Utiliser la géométrie simplifiée de la BDD

[statnmap]

Validation

• L'app Shiny utilise la couche "simplified_geom" for v_basin
• L'app Shiny utilise la couche "simplified_geom" for v_ices_geom
• Page 1 still shows frontiers

Technicals

• Page 1 does show frontiers at low resolution
• diadesatlas.v_basin: utiliser la géométrie simplifiée de la BDD et non pas en refaire une dans l'app (ne pas utiliser ms_simplify())
• diadesatlas.v_ices_geom: utiliser la géométrie simplifiée de la BDD et non pas en refaire une dans l'app (ne pas utiliser ms_simplify())

[ColinFay]

Bloqué, voir https://gitlab.irstea.fr/diades/diades.atlas.data/-/issues/2#note_50237

[statnmap]

De Eric:
La vue v_basin affiche la colonne verysimplified_geom :

CREATE VIEW diadesatlas.v_basin AS
 SELECT DISTINCT basin.basin_id,
    basin.basin_name,
    bo.verysimplified_geom AS geom
   FROM ((diadesatlas.basin
     JOIN diadesatlas.basin_outlet bo USING (basin_id))
     JOIN diadesatlas.abundance a USING (basin_id));

Quant à la vue v_ices_geom, elle utilise "simplified_geom" pour les divisions, qui sont les plus grosses. Les rectangles sont laissés tels quels :

CREATE VIEW diadesatlas.v_ices_geom AS
 SELECT 'division'::text AS ices_type,
    ices_area.gid,
    ices_area.area_full AS icesname,
    ices_area.simplified_geom AS geom
   FROM diadesatlas.ices_area
UNION
 SELECT 'rectangle'::text AS ices_type,
    ices_rectangle.gid,
    ices_rectangle.icesname,
    ices_rectangle.geom
   FROM diadesatlas.ices_rectangle;

C'est dans la version du 20 octobre.

[ALanguillaume]

L'application fonctionne bien avec la geometrie de la colonne verysimplified_geom pour la vue v_basin.

Cependant je me suis rendu compte en enlevant la simplifcation de la geometrie côté R pour la vue v_ices_geom que deux des polygons avaient des geometries invalides.

J'ai documenté cela dans data-raw/aa-a-exploration_data.Rmd.

[statnmap]

Après connexion à la base de données, vous pouvez exécuter ces lignes de code.
Vous verrez que la carte {tmap} ne peut pas être créée à cause de problèmes de géométrie.

Si vous dé-commentez %>% rmapshaper::ms_simplify(),la géométrie est simplifiée et corrigée.

Peut-être avez-vous moyen d'éviter les problèmes de géométrie avant de mettre dans la base, sinon, on reste sur une double simplification: la votre dans la base + la notre dans R

## Reprex invalid ices_geom
```{r}
library(sf)
library(dplyr)
library(tmap)
```

Two polygons of ices_geom have invalid geometries.

```{r}
ices_geom <- st_read(
  conn_eurodiad,
  query = "SELECT * FROM diadesatlas.v_ices_geom;"
) %>%
  st_transform("+proj=wintri") #%>%
# rmapshaper::ms_simplify()
```


```{r}
invalid_pols <- ices_geom %>% 
  filter(!st_is_valid(.))
nrow(invalid_pols)
```

This makes the interactive map fails.

```{r, error=TRUE}
map_invalid <- tm_shape(invalid_pols)+
  tm_sf()
tmap_leaflet(map_invalid)
```