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@ThomasDeBe
ThomasDeBe authored Sep 27, 2024
2 parents 7975d71 + 4c048aa commit 3e3db7b
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Showing 35 changed files with 191 additions and 35 deletions.
8 changes: 4 additions & 4 deletions fsh-generated/fsh-index.json
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Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -341,7 +341,7 @@
"fshType": "Instance",
"fshFile": "oBDS\\14_Strahlentherapie\\mii-cm-onko-strahlentherapie-strahlenart-sct.fsh",
"startLine": 1,
"endLine": 121
"endLine": 133
},
{
"outputFile": "ConceptMap-mii-cm-onko-strahlentherapie-strahleneinheit-sct.json",
Expand Down Expand Up @@ -1077,7 +1077,7 @@
"fshType": "Profile",
"fshFile": "oBDS\\06_Histologie\\mii-pr-onko-befund.fsh",
"startLine": 1,
"endLine": 28
"endLine": 34
},
{
"outputFile": "StructureDefinition-mii-pr-onko-diagnose.json",
Expand Down Expand Up @@ -1205,7 +1205,7 @@
"fshType": "Profile",
"fshFile": "oBDS\\08_TNMKlassifikation\\mii-pr-onko-tnm-klassifikation.fsh",
"startLine": 1,
"endLine": 37
"endLine": 42
},
{
"outputFile": "StructureDefinition-mii-pr-onko-tnm-l-kategorie.json",
Expand Down Expand Up @@ -1309,7 +1309,7 @@
"fshType": "Profile",
"fshFile": "oBDS\\17_Verlauf\\mii-pr-onko-verlauf.fsh",
"startLine": 1,
"endLine": 69
"endLine": 70
},
{
"outputFile": "StructureDefinition-mii-pr-onko-weitere-klassifikationen.json",
Expand Down
8 changes: 4 additions & 4 deletions fsh-generated/fsh-index.txt
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -41,7 +41,7 @@ ConceptMap-mii-cm-onko-primaertumor-diagnosesicherung-sct.json
ConceptMap-mii-cm-onko-seitenlokalisation-sct.json mii-cm-onko-seitenlokalisation-sct Instance overlapping terminologies\mii-cm-onko-seitenlokalisation-sct.fsh 1 - 52
ConceptMap-mii-cm-onko-strahlentherapie-applikationsart-sct.json mii-cm-onko-strahlentherapie-applikationsart-sct Instance oBDS\14_Strahlentherapie\mii-cm-onko-strahlentherapie-applikationsart-sct.fsh 1 - 142
ConceptMap-mii-cm-onko-strahlentherapie-boost-sct.json mii-cm-onko-strahlentherapie-boost-sct Instance oBDS\14_Strahlentherapie\mii-cm-onko-strahlentherapie-boost-sct.fsh 1 - 45
ConceptMap-mii-cm-onko-strahlentherapie-strahlenart-sct.json mii-cm-onko-strahlentherapie-strahlenart-sct Instance oBDS\14_Strahlentherapie\mii-cm-onko-strahlentherapie-strahlenart-sct.fsh 1 - 121
ConceptMap-mii-cm-onko-strahlentherapie-strahlenart-sct.json mii-cm-onko-strahlentherapie-strahlenart-sct Instance oBDS\14_Strahlentherapie\mii-cm-onko-strahlentherapie-strahlenart-sct.fsh 1 - 133
ConceptMap-mii-cm-onko-strahlentherapie-strahleneinheit-sct.json mii-cm-onko-strahlentherapie-strahleneinheit-sct Instance oBDS\14_Strahlentherapie\mii-cm-onko-strahlentheapie-strahleneinheit-sct.fsh 1 - 39
ConceptMap-mii-cm-onko-strahlentherapie-zielgebiet-sct.json mii-cm-onko-strahlentherapie-zielgebiet-sct Instance oBDS\14_Strahlentherapie\mii-cm-onko-strahlentherapie-zielgebiet-sct.fsh 1 - 666
ConceptMap-mii-cm-onko-studienteilnahme-sct.json mii-cm-onko-studienteilnahme-sct Instance oBDS\24_Studienteilnahme\mii-cm-onko-studienteilnahme.fsh 1 - 33
Expand Down Expand Up @@ -133,7 +133,7 @@ StructureDefinition-mii-pr-onko-anzahl-befallene-lymphknoten.json
StructureDefinition-mii-pr-onko-anzahl-befallene-sentinel-lymphknoten.json MII_PR_Onko_Anzahl_Befallene_Sentinel_Lymphknoten Profile oBDS\06_Histologie\mii-pr-onko-anzahl-befallene-sentinel-lymphknoten.fsh 1 - 53
StructureDefinition-mii-pr-onko-anzahl-untersuchte-lymphknoten.json MII_PR_Onko_Anzahl_Untersuchte_Lymphknoten Profile oBDS\06_Histologie\mii-pr-onko-anzahl-untersuchte-lymphknoten.fsh 1 - 53
StructureDefinition-mii-pr-onko-anzahl-untersuchte-sentinel-lymphknoten.json MII_PR_Onko_Anzahl_Untersuchte_Sentinel_Lymphknoten Profile oBDS\06_Histologie\mii-pr-onko-anzahl-untersuchte-sentinel-lymphknoten.fsh 1 - 54
StructureDefinition-mii-pr-onko-befund.json MII_PR_Onko_Befund Profile oBDS\06_Histologie\mii-pr-onko-befund.fsh 1 - 28
StructureDefinition-mii-pr-onko-befund.json MII_PR_Onko_Befund Profile oBDS\06_Histologie\mii-pr-onko-befund.fsh 1 - 34
StructureDefinition-mii-pr-onko-diagnose.json MII_PR_Onko_Diagnose Profile oBDS\05_Diagnose\mii-pr-onko-diagnose.fsh 1 - 37
StructureDefinition-mii-pr-onko-fernmetastasen.json MII_PR_Onko_Fernmetastasen Profile oBDS\11_Fernmetastasen\mii-pr-onko-fernmetastasen.fsh 1 - 43
StructureDefinition-mii-pr-onko-genetische-variante.json MII_PR_Onko_Genetische_Variante Profile oBDS\23_GenetischeVariante\mii-pr-onko-genetische-variante.fsh 1 - 33
Expand All @@ -149,7 +149,7 @@ StructureDefinition-mii-pr-onko-studienteilnahme.json
StructureDefinition-mii-pr-onko-systemische-therapie-medikation.json MII_PR_Onko_Systemische_Therapie_Medikation Profile oBDS\16_SystemischeTherapie\mii-pr-onko-systemische-therapie-medikation.fsh 1 - 33
StructureDefinition-mii-pr-onko-systemische-therapie.json MII_PR_Onko_Systemische_Therapie Profile oBDS\16_SystemischeTherapie\mii-pr-onko-systemische-therapie.fsh 1 - 53
StructureDefinition-mii-pr-onko-tnm-a-symbol.json MII_PR_Onko_TNM_a_Symbol Profile oBDS\08_TNMKlassifikation\mii-pr-onko-tnm-a-symbol.fsh 1 - 36
StructureDefinition-mii-pr-onko-tnm-klassifikation.json MII_PR_Onko_TNM_Klassifikation Profile oBDS\08_TNMKlassifikation\mii-pr-onko-tnm-klassifikation.fsh 1 - 37
StructureDefinition-mii-pr-onko-tnm-klassifikation.json MII_PR_Onko_TNM_Klassifikation Profile oBDS\08_TNMKlassifikation\mii-pr-onko-tnm-klassifikation.fsh 1 - 42
StructureDefinition-mii-pr-onko-tnm-l-kategorie.json MII_PR_Onko_TNM_L_Kategorie Profile oBDS\08_TNMKlassifikation\mii-pr-onko-tnm-l-kategorie.fsh 1 - 38
StructureDefinition-mii-pr-onko-tnm-m-kategorie.json MII_PR_Onko_TNM_M_Kategorie Profile oBDS\08_TNMKlassifikation\mii-pr-onko-tnm-m-kategorie.fsh 1 - 52
StructureDefinition-mii-pr-onko-tnm-m-symbol.json MII_PR_Onko_TNM_m_Symbol Profile oBDS\08_TNMKlassifikation\mii-pr-onko-tnm-m-symbol.fsh 1 - 35
Expand All @@ -162,7 +162,7 @@ StructureDefinition-mii-pr-onko-tnm-v-kategorie.json
StructureDefinition-mii-pr-onko-tnm-y-symbol.json MII_PR_Onko_TNM_y_Symbol Profile oBDS\08_TNMKlassifikation\mii-pr-onko-tnm-y-symbol.fsh 1 - 35
StructureDefinition-mii-pr-onko-tod.json MII_PR_Onko_Tod Profile oBDS\20_Tod\mii-pr-onko-tod.fsh 1 - 42
StructureDefinition-mii-pr-onko-tumorkonferenz.json MII_PR_Onko_Tumorkonferenz Profile oBDS\18_19_Tumorkonferenz\mii-pr-onko-tumorkonferenz.fsh 1 - 50
StructureDefinition-mii-pr-onko-verlauf.json MII_PR_Onko_Verlauf Profile oBDS\17_Verlauf\mii-pr-onko-verlauf.fsh 1 - 69
StructureDefinition-mii-pr-onko-verlauf.json MII_PR_Onko_Verlauf Profile oBDS\17_Verlauf\mii-pr-onko-verlauf.fsh 1 - 70
StructureDefinition-mii-pr-onko-weitere-klassifikationen.json MII_PR_Onko_Weitere_Klassifikationen Profile oBDS\09_Weitere_Klassifikationen\mii-pr-onko-weitere-klassifikationen.fsh 1 - 32
ValueSet-mii-vs-onko-allgemeiner-leistungszustand-ecog.json MII_VS_Onko_Allgemeiner_Leistungszustand_ECOG ValueSet oBDS\12_Allgemeiner_Leistungszustand\mii-vs-onko-allgemeiner-leistungszustand-ecog.fsh 1 - 11
ValueSet-mii-vs-onko-allgemeiner-leistungszustand-karnofsky.json MII_VS_Onko_Allgemeiner_Leistungszustand_Karnofsky ValueSet oBDS\12_Allgemeiner_Leistungszustand\mii-vs-onko-allgemeiner-leistungszustand-karnofsky.fsh 1 - 11
Expand Down
22 changes: 22 additions & 0 deletions fsh-generated/resources/ConceptMap-mii-cm-onko-strahlentherapie-strahlenart-sct.json
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -104,6 +104,17 @@
}
]
},
{
"code": "LU-177",
"display": "Lu-177",
"target": [
{
"code": "1263784000",
"display": "Radioligand therapy using lutetium (177-Lu) vipivotide tetraxetan (procedure)",
"equivalence": "narrower"
}
]
},
{
"code": "J-131",
"display": "J131",
Expand All @@ -126,6 +137,17 @@
}
]
},
{
"code": "Y-90",
"display": "Y-90",
"target": [
{
"code": "764677008",
"display": "Selective internal radiotherapy of liver using yttrium (90-Y) labeled microspheres (procedure)",
"equivalence": "narrower"
}
]
},
{
"code": "Ra-223",
"display": "Ra-223",
Expand Down
8 changes: 4 additions & 4 deletions fsh-generated/resources/ConceptMap-mii-cm-onko-therapie-ende-sct.json
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -34,7 +34,7 @@
"target": [
{
"equivalence": "unmatched",
"comment": "ggfs. Postkoordination von Dosisreduktion"
"comment": "ggfs. Postkoordination von Dosisreduktion, aber keine Postkoordination mit 'qualifier value' möglich. "
}
]
},
Expand All @@ -44,7 +44,7 @@
"target": [
{
"equivalence": "unmatched",
"comment": "ggfs. Postkoordination von Substanzwechsel"
"comment": "ggfs. Postkoordination von Substanzwechsel, aber keine Postkoordination mit 'qualifier value' möglich. "
}
]
},
Expand All @@ -54,7 +54,7 @@
"target": [
{
"equivalence": "unmatched",
"comment": "ggfs. Postkoordination von Substanzwechsel"
"comment": "ggfs. Postkoordination von Nebnwirkungen, aber keine Postkoordination mit 'qualifier value' möglich. "
}
]
},
Expand All @@ -66,7 +66,7 @@
"code": "419835002",
"display": "Tumor progression (finding)",
"equivalence": "wider",
"comment": "ggfs. Postkoordination "
"comment": "ggfs. Postkoordination von Abbruch"
}
]
},
Expand Down
17 changes: 17 additions & 0 deletions fsh-generated/resources/StructureDefinition-mii-pr-onko-befund.json
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -40,6 +40,23 @@
{
"id": "DiagnosticReport.basedOn",
"path": "DiagnosticReport.basedOn",
"slicing": {
"discriminator": [
{
"type": "pattern",
"path": "$this"
}
],
"rules": "open"
},
"mustSupport": true
},
{
"id": "DiagnosticReport.basedOn:tumorkonferenz",
"path": "DiagnosticReport.basedOn",
"sliceName": "tumorkonferenz",
"min": 0,
"max": "1",
"type": [
{
"code": "Reference",
Expand Down
1 change: 1 addition & 0 deletions fsh-generated/resources/StructureDefinition-mii-pr-onko-operation.json
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -169,6 +169,7 @@
{
"code": "Reference",
"targetProfile": [
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-diagnose",
"http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Condition"
]
}
Expand Down
1 change: 1 addition & 0 deletions fsh-generated/resources/StructureDefinition-mii-pr-onko-strahlentherapie.json
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -336,6 +336,7 @@
{
"code": "Reference",
"targetProfile": [
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-diagnose",
"http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Condition"
]
}
Expand Down
1 change: 1 addition & 0 deletions fsh-generated/resources/StructureDefinition-mii-pr-onko-systemische-therapie.json
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -214,6 +214,7 @@
{
"code": "Reference",
"targetProfile": [
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-diagnose",
"http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Condition"
]
}
Expand Down
32 changes: 32 additions & 0 deletions fsh-generated/resources/StructureDefinition-mii-pr-onko-tnm-klassifikation.json
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -162,9 +162,41 @@
}
]
},
{
"id": "Observation.specimen",
"path": "Observation.specimen",
"type": [
{
"code": "Reference",
"targetProfile": [
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-specimen",
"http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Specimen"
]
}
],
"mustSupport": true
},
{
"id": "Observation.hasMember",
"path": "Observation.hasMember",
"type": [
{
"code": "Reference",
"targetProfile": [
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-tnm-l-kategorie",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-tnm-m-kategorie",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-tnm-m-symbol",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-tnm-n-kategorie",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-tnm-t-kategorie",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-tnm-pn-kategorie",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-tnm-s-kategorie",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-tnm-v-kategorie",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-tnm-a-symbol",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-tnm-r-symbol",
"https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-tnm-y-symbol"
]
}
],
"mustSupport": true
}
]
Expand Down
2 changes: 2 additions & 0 deletions fsh-generated/resources/StructureDefinition-mii-pr-onko-verlauf.json
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -84,6 +84,8 @@
{
"id": "Observation.focus",
"path": "Observation.focus",
"min": 1,
"max": "1",
"type": [
{
"code": "Reference",
Expand Down
1 change: 0 additions & 1 deletion fsh-generated/resources/StructureDefinition-mii-pr-onko-weitere-klassifikationen.json
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -101,7 +101,6 @@
{
"id": "Observation.effective[x]",
"path": "Observation.effective[x]",
"min": 1,
"type": [
{
"code": "dateTime"
Expand Down
5 changes: 1 addition & 4 deletions ...tionGuide-2024.x-DE/MIIIGModulOnkologie/BezugZuInternationalenStandards.page.md
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Expand Up @@ -6,8 +6,6 @@ Beim beschriebenen Basisdatensatz Onkologie handelt es sich um einen Datensatz,

In der FHIR-Modellierung wurde die FHIR-Profilierung anderer nationaler onkologischer Datenmodelle aus dem Ausland betrachtet.
---
### Minimal Common Oncology Data Elements (mCODE, USA)
mCODE beschriebt einen vereinheitlichten Datensatz
https://hl7.org/fhir/us/mcode/
Das Modell befindet sich momentan in der vierten Iteratation.
Die enthaltenen Datenelemente lassen sich unterteilen in:
Expand All @@ -20,7 +18,7 @@ Die enthaltenen Datenelemente lassen sich unterteilen in:

#### Einflüsse von mCODE auf die Datenmodellierung
1. mCODE erfasst die individuellen Bestandteile der **TNM-Klassifikation** über einzelne FHIR-Observationen, die dann mittels einer Stage Group Ressource gruppiert werden. Neben TNM gibt es eine Reihe wichtiger Tumor Staging Klassifikation / Scores, die explizit als FHIR-PRofile angelegt wurden. Dieses Vorgehen empfehlen wir ebenfalls in der fortlaufenden Profilierung der organspezifischen Module des oBDS (z.B. Gleason-Score)
2. mCODE kodiert die Details zu einzelnen **Bestrahlungseinheiten** über Erweiterungen. Es gibt auch eine von mCODE abgeleitetes Modul, das sich explizit mit der Modellierung von Bestrahlungsschemata befasst - dieses ist jedoch deutlich detaillierter als der oBDS.
2. mCODE kodiert die Details zu einzelnen **Bestrahlungseinheiten** über Erweiterungen. Es gibt mit CodeX Radiation Therapy ein von mCODE abgeleitetes Modul, das sich explizit mit der Modellierung von Bestrahlungsschemata befasst (https://hl7.org/fhir/us/codex-radiation-therapy/ )- dieses ist jedoch deutlich detaillierter als der oBDS.
3. mCODE erfasst die genomischen Daten mit dem HL7 FHIR Genomics Report, der von der HL7 FHIR Clinical Genomics Working Group erarbeitet wurde. In der aktuellen Version beinhaltet der oBDS nur spärliche Informationen zu **genetischen Varianten**. Falls am Standort detaillierte Informationen über die molekulargenetischen Untersuchungen, Varianten und therapeutischen Konsequenzen vorliegen, kann der Molekulargenetische Befundbericht der MII genutzt werden, der ebenfalls auf dem HL7 Genomics Report basiert.


Expand All @@ -42,7 +40,6 @@ umfasst zwei unabhängige Kerndatensätze: einen klinischen und einen genomische
Der OSIRIS-Datensatz modelliert die zeitliche Darstellung vor allem um sog. "Tumor Events".
Tumor Events sind dabei entweder Erstdiagnosen oder Verlaufsbeobachtungen.


Weitere Informationen sind nachzulesen unter: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8140800/

Englische Version des Datensatzes verfügbar unter: https://github.com/InstitutNationalduCancer/OSIRIS/blob/v1.1.05/documentation/ModeleCliniqueOSIRIS-english_version.pdf
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