Merge branch 'develop'

Conflicts:
	README.md

HPhiconfig.sh

@@ -6,9 +6,11 @@ if [ -z ${1} ] || [ ${1} = "help" ]; then
     echo " system_name should be chosen from below:"
     echo "     sekirei : ISSP system-B"
     echo "        maki : ISSP system-C"
+    echo "          sr : SR16000"
     echo "       intel : Intel compiler + Linux PC"
     echo " mpicc-intel : Intel compiler + Linux PC + mpicc"
     echo "         gcc : GCC + Linux"
+    echo "   mpicc-gcc : GCC + Linux + mpicc"
     echo "     gcc-mac : GCC + Mac"
     echo "      manual : Manual configuration. See below."
     echo ""
@@ -25,9 +27,11 @@ else
         cat > src/make.sys <<EOF
 CC = mpicc
 LAPACK_FLAGS = -Dlapack -mkl=parallel 
-FLAGS = -qopenmp  -O3 -xCORE-AVX2 -mcmodel=large -shared-intel -D MPI -g -traceback
+FLAGS = -qopenmp -O3 -xHOST -mcmodel=large -shared-intel -D MPI -g -traceback
 MTFLAGS = -DDSFMT_MEXP=19937 \$(FLAGS)
 INCLUDE_DIR=./include
+CP = cp -f -v
+AR = ar rv
 EOF
     elif [ ${1} = "maki" ]; then
         cat > src/make.sys <<EOF
@@ -36,22 +40,48 @@ LAPACK_FLAGS = -Dlapack -SSL2BLAMP
 FLAGS = -Kfast,openmp,SPARC64IXfx,parallel -Kmemalias,alias_const -D MPI -g
 MTFLAGS = -DDSFMT_MEXP=19937 \$(FLAGS)
 INCLUDE_DIR=./include
+CP = cp -f -v
+AR = ar rv
+EOF
+    elif [ ${1} = "sr" ]; then
+        cat > src/make.sys <<EOF
+CC = mpcc_r
+LAPACK_FLAGS = -L /usr/lib -lessl
+FLAGS = -D MPI -D SR -q64 -O3 -lm -qsmp=omp 
+MTFLAGS = -DDSFMT_MEXP=19937 \$(FLAGS)
+INCLUDE_DIR=./include
+CP = cp -f
+AR = ar -X64 rv 
 EOF
     elif [ ${1} = "intel" ]; then
         cat > src/make.sys <<EOF
 CC = icc
 LAPACK_FLAGS = -Dlapack -mkl=parallel 
-FLAGS = -openmp -O3 -DHAVE_SSE2 -g -traceback -xHOST
+FLAGS = -fopenmp -O3 -DHAVE_SSE2 -g -traceback -xHOST
 MTFLAGS = -DDSFMT_MEXP=19937 \$(FLAGS)
 INCLUDE_DIR=./include
+CP = cp -f -v
+AR = ar rv
 EOF
     elif [ ${1} = "mpicc-intel" ]; then
         cat > src/make.sys <<EOF
 CC = mpicc
 LAPACK_FLAGS = -Dlapack -mkl=parallel 
-FLAGS = -openmp -O3 -DHAVE_SSE2 -D MPI -g -traceback -xHOST
+FLAGS = -fopenmp -O3 -DHAVE_SSE2 -D MPI -g -traceback -xHOST
+MTFLAGS = -DDSFMT_MEXP=19937 \$(FLAGS)
+INCLUDE_DIR=./include
+CP = cp -f -v
+AR = ar rv
+EOF
+    elif [ ${1} = "mpicc-gcc" ]; then
+        cat > src/make.sys <<EOF
+CC = mpicc
+LAPACK_FLAGS = -Dlapack -llapack -lblas 
+FLAGS = -fopenmp -O3 -DHAVE_SSE2 -D MPI -g -lm
 MTFLAGS = -DDSFMT_MEXP=19937 \$(FLAGS)
 INCLUDE_DIR=./include
+CP = cp -f -v
+AR = ar rv
 EOF
     elif [ ${1} = "gcc-mac" ]; then
         cat > src/make.sys <<EOF
@@ -60,6 +90,8 @@ LAPACK_FLAGS = -Dlapack -framework Accelerate
 FLAGS = -fopenmp 
 MTFLAGS = -DDSFMT_MEXP=19937 \$(FLAGS)
 INCLUDE_DIR=./include
+CP = cp -f -v
+AR = ar rv
 EOF
     elif [ ${1} = "gcc" ]; then
         cat > src/make.sys <<EOF
@@ -68,6 +100,8 @@ LAPACK_FLAGS = -Dlapack -llapack -lblas
 FLAGS = -fopenmp  -lm
 MTFLAGS = -DDSFMT_MEXP=19937 \$(FLAGS)
 INCLUDE_DIR=./include
+CP = cp -f -v
+AR = ar rv
 EOF
     elif [ ${1} == "manual" ]; then
 echo " C compiler ?"
@@ -82,6 +116,8 @@ LAPACK_FLAGS = ${LAPACK_FLAGS}
 FLAGS = ${FLAGS}
 MTFLAGS = -DDSFMT_MEXP=19937 \$(FLAGS)
 INCLUDE_DIR=./include
+CP = cp -f -v
+AR = ar rv
 EOF
     else
         echo ""

README.md

@@ -3,7 +3,6 @@ HΦ
 
 A numerical solver package for a wide range of quantum lattice models including Hubbard-type itinerant electron hamiltonians, quantum spin models, and Kondo-type hamiltonians for itinerant electrons coupled with quantum spins. The Lanczos algorithm for finding ground states and newly developed Lanczos-based algorithm for finite-temperature properties of these models are implemented for parallel computing (hybrid parallelization with OpenMP and MPI). A broad spectrum of users including experimental researchers is cordially welcome.
 
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 ### Methods
 Lanczos algorithm, thermal pure quantum state, full diagonalization  
 
@@ -13,38 +12,27 @@ Hubbard model, Heisenberg model, Kondo lattice model, Kitaev model, Kitaev-Heise
 ### Available physical quantities
 specific heat, susceptibility, ground state energy, free energy, structure factors
 
-### Licence
 
-The distribution of the program package and the source codes for HPhi follow GNU General Public License version 3 ([GPL v3](http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.en.html)). 
-
-### Development history
-Development history and modified points are described in a [release note](https://github.com/QLMS/HPhi/releases). 
-
-### Author
-- Youhei Yamaji
-- Takahiro Misawa
-- Synge Todo
-- Kazuyoshi Yoshimi
-- Mitsuaki Kawamura
-- Naoki Kawashima 
-
-#### Voice from the HΦ developer  
-You can read voice from the HΦ developer from MateriApps ( [en](http://ma.cms-initiative.jp/en/application-list/hphi/hphi-developer?set_language=en) or [jp](http://ma.cms-initiative.jp/ja/listapps/hphi/hphi-developer?set_language=ja) ).
-
-----
+## Requirement
+C compiler (intel, Fujitsu, GNU, etc. )  
+LAPACK library (intel MKL, Fujitsu, ATLAS, etc.)  
+MPI library (If you do not use MPI, it is not necessary.)
 
 
 ## Install
 
-You can install HΦ and also get a manual for HΦ from a [release page](https://github.com/QLMS/HPhi/releases).
+You can install HΦ and also get a manual for HΦ from a [release note](https://github.com/QLMS/HPhi/releases).
 
-### Pre-Installed system
+## Pre-Installed system
 - System B of The Institute Solid State Physics jpint-use supercomputer (cleck [here](http://www.issp.u-tokyo.ac.jp/supercom/visitor/x92nxz/hphi) for details).
 
+## Licence
 
-#### Requirement
-C compiler (intel, Fujitsu, GNU, etc. )  
-LAPACK library (intel MKL, Fujitsu, ATLAS, etc.)  
-MPI library (If you do not use MPI, it is not necessary.)
+The distribution of the program package and the source codes for HPhi follow GNU General Public License version 3 ([GPL v3](http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.en.html)). 
+
+## Author
+Youhei Yamaji, Takahiro Misawa, Synge Todo, Kazuyoshi Yoshimi, Mitsuaki Kawamura, Naoki Kawashima.
+
+### Voice from the HΦ developer
+You can read voice from the HΦ developer from MateriApps ( [en](http://ma.cms-initiative.jp/en/application-list/hphi/hphi-developer?set_language=en) or [jp](http://ma.cms-initiative.jp/ja/listapps/hphi/hphi-developer?set_language=ja) ).
 
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doc/en/chap02_en.tex

@@ -61,6 +61,7 @@ \subsection{Using \texttt{HPhiconfig.sh}}
 \begin{itemize}
 \item \verb|sekirei| : ISSP system-B ''sekirei''
 \item \verb|maki| : ISSP system-C ''maki''
+\item \verb|sr| : HITACHI SR16000
 \item \verb|intel| : intel compiler + Linux PC
 \item \verb|mpicc-intel| : intel compiler + MPI (excepting intelMPI) + Linux PC
 \item \verb|gcc| : GCC + Linux PC

doc/en/chap05_en.tex

@@ -254,7 +254,11 @@ \subsection{Details of implementation}
 \subsubsection*{Initial vector}
 For TPQ method, an initial vector is given by using a random generator, i.e. coefficients of all components for the initial vector is given by random numbers. The seed is calculated as 
 \begin{align}
-123432+(n_{\rm run}+1) \times |r_s|,
+123432+(n_{\rm run}+1)\times  |r_s|+k_{\rm Thread}+N_{\rm Thread} \times k_{\rm Process}
 \end{align}
 where $r_s$ is a number given by an input file and $n_{\rm run}$ is a number of runs. $r_s$ and a maximum value of $n_{\rm run}$ are defined by \verb|initial_iv| and \verb|NumAve| in an input file for Standard mode or a ModPara file for Expert mode, respectively. Random numbers are generated by using SIMD-oriented Fast Mersenne Twister (dSFMT)\cite{Mutsuo2008}. We can select a type of initial vector from a real number or complex number by using \verb|InitialVecType| in a ModPara file.
+$k_{\rm Thread}, N_{\rm Thread}, k_{\rm Process}$ indicate 
+the thread ID, the number of threads, the process ID, respectively;
+the initial vector depends both on \verb|initial_iv| and the numbber of parallelism.
+
 %----------------------------------------------------------

doc/jp/chap01_jp.tex

@@ -48,6 +48,7 @@ \subsection{開発貢献者}
 \label{subsec:developers}
 本ソフトウェアは以下の開発貢献者により開発されています。
 \begin{itemize}
+\item{ver.1.1 (2016/5/13リリース)}
 \item{ver.1.0 (2016/4/5リリース)}
 \begin{itemize}
 \item{開発者}

doc/jp/chap02_jp.tex

@@ -62,6 +62,7 @@ \subsection{\texttt{HPhiconfig.sh}を使う方法}
 \begin{itemize}
 \item \verb|sekirei| : 物性研究所システムB ''sekirei''
 \item \verb|maki| : 物性研究所システムC ''maki''
+\item \verb|sr| : 日立製作所 SR16000
 \item \verb|intel| : intelコンパイラ + Linux PC
 \item \verb|mpicc-intel| : intelコンパイラ + MPIライブラリ(intelMPI以外) + Linux PC
 \item \verb|gcc| : GCC + Linux PC

doc/jp/chap05_jp.tex

@@ -246,10 +246,17 @@ \section{熱的純粋量子状態による有限温度計算}
 
 \subsection{実際の実装について}
 \subsubsection*{初期ベクトルの設定について}
-熱的純粋量子状態による有限温度計算では、初期ベクトルは全ての成分に対してランダムな係数を与えます。初期ベクトルの係数の型はModParaで指定される入力ファイルの\verb|InitialVecType|を用い、実数もしくは複素数の指定をすることができます。乱数のシードは\verb|initial_iv| ($\equiv r_s$)により
+熱的純粋量子状態による有限温度計算では、初期ベクトルは全ての成分に対してランダムな係数を与えます。
+初期ベクトルの係数の型はModParaで指定される入力ファイルの\verb|InitialVecType|を用い、
+実数もしくは複素数の指定をすることができます。乱数のシードは\verb|initial_iv| ($\equiv r_s$)により
 \begin{align}
-123432+(n_{\rm run}+1)\times  |r_s|
+123432+(n_{\rm run}+1)\times  |r_s|+k_{\rm Thread}+N_{\rm Thread} \times k_{\rm Process}
 \end{align}
-で与えられます。ここで、$n_{\rm run}$はrunの回数であり、runの最大回数はスタンダードモード用入力ファイル、もしくはModParaで指定される入力ファイルの\verb|NumAve|で指定します。\verb|initial_iv|はスタンダードモード用の入力ファイル、もしくはエキスパートモードではModParaで指定される入力ファイルで指定します。乱数はSIMD-oriented Fast Mersenne Twister (dSFMT)を用い発生させています\cite{Mutsuo2008}。
+で与えられます。ここで、$n_{\rm run}$はrunの回数であり、runの最大回数はスタンダードモード用入力ファイル、
+もしくはModParaで指定される入力ファイルの\verb|NumAve|で指定します。
+\verb|initial_iv|はスタンダードモード用の入力ファイル、もしくはエキスパートモードではModParaで指定される入力ファイルで指定します。乱数はSIMD-oriented Fast Mersenne Twister (dSFMT)を用い発生させています\cite{Mutsuo2008}。
+また、$k_{\rm Thread}, N_{\rm Thread}, k_{\rm Process}$はそれぞれ
+スレッド番号、スレッド数、プロセス番号を表します。
+したがって同じ\verb|initial_iv|を用いても、並列数が異なる場合には別の初期波動関数が生成されます。
 
 %----------------------------------------------------------

doc/jp/chap06_jp.tex

@@ -8,5 +8,5 @@ \chapter{謝辞}
 田原大資氏が開発されたmVMCの柔軟なユーザー・インターフェースが礎となっています。
 インタフェースに関するコードの一部分はmVMCのものを使用しています。この場を借りて、お二人に感謝します。
 
-$\HPhi$ ver.0.1, ver.0.2, ver.0.3, ver.1.0は、2015年度 東京大学物性研究所 ソフトウェア高度化プロジェクトの支援を受け開発されました。この場を借りて感謝します。
+$\HPhi$ ver.0.1, ver.0.2, ver.0.3, ver.1.0, ver.1.1は、東京大学物性研究所 ソフトウェア高度化プロジェクト(2015年度, 2016年度)の支援を受け開発されました。この場を借りて感謝します。
 %----------------------------------------------------------

doc/jp/userguide_jp.tex

@@ -101,15 +101,15 @@
 利用の手引き 
 }{%
 高並列汎用格子模型ソルバー  $\HPhi$ \\
-ver. 1.0%
+ver. 1.1%
 }
 {
 \large
 {\it \copyright  2015- The University of Tokyo}\\
 {\it All rights reserved.}
 }
 {%
-April, 5, 2016
+May, 13, 2016
 }
 %
 %================================================================