Phyloseq to metabar #11
Conversation
…adhv een taxonomische boom. Merendeel van het script betreft omzetten van phyloseq data naar metabaR data
Dat is waarschijnlijk omdat je deze branch hebt afgetakt van de branch uit de andere pull request. Ik stel voor dat we eerst PR #8 afhandelen en daarna deze. Wanneer PR #8 gemerged is naar de main, zal je de commits uit die PR niet meer zien in deze PR. |
|
Ok ik denk dat inderdaad de commits uit PR8 niet meer te zien zijn in deze PR, dus dat is alvast in orde, bedankt |
|
Eerlijk gezegd begrijp ik niet zo goed wat al deze code doet en wat de finaliteit ervan is. Misschien is het beter dat we dit eens in levende lijve bespreken zodat ik daarna een zinvolle review kan doen? |
|
De bedoeling is om een metabar ggtaxplot te maken, om een overzicht te krijgen van de gedetecteerde taxa Het probleem is dat dit enkel kan gemaakt worden met het metabaR package, en phyloseq data in de juiste format krijgen voor metabaR is inderdaad omslachtig, bij mijn weten is er geen phyloseq to metabar functie zoals voor vegan of tidytacos. Dit is hoe we het momenteel doen, en ik dacht dit ook in deze github te documenteren... |
source/r/phyloseq-to-metabar.R
Outdated
| # Download and source check_metabarlist.R | ||
| download_and_source("https://raw.githubusercontent.com/metabaRfactory/metabaR/HEAD/R/check_metabarlist.R", "check_metabarlist.R") | ||
|
|
||
| # Download and source subset_metabarlist.R | ||
| download_and_source("https://raw.githubusercontent.com/metabaRfactory/metabaR/HEAD/R/subset_metabarlist.R", "subset_metabarlist.R") | ||
|
|
There was a problem hiding this comment.
Is niet nodig aangezien metabarR package geladen wordt waar deze functies al inzitten
source/r/phyloseq-to-metabar.R
Outdated
| # Save file | ||
| write.table(file_pcrs_matrix, file = "Olig01_Annelida_PCRs.txt", sep = "\t", | ||
| row.names = FALSE) | ||
|
|
There was a problem hiding this comment.
in plaats van telkens objecten weg te schrijven kan het waarschijnlijk eenvoudiger via https://metabarfactory.github.io/metabaR/reference/metabarlist_generator.html waarmee rechtstreeks R objecten kunnen doorgegeven worden aan de argumenten
Het is in elk geval een goed idee om dit te documenteren en ik ben nu mee met de finaliteit. Maar het zou veel properder zijn als dit script wordt omgevormd naar een R functie |
enkel verhogen leesbaarheid code
toevoegen script voor omzetten phyloseq naar metabaR, gevolgd door metabaR ggtaxplot visualisatie
verschillende bestanden worden weggeschreven en opnieuw ingelezen, wat we hebben proberen aanpassen deze week, maar het lukt niet
de sequenties van de OTUs kunnen we normaal gezien ook uit het phyloseq object halen, met
phyloseq::refseq(physeq), maar dan moeten we die ook inladen bij het aanmaken van een phyloseq object, iets wat we tot nu toe nog niet gedaan hebben aangezien dat optioneel is, en we deze voorheen niet nodig hadden in downstream analyseOm een of andere reden verschenen de commits van de andere pull request hier ook