增加山河软件镜像源的帮助文档

content/ai/deep_learning/quickstart/deploy_app.md

@@ -1,5 +1,5 @@
 ---
-title: "步骤一：部署 Deep Learning 应用"
+title: "部署 Deep Learning 应用"
 description: 本小节主要介绍如何快速部署 Deep Learning 应用。 
 keywords: 
 weight: 10
@@ -13,7 +13,7 @@ draft: false
 ## 前提条件
 
 - 已获取管理控制台登录账号和密码。
-- 已创建 [VPC 网络](https://docsv3.qingcloud.com/network/vpc/manual/vpcnet/10_create_vpc/)和[私有网络](https://docsv3.qingcloud.com/network/vpc/manual/vxnet/05_create_vxnet/)，且私有网络已加入 VPC 网络。
+- 已创建 [VPC 网络](https://docsv3.shanhe.com//network/vpc/manual/vpcnet/10_create_vpc/)和[私有网络](https://docsv3.shanhe.com/network/vpc/manual/vxnet/05_create_vxnet/)，且私有网络已加入 VPC 网络。
 
 ## 操作步骤
 

content/chaosuan/_index.md

@@ -0,0 +1,10 @@
+---
+title: "超算使用文档"
+linkTitle: "Document"
+_build:
+ render: false 
+weight: 2
+collapsible: true
+icon: "/images/icons/index/product-icon-host.svg"
+---
+

content/chaosuan/environment/_index.md

@@ -0,0 +1,29 @@
+---
+title: "软件环境"
+linkTitle: "软件环境"
+weight: 4
+collapsible: true
+type: "product"
+
+section1:
+  title: 软件环境
+
+Section2:
+  title: 软件环境
+  children:
+    - title: 软件加载
+      content: 山河集群软件环境使用帮助
+      url: "softwareload/softwaremoduleload"
+
+    - title: 软件编译
+      content: 山河集群软件环境使用帮助
+      url: "softwaremake/softwarecompile"
+
+    - title: 软件使用
+      content: 山河集群软件环境使用帮助
+      url: "softwareuse/biology/blast"
+
+    - title: 环境使用
+      content: 山河集群软件环境使用帮助
+      url: "envinmentuse/conda-use"
+---

content/chaosuan/environment/envinmentuse/_index.md

@@ -0,0 +1,8 @@
+---
+title: "环境使用"
+linkTitle: "环境使用"
+_build:
+ render: false 
+weight: 61
+collapsible: true
+---

content/chaosuan/environment/envinmentuse/conda-use.md

@@ -0,0 +1,84 @@
+---
+title: "conda"
+description: Test description
+draft: false
+enableToc: false
+keyword: test
+weight: 4
+---
+
+## conda python环境创建及调试
+
+集群默认python环境为 2.7，且没有相关的依赖包。假设您需要使用python依赖包或者更高版本的python环境，推荐您自行创建python环境以及安装依赖包（module中只有一个 3.9 环境）
+
+1. 编辑家目录中的 .condarc 文件，使用如下命令内容填充
+```bash 
+cat > ~/.condarc << "EOF"
+channels:
+  - defaults
+show_channel_urls: true
+default_channels:
+  - https://mirrors.shanhe.com/anaconda/pkgs/main
+  - https://mirrors.shanhe.com/anaconda/pkgs/r
+  - https://mirrors.shanhe.com/anaconda/pkgs/msys2
+custom_channels:
+  bioconda: https://mirrors.shanhe.com/anaconda/cloud
+  conda-forge: https://mirrors.shanhe.com/anaconda/cloud
+ssl_verify: false
+EOF
+```
+
+2. 加载conda环境
+```bash 
+module load conda3
+```
+
+3. 创建conda环境
+```bash
+conda create -n python39 python=3.9
+# -n: 设置新的环境的名字
+# python=3.9 指定新环境的python的版本，非必须参数
+# 这里也可以用一个-y参数，可以直接跳过安装的确认过程。
+```
+
+4. conda环境使用
+```bash
+# 启动加载python环境
+conda activate python39
+```
+```bash
+# conda 安装命令
+conda install gatk 
+```
+```bash
+# 安装指定版本 
+# conda install 软件名=版本号 
+conda install gatk=3.7
+```
+```bash
+# conda 搜索需要的安装包
+conda search gatk
+```
+```bash
+# 更新指定软件
+conda update gatk
+```
+```bash
+# 卸载指定软件
+conda remove gatk
+```
+5. 账户初始化conda环境
+```bash
+# 将 conda 环境以及创建 ，账户自动加载
+# 将如下命令加入 ~/.bashrc 文件中
+module load conda3
+conda activate python39
+```
+
+***
+
+### 附：使用pip命令安装软件
+```bash
+# 下面举例了pip安装numpy库
+pip install numpy -i https://mirrors.shanhe.com/simple --trusted-host mirrors.shanhe.com
+```

content/chaosuan/environment/envinmentuse/google-auth.md

@@ -0,0 +1,113 @@
+---
+title: "google"
+description: Test description
+draft: false
+enableToc: false
+keyword: test
+weight: 4
+---
+
+## Google Authenticator
+
+###### Google身份验证器是一款TOTP与HOTP的两步验证软件令牌，此软件用于Google的认证服务。此项服务所使用的算法已列于 RFC 6238 和 RFC 4226 中。
+
+###### Google身份验证器给予用户一个六位到八位的一次性密码用于进行登录Google或其他站点时的附加验证。其同样可以给第三方应用生成口令，例如密码管理员或网络硬盘。
+
+***
+#### 一、安装使用
+1. 软件安装
+
+    a. 二进制安装
+    ```bash
+    yum install -y epel-* mercurial autoconf automake libtool pam-devel
+
+    yum install -y google-authenticator
+    ```
+    b. 编译安装
+    ```bash
+    yum install -y epel-* mercurial autoconf automake libtool pam-devel git 
+
+    git clone https://github.com/google/google-authenticator-libpam.git
+
+    cd google-authenticator-libpam-master/  #进入目录
+    chmod +x bootstrap.sh  #设置可执行权限
+    ./bootstrap.sh  
+    ./configure
+    make install 
+    ln -s /usr/local/lib/security/pam_google_authenticator.so /usr/lib64/security/pam_google_authenticator.so
+    ```
+
+2. PAM配置
+    ```bash
+    vim /etc/pam.d/sshd
+    auth required pam_google_authenticator.so
+    # 或者
+    echo   "auth       required     pam_google_authenticator.so" >>/etc/pam.d/sshd
+    ```
+
+3. SSH配置
+    ```bash
+    vim /etc/ssh/sshd_config
+    # 将
+    ChallengeResponseAuthentication no
+    # 改为
+    ChallengeResponseAuthentication yes
+    # 或者
+    sed -i 's/ChallengeResponseAuthentication no/ChallengeResponseAuthentication yes/g' /etc/ssh/sshd_config
+    # 重启sshd服务
+    systemctl restart sshd.service
+    ```
+
+4. google-authenticator运行配置
+
+    总的来说，首先运行google-authenticator二进制程序，然后一路y下来即可，中间使用二维码，或者密钥与手机端进行绑定，下方是具体过程。
+    ```bash
+    google-authenticator
+    Do you want authentication tokens to be time-based (y/n) y
+    Warning: pasting the following URL into your browser exposes the OTP secret to Google:
+    https://www.google.com/chart?chs=200x200&chld=M|0&cht=qr&chl=otpauth://totp/root@demo%3Fsecret%3DXQ2WB526GLPJ7SI64Z3RZISOEE%26issuer%3Ddemo
+
+
+
+
+                这里会有一个二维码，需要在手机上下载`googleauthenticator`APP扫码绑定
+                安卓 IOS手机都可以在应用商店搜索安装
+
+
+
+    Your new secret key is: XQ2WB526GLPJ7SI64Z3RZISOEE
+    Your verification code is 917990
+    Your emergency scratch codes are:
+    42623319
+    72314571
+    14476695
+    95764389
+    38976136
+
+    Do you want me to update your "/root/.google_authenticator" file? (y/n) y
+
+    Do you want to disallow multiple uses of the same authentication
+    token? This restricts you to one login about every 30s, but it increases
+    your chances to notice or even prevent man-in-the-middle attacks (y/n) y
+
+    By default, a new token is generated every 30 seconds by the mobile app.
+    In order to compensate for possible time-skew between the client and the server,
+    we allow an extra token before and after the current time. This allows for a
+    time skew of up to 30 seconds between authentication server and client. If you
+    experience problems with poor time synchronization, you can increase the window
+    from its default size of 3 permitted codes (one previous code, the current
+    code, the next code) to 17 permitted codes (the 8 previous codes, the current
+    code, and the 8 next codes). This will permit for a time skew of up to 4 minutes
+    between client and server.
+    Do you want to do so? (y/n) y
+
+    If the computer that you are logging into isn't hardened against brute-force
+    login attempts, you can enable rate-limiting for the authentication module.
+    By default, this limits attackers to no more than 3 login attempts every 30s.
+    Do you want to enable rate-limiting? (y/n) y
+    ```
+
+5. 登录
+
+    a. xshell
+    ![svg](../../0-image/xshell-google-au.png)

content/chaosuan/environment/envinmentuse/hpcx.md

@@ -0,0 +1,87 @@
+---
+title: "hpcx"
+description: Test description
+draft: false
+enableToc: false
+keyword: test
+weight: 4
+---
+
+# AI 平台，一个虚拟化平台，基于docker搭建，适用于ai 训练、gpu 加速计算的平台。
+
+## 一、使用说明 
+
+```bash
+##1、共享目录为 “/用户名目录” ，注意在当前用户下，创建的所有开发环境共享目录为同一个
+##2、网络支持ib,ib驱动存在于物理机上，当前镜像内没有，调用时可用通过指定网卡的方式调用
+##3、因网络驱动存在于物理机，不建议使用源码编译mpi,可以使用hpc-x环境安装mpi的方式来替代
+
+```
+
+## 二、平台基本操作
+
+参考浪潮普通用户操作手册
+
+### AI平台mpi使用—hpc-x 
+
+```
+https://developer.nvidia.com/networking/hpc-x ### 下载地址
+```
+
+#### 安装步骤
+
+```
+cd hpcx
+export HPCX_HOME=$PWD
+```
+
+#### 根据当前环境编译openmpi
+
+```
+$ tar xfp ${HPCX_HOME}/sources/openmpi-gitclone.tar.gz
+$ cd ${HPCX_HOME}/sources/openmpi-gitclone
+$ ./configure CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort --prefix=${HPCX_HOME}/ompi-icc \
+--with-hcoll=${HPCX_HOME}/hcoll \
+--with-ucx=${HPCX_HOME}/ucx \
+--with-platform=contrib/platform/mellanox/optimized \
+2>&1 | tee config-icc-output.log
+$ make -j32 all 2>&1 | tee build_icc.log && make -j24 install 2>&1 | tee install_icc.log
+```
+
+### 激活hpc-x
+
+```bash
+export HPCX_HOME=$PWD
+cd hpcx-v2.12-gcc-MLNX_OFED_LINUX-5-ubuntu18.04-cuda11-gdrcopy2-nccl2.12-x86_64/
+source hpcx-init.sh
+hpcx_load
+
+##module 方式加载
+module use $HPCX_HOME/modulefiles
+module load hpcx
+```
+
+### mpirun命令参数
+
+```bash
+QUDA_ENABLE_P2P=3 /yangybai11/hpcx-v2.12-gcc-MLNX_OFED_LINUX-5-ubuntu18.04-cuda11-gdrcopy2-nccl2.12-x86_64/ompi/bin/mpirun --allow-run-as-root  -np 16 --host 192.208.79.37:8,192.224.8.14:8  -bind-to none -map-by slot -x LD_LIBRARY_PATH -x HOROVOD_MPI_THREADS_DISABLE=1 -x PATH -mca pml ucx -x NCCL_DEBUG=INFO -x NCCL_TREE_THRESHOLD=0 -x UCX_LOG_LEVEL=info ./hmc -i s1.0_restart_37540.xml -geom 1 2 2 4
+##--allow-run-as-root root 执行mpirun 
+##  -mca pml ucx UCX 与 OpenSHMEM 显式使用 	
+## 
+```
+
+```bash
+/etc/hosts ##跨节点作业时，可能需要ssh 各节点之间的连接
+~/.ssh/known_hosts
+```
+
+注意：这个平台网络存在于物理机上，在实例环境中访问存在问题，使用  https://developer.nvidia.com/networking/hpc-x
+
+```
+https://content.mellanox.com/hpc/hpc-x/v2.12/hpcx-v2.12-gcc-MLNX_OFED_LINUX-5-ubuntu18.04-cuda11-gdrcopy2-nccl2.12-x86_64.tbz
+```
+
+
+
+
+

content/chaosuan/environment/envinmentuse/intel-compiler.md

@@ -0,0 +1,22 @@
+---
+title: "intel"
+description: Test description
+draft: false
+enableToc: false
+keyword: test
+weight: 4
+---
+
+## Intel环境变量加载
+
+本集群安装有 Intel 编译器 2015-2020 版本，以及 Intel oneAPI 编译器 2021-2022 版本
+
+![png](/chaosuan/environment/_image/intel-mpi.png)
+
+环境变量拆分为 intel 和 intelmpi 两个（其中intel包含了MKL环境），若无特殊，则需要同时加载两个，例如
+
+```bash
+module load intel/2022 intelmpi/2022
+```
+
+拆分的目的在于有的时候仅仅需要intelmpi