is de resultante van de hydraulische druk die ter hoogte van de filter in de ondergrond heerst.
De stijghoogte kan hoger, gelijk of lager zijn dan de grondwaterstand.
Op het INBO worden vrijwel uitsluitend piëzometers geplaatst.
Bij de analyse van de chemische samenstelling heeft een piëzometer minder risico op invloed van insijpelend regenwater.
Bovendien wijkt de hydrostatische druk in de meeste gevallen niet of nauwelijks af van het grondwaterpeil als de piëzometer "kort" is (doorgaans \< 2-3 meter)

- **HDPE:** High-density polyethylene

- **Staal of monster:** Een portie die geselecteerd wordt uit een grotere hoeveelheid.
In dit protocol bestaat het staal steeds uit een hoeveelheid water dat uit een piëzometer of peilbuis werd opgepompt.

## Doelstelling en toepassingsgebied

```{=html}
<!--
Doelstelling: omschrijving in woorden waarvoor het protocol dient.
Voorbeelden wat er met de gegevens kan gedaan worden.
Probeer de doelstelling zo veel mogelijk generiek te beschrijven en vermijd projectspecifieke doelstellingen.
Toepassingsgebied: bespreek hier onder welke condities het protocol kan gebruikt worden.
-->
```
Deze procedure richt zich op het nemen van een grondwatermonster voor chemische analyse uit relatief ondiepe piëzometers (maximaal 5 m) met een beperkte diameter (meestal 5 cm) voor het bepalen van de zuurtegraad (pH), geleidbaarheid (EC) in het veld en de analyse van chemische variabelen (anionen, kationen, metalen, alkaliniteit, ...) van grondwater.

De procedure is geschikt voor het nemen van een grondwatermonsters voor het bepalen van macro-ionen in het kader van een eco-hydrologisch onderzoek.
Voor de analyse van verontreinigende stoffen zijn aangepaste procedures vereist [zie @EMIS_2013].
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,13 @@
# Beperkingen van het protocol

```{=html}
<!--
Alleen in te vullen indien van toepassing.
Bespreek onder welke condities het protocol niet gebruikt kan worden of wanneer afwijkingen nodig zijn ten opzichte van het standaard protocol.
Vermeld hier ook mogelijke interferenties, knelpunten, ...
-->
```
De bemonstering moet worden uitgevoerd in een geschikte peilbuis in PVC of HDPE, afhankelijk van de aanwezige stoffen in het grondwater en de te analyseren chemische variabelen

De procedure is niet geschikt voor het bemonsteren van grondwater met een zeer hoge saliniteit.
<!-- Drempelwaarde nog toe te voegen. Overleg met Milklim en Labo (> xxxx $\mu$S/cm). Mogelijk ook drempelwaarden toevoegen voor andere elementen -->
33 changes: 33 additions & 0 deletions source/sfp/1_water/sfp_105_nl_bemonsteren_peilbuis/04_principe.Rmd
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,33 @@
# Principe

```{=html}
<!--
Korte omschrijving van de principes waarop het protocol gebaseerd is.
Bv principe achter het nemen van mengmonsters, principe achter visueel inschatten van de bedekking van een plant, ...
-->
```
Het doel is een staal te nemen van 'vers' grondwater.
Dat betekent dat er geen monsters mogen genomen worden van grondwater dat weken of maanden in het meetpunt stil staat.
De groei van micro-organismen zorgt er immers voor dat grote hoeveelheden metabolieten in het water accumuleren.
Daarom wordt de wand van de piezometer eerst gereinigd en daarna wordt het water uit de piezometer weggepompt.

Het bemonsteren van de piëzometer gebeurt 1 tot 3 dagen na het reinigen.
Het 'vers' grondwater wordt opgepompt.
De zuurtegraad (pH) en geleidbaarheid (EC) worden op het terrein gemeten en de recipiënten voor chemische analyse in het laboratorium worden gevuld.
Het aantal deelmonsters is afhankelijk van de chemische variabelen die zullen worden gemeten.
De richtlijnen voor het nemen en van deelmonsters en het conserveren van de deelmonsters zijn terug te vinden in [SOP-005](https://sites.google.com/inbo.be/veldprotocollen/standaard-veld-procedures-svp/0-generiek).
Deelmonsters voor het bepalen van metalen worden direct na de monstername gefiltreerd (0,20 $\mu$m) en aangezuurd met salpeterzuur (HNO3) tot een pH \< 2 om neerslagvorming van zouten te vermijden..

**Gesuspendeerd materiaal**: het bemonsterde grondwater bevat nagenoeg altijd sedimenten in suspensie.
Vaak zijn ze niet zichtbaar voor het blote oog.
De negatieve lading van de kleimicellen kan gedurende het transport van het staal leiden tot ad-/resorptie van voornamelijk metaalionen.
Het aangezuurd staal mag geen gesuspendeerd materiaal bevatten omdat de geadsorbeerde ionen onder invloed van de lagere pH vrij kunnen komen [@huybrechts-debecker-1997].
wat met gesuspendeerd materiaal bij andere variabelen?
We moeten een beslissing nemen of we totaal opgeloste gehalten willen of totaalgehalten inclusief het sediment !

Bij het volledig leegmaken van de piëzometer tijdens het reinigen of de bemonstering komt zuurstof terecht in de buis en kunnen sommige variabelen (vb. Fe, Mn ,...) geoxideerd worden.
Van ijzer is gekend dat bij de oxidatie van de gereduceerde vorm (Fe^2+^) naar de geoxideerde vorm (Fe^3+^) onoplosbare verbindingen worden gevormd met tegenionen (anionen) in de het grondwater.
Op deze manier verdwijnen sommige variabelen uit het grondwatermonster en worden ze niet meer geanalyseerd.
Bij de aanwezigheid van ijzer in het grondwater moeten de nodige voorzorgsmaatregelen genomen worden of moet ermee rekening gehouden worden dat sommige anionen worden onderschat.

<!-- ook tijdens het transport in niet aangezuurde deelrecipiënten (bv. voor bepalen van anionen en kationen op IC) kunnen ijzerneerslagen gevormd worden waardoor de anionen worden onderschat (hoe gaan we hiermee om?) ???? -->
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,16 @@
# Vereiste competenties

```{=html}
<!--
Omschrijving van de basiskennis (bv. kennis van bepaalde soorten) en vaardigheden (bv. bepaalde apparatuur kunnen bedienen), die de gebruiker van het protocol moet hebben om het protocol op een gepaste manier te kunnen uitvoeren.
Eventueel kan er verwezen worden naar bepaalde opleidingen.
-->
```
Voor het reinigen en het bemonsteren van peilbuizen of piëzometers moet een opleiding worden gevolgd.
Deze opleiding wordt verzorgd door de projectverantwoordelijke(n).
Tijdens deze opleiding worden niet alleen de activiteiten voor het nemen van een grondwatermonster verzorgd, maar ook het onderhoud van het materiaal.

Voor het bepalen van de ogenblikkelijke variabelen (pH, EC) moet de opleiding van het analytisch laboratorium worden gevolgd.
Naast de theorie bevat deze opleiding een praktisch luik over het gebruik van de veldmeter, de kalibratie van de apparatuur en het onderhoud van de apparatuur.
Tevens worden de nodige veiligheidsmaatregelen toegelicht bij het gebruik van sterke zuren.

Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,74 @@
# Benodigdheden

## Apparatuur

```{=html}
<!--
Opsomming van de apparatuur die nodig is en verwijzingen naar de sip's (Standard Instrument Procedure; <protocol-code>-YYYY.NN) indien die er zijn.
Indien geen specifiek sip's voorhanden, illustreer de toegelaten apparatuur met foto's, geef het exacte type apparatuur mee, ...
-->
```
- Geschikt materiaal voor het nemen van een grondwatermonsters uit peilbuis

- Peristaltische slangenpomp (Figuur \@ref(fig:Figuur1) A), Eijkelkamp, 12 vdc, regelbaar in twee richtingen tussen de 100 en 2.300 ml/min, met zuigcapaciteit tot 9,5 m diepte.
Deze pomp is voorzien van een batterij met levensduur van 4,5 uur en een pompslang in silicone.

- Kogelklepmonsternemer, Eijkelkamp, 35mm, 90cm in teflon (Figuur \@ref(fig:Figuur1) B).

> ![(#fig:Figuur1) Foto A = peristaltische pomp, B = Kogelklepmonsternemer](./media/image2.png){width="6.302777777777778in" height="2.611111111111111in"}

- Boormachine met peristaltische kop (Figuur \@ref(fig:Figuur2))

> ![(#fig:Figuur2) Foto Boormachine met peristatltische kop](./media/image1.png){width="2.170223097112861in" height="2.8593755468066493in"}

- Veldset voor het bepalen van de zuurtegraad en de geleidbaarheid: het analytische laboratorium beschikt over verschillende veldsets (WTW multi, pH-EC) met de nodige elektroden welke kunnen gebruikt worden op het terrein voor deze bepalingen.
De werking, het gebruik, de kalibratie en het onderhoud van deze veldsets wordt beschreven in [SIP-054](https://sites.google.com/inbo.be/veldprotocollen/standaard-instrument-procedures-sip) (kwaliteitshandboek analytisch labo).

- Frigobox met koelelementen.

## Materiaal

```{=html}
<!--
Opsomming van gebruikte materialen.
Duidelijk aangeven welke materialen toelaatbaar zijn, welke volumes, afmetingen, materiaal, ...
vb. vermeld niet staalnamepotje, maar wel: vierkant flesje, volume 250 ml, gegradueerd, vervaardigd uit PE, met afsluitbare deksel uit PP.
-->
```
- Ronde borstel (diameter 50mm) voor het reinigen van de piëzometer.

- Tubing, teflon, diameter?,
voor het ledigen en reinigen van de peilbuizen

- Monsternamepot HDPE (minstens 750ml) voor het opvangen van het watermonster en het meten van de ogenblikkelijke variabelen op het terrein.

- Recipiënten voor chemische analysen (zie [SOP-006](https://sites.google.com/inbo.be/veldprotocollen/standaard-veld-procedures-svp/0-generiek)).
De voornaamste recipiënten gebruikt bij grondwateranalyse zijn:

- Fles, 250 ml rode of witte dop (FL-250R of FL250W)

- Falcontube, 30 ml met witte dop (FT-30W), aangezuurd met HNO~3~ (250$\mu$l/tube)

- Falcontube, 50 ml met rode dop (FT-50R)

- Gebundeld in zak van 16x25 cm

- Spuit, 100 of 250 ml, met schroefdraad voor spuitfilter

- Filter, type spuitfilter, 0,20 $\mu$m of 0,45 $\mu$m

- Gedemineraliseerd water

## Reagentia en oplossingen (indien van toepassing)

```{=html}
<!--
Een opsomming van reagentia, welke zuiverheid, volume, veiligheidsvoorschriften.
vb. Zwavelzuur (H2SO4), geconcentreerd (96%), pro analyse + veiligheidsinfo (sterk zuur, bijtend, gebruik handschoenen, bril en masker bij gebruik)
Een opsomming van oplossingen, welke zuiverheid, volume, veiligheidsvoorschriften.
Indien deze oplossingen zelf worden bereid, vermeld dan ook de bereidingswijze.
vb: Zwavelzuur 1M: verdun zwavelzuur geconcentreerd 18 maal met ultrapuur water.
Opgelet: giet altijd zwavelzuur bij water en nooit omgekeerd!
-->
```
- Salpeterzuur 65%, suprapur, HNO~3~: hiervan bevindt zich 250 $\mu$l in de falcontubes van 30 ml (FT-30W).
Loading